Dont calculate conservation for nucleotides

isNucleotide

Create instance of FormatAdapter

Add nucleotide names

Display nucleotides

Break if regex not found

If Mac user hasnt selected file format, give warning

Wrap alignment with annotations

Check if filefilter is null

Jalview

Sequences must be aligned before PCA

Next active Frame losing focus bug fixed

Use gtk icons

GTK icons

Add carriage return after memory settings

Checks end of sequence before drawing text

Format label left align

Optimise copy image

PCAPanel checks viewport selection group

PCAPanel checks viewport selection

PCAPanel just requires viewport

Help gets bounds from help map file

New methods in treePanel

Null pointer if user presses shift before anything else

Align labels format left

Optimise graphics copy object

Use selectionGroup to find chosen sequences

Make sure fontmetrics is not null

Make sure fontmetrics exists for headless state

Dont add ServiceListeners if desktop is null

Alignment of node labels modified

ShowDistances, placeHolders and bootstraps have their own methods

Check image is not null in fast paint

Set distanceMenu selected true

Memory settings added to help

Correct date

Fixed so job submission and job failure errors are reported to user and server exceptions also generate error and log messages.

Copy uses fasta format

2.05b

Add Uracil as X unknown

OptionPane warning for out of memory

remove system.out

Remove key listener

Dont add time to build date

Add main-class to jar files

Use equalsIgnoreCase

Applet has main method, excutable

Logger moved to prefs so that class not found error can be handled in main

Preferences updated

Move bootStrap/distance settings outside thread

Add end of consensus test for wrapped edit

fullSeqId should follow preference value

Make new frame selected

Remove system out tests

Copy and paste uses FASTA format

Call methods in treeCanvas on init

offy changes

OutOfMemory try catch

Use font size, not font height

Resize for mac

Use getTreeFont instead of getFont

add fontname, size and style for trees

Font change instead of font size

Add Export tab

Make button protected

use fontchooser to change fonts

Center labels

Save fonts for trees

Change fonts in Treepanel

Add header

System.gc after outofmemory

PCA is in outofmemory try-catch

TreeFont added, binding rebuilt

Dont respond to mouse movements if alignment wrapped

Give focus to textarea on startup

EPSOptions added

Warn if out of memory

Remove gaps in regions, not char by char

Always return true for directories

null pointers removed

Null pointers removed

Dont fastpaint if movement is zero

Update overview after change

Update overview in alignmentChanged

Size checking in drawGraph

Overview subsamples alignment

Move tree property change to treePanel

Only 1 NJtree

TreePanel takes viewport

REmove unnecessary imports

Init PCA in thread

If no consensus, disable certain colour options

update consensus and conservation are in try catch for out of memory error

Optimise switch to fastPaint

Correct mouse pressed bug

Optimised for wide alignments

Load in a thread

Make menuitems protected

If vconsensus is null, return

Add lowercase nucleotides to nucleotideHash