JAL-1965 formatting

JAL-1965 hang onto original string so best match (including case) can be picked

JAL-1965 word based matching and explicit coping with match collisions - tests are failing

JAL-1965 case insensitive & word matching SequenceIdMatcher .. nearly passes tests

Signed-off-by: Jim Procter <jprocter@issues.jalview.org>

JAL-1965 tests for word and case insensitive matching

JAL-753_JAL-1427 basic test cases for SequenceIdMatcher

JAL-1479 JAL-1957 Added code to enable simultaneous highlight of multiple atoms positions in all chains

merge of SIFTs Branch

merge

JAL-1957 JAL-1479 Further optimisation of SIFTs Client and addition of support for multi-chain mapping of uniprot <-> pdb residues

JAL 1960 added code to restrict structure chooser to discover only PDB and Uniprot entries when the references are avaiable

JAL-1946 unit tests (and comments) for PID() function

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-1479 SiftClient house keeping

JAL-1942 JAL-1479 refactored SequenceI.getDBRef/SequenceI.setDBRef to SequenceI.getDBRefs/SequenceI.setDBRefs

JAL-1955 Uniprot sequence fetcher refactor

Merge branch 'JAL-1954_pfamformatbroke' into develop

JAL-1954 rejigged PFAMFile to split on ‘\t’ if no space present and optimised for long line searches. Will not cope with mixed space/tab separators.

JAL-1954 formatting

JAL-1926 JAL-1479 updated PDBfile fetcher to add sourceDBRef on importing sequences

JAL-1954 test PFAM import results in AlignmentI.hasValidSequences()==true with/out limits.

JAL-1479 added support for SIFTs mapping output viewing and implemented exception handling

JAL-1952 bugfix

JAL-1887 JAL-1479 bugfix for incorrect start/end for aligned sequence mapping, and a bit of StructureSelectionManager refactoring for SIFTs

JAL-1946 additional unit test cases for PID calculation

JAL-1943 don't try to unmarshal non-xml files in V1 project

JAL-1479 added basic support for SIFTs mapping - more work to follow

JAL-1479 implemented preferences for SIFTs / Needleman & Wunsch selection in structures preference tab

JAL-1942 JAL-1479 DBRefFetcher refactor

JAL-1932 TrimRegionCommand bug fix, tests and purge of unused code

JAL-1925 version change

JAL-1925 update what's new and release notes

JAL-1791 remove blanket sign of examples/*.jar

JAL-1791 id rather than name attrib

JAL-1791 sign the applet with/out timestamps

JAL-1791 add explicit proxy for benefit of jalview's build server when timestamping signed jars

JAL-1791 fix ant target dependencies

JAL-1791 make timestamping optional using -Dtimestamp

JAL-1791 add jalview.tsaurl for specifying timestamp server when signing jars

JAL-1479 refactored SequenceI interface - changed getDBRef() to getDBRefs() since it returns an array of DBRefEntry

JAL-1791 add jalview.tsaurl for specifying timestamp server when signing jars

Merge branch 'bug/JAL-1923_290b2_group_annots' into develop

JAL-1923 formatting

JAL-1923 add groups to codon-complement and notify annotation update for all linked views

JAL-1923 fix: don’t add group twice

JAL-1926 created interface for DBRefEntry

JAL-1926 added supporting model changes to enable saving sourceDBRef data for sequences

JAL-1479 added SIFTS XSD and generated JAXB bindings from it

JAL-1684 updated fragment alignment for example and added aligned protein and cDNA

Merge branch 'develop' of source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-1894 add licensing

JAL-1912 JAL-1896 release notes updated

JAL-1894 update what's new

Merge branch 'develop' of source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-1912 JAL-1896 release notes updated

JAL-1544 typo fix

JAL-1894 formatting

JAL-1894 organise imports

merge

JAL-1894 source formatting

JAL-1894 organise imports

JAL-1894 update release date

JAL-1912 added documentation

JAL-1912 formatting

JAL-1912 javadoc for adjustForAlignment stating current behaviour

JAL-1912 efficiency: look up sequenceMapping once per position and only when sequenceMapping!=null

Merge branch 'features/JAL-1912_biojson-per-sequence-annotation' of source.jalview.org/git/jalview into features/JAL-1912_biojson-per-sequence-annotation

JAL-1912 house keeping

JAL-1912 added null check for SequenceMapping variable at the point of reference

JAL-1812 set/return currentAlFrame for Groovy in headless mode

Merge branch 'develop' into features/JAL-1912_biojson-per-sequence-annotation

JAL-1894 note about menu option bugfix JAL-1865 JAL-1864 JAL-1152

JAL-1894 update release notes for JAL-1815 JAL-1860

JAL-1684 JAL-1452 new applet parameters defaultColourNuc
defaultColourProt, used in split frame applet example

merge

JAL-1908 bugfix

Merge branch 'develop' of source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-1684 trimmed proteins to just those sequences that are mapped to cDNA fragment

merge

JAL-1726 updated test error msg

JAL-1912 updated AnnotationDisplaySettingPojo

JAL-1815 restore split frame geometry including horizontal scroll
correctly

JAL-1900 JAL-1625 disable iconify button for internal frames on Macs

JAL-1894 release notes update and 6th October release date for 2.9.0b1

JAL-1912 Double.NaN breaks JSON serialization - added check to prevent this

JAL-1912 refactor annotation refsequence assignemnt mechanism

house keeping

JAL-1860 house keeping

JAL-1852 made disabling querying of unpublished PDB entries configurable

JAL-1912 added support of tcoffee annotation and other per sequence annotation for BioJSON

merge

JAL-1852 disable querying of unpublished PDB entries by default

fix for JAL-1883

JAL-1896 fixed NPE for RNA Helice without equivalent annotation

merge

JAL-1896 revised implementation to construct a ColourSchemeI instance after creating an alignment object rather than from within bioJSON parser

JAL-1909 repaint complementary alignment panel after up/down reordering

JAL-1859 try hoverDelay of 0.1s in Jmol for more responsive hover

merge

JAL-1907 bugfix for NPE while parsing a features file