Sequence uniquify/deuniquify now uses the SequenceIdMatcher to cope with mangled 'safe sequence names', and JPredClient uses these methods.

Format

Clear highlighted residues

New help

Paste this makes new sequence

Size changes

No more dbprefix

Move lastframex when frame closes

New instructions for making groups file

SequenceFeature mouse over text updated

Catch null colour exception

Remove image import

Location of protein name specified

Save Feature Rendering

Readjustments

Allow for uniprot in name

Prov not used in this version

Use regex on seq names

not needed

Save features

Save feature settings

Output from newick menu item bug fixed

Remove fillarc

Remove comments

Sequence, not SequenceI

Reset frame position on startup

SequenceFeatures is null by default

Null pointer removed

Larger for mac

Only seek for sequences without features

Applet changes

Load pdb file with applet

AppletPDBViewer needs to know type of file transfer

Get viewport and seqcanvas methods

Parse id before url completion

REmove import

Name parsing

Make dataset with getName, not displayid

REpaint after sequence col selected

GetResidueBoxColour needs no colourscheme

Parse id before showing uniprot link

Exact mapping for applet as well

Remove deletebonds

TER flag added

Retrieve protein name

Add your own label

No need for method or chain

Read in Protein name

Uniprot retrieves features from XML

Parse id before making URL

Features added removed from alignment

ExactMapping is in pdbchain

Wait till visiblebonds!=null before painting

Save features and pdbids

Save features and pdbids in jar file

new Implementation for getting colour quickly

Correction for feature rendering

Mapping now performed in PDBChain

wrapped alignment 1 larger

Mapping for alignment added to residue

Must follow alignmentPosition

Comment out test lines

Dont request focus

-1 adjust

Read in Hetatms, allow for models, highlight in canvas

Correct mapping for pdb file

Spinner images

Don't parse input id, leave it as it is

New EBI WS implementation

New WSWUBlast Client files

Add PDB accession to new sequence

Allow single line BLC files

Use PDB column format

Allow for 1 line BLC files

Parse name from last index of /

Use full name in dataset creation

Show error message outside thread loop

Hidden tabs and vamsas refs for beta release

Initial col is light gray

Graphics must be set from nullFrame

No more isOverview

If overview is visible, update it

no more show translation

Hide Tab settings for build

Use setRGB rather than color, fillrect

Move start and end before parsing name

Hide vamsas settings for build

Now outputs features and groups, and wrapped alignment limits

Optimized Overview

Use stringbuffer, not string+

Remove system.out

Highlight doesnt use offset

Don't initialise a char in findIndex

Don't set chain colours in hashtable

Highlight from alignment

No more myAtom, Highlight from alignment

no need for myAtom

Parsing updates

Not used

Keep all public methods