Merge branch 'develop' into JAL-1640_stylesettings

Merge branch 'bug/JAL-1643_File-chooser-improvement' into develop

Conflicts:
.classpath

JAL-1640 new menu allowing view settings to be transferred from any other view on the desktop

JAL-1640 Desktop.getAlignmentPanel and Desktop.getViewports can now take a null argument to get all alignment panels or viewports in the Desktop

JAL-1551 formatting

JAL-1640 more properties moved to style bean and rationalisation of layout update logic (wrap/non-wrap,idwidth,etc) to smaller number of methods

JAL-1551 formatting

JAL-1640 JAL-966 is for boolean getter on AlignViewportI

merge commit

JAL-1643 jarred up the quaqua native libraries and added nativelib
resource tags for Mac OS X

JAL-1643 added quaqua filechooser and jni libraries to the InstallAnywhere distribution

JAL-1643 correct version of quaqua (8) plus THIRDPARTYLIB details

JAL-1643 renamed quaqua library to add version number

JAL-1643 modified jalviewFileChooser to retain default behaviour on other non-mac platforms

JAL-1643 Modified JalviewFileChooser to have a more native laf on mac

Merge branch 'bug/JAL-1644_Finder-logic-improvement' into develop

JAL-1644 added null check for sequence description field

JAL-1640 setStyle method and associated tests (required a sameStyle method to be added to interface to test ViewStyleI equivalence)

JAL-966 allow access to viewport interface from alignPanel

JAL-1640 getters and setters for viewStyleI - note the caller needs to trigger view repaints themselves after setting the ViewStyleI for a view

JAL-1640 copy constructor test and implementation by reflection

JAL-715 tweaks for SRBS description string parsing

JAL-1161 JAL-1606 note about awt/swing dependency in interface

Merge commit

JAL-1644 revised Finder's implementation to use a flag to enalbe searching an alignment's sequences description field

JAL-1640 JAL-1551 formatting/imports/remove dead code

JAL-1640 updates to use get/setter on viewportI: efficiencies - temp variables created for redraw loops and temp fields created where redraw involves multiple methods (methods made private where possible to avoid temp field being out of sync)

JAL-1640 separated style operations into a new ViewStyle databean (implements jalview.api.ViewStyleI)

Merge branch 'bug/JAL-1644_Finder-logic-improvement' into develop

JAL-1644 improvment of finder logic to include the sequence description field

JAL-1565 automatically mark query sequence as the sequence reference and hide any insertions to it

JAL-674 patch to make Mapping.compareTransferredToRefPDBAnnot test
    pass
        otherwise addAll throws an index not found exception with
inspos==-1

JAL-674 JAL-1270 added settings to ensure temperature and secondary
structure are propagated and finer grain checks on presence of annotation

JAL-1588 new class renamed

Merge branch 'features/JAL-1588saveChimeraSession' into develop

JAL-1588 restoring saved Chimera session(s)

Merge branch 'features/JAL-1553_improvement-select-column-by-annotation-row-query-interface' into develop

JAL-1588 first working (?) restore of Chimera session incl bindings

JAL-1553 added help documentation and updated AnnotationColumnChooser to exclude MigLayout as it is not supported in applets

Merge branch 'feature_29/JAL-1372_referenceseq' into develop

JAL-1541 changed assert to JUnit assert - test now fails for current version of BioJS export method

JAL-1551 formatting

JAL-1286 don't print an exception if a non-gzip stream is attempted to be opened as gzip

JAL-1551 crlf changes

JAL-969 hasHiddenRows is now an interface method

JAL-969 drop the hiddenColumns flag in favour of checking current state of columnSelection

Merge branch 'develop' into feature_29/JAL-1372_referenceseq
finessing between two branches where bugs are patched twice
Conflicts:
src/jalview/appletgui/ScalePanel.java
src/jalview/appletgui/SeqCanvas.java
src/jalview/datamodel/ColumnSelection.java

JAL-1628 tweak signature of core annotation printer for outputting hidden columns and view names via VIEW_HIDECOLS and VIEW_DEF

JAL-1551 formatting/imports

JAL-1551 JAL-962 formatting and code change ripples from changing HiddenColumns & accessor from Vector to List<int[]>

Merge branch 'features/JAL-1553_improvement-select-column-by-annotation-row-query-interface' into develop

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-1553 fixed null pointer exception thrown in SeqCanvas and ScalePanel of jalview applet while attempting to redraw the panels when hidden columns no longer exists

JAL-1551 source code formatting

JAL-969 javadoc and mark interface overrides for clarity

JAL-1628 drop getShowAnnotation accessor in favour of isShowAnnotation in AlignViewportI and change method signature for printing annotation files to allow view (for column selection) and alignment object to be accessed

Merge branch 'features/JAL-1553_improvement-select-column-by-annotation-row-query-interface' into develop

JAL-1553 added applet support for the select-column-by-annotation-row feature

JAL-1372 JAL-1169 documentation for new commands HIDE_INSERTIONS AND VIEW_SETREF

Merge branch 'develop' into feature_29/JAL-1372_referenceseq

tidy up class files that shouldn't be in repo

Merge branch 'features/JAL-1553_improvement-select-column-by-annotation-row-query-interface' into develop

clean up

clean up

Merge branch 'features/JAL-1553_improvement-select-column-by-annotation-row-query-interface' into develop

Further abstractions and clean up

Merge branch 'features/JAL-1553_improvement-select-column-by-annotation-row-query-interface' into develop

basic house keeping

JAL-1304 revamped annotation file documentation structure to make it more usable

Merge branch 'features/JAL-1553_improvement-select-column-by-annotation-row-query-interface' into develop

JAL-1553 enhancement of column selection by annotation row to include the query filter interface and ability to perform further actions like hide/select on the filterd columns

JAL-1372 i18n and tweaking set/unset representative sequence

JAL-1628 formatting

JAL-1628 employ new AnnotationFile reader method to allow the current view's ColumnSelection to be modified

JAL-1628 new entry point for reading annotation files that modify column visibility and implementation and test+data for VIEW_SETREF and HIDE_INSERTIONS

JAL-1628 formatting and javadoc

JAL-1628 method to hide insertions to current sequence selection

JAL-1628 wrappers for common checks on ColumnSelection

JAL-1628 ColumnSelection method to hide insertions for a given sequence

JAL-1628 new method to get a list of insertions in a SequenceI

always use interface rather than field access

JAL-1372 JAL-1114 JAL-1628 tidy sequenceI/sequence

JAL-1629 .jar option removed from Alignment File Save As dialog.

Merge branch 'features/JAL-1553_select-columns-by-annotation' into develop

Modified AnnotationColumnChooser to maintain state of previous selection when current operation is canceled

Merge branch 'features/JAL-1553_select-columns-by-annotation' into develop

Refactored AnnotationColumnChoser and AnnotationColorChooser to apply the DRY principle

JAL-1553 merge commit

JAL-1553 implementation of column selection by annotation and threshold queries

Merge branch 'JAL-1372_referenceseq' into feature_29/JAL-1372_referenceseq
merge forward to implement support for reference sequences in 2.9
Conflicts:
resources/lang/Messages.properties
src/jalview/appletgui/APopupMenu.java
src/jalview/datamodel/Alignment.java
src/jalview/gui/PopupMenu.java

Merge branch 'features/JAL-1605_html-svg-export' into develop

Merge branch 'JAL-1483_29dev' into develop

JAL-1483 formatting

JAL-1483 remember to look at base dataset sequence for updated sequence feaures

JAL-1588 check Chimera session file still exists

JAL-1588 part work save/restore of Chimera session

Merge branch 'JAL-1483_29dev' into develop

Merge branch 'develop' into JAL-1483_29dev
updated JAL-1483 with commits from 15th Dec-7th Jan 2015

Conflicts:
.classpath
src/jalview/api/AlignmentViewPanel.java
src/jalview/appletgui/SeqPanel.java
src/jalview/ext/rbvi/chimera/JalviewChimeraBinding.java
src/jalview/gui/AlignFrame.java
src/jalview/gui/AlignViewport.java
src/jalview/gui/AnnotationExporter.java
src/jalview/gui/FeatureRenderer.java
src/jalview/gui/FeatureSettings.java
src/jalview/gui/Jalview2XML.java
src/jalview/gui/Jalview2XML_V1.java
src/jalview/gui/PopupMenu.java
src/jalview/gui/SeqPanel.java
src/jalview/io/BioJsHTMLOutput.java
src/jalview/io/HtmlSvgOutput.java

JAL-1483 patches to make test case pass: hamming distance counts differences in presence across all features currently displayed on alignment

JAL-1483 basic test of sequence similarity score model (also gives the refactored sequence feature components a workout)