Merge branch 'develop' into spike/JAL-4047/JAL-4048_columns_in_sequenceID

Merge branch 'features/JAL-4134_treeviewerforcolumns' into develop

Merge branch 'develop' into features/JAL-4134_treeviewerforcolumns

JAL-4158 first attempt at stashing colours for contact matrix groups and allowing them to be overlayed on the contact matrix visual. NEEDS TESTS!

Merge branch 'patch/JAL-4153_flakyJvCacheableInputBoxTest' into develop

JAL-4134 override default hasTree so PAE tree is saved!

JAL-4153 longer Thread.sleep() calls in the hope that the test might pass on Bamboo

JAL-4134 - missing Jalview project JAXB class - st. patricks day commit curse

Merge branch 'develop' into features/JAL-4134_treeviewerforcolumns

JAL-4150 test and quick patch copying code from AlignFrame.paste() to Desktop.paste() so internal paste works from popup menu

JAL-2349 JAL-4134 Console log messages for contact matrix selection

JAL-4134 propagate column selection changes in tree and alignment views

JAL-4134 fix off-by-one in selection

JAL-4134 fix NPEs when matrix not resolved or alignment view is closed

JAL-4134 better popup menu name ‘Tree for Contact Matrix’

JAL-2349 test TODOs

JAL-2349 fix off by one when resolving columns for sequence associated contact matrix

JAL-4134 fix up column selection when hidden regions are present. Needs tests!

JAL-4134 store/restore Newick tree for PAE annotation row

JAL-4091 JAL-4147 - revised annotation label display so consecutive runs of rows with the same label have their description shown instead of the bare label

JAL-4091 JAL-629 ‘Add Reference Annotations’ takes description into account when looking for potential addees - reverts change in 8fce85002e6f6a5957dc95662c6a3d80fcce8e82 so PAEContactMatrix annotation labels are consistent.

JAL-2349  don’t clobber existing label/description for an annotation when associating it with a contact matrix

JAL-4134 JAL-3855 store/restore groups, tree and threshold used to cluster a PAE matrix

JAL-2349 handle matrix_clicked on mouse_release rather than mouse_pressed so click-drag to resize the annotation row doesn’t trigger a selection event as well.

Merge branch 'features/r2_11_2_alphafold/JAL-629' into features/JAL-4134_treeviewerforcolumns

JAL-629 Fix --headless for new args. Fix progressbar for non-headless commands. Add an --argfile=... feature

JAL-629 stash some TFType and PAEFile info into a PDBEntry

JAL-629 Fix null AlignPanel. More descriptive label of pAE Matrix allows 'Add reference annotation' to be enabled for subsequent PDB+PAE files.

JAL-629 Improved consistency of ArgParser classes (use of ArgValuesMap). Added setting, checking and fetching ID value for ArgValues to allow easier linking of arguments.  Added argIndex for boolean Args.  Made noDuplicates (no duplicate values) an Arg Option.

JAL-629 slight tidy up

JAL-629 Removal of unnecessary methods. Set pLTTD tempfac for EBIAlfafold. Simplify adding cmannot.

JAL-629 Some refactoring to allow more flexible use of PAE files. Not working as desired yet

JAL-4134 hold ctrl to select groups containing rows and columns under mouse over a PAE

JAL-629 Firm up bootstrapArgs. Correct '-colour' in test. Separate --headless and -headless for now to avoid premature exit for -headless (fixes tests).

JAL-629 add AF examples for FER1_SPIOL. Link and display PAE matrix annotation

JAL-2349 TODO consider caching contactRanges from getContactRange to improve efficiency

JAL-4134 tree panel shouldn’t try to redraw before tree is calculated..

JAL-4134 fix more of the egregious SeqNode/BinaryNode casting

JAL-4134 leaves marked when columns are selected - doesn’t refresh automatically from alignment yet (only when tree panel repainted)

JAL-4134 TODO: alternative way of performing interactive picking using threshold

JAL-4134 use average distance between PAE elements as distance for tree calculation

JAL-4134 display tree for columns - selecting an internal node selects column in alignment

JAL-4134 compute normalised dot product for contact matrix similarities

JAL-4134 allow tree groups to be stored/recovered on contact matrix for groupwise column selection

JAL-629 Fix Exceptions when running with CLI not headless

JAL-629 Guesstimate whether to set pLDDT with PDB file

JAL-629 JAL-4124 JAL-3855 remove deleted debugging test file from tests

Merge branch 'develop' into features/r2_11_2_alphafold/JAL-629

JAL-629 removed debug prints. added .cif. added some comments/code-markers

Merge branch 'develop' into features/JAL-4134_treeviewerforcolumns

JAL-629 PAE matrix file guesstimate from filename

JAL-629 Position GUI widgets for PDF file options. Remove icon from StructureChooser frame.

JAL-629 JAL-4124 JAL-3855 test to check we can import PAE matrices in a variety of formats - additional test case

JAL-629 JAL-4124 JAL-3855 test to check we can import PAE matrices in a variety of formats - and fix up a casting issue (again?)

Merge branch 'develop' into features/r2_11_2_alphafold/JAL-629

JAL-629 add widgets to StructureChooser for tempfac choice and pae matrix file

Merge branch 'features/JAL-3858_PAEsInProjects' into develop

Merge branch 'features/r2_11_2_alphafold/JAL-629' into features/JAL-3858_PAEsInProjects

 Conflicts:
src/jalview/bin/Jalview.java

JAL-629 helper function for getting sensible structure (or other arg value)

JAL-629 better test fixes. --props=... instead of --debug

JAL-629 Made ArgValuesMap helper class, simplifies readability/writing of the code and will allow arg position lookups

JAL-629 test fixing

JAL-4134 group columns using a tree cut - seems to work after more egregiousness

JAL-629 Add debug messages for more failing tests

JAL-4134 - brutal hack to build a tree clustering columns of PAE Matrix

JAL-629 fixed a Log4j test by adding --debug arg

JAL-629 bootstrap args and properties. Remember index of args for 'previous structure' defaulting of other args

JAL-629 nf-core sample alignment files and a2m versions

JAL-629 fix a PAEMatrix casting error

JAL-4134 tidied up refactoring and fix compilation errrors

Merge branch 'features/JAL-3858_PAEsInProjects' into features/JAL-4134_treeviewerforcolumns

JAL-3858 new MatrixType JAX-RI POJO

JAL-4134 - refactor tree calculation code to work with binaryNode base type.

JAL-4133 update validChar width when font is changed so characters are suppressed for small widths

JAL-4133 store/restore alignment view’s charWidth and charHeight in Jalview project

JAL-3858 persist PAE matrix (only so far) as serialised floats in element on dataset sequence annotation. Rudimentary tests.

JAL-1551 source formatting

JAL-3858 simple test for PAE matrix recovery

JAL-3858 construct a PAE direct from float array

Merge branch 'develop' into features/r2_11_2_alphafold/JAL-629

JAL-4064 JAL-4054 Corrected the tgz top-level dir from './Contents' to 'Contents' for mac JRE bundles for install4j (not strictly used, but might be in the future).

JAL-629 make sure we show GUI when not driven programmatically

JAL-4095 slightly better threshold setting and todos for improvement

JAL-4095 magic fill behaviour is PAE specific

Merge branch 'develop' into features/r2_11_2_alphafold/JAL-629

JAL-3858 JAL-2381 allow different linear shading schemes for selected/non-selected regions of contact matrix heat map

JAL-4027 JAL-3858 rename CUSTOM_RENDERER to CONTACT_MATRIX annotation.graph type, with actual matrix type stored in calcId

JAL-4088 Updated j8libs/*.jar in THIRDPARTYLIBS

JAL-3416 Turn off (partial) flatlaf scaling for HiDPI in Linux and Java 8 - Some GUI parts unusable

JAL-4064 JAL-4054 Correct names of mac arch installer DMG files

Merge branch 'develop' into improvement/JAL-4111_suffixed_DEVELOP_channels

JAL-4128 Catch RasterFormatException caused whilst resizing Overview window, recalculate OverviewDimensions od instead. Prevent negative OverviewDimensions being set to avoid problem with vertically fully shrunk overview window 'losing' the alignement canvas.

Merge branch 'develop' into bug/JAL-4125_flatlaf_quithandler_warning_doesnt_display_properly

Merge branch 'features/r2_11_2_alphafold/JAL-629' into features/JAL-3858_PAEsInProjects

 Conflicts:
src/jalview/bin/Jalview.java

JAL-1713 don’t close an automatically created overview window for projects from Jalview versions older than 2.11.3

Merge branch 'develop' into feature/JAL-1713_overviewInProject

Passing test for JAL-4127 failing on the JAL-1713 branch

JAL-4090 move 2.11.3 series release notes to 2.11.3.0 release and premptively list issues already or nearly addressed in this version

Merge branch 'develop' into bug/JAL-4125_flatlaf_quithandler_warning_doesnt_display_properly

JAL-4125 Spanish translations