Merge branch 'improvement/JAL-3783_upgrade_to_groovy-4' into develop

Merge branch 'jims/bug/JAL-4298_java_console_causing_hang_at_startup' into develop

Merge branch 'develop' into improvement/JAL-3783_upgrade_to_groovy-4

Merge branch 'jims/bug/JAL-4298_java_console_causing_hang_at_startup' into develop

JAL-4090 update docs for changed gradle -P options for testng

JAL-1332 JAL-4298 JAL-3772 rejig the quit handler so we have a JVM-exit safe way of closing Jalview and all its merry console threads for test suite and when used as plugin

Merge branch 'patch/JAL-4110_stdout_for_tests' into jims/bug/JAL-4298_java_console_causing_hang_at_startup

JAL-4110 allow configuration of stdout/err test output via -Ptest_output=1 and update building.md

Merge branch 'develop' into patch/JAL-4110_stdout_for_tests

JAL-4298 Update help docs to reflect Groovy changes

Merge branch 'improvement/JAL-3783_upgrade_to_groovy-4' into jims/bug/JAL-4298_java_console_causing_hang_at_startup

JAL-4298 Remove a stray return in the processGroovyScript method. Mildy improve a groovy example. Ensure consistent setting of groovy variables with JalviewObjectI fields. Update the currentAlFrame when run from Calculate menu.

JAL-4298 reuse existing log level preference method

JAL-4298 another implicated line

Merge branch 'patch/JAL-4298_synchronize_consoledoc' into bug/JAL-4298_java_console_causing_hang_at_startup

JAL-629 Fix --nodebug turning off debug mode from properties

JAL-4298 comment markers

Merge branch 'improvement/JAL-3783_upgrade_to_groovy-4' into bug/JAL-4298_java_console_causing_hang_at_startup

JAL-4298 avoid deadlock waiting to update doc when doc is being used by gui thread waiting for thread to update the doc

JAL-4305 Isolate and unify the Jalview object from all the gubbins in jalview.bin.Jalview or jalview.gui.Desktop with a JalviewObject interface. Adjust/fix some example groovy scripts.

Merge branch 'improvement/JAL-3783_upgrade_to_groovy-4' into bug/JAL-4298_java_console_causing_hang_at_startup

JAL-629 Run non-alignframe linked groovy scripts.  Use multiple specified groovy scripts.  Don't add a warning for image and output if not asked for

JAL-4262 Fix the nonblockingdialog so that Jalview desktop isn't left set to alwaysOnTop

Merge branch 'doc/JAL-4090_Release_2_11_3_0' into develop

JAL-4090 JAL-4303 as known defect

Merge branch 'bug/JAL-4302_treeheightrendererbroke' into develop

Merge branch 'doc/JAL-4090_Release_2_11_3_0' into develop

JAL-4090 JAL-4302 marked as known defect

JAL-4134 TODO printNode update for columnTrees

JAL-4134 JAL-4302 remove unnecessary casts

JAL-4090 JAL-4089 document use of selected columns for superposition, and add links to Pymol for individual viewer capabilities

Merge branch 'bug/JAL-4089_selectedcolshiddenregions' into develop

JAL-4089 selected columns are reported in absolute column numbers, not visible columns

Merge branch 'bug/JAL-4295_hangjmolandmouseovers' into develop

JAL-3783 Updated groovy jars.  Requires javaparser-core library to run too

JAL-4295 concatenate all mouseover highlights into one call to jmolScript - so we don’t need to invoke scriptWait and risk blocking UI

JAL-3783 Updated build process to allow multiple groovy-* jars to work within the shadowJar.  Updated groovy jars to 2.5.23.

JAL-3772 Fix the logic of prompt to save URL loaded alignments preference

JAL-629 null check and neatening code

JAL-629 correct a timeout.  Correct passing html flag.

JAL-629 Add a timeout to modal dialogs for command line warning

JAL-629 Change getdown not to add -open argument

JAL-629 Remove argfiles from the hashset of used argfiles once it has been used.  More like (though not) a stack of argfiles

JAL-3772 Preference to NOT prompt to save remotely loaded alignments

JAL-4298 Added diagnostics and minor dimension changes to Java Console.  Added a --javaconsole Arg.

JAL-4298 Fixed initial log level to see .jalview_properties setting. Moved Java Console startup to before Desktop startup.

Merge branch 'doc/JAL-4090_Release_2_11_3_0' into develop

JAL-4090 JAL-3858 paedocs

JAL-4001 Only use acquireDialogQueue and releaseDialogQueue when SplashScreen is transient. Fixes macOS About dialog

JAL-4217 move CommandsTest to testTask3 involving structure image export and random NPE in commandsOpen test on osx

Merge branch 'patch/JAL-4062_sort_and_merge_contiguousregions' into develop

JAL-4090 fix up release notes and what’s new (inc removing 2.11.2 cruft from template)

Merge branch 'develop' into doc/JAL-4090_Release_2_11_3_0

JAL-4061 JAL-4062 update find box image and docs in help

Merge branch 'develop' into doc/JAL-4090_Release_2_11_3_0

Merge branch 'bug/JAL-244_interactingpngexportnotwysiwig' into develop

JAL-4090 tweak pae doc

JAL-4090 more JAL-3858 docs

Merge branch 'develop' into doc/JAL-4090_Release_2_11_3_0

JAL-4090 JAL-3855 updated figure and doc.. a little

JAL-244 ensure background is completely filled with white

JAL-4090 JAL-4291 disable failing test and note as new knowndefect

JAL-244 attempt to fix broken test - still needs to be fixed!

JAL-244 export image with full width IDs regardless of UI

JAL-244 JAL-4091 allow calculation of label id width off screen including sequence ids for sequence associated annotation

JAL-244 JAL-4091 FIXME for JAL-3362 patch testCalculateIdWidth_withMaxWidth test for new annotation label marks

JAL-4160 update args used in test suite for new CLI framework

Merge branch 'bug/JAL-244_interactingpngexportnotwysiwig' into develop

JAL-629 JAL-4265 JAL-4286 report the filename for the exported structure image like we do for exported alignment images

JAL-4090 JAL-629 FER1+SPIOL -> FER1_SPIOL in command line example

JAL-244 JAL-4090 use current IdWidth when exporting unwrapped alignment image.

JAL-4090 figures in paematrix doc

JAL-4288 fix up gradle generated getdown launch jvl for bamboo channel builds

JAL-4090 fix url to new cli docs

JAL-4153 move JvCacheableInputBoxTest to testTask2

JAL-3858 fix check annotation row and column positioning in case we have been called during an annotation height change operation

JAL-4090 JAL-3855 figure showing PAEs for epas1 homolog structures

JAL-1556 JAL-4090 colour by annotation options on annotation label popup menu

JAL-3858 don’t divide if we only had one value to count

JAL-3858 check annotation row and column positioning in case we have been called during an annotation height change operation

JAL-3858 improved contactInterval computation and added detailed test coverage for ContactGeometry
- contactInterval.cStart/cEnd and pStart/pEnd are now base-0 inclusive ranges, always less than contactHeight and graphHeight
- change in mapFor behaviour so cStart/cEnd and pStart/pEnd are always just one mapped range, not as many as requested to cover mapFor(pFrom,pTo)

JAL-3858 JAL-4090 pae matrix docs. WIP

JAL-3858 JAL-4090 avoid NPE when given out of bound column ranges when requesting ContactList

JAL-3858 JAL-4090 PAE documentation..

JAL-3858 minimum value for a range is used to shade ranges in PAE map

JAL-3858 javadoc and slightly revised green linear shading - still not a perfect match to EBI AlphaFold

JAL-3858 report PAE range with sensible precision

JAL-4090 fix link...

JAL-4090 smaller associate PDB file panel image in docs

JAL-4090 what’s new and additional help docs for JAL-3858 JAL-3855

JAL-4090 JAL-4262 JAL-4265  release notes

JAL-1551 javadoc for mapUtils

JAL-3855 disable the AlphaFold DB entry in Sequence Fetcher - see JAL-4287 for an alternative (and perhaps preferred way) of fetching proteins with alphafold structures.

JAL-3858 JAL-3855 documentation for import and display PAE from alphafold and JSON format flat files for Import 3D structure from file

Merge branch 'merge/JAL-4262+JAL-4265+JAL-4269+JAL-4274+JAL-4277+JAL-4285' into develop

JAL-4265 Use ColourUtils.parseColourString() for consistency with the rest of Jalview (and it's better). Change documentation to match new hexstring format

Merge branch 'develop' into merge/JAL-4262+JAL-4265+JAL-4269+JAL-4274+JAL-4277+JAL-4285

JAL-4265 Use ColorUtils.parseColourString() and adjust documentation to use un-hashed hex-string for consistency with other Jalview uses of parseColourString(). When adding 2 structures and 2 structureimages I am now getting a NPE for String[] files = getStructureFiles(); in AAStructureBindingModel, and when using bgcolour for the first structureimage, losing the residues in the second structure image.  Will need to investigate when I'm back

JAL-4285 don’t say you are reporting warnings/errors when there are none..

JAL-4265 JAL-4286 reinstated explicit restoreSession method because Jmol’s LOAD files command does not behave the same way as restore STATE. Also added defensive check for unexpected exceptions if the state restore trashes the Jmol/Jalview binding