JAL-2844 changed Aptx config to make all cladogram branches aligned

Merge branch 'kjvdh/features/PhylogenyViewer' of
https://source.jalview.org/git/jalview.git into
kjvdh/features/PhylogenyViewer

Conflicts:
src/jalview/ext/archaeopteryx/AptxBinding.java
src/jalview/ext/forester/io/ExternalTreeParserI.java
src/jalview/ext/forester/io/ForesterTreeParser.java

JAL-2805 couple of method name changes

JAL-281 added menu items and listeners to load from URL/Db

JAL-281 changed load associated tree GUI item to menu selection

JAL-2805 expanded tree and treenode interfaces

JAL-2805 loads of file reorganizing, interfaces expanded

JAL-2805 functional binding on loading associated trees

JAL-2805 viewport is passed along to the tree parser

JAL-2795 added duplication check when calculated nodes are bound to seqs

JAL-2805 added getters for hashmaps filled with associated seqs/nodes

JAL-2805 added static method for logging duplications when using map.put

JAL-2805 more sensible interface method params

JAL-2805 finished up interface comments

JAL-2805 re-enabled one2many checks

JAL-2805 interface comments, progress on associating leaves

JAL-2805 interface comments

JAL-2805 some more name changes

JAL-2805 more name changes for clarity

JAL-2805 more interface name changing

JAL-2805 name changed of interfaces for consistency

JAL-2805 Jalview sequence binding interface expanded

JAL-2805 TreeParser now interface based

JAL-2805 Added tree building interface

JAL-2805 name change

JAL-2805 deleted old Aptx class for loading just Newick files

JAL-2805 more interface work

JAL-2794 removed unused interface

JAL-2805 undid accidental double (buggy) binding, more interface support

JAL-2805 warning messages added if Forester detects file loading issues

JAL-2805 First try at loading tree through Forester by calling Aptx main

Added file filters for Forester supported tree formats to the file
chooser window and Forester tree parser in the ActionPerformed of
loading an associated tree, also see Forester commits for more details

JAL-2794 reorganized node select code, added subtree selection support

JAL-2794 comments comments comments

JAL-2794 most method parameters/class variables made final

JAL-2794 comments, selected node now doesn't have to be external per se

JAL-2794 PaintRefresher support, Aptx node selection now shown on align

JAL-2794 interface comment

JAL-2794 Made HashMap with Nodes as keys and sequences as values as well

JAL-2794 Aptx instances get their parent alignment, start on binding

Binding from Alignment to Aptx is now functional (including shift and/or
ctrl presses for multiple sequences), other way around is WIP

JAL-2794 Cleaning up tree conversion, sequences are now in the tree

JAL-2794 getters and setters for finding nodes in forester made public

JAL-2795 created static class for forester conversions

JAL-2794 Interface name change (oops)

JAL-2794 made JalviewTreeViewerBinding an interface

JAL-2794 Added getter for AlignmentViewport to TreeBuilder

JAL-2794 simplified/clarified associating leaves to sequences

JAL-2794 created tree viewer binding class

JAL-2795 bunch of cleanup and comments

JAL-2795 added back test loop for Aptx tree naming & initTreePanel

JAL-2795 Reverted code changes needed to cluster from Forester

JAL-2795 Forester now NJ-clusters the DistanceMatrix from Jalview

JAL-2795 moved matrix conversion to the ForesterMatrix class

JAL-2795 Sequence[] references now as SequenceI[] & deleted double class

JAL-2795 removed sequences[] class variable, more comments

JAL-2795 neater error message

JAL-2795 added error catching for invalid identifier

JAL-2795 changed getting index of identifier to Stream (moved to Java 8)

Searching through with Stream prevents having to duplicate the array
with Arrays.toList

JAL-2795 rebuilt MatrixConverter to be purely static

JAL-2795 finalized method arguments; commited forester matrix changes

JAL-2795 removed unneeded for loop (woops) and initialized identifiers[]

JAL-2795 implemented getting/setting identifiers

JAL-2795 added comments links from ForesterMatrix to MatrixI

JAL-2795 removed now unneeded values variable in ForesterMatrix

JAL-2795 add get for all matrix values to MatrixI (and concrete classes)

JAL-2795 foresterMatrix now stores distance values itself

JAL-2795 more matrix implementations

JAL-2795 moved ForesterMatrix to ext.forester

JAL-2795 Added get and set values to the converted matrix

JAL-2795 start of Jalview's Matrix conversion

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into kjvdh/features/PhylogenyViewer

JAL-2526 updated javadoc

Start of matrix converter

Added proper title to aptx trees

test name change

Made FreeUpMemoryTest compatible with modified CalculationChooser

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git
into kjvdh/features/PhylogenyViewer

Conflicts:
src/jalview/gui/TreePanel.java

JAL-2698 update version and cut release branch

JAL-2546 release notes

JAL-2488 patch causes of NPE during testStoreAndRecoverExpandedviews Jalview2xml tests.

Added getters for scoremodel & scoreparams in TreeBuilder

Merge branch 'feature/JAL-2488finalize' into develop

TreeBuilder now stores the used ScoreModel and ScoreParams

JAL-2036 2.10.3 release notes

small name fixes in TreeBuilder

Added TreeBuilder as parameter to the converter constructor

Name changed of aptx treebuilder to treeconverter

added getSeqData to TreeBuilder

JAL-2793 cancelling font changed dialog didn't call ap.fontChanged() to reset layout

Added full names to the tree algorithm enum

added abbreviations

added enum for the different tree algorithms

Couple more thread names

named most Jalview threads

JAL-2548 release notes

Merge branch 'bug/JAL-2776toggleGroupColour' into develop

JAL-2684 JAL-2685 release notes

JAL-2685 tidy up html doc

Merge branch 'features/JAL-2685pairwiseSeqLimits' into develop

JAL-2392 test asserts for progressbar creation on the Swing GUI thread.

removed accidental added enters, commented out broken memory test line