Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_2_Branch

JAL-4046 release on 9th August 2022

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_2_Branch

JAL-4046 JAL-3993 imports reformatting

JAL-4046 JAL-3993 patch for 2.11.2.4 release

JAL-4046 release notes for JAL-3991

Merge branch 'task/JAL-3991_check_actual_JAVA_VERSION_against_build_properties_in_application_startup' into develop

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_2_Branch

JAL-4046 release notes for JAL-4014 - gecos colourschemes

Merge branch 'improvement/JAL-4014_gecos_colour_schemes' into develop

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_2_Branch

JAL-4056 documented in release notes for JAL-4043

Merge branch 'patch/JAL-4036_uniprot_fts_legacy_endpoint' into develop

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_2_Branch

JAL-4043 what’s new, updated help images and release notes for JAL-4034 (3d beacons button)

JAL-4034 show the loading spinner when switching between tabs

Merge branch 'features/JAL-4034_improve_3dbeacons_button_and_ux' into develop

JAL-4056 fixed tl;dr section of doc/building.md

JAL-4036 Fixed the virus_host_id query field

JAL-4036 Added text to help about different number and date range acceptable formats

JAL-4036 updated help about new UniProt API

JAL-4036 moved a comment block

JAL-4034 button looks better also on other OSes with the 0 vertical insets

JAL-4034 add round corners to 3DB confirmation button with icon on a mac

JAL-4036 Changes made from code review CR-JAL-265

JAL-4036 Add getDbName to the GFTSPanelI and add an index code message to the index dropdown tooltip as appropriate

JAL-4036 removing the query field code from the dropdown indexes

JAL-4036 Don't autosearch changing index when autosearch is de-selected

JAL-4036 add search fieldname to dropdown list

JAL-4036 removed often duplicated pluralisation in message

JAL-4036 New configuration, target and pagination process for 2022-07 new Uniprot API

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_2_Branch

JAL-4046 started release notes for 2.11.2.4 patch release

JAL-4045 - don't apply distribution dependent scale factor to the axis lines!

JAL-4034 Use the new non-modal JDialog for 3DBeacons uniprot lookup confirmation. Link dialog to GStructureChooser's frame so it can moveToFront. Minor improvement to Search 3DB button appearance

JAL-4034 Allow request for non-modal JDialog, which puts the Runnable action into the button click listener (similar to JalviewJS)

JAL-4034 change to jalview property name

JAL-4034 showConfirmDialog works for both desktop and jalviewjs

JAL-4034 Non-blocking 3D Beacons query after warning dialog

JAL-4034 allow a jalview_property to set the threshold level

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_2_Branch

JAL-4012 release date bump and JAL-4004 tweak to include current version in generated whatsNew.html

JAL-4034 fix #3 change uniprot ref fetch dialog to a ‘warning’ shown when many ids have to be retrieved

JAL-4034 Fix #2 show an icon and a button to press to initiate search

JAL-4034 fix 1 - reword button

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_2_Branch

JAL-4012 updated release date and whats new for 2.11.2.3

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_2_Branch

JAL-4012 tweak release notes wording for legacy.uniprot

Merge branch 'patch/JAL-4036_uniprot_fts_legacy_endpoint' into develop

JAL-4036 JAL-4012 note about Uniprot FTS workaround in search documentation, and update to release notes and what’s new

JAL-4036 use the legacy endpoint (and report the FTS query when debug/trace enabled)

Merge branch 'improvement/JAL-1988+JAL-3416_Java8_macOS_APQHandlers_and_FlatLaF_option' into develop

JAL-1988 Don't put Quit in the File menu if there's a handler for it

Merge branch 'improvement/JAL-1988+JAL-3416_Java8_macOS_APQHandlers_and_FlatLaF_option' into develop

JAL-1988 Check for setHandler capability to avoid About and Preferences menu options disappearing into a void

JAL-3027 Avoid FlatLAF Desktop class is JalviewJS

JAL-4012 release notes for JAL-1988,JAL-3416

JAL-1988 JAL-3416 avoid unnecessary static flag

JAL-3418 JAL-1988 don’t need java version check anymore

Merge branch 'improvement/JAL-1988+JAL-3416_Java8_macOS_APQHandlers_and_FlatLaF_option' into develop

JAL-1988 Hack to ensure Quit dialog box is moved to front

JAL-1988 Moved APQHandlers to jalview.jbgui and called from jalview.jbgui.GDesktop. Use result to not add About and Preferences to normal menus.

Merge branch 'develop' into improvement/JAL-1988+JAL-3416_Java8_macOS_APQHandlers_and_FlatLaF_option

JAL-4004 Fix missing whatsNew.html when not building with RELEASE channel set

Merge branch 'improvement/JAL-1988+JAL-3416_flatlaf_osx_apqhandler' into improvement/JAL-1988+JAL-3416_Java8_macOS_APQHandlers_and_FlatLaF_option

Merge branch 'improvement/JAL-1988+JAL-3416_Java8_macOS_APQHandlers_and_FlatLaF_option' into improvement/JAL-1988+JAL-3416_flatlaf_osx_apqhandler

JAL-3416 remove flat as default for linux

JAL-1988 JAL-3416 Using the flatlaf-extras About, Preferences and Quit handler system to set APQhandler for both J9+ and now Java 8

JAL-3416 Added some mac specific FlatLAF settings.  Note this is not the default macOS LaF, this is only when -Dlaf=flat is set on a mac when running Jalview

JAL-3416 updated FlatLAF libraries to 2.3.  Added the flatlaf-extras library

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_2_Branch

JAL-4012 - JAL-4020 release notes and a bit of ‘troubleshooting’ documentation

Merge branch 'bug/JAL-4020_add_pymolwin_paths' into develop

JAL-4004 add the autogenerated whatsNew.html and releases.html to .gitignore

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_2_Branch

JAL-4014 release notes for JAL-4026 patches

JAL-4026 increase timeouts for command line ops

JAL-4026 ignore StructureSelectionManager events if no viewer is available to act on them

JAL-4026 always wait 50ms before checking if the calculation worker is still running so it has time to start.

JAL-4026 update the viewport’s wrapped width after calculating it

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_2_Branch

JAL-4014 release notes for JAL-4023 and JAL-4024

Merge branch 'improvement/JAL-4023_snotation_for_trees' into develop

Merge branch 'patch/JAL-4024_jumpScrollHang' into develop

JAL-4012 what’s new and release notes (in the new styleee!) for JAL-4004, JAL-3989 and JAL-3553

JAL-4004 delete temporary file mistakenly checked in

Merge branch 'issues/JAL-3553+JAL-3978+JAL-3989+JAL-4004_merged_with_develop' into develop

JAL-4024 only render partially when new view overlaps with last rendered annotation panel view

JAL-4020 class formatting

JAL-4020 added the \Scripts\pymol.exe. to the pathList

JAL-4020 Added the +2 arg for PyMOLWin.exe allowing older versions of PyMOL

JAL-4020 updated tests

JAL-4020 class reformatting

JAL-4020 Added path search for global installation path and older version installation paths

JAL-4023 use %g for distances (scientific notation for very small or large values)

JAL-4020 Added search for PyMOLWinWithConsole.bat (and PyMOLWin.exe) in likely places starting with default install dir.  Added a new version (1.3) to ChimeraX

JAL-4023 store distances as doubles

Merge branch 'develop' into issues/JAL-3553+JAL-3978+JAL-3989+JAL-4014_merged_with_develop

Took Issues Resolved (1 issue) from releases.html 2.11.2.3 row and put
in help/markdown/releases/release-2_11_2_3.md
and regenerated releases.html with
gradle releasesTemplates

JAL-4014 4 gecos colour schemes added to help documentation