JAL-4420 Tests for new FileUtils methods

JAL-4420 Allow preprocessing of arguments if they are all simply filenames (or URLs).  Preprocessing involves adding --open arguments, and spotting and regrouping associated files such as annotations, features and tree files.  These get --annotations argument etc.  Add FileUtils tools to get basepath and extension of filename or URL whilst only in String form.

JAL-4409 Checking getdown jars up to date

JAL-3409 Add newline back into Buffered Reader in getdown launcher.log

JAL-4409 corrected the umount of dmg to hdiutil detach to allow subsequent opening with other improvements

JAL-4409 Added remote JVL files for Linux/Windows

JAL-4409 Added multiple file open to getdown. Added URL source of JVL file ability to getdown. Convert jalviewX:// type schemed URIs consistently.

JAL-4409 Easier full install from source for macOS

JAL-4409 more places to check for jalviewd://

JAL-4397 IdWidth tests slightly less restrictive for platform/scaling variations

JAL-4409 extra schemes now opening correctly in macos

JAL-4409 minor change for mac testing

JAL-4409 Updated getdown classes

JAL-4409 Refactoring to allow easier reuse of classes with getdown

JAL-1054 JAL-4414 Tests for the HttpUtils redirect wrapper methods.  Tests for the different exceptions from IdentityFile.identify().

JAL-1054 Also recognise UnknownHostException as a file not found at URL

Merge branch 'develop' into improvement/JAL-4409_implement_extra_schemes_in_getdown

JAL-4217 Upped the main testTask0 timeout to 15 minutes for build server's benefit

JAL-1054 Tests for the HttpUtils redirection wrappers

Merge branch 'bug/JAL-4397_failing_idWidth_tests' into improvement/JAL-4409_implement_extra_schemes_in_getdown

Merge branch 'develop' into bug/JAL-4397_failing_idWidth_tests

JAL-4414 Add a FileNotFoundException when identifying URL file formats and catch to change error message appropriately

JAL-4356 fix release note

JAL-4356 set release date to Weds 15th May and update release notes

JAL-4356 JAL-518 JAL-4413 release notes

Merge branch 'features/JAL-518_justify_seqs_in_region' into develop

JAL-1054 Fix wrappers for following http->https redirects

JAL-518 better test coverage and support for case preservation

JAL-518 failing test for case preservation on justify

Merge branch 'develop' into improvement/JAL-4409_implement_extra_schemes_in_getdown

Merge branch 'develop' into features/JAL-518_justify_seqs_in_region

JAL-4413 timeouts Merge branch 'improvement/JAL-4217_added_a_timeout_to_tests' into develop

JAL-4409 Fix some file extensions (including remove .txt)

JAL-1054 Add wrappers for URL.openConnection(), URL.openStream() to allow following redirect from http to https

Merge branch 'develop' into features/JAL-518_justify_seqs_in_region

 Conflicts:
src/jalview/api/AlignViewControllerI.java
src/jalview/api/AlignViewportI.java
src/jalview/controller/AlignViewController.java

JAL-4409 Add jalviewhttp and jalviewhttps schemes to register in install4j.  Recognise all extra schemes in getdown.

JAL-4217 Sensible timeout for testTask0

JAL-4217 Added a timeout for testTasks. If timeout is exceeded then test execution should be interrupted.

JAL-4397 Removed debugging statement

JAL-4397 Adjustments for macOS HiDPI

JAL-4397 Test all fixed on linux.  Given leeway to some tests, platform dependent expected values on some tests, HiDPI dependent expected values on some tests.  Still to test on macOS.

JAL-4397 Allow some leeway in automatically calculated id width tests

JAL-4397 fixed testresetIdWidth() test on macos

JAL-4356 release notes

JAL-4356 update release notes for 2.11.3.3

Merge branch 'bug/JAL-4290_headless_alignment_export_with_structure_annotations_doesnt_include_secondary_structure_and_temperature_factor' into develop

Merge branch 'develop' into bug/JAL-4290_headless_alignment_export_with_structure_annotations_doesnt_include_secondary_structure_and_temperature_factor

JAL-4367 Limit right and top adjustments

JAL-4290 Fix image comparison between gui and headless output.  Images are now the same

JAL-4290 fixed tests

Merge branch 'bug/JAL-4353_cannot_output_multiple_different_structure_images_for_one_alignment' into bug/JAL-4290_headless_alignment_export_with_structure_annotations_doesnt_include_secondary_structure_and_temperature_factor

Merge branch 'develop' into bug/JAL-4353_cannot_output_multiple_different_structure_images_for_one_alignment

Merge branch 'bug/JAL-4353_cannot_output_multiple_different_structure_images_for_one_alignment_with_renderpatch' into bug/JAL-4353_cannot_output_multiple_different_structure_images_for_one_alignment

JAL-4353 wait for files to be written fully before comparing size with older file

JAL-4353 singleThread all tests

JAL-4369 invokeAndWait to avoid hang whilst calling getFiles if a Jmol redraw is in progress

JAL-4369 uniprotkb - try to avoid another redirect response

JAL-4369 use rest.uniprot.org as fetch domain
t pu# Please enter the commit message for your changes. Lines starting

Merge branch 'bug/JAL-4373_jvmmemmax_and_jvmmempc_ignored_on_command_line_for_executable_jar_launch' into develop

Merge branch 'bug/JAL-4368_default_colourscheme_applied_to_JVP_inappropriately' into develop

JAL-4373 Setting the jvmmempc and jvmmemmax strings from the Arg.getName() for consistency. Updated some comments.

JAL-4373 Fix Main-Class and other attribute settings in the shadowJar manifest. It requires a 'dummy' Jar task with the correct settings.

JAL-4368 Only set a colour scheme if --colour is given or it's not a JVP file

JAL-4290 Fixed one test

JAL-4290 not quite working tests

JAL-4290 incorrect usage of main()

Merge branch 'bug/JAL-4290_headless_alignment_export_with_structure_annotations_doesnt_include_secondary_structure_and_temperature_factor' of https://source.jalview.org/git/jalview into bug/JAL-4290_headless_alignment_export_with_structure_annotations_doesnt_include_secondary_structure_and_temperature_factor

JAL-4290 Add method to allow for specific settings. Revert setting show annotations.

JAL-4290 Set structureSelectionManager settings more generically and when no desktop exists

Merge branch 'bug/JAL-4290_headless_alignment_figure_with_sse' into bug/JAL-4290_headless_alignment_export_with_structure_annotations_doesnt_include_secondary_structure_and_temperature_factor

JAL-4290 new CommandsTest.headlessOrGuiImageOutputTest - uses CommandLineOperations.Worker to run jalview as a separate process to verify headless alignment image export should be same size as when launched with —gui

JAL-4290 Move some annotation visibility settings to after opening a structure. Set synchronously if in headless mode.

JAL-4356 update release notes

Merge branch 'bug/JAL-4353_cannot_output_multiple_different_structure_images_for_one_alignment' into develop

Merge branch 'bug/JAL-4353_cannot_output_multiple_different_structure_images_for_one_alignment_with_renderpatch' into bug/JAL-4353_cannot_output_multiple_different_structure_images_for_one_alignment

JAL-4353 wait for files to be written fully before comparing size with older file

JAL-4217 singleThread all tests

Merge branch 'bug/JAL-2934proportionalScrolling' into develop

Merge branch 'develop' into bug/JAL-2934proportionalScrolling

JAL-4353 bigger tighter test

JAL-4217 don’t try and export an image when Jmol is also trying to repaint

Merge branch 'bug/JAL-4353_cannot_output_multiple_different_structure_images_for_one_alignment' of https://source.jalview.org/git/jalview into bug/JAL-4353_cannot_output_multiple_different_structure_images_for_one_alignment

Merge branch 'develop' into bug/JAL-4353_cannot_output_multiple_different_structure_images_for_one_alignment

JAL-4217 close internal frame on the swing thread to avoid deadlock

JAL-4353 helper method and test for primary/secondary and auxiliary arguments with --structure pdb0 --structureimage png0a --bgcolour col0a --structureimagepng0b --bgcolour col0b --structure pdb1 --...

Merge branch 'bug/JAL-4353_cannot_output_multiple_different_structure_images_for_one_alignment' into develop

JAL-4353 failing test

JAL-4353 fix assert that successive test output files get bigger in structureImageOutputTest and argFilesGlobAndSubstitutionsTest

JAL-4192 more specific info about versions needed

JAL-4353 re-used random color code

JAL-4353 Preserve the user given 'linkedId' with ArgValue, to help with deciding if user deliberately set a wildcard linkedId (or --all), to inform value of sub-args.

JAL-4356 bump RELEASE

JAL-4356 new release notes and whats new for 2.11.3.3 and JAL-840 release notes

Merge branch 'patch/JAL-840_clustalx_docs_fix' into develop

Merge branch 'bug/JAL-2934proportionalScrolling' into develop

JAL-4353 Add a 'random' colour to produce a random colour.

JAL-4353 Add secondary Types for Args, for STRUCTUREIMAGE Type and restrict structureimages between structures on the same open alignment

JAL-4243 Updated bio.tools record and JSON (version number)

JAL-4351 update release notes for JAL-4342

Merge branch 'patch/JAL-4342_emptyannotationsexport' into develop