todo for 2.5

null pointer exception bug fix

commented debug lines indicating calculation progress

start/stop for per-group consensus calculation

store symbol profile and extract it for display

pir format ambiguity and todo regarding 'format override' parameter

basic implementation of profile display and todos

todo

routines for creating groups over an alignment

asparagine is polar but not charged

fix feature creation for selected region beyond end of sequence bug: https://mantis.lifesci.dundee.ac.uk/view.php?id=53503

explicitly grab all permissions for application execution (need feedback on the effect of this on javaws security exceptions)

update annotation when group state is changed

show group annotation menu entries

colour by label prototype flag

catch null pointer exception in headless context

get consensus sequence and set ignore gaps flag for group consensus row

annotation update method synchronises group annotation

headless warning messages, prototype group annotation and annotation update method

refactored conservation thread, added showgroupannotation flags

conservation thread refactored from AlignViewport

feature colour by label flag/style

headless test

todo

implement new insert annotation row method and ensure group annotation rows are removed when groups are removed

insert annotation at specific position

optional sequencegroup ref for annotation row

sequence groups carry their own conservation and consensus annotation rows

complete alignment annotation row procedure

ensure annotation row height is honoured for new VAMSAS annotation

all alignment sequences associated with a dataset sequence must have start-end updated (and any mappings adjusted - see TODO)

can use whitespace, comma or semicolon to separate IDs

fix to cope with EMBL records containing a CDS fragment (proper start/end codon positioning and trimming)

take the average of the three consecutive codon sites when translating annotation row scores from cDNA to protein.

implementation error warning todo

debug and cyclefix for dbrefs with embedded sequences

javadoc and datastoreitem registry support for binding/rebinding methods

more efficient synchronized methods

bugfix mapped reference transfer and made picr ID retrieval optional

selection handler and sender bugfix

todo

selections sent when mouse is released (drags on ID panel)

progress bars (still need to be threaded properly) and URI drag'n'dropping

smoother scroll-to-position action

drag'n'drop a URL on to an alignment

parent db references and mappings added to retrieved sequences, debugging of codon_start>1 for coding region and stop codon inclusion/exclusion detection

intersect did not intersect (used in selection listener)

regex validator for uniprot

usepicr config property

debug

debug comments

new coverage comparison - no test case in main method yet

updated Iclientfactory interface, XMl viewer tests - not properly released source yet...

synching of all db references and sequence features

prevent dbref->map->to->datasetsequence->dbref-> type cycles

reinstate links on features

datastore registration and class cast exception fix

prevent and keep track of which objects handling element/jv obj synchronizations.

numerous bugfixs (tree panel synchs) and DatastoreRegistry clas.

methods for importing anonymous vamsas documents into explicitly named sessions (e.g. temp file from URL). Suppress implementation Error messages if session update fails on first update.

nullpointer bugfix (possibly not needed - was an error in closing of alignment panels)

recover pdb from jalview-xml in vamsas doc

send selection on drag over sequence ids

retrieve and init vamsas session from vdoc at URL

reinstated blind querying of datasources. Transfer references to alignment from Map.To sequences on retrieved entries (e.g. protein product from EMBLCDS record)

more ID validation

javadoc

com.boxysystems.jgogleanalytics is now an optional dependency

fix null pointer when new view is created then closed after a vamsas sync of stored views

fix null pointer when new view created on alignment with existing sequence mappings (cDNA list is null)

use structured UA naming for googleanalytics client

upgrade to simple vamsas client version 0.2 (not runtime compatible)

trial of jGA with proper useragent info

*experimental use of picr* apply gpl development license

clargs documentation, new vamsas session import and join args. apply gpl development license

refactored public methods for non-interactive import and initiation of vamsas sessions. apply gpl development license

refactored for non-interactive import and initiation of sessions. apply gpl development license

sequence scores only shown if they vary. shift stops tooltip moving with mouse pointer. bugfix selection sharing. apply gpl development license

debug messages and graceful recovery when structure state is corrupted. apply gpl development license

better thread safety for tooltip. apply gpl development license

ensure listeners are deregistered when panel is closed. apply gpl development license

ensure listeners are deregistered when panel is closed. Fix a scrolling bug and apply gpl development license

ga tracker option and apply gpl development license

apply gpl development license

minor optimization. apply gpl development license

patch for wierd format header lines and apply gpl development license

ga in 2.4.0b2 release

nousagestats cli

apply gpl development license and new donotobfuscate flag

full reference added.

spelling

script goes at beginning of body to allow linkthrus to be embedded.

update minor version of release branch

graduated feature colour documentation

GA appender script

google tracking for index document

more graduated feature support

properly export graduated colour features

prototype function for relabelling treenodes with different accession/labels

better tooltip placement in alignment window