JAL-2349 JAL-3855 formatting

JAL-4033 TODO re highlighting current column selection

JAL-2349 debugged and simplified (a little) the scaled rendering of contact maps - still got a rounding error somewhere !

JAL-3855 update EBI Alphafold barcoded URL generation to v2.cif/json URLs

JAL-2349 JAL-3855 resolve sequence position for contact lookup and catch out bound contact requests

JAL-2349 JAL-4027 JAL-3855 quick hack to add contact matrices accompanying alignment objects via sequence fetcher or imported from other sources

JAL-4027 getter for contact matrices on the Alignment.

JAL-1551 formatting

Merge branch 'features/r2_11_2_alphafold/JAL-2349_JAL-3855' into develop

JAL-4012 - JAL-4020 release notes and a bit of ‘troubleshooting’ documentation

Merge branch 'bug/JAL-4020_add_pymolwin_paths' into develop

JAL-4004 add the autogenerated whatsNew.html and releases.html to .gitignore

JAL-4014 release notes for JAL-4026 patches

JAL-4026 increase timeouts for command line ops

JAL-4026 ignore StructureSelectionManager events if no viewer is available to act on them

JAL-4026 always wait 50ms before checking if the calculation worker is still running so it has time to start.

JAL-4026 update the viewport’s wrapped width after calculating it

JAL-4014 release notes for JAL-4023 and JAL-4024

Merge branch 'improvement/JAL-4023_snotation_for_trees' into develop

Merge branch 'patch/JAL-4024_jumpScrollHang' into develop

JAL-4012 what’s new and release notes (in the new styleee!) for JAL-4004, JAL-3989 and JAL-3553

JAL-4004 delete temporary file mistakenly checked in

Merge branch 'issues/JAL-3553+JAL-3978+JAL-3989+JAL-4004_merged_with_develop' into develop

JAL-4024 only render partially when new view overlaps with last rendered annotation panel view

JAL-4020 class formatting

JAL-4020 added the \Scripts\pymol.exe. to the pathList

JAL-4020 Added the +2 arg for PyMOLWin.exe allowing older versions of PyMOL

JAL-4020 updated tests

JAL-4020 class reformatting

JAL-4020 Added path search for global installation path and older version installation paths

JAL-4023 use %g for distances (scientific notation for very small or large values)

JAL-4020 Added search for PyMOLWinWithConsole.bat (and PyMOLWin.exe) in likely places starting with default install dir.  Added a new version (1.3) to ChimeraX

JAL-4023 store distances as doubles

Merge branch 'develop' into issues/JAL-3553+JAL-3978+JAL-3989+JAL-4014_merged_with_develop

Took Issues Resolved (1 issue) from releases.html 2.11.2.3 row and put
in help/markdown/releases/release-2_11_2_3.md
and regenerated releases.html with
gradle releasesTemplates

Merge branch 'patch/JAL-4008_jabaws_2_2_1_patch' into doc/release_2_11_2_3

JAL-4012 JAL-4008 release notes for Jalview 2.11.2.3

JAL-4008 update jabaws client to 2.2.1 - definitely no log4j references !

Merge branch 'releases/Release_2_11_2_Branch'

JAL-4004 cosmetic improvements for Java documentation renderer

JAL-4004 gradle task releasesTemplates now part of main build dependency tree. Improvements to releases.html.

JAL-4004 working templates and generated whatsNew.html and releases.html file for both browser and Doc viewer

JAL-4004 remove stray empty h3 headers

JAL-4004 gradle releasesTemplates builds releases.html

JAL-4004 Temporary mechanism to add JalviewJS link for selected versions to hugo website

JAL-3989 Code tidying, added JVL_HEADER for older versions of Jalview, allow time in release date header

JAL-4004 Now generating hugo files from help/markdown/...

JAL-4004 existing releases-VERSION.md files and releases.html template

JAL-4004 locations for markdown to go into whatsnew.html, releases.html and Version-VERSION/_index.md

JAL-3989 improved parsing and formatting now using flex CSS layout for columns

JAL-1544 minor errors in releases.html and one missing version (2.8.2b1)

JAL-3989 small improvements to output markdown

JAL-3989 add in issue shortcodes to the archive version page changes list

JAL-1544 version number typo, probably copy and paste

JAL-3989 Populate template files for hugo build: archive version files including changes from releases.html, and installers data file

JAL-3989 moved getdown build dirs to build/website/docroot/getdown/CHANNEL, build/website/docroot/old/VERSION and build/getdown/files, and files for hugo into build/website/hugo/...  This is better in multiple ways including collating files needed for the hugo website and website docroot.

JAL-3989 Independent creation of JSON installer sections

JAL-3978 clean up unnecessary local variables for JALVIEW_VERSION_UNDERSCORES

JAL-3989 Changed to using com.google.common.hash for SHA256 sum, for gradle 7 compatibility

Merge branch 'develop' into merge/JAL-3978+JAL-3553+develop+JAL-3989

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_2_Branch

JAL-3992 bump version and report updates in 2.11.2.2 release notes

Merge branch 'bug/JAL-3997_NPE_in_wrapped_mode' into develop

Merge branch 'bug/JAL-3365_extendedDSSP_via_stockholm' into develop

JAL-3997 check for tooltip being null before checking equivalence to last tooltip string

Merge branch 'task/JAL-3992_update_docs' into bug/JAL-3365_extendedDSSP_via_stockholm

JAL-3992 fix path

JAL-3365 expand range of allowed DSSP secondary structure symbols in Stockholm files

JAL-3992 shift+arrow to jump to next gap/residue in cursor/keyboard editing mode

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_2_Branch

JAL-3990 release notes and what’s new

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_2_Branch

JAL-3981 patch tests and remove errant imports

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_2_Branch

JAL-3990 gradle spotlessApply

JAL-3990 release notes for 2.11.2.1 patch release

Merge branch 'bug/JAL-3980_JAL-3981_tooltips_sequence_details' into develop

JAL-3989 slight refactor of build.gradle, add more metadata to JSON file. Added some commented out path changes to gradle.properties for future gathering of built files into more sensible places

JAL-3989 fix a build date once in build.gradle, not each time getDate() is called.

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_2_Branch

JAL-3983 release note for JAL-3985

Merge branch 'bug/JAL-3085_avoid_414_error_for_PDBFTS' into develop

Merge branch 'task/JAL-3553_improved_install4j_output_txt' into merge/JAL-3978+JAL-3553+develop

Merge branch 'develop' into improvement/JAL-3978_add_gradle_task_to_make_getdown_archive_dir

JAL-3085 update tests and mock responses, new P0dtd1 testcase

JAL-3985 formatting

JAL-3985 split PDB id queries into multiple queries so server doesn’t 414

Merge branch 'patch/JAL-3976_3dbeaconsnull' into develop

JAL-3976 fix mock PDBFTS query & responses

JAL-3983 known issue note for JAL-3984

JAL-3983 release notes for JAL-3975 and known issue note for JAL-3984

Merge branch 'bug/JAL-360+JAL-3975_keyboard_input_lost_after_dialog' into develop

JAL-360 JAL-3975 update parent for text colour dialog - doesn't seem to help but we live in hope..

JAL-360 JAL-3975 make AlignFrame the parent of FeatureEditor dialog, and have parent Component request focus after JvOptionPane action.

JAL-3983 update release notes for JAL-3973

JAL-3973 exclude the original RELEASE file so gradle doesn't complain of duplicate entries in the tarball

Merge branch 'bug/JAL-3973_source_tarball_not_building' into develop

JAL-3983 release 2.11.2.1 date and release notes

JAL-3980 JAL-3979 TODOs

JAL-3980 defensive copy - inefficient but fixes bug

JAL-3981 Additional line breaks - sort of helps