develop merge

JAL-1919 updated unicode mapping symbol

JAL-1919 updated unicode symbol for mapping

JAL-1919 PDBfile and JmolParser refactor

develop merge

JAL-2009 reverted 'RES NUM' feature back to 'RESNUM'

JAL-1994 updated implementation for broken tests

JAL-1994 fix for broken tests

JAL-1919 initial support for mmCIF using JMol API. Created an Abstract class - StructureFile and refactored PDBfile class and JmolParser class to extend from it.

develop merge

JAL-1720 renamed Structure Chooser filters according to suggestions from Jim. Also made improvements which enables automatic listing of selected filter meta-data in the summary table

JAL-1720 JAL-2002 improvement for 'uniprot coverage' filter using facet pivot query

JAL-1944 bugfix for error when exporting hidden sequences but not hidden columns

JAL-2009 Codes to enable storing inserted residues as features to their base residue position

merge develop

JAL-1976 catch and handle OOM Error

JAL-1976 Added progress indicators for HTML_SVG and BioJS export operations

JAL-1975 updated image export pipeline to produce more informative messages.

JAL-1957 deleted stale comment

merge

JAL-1957 enabled multi-chain mapping and highlight for Chimera viewer

JAL-2006 scale even very small score ranges to a usable threshold slider

JAL-2005 added (stable) sort methods parameterised by
ascending/descending

JAL-599 bug fixed so array of visible types is populated

merge from develop

JAL-1979 refactor out duplicated similar block of code in StructureSelectionManger to a single method

JAL-1479 fixed off-by-one error in SIFTS mapping output and added the flag 'isGetEntityIdDirectly' to control how an entity to process is determined.

develop merge

JAL-1999 JAL-1479 implemented configurable fail-safe mechanism for SIFTS mapping based on a PID threshold. Also added config threshold parameter for auto-computing time-based caching of downloaded SIFTS

JAL-1998 bugfix for division by zero error for PDB entries with chain(s) consisiting of a single residue

JAL-1479 JAL-1979 bugfix to check entire annotation property of a resDetail object for NOT_OBSERVED rather than just the topmost value. Intially thought the multiplicity was 0..1 rather than 0..* which it turned out to be following the N2NScan test

JAL-1479 JAL-1979 updated the modified-aminoacid triplet code dictionary in Jalview using data from SCOP/PDB provided by Fabio

merge

JAL-1986 JAL-1996 separated out appletDeploment page from appletParameter page, updated the applet deployment docs, and updated necessary links. Also, having resolved JAL-1994, I've updated the json jars in all applet example pages.

JAL-1995 remove jalviewApplet.jar from tree and added it to .gitignore

merge

merge

JAL-1994 bugfix in build.xml to prevent proguard from obfuscating dynamically accessed classes used in generating json in jalview. Also added some compile-time dependencies

JAL-1919 basic support for importing and viewing mmCIF files - mapping support not yet available

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-1989 additional ways to 'mirror' show/hide columns in split frame

JAL-1990 added a progress indicator for Structure Chooser interface

merge

JAL-1991 bug fix for some flat-file printers to check for exact modulus in order to avoid outputing an extra redundant header line with empty sequences

JAL-1989 map hidden column ranges

JAL-1989 more unit tests and encapsulation for ColumnSelection

JAL-1544 "more than" not "more that"

merge

JAL-1479 implemented timestamp based caching of SIFTS by providing code which checks if an already downloaded SIFTS file has exceeded a certain threshold upon processing. Also added a method to handle SIFTS entries for cases when an 'entityId' is NOT EQUAL TO 'chainId', this is a heuristic measure achieved using greedy search.

JAL-1982 hotfix to prevent NPE with applet launch on Jpred4 site

JAL-1827 code and comment tidy up

JAL-1827 refactored to handle missing residues better

JAL-1827 added overloaded method for convenience

JAL-1827 reverted text on generic sequence fetcher to not refer to PDB

JAL-1479 refactored DBRef fetching code to StructureChooser to enable applet build

JAL-1479 applet build debug

JAL-1479 bugfix after decoupling SIFTS preference settings

JAL-1479 commented out DBRef fetching code from SIFTS to test applet build

JAL-1479 Refactored Sifts configuration preference in order to rectify applet build

JAL-1967 JAL-1479 refactored sequence<->structure mapping implementation

JAL-1479 added transfer of residue annotation for SIFTS mapping, then did some minor house-keeping

JAL-1479 JAL-1957 Added code to enable simultaneous highlight of multiple atoms positions in all chains

merge of SIFTs Branch

merge

JAL-1957 JAL-1479 Further optimisation of SIFTs Client and addition of support for multi-chain mapping of uniprot <-> pdb residues

JAL 1960 added code to restrict structure chooser to discover only PDB and Uniprot entries when the references are avaiable

JAL-1946 unit tests (and comments) for PID() function

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-1479 SiftClient house keeping

JAL-1942 JAL-1479 refactored SequenceI.getDBRef/SequenceI.setDBRef to SequenceI.getDBRefs/SequenceI.setDBRefs

JAL-1955 Uniprot sequence fetcher refactor

Merge branch 'JAL-1954_pfamformatbroke' into develop

JAL-1954 rejigged PFAMFile to split on ‘\t’ if no space present and optimised for long line searches. Will not cope with mixed space/tab separators.

JAL-1954 formatting

JAL-1926 JAL-1479 updated PDBfile fetcher to add sourceDBRef on importing sequences

JAL-1954 test PFAM import results in AlignmentI.hasValidSequences()==true with/out limits.

JAL-1479 added support for SIFTs mapping output viewing and implemented exception handling

JAL-1952 bugfix

JAL-1887 JAL-1479 bugfix for incorrect start/end for aligned sequence mapping, and a bit of StructureSelectionManager refactoring for SIFTs

JAL-1946 additional unit test cases for PID calculation

JAL-1943 don't try to unmarshal non-xml files in V1 project

JAL-1479 added basic support for SIFTs mapping - more work to follow

JAL-1479 implemented preferences for SIFTs / Needleman & Wunsch selection in structures preference tab

JAL-1942 JAL-1479 DBRefFetcher refactor

JAL-1932 TrimRegionCommand bug fix, tests and purge of unused code

JAL-1925 version change

JAL-1925 update what's new and release notes

JAL-1791 remove blanket sign of examples/*.jar

JAL-1791 id rather than name attrib

JAL-1791 sign the applet with/out timestamps

JAL-1791 add explicit proxy for benefit of jalview's build server when timestamping signed jars

JAL-1791 fix ant target dependencies

JAL-1791 make timestamping optional using -Dtimestamp

JAL-1791 add jalview.tsaurl for specifying timestamp server when signing jars

JAL-1479 refactored SequenceI interface - changed getDBRef() to getDBRefs() since it returns an array of DBRefEntry

JAL-1791 add jalview.tsaurl for specifying timestamp server when signing jars

Merge branch 'bug/JAL-1923_290b2_group_annots' into develop

JAL-1923 formatting

JAL-1923 add groups to codon-complement and notify annotation update for all linked views

JAL-1923 fix: don’t add group twice