JAL-2630 update Overview/structure from graduated colour options dialog

JAL-2631 add graduated colour kdH features to example

Merge branch 'documentation/JAL-2418_release2102' into develop

JAL-2624 check feature colour threshold when colouring structure

JAL-2623 initialise colour threshold slider correctly

JAL-2432 updated documentation for select/hide by annotation to include As Percentage checkbox

JAL-147 don't scroll up beyond startRes = 0

JAL-147 corrected calculation of vertical scroll position and max

JAL-147 draw up to last position of wrapped alignment!

Merge branch 'develop' into bug/JAL-147scrollWrappedView

JAL-1648 JAL-2447 Spanish translations

JAL-147 prevent vertical Overview box movement in wrapped mode

JAL-147 unit test for hide/show sequences update ViewportRanges

JAL-2605 ensure correct scale width calculation

JAL-147 don't update overview for column selection (applet)

JAL-147 additions to unit test, check for negative array index

JAL-147 prevent overview box move up over hidden first sequence

JAL-147 revised update of startSeq, endSeq on unhide sequences

JAL-147 unit tests added, unused setEndRes removed

JAL-147 corrected update of ViewportRanges for show/hide sequences

JAL-147 update ViewportRanges height after show/hide sequences

JAL-147 remove redundant calls to update overview panel

JAL-2608 tidy up OverviewPanel when closed

JAL-147 call method that sets visible width when drawing wrapped panel

JAL-147 extract local variable for ease of debugging

Merge branch 'develop' into bug/JAL-147scrollWrappedView

JAL-147 correct width out-by-one drawing ids

JAL-147 don't scroll Overview box outside panel dimensions

JAL-147 ViewportRanges calculate wrapped vertical scroll position

JAL-147 don't draw ScalePanel when in wrapped mode

JAL-2034 don't refresh Overview for selection in id panel

JAL-2602 unit test added

JAL-147 don't page up above origin, repaint ids for scroll in wrapped
mode

Merge branch 'bug/JAL-2597' into develop

JAL-2602 pulled up identical methods to base class

JAL-2602 same fix for applet

Merge branch 'bugs/JAL-2606_broken_jabaws22_IADependency' into develop

JAL-2606 updated IA build for changed dependency due to JAL-2549

JAL-147 improved wrapped scrolling (including Overview) with
ViewportRanges

JAL-2597 Fix and unit test

JAL-2605 exclude left/right scale in sequence column calculation

Merge branch 'bug/JAL-2600resizeflicker' into develop

JAL-2600 Tidies

JAL-2600 updates following review

JAL-2600 Tidies

JAL-2600 Abandoned fastpaint for resize; now full repaint, single call

JAL-2602 check for null or empty description when copying consensus

JAL-2600 Add in IdCanvas and checks for 0 size images

JAL-2600 vertical fast paint too

JAL-2600 fast painting on resize

JAL-2600 reinstate original behaviour

JAL-2563 test updated for fix

Merge branch 'bug/JAL-2386groupConservationColouring' into develop

Merge remote-tracking branch 'origin/develop' into bug/JAL-2591

JAL-2418 typos

Merge branch 'bug/JAL-2589gapColour' into develop

JAL-2577 mirror select/hide by annotation in split frame applet, and on
Cancel

JAL-2591 Updates following code review

JAL-2577 mirror hide/select columns by annotation across split frame

JAL-2418 updated release branch/version and release date before forking release branch

JAL-2589 render colour scheme gap colour in overview

JAL-2594 avoid stack trace creating feature on gapped region

JAL-2386 JAL-2570 use ResidueShader copy constructor in SequenceGroup
copy constructor for 'like but yet unlike' colouring of new group

Merge branch 'bug/JAL-2586' into develop

JAL-2586 Clarification to URL link code

JAL-2591 made redraw volatile

JAL-2591 Refactor HiddenColumns to use ArrayList instead of Vector

JAL-2591 More HiddenColumns refactoring. Tests passing.

JAL-2591 Further refactoring (still incomplete)

JAL-2591 More refactoring (incomplete)

JAL-2591 Hidden columns regions can be output to string + test

JAL-2591 updated HiddenColumns::findHiddenRegionPositions + test

JAL-2591 Overview changes ported to applet

JAL-2591 More rationalising of hiddencols

JAL-2386 ensure group conservation shading is applied from slider

JAL-2591 Increased granularity of overview panel update checks

JAL-2591 simplifying hidden columns usage

JAL-2591 Removed getHiddenRegions()==null checks which are always false

JAL-2591 Added readwrite locking on HiddenColumns

JAL-2589 correct colour for Gap in Score and User Defined schemes

Merge remote-tracking branch 'origin/bug/JAL-2576' into bug/JAL-2591

Merge branch 'documentation/JAL-2418_release2102' into develop

JAL-2590 release notes

Merge branch 'bug/JAL-2590' into develop

JAL-2590 patch for rendering eggnog trees with polytomies (also see

Merge branch 'documentation/JAL-2418_release2102' into develop

JAL-2576 release notes

Merge branch 'bug/JAL-2576' into develop

Merge branch 'bug/JAL-2586' into develop

JAL-2586 Checkstyle flagged fix of unintended fall through

JAL-2571 Missed (alwaysRun=true) for @BeforeMethod

JAL-2228 java 1.7 compliance

JAL-2291 updated docs

JAL-2291 only hide/show columns intersecting with currently selected region.

JAL-2291 get bitset representing hidden columns

JAL-2291 use HiddenColumns.hideMarkedBits and take union of selection and sequence under popup

JAL-2291 method taking a BitSet for hiding columns

JAL-2291 bug fix - BitSet.set is [start,end+1)

JAL-2291 fixed broken asserts for SequenceI.getInsertionsAsBits

JAL-2291 ‘Hide Insertions’ now operates on selection or if none available, the sequence that was right-clicked on.