JAL-3171 resolve dataset for imported projects via the alignment’s SequenceSetId

JAL-3171 failing test for legacy projects and fixing multiple dataset references

JAL-3171 register existing dataset for new view

JAL-3171 failing test checking preservation of dataset

JAL-3130 single class testing on CLI with ant [ -Dclass.name=path/from/classpath/to/Test.class ], and 'fixed' some other tests [that I broke]

JAL-3130 Fixing a few more tests that pass on a Mac but not on linux (e.g. jv-bamboo)

JAL-3130 Use non-deprecated check for Mac CMD key press

JAL-3130 Attempting to fix 8 tests that pass on a Mac but not on linux (e.g. jv-bamboo)

JAL-3130 Turns out Quit/About/Preferences handlers are Mac specific, d'oh. Moved build.xml to build-j11.xml

JAL-3130 another tweak for bamboo to add the JDK jmods to --module-path

JAL-3130 build.xml tweaks for clover-3.4.1

JAL-1421 added type to List and Vector

JAL-3169 leave file browser open on Cancel in overwrite check

JAL-3130 tweaked build.xml to do java 11 bytecode compiling[git branchgit branch]. updated getJavaVersion and added showJDKVersion in utils.

JAL-3130 Some re-reorganisation for build process

JAL-3130 incorporating feature/JAL-3063jaxbNoCastor and new script utils/jdeps_jlink_all.sh which works out module dependencies (not as straightforward as it should be) and makes a java 11 JRE

JAL-1854 fix Checkstyle import violations

JAL-1854 Checkstyle updated to 8.12

JAL-3130 de-multi-release-jar.sh Script to make multi-release jar file single release.

JAL-3063 Castor removed from codebase

Merge branch 'feature/JAL-3063JAXB' into feature/JAL-3063jaxbNoCastor

JAL-3130 Added flagged runtime 'Reflection' check on Java9 Quit/About/Preferences Handlers

JAL-3130 refactored a lot of this. See the JAVA-11-README

JAL-2420 don't offer Reveal All over alignment panel

JAL-3166 catch NPE if all sequences are hidden

JAL-3140 updated IntervalStore jar

JAL-3140 named tagged version of intervalstore.jar

JAL-3140 NCList now via IntervalStore library

JAL-3164 redraw complement overview on hide columns

JAL-3158 additional calls to reset 'selection changed' flag after update

JAL-3161 limit tooltip and status updates to visible columns

.gitignore changes

JAL-3127 Sequence ID Colour and nominal spanish translation

JAL-3127 javadoc, don’t darken white when shading residues, and don’t need to hold reference to group

JAL-3156 JAL-3127 code tidy

JAL-3156 javadoc re JAL-3127 and FIXME to make AlignmentI.getSequences(hidden representatives) behave like SequenceGroup.getSequences(…).

JAL-3127 drop redundant hidden representative sequences hash as parameter in ColourSchemeI.getInstance

JAL-3127 JAL-2773 don’t need to call paintAlignment here

JAL-1988 JAL-3130 New jlinked JRE in jalview_java2 with modules. Still needs jaxws-2.3.1/lib in the classpath, but no modulepath needed

JAL-3127 tidier tree group colour -> view propagation

JAL-3154 disable drag to reorder JTable columns

JAL-1988 This fixes the Quit response when user cancels the quit

JAL-3127 polished setColor after review

JAL-1988 JAL-3130 Now we're in Java 11 land, using jdeps and jlink have made a pared down Java 11 (44MB) in jalview_java. Run with './jalview_java/bin/java -cp "classes:lib/*:j11lib/*" jalview.bin.Jalview'.

JAL-1889 ignore Clover instrumentation in test (second attempt)

JAL-1889 unit test tweaks for running on server

JAL-1988 tidying, plus don't add Preferences to Tools menu on a Mac\!

JAL-1988 JAVA 11 enabled version with Quit, Preferences and About handlers enabled for Mac. Run with openjdk-11 and 'java -classpath "classes:lib/*:j11lib/*" jalview.bin.Jalview'

JAL-1988 Investigating...

JAL-3141 Slightly improved message and more thorough tests

JAL-3141 couple of minor fixes for example files being displayed in the Preferences tab

JAL-3141 Tests now available and working, bringing to light a problem with the classInit flag (now removed). Added some more dodgy Spanish translations.

JAL-3141 Preferences 'Backups' tab now fits.  Moved initial option setting into Preferences with all the other preference initial setting.

JAL-3141 Preferences 'Backups' tab now working. Doesn't fit in default space though -- needs adjusting

JAL-3143 unit tests updated for code changes!

JAL-3141 Ostensibly all backups working for alignment and project saves. Need to add a preferences tab and some tests.

JAL-3143 comma-delimited feature attributes for alleles,
clinical_significance

JAL-3143 fetch Ensembl(Genomes) features as JSON not GFF

JAL-3141 Code checkout.  Not compiling.

JAL-3141 Code checkout.  Not compiling.

BackupFilter and other unfinished business

JAL-3139 check group visibility when removing 'redundant' features

JAL-3141 Taken the backing up code out of FileChooser into its own class for more generic usage, and extra data safe-guarding functionality

JAL-3141 Taken the backing up code out of FileChooser into its own class for more generic usage, and extra data safe-guarding functionality

JAL-3141 Tidying

JAL-3141 Backup files being created with default suffix up to 10 backups. Configurable in .jalview_properties but no GUI for this yet.

JAL-3127 always look up sequence ID colour from view when colouring by Sequence ID

JAL-3127 tidy up terminology in colour schemes help text

JAL-3127 updated colours menu and tree view documentation

JAL-3127 reinstate ability to set sequence ID colour directly by right-clicking a node

JAL-3127 use AlignViewportI.addGroup to create & propagate groups to complement view and update structure views accordingly

JAL-3127 use AlignViewportI.addGroup() to add group and propagate to complement view. also updates sequence ID colours from group’s idColour attribute

viewport flag to indicate when structure view needs updating
JAL-3127 fix regression on JAL-868 due to JAL-2773

JAL-3127 Colour sequences by ID - need to check that group colours are properly propagated to structure view independently of shading by linked alignment by selecting from Structure Views colour menu.

JAL-3127 TODO - resolve reference to Viewport for group colour schemes instantiated before the viewport has been created.

JAL-3127 pass reference to AlignViewportI when creating an instance of ColourSchemeI

JAL-1244 comments, javadoc, method signature tweaks

JAL-1244 editSequence extract method refactoring

JAL-1244 improved status message for insert/delete gap

JAL-3132 status message for sequence and/or graph group annotation

JAL-1244 no status message (yet) for locked edit of single sequence

JAL-1244 status message for insert/delete gaps on single sequence

JAL-1244 status message while dragging a stretch group

JAL-3132 set status message when over sequence id or annotation label

JAL-3093 unit tests, no mouse action over left/right wrapped scale

JAL-3093 tweaks to code and test for 3px gap above annotations in
wrapped mode

JAL-3093 unit tests for SeqPanel.findMousePosition

JAL-3093 limited Consensus popup menu when in wrapped mode

JAL-3093 added MousePos.isOverAnnotation() for extra clarity of
intention

JAL-3093 'read-only' annotations when in wrapped mode

JAL-3093 refactor (+test) Annotation Labels tooltip ready for reuse

JAL-3093 unit tests for finding annotation row index for mouse pos

JAL-3093 show annotation tooltips and status message in wrapped mode

JAL-3063 service param files read/saved using JAXB not Castor binding

JAL-3063 top level element added to JalviewWsParamSet.xsd

JAL-3063 comments re use of xjc to generate Java binding classes

JAL-2791 refactored Export Features to apply all visibility tests

JAL-2791 new method to test if feature fails colour threshold test

JAL-2791 method that tests all conditions for feature visibility

JAL-3125 tidy up