JAL-3285 add Cygwin environment path fix for Windows

JAL-3285 code changes to HMMER colour schemes not included in merge

JAL-3285 fix FileLoader failing to load HMMER file

JAL-3285 method call change tin Information to match develop

JAL-3285 delete duplicate variables in AlignmentViewport from merge

JAL-3285 method call change to HMMBuild not included in merge

JAL-3285 method call change in SeqPanel to match develop

JAL-3285 change method declaration in AAFrequency to match develop

JAL-3285 changed method call on AnnotationRenderer to match definition

JAL-3285 code changes to Jalview2XML not included in merge

JAL-3285 add unmerged code to AlignmentAnnotation

JAL-3285 method call name change to SeqPanel not included in merge

JAL-3285 method call name change in OverviewPanel not included during
merge

JAL-3285 small method call name change to AnnotationLabels

JAL-3285 add unmerged code to SequenceGroup

JAL-3285 small method call name change missed in ConsensusThread commit

JAL-3285 small code changes to ConsensusThread not included in merge

JAL-3285 small code changes to AnnotationRenderer not included in merge

JAL-3285 code changes to AnnotationLabels not included in the merge

JAL-3285 add unmerged features to AlignViewportI

JAL-3285 add unmerged features to AlignViewport

JAL-3285 add unmerged features into AlignmentViewport

JAL-3285 add methods and small changes to StockholmFile left out by git

Merge branch 'develop' into developtomchmmer
JAL-3285 merged 2.11 develop into the features/mchmmer branch
- need to fix code for migration from Castor to JAXB
- need to check Stockholm file IO and tests
Good luck !

JAL-3287 correct local file URI for appbase and getdownDigest in Windows

JAL-3287 adjustment to HelpLinksChecker

JAL-3287 adjustment to HelpLinksChecker to run in Windows and improvement to build.gradle

JAL-3247 Adjusted Uninstall Old Jalview.app to just run the old uninstaller if it finds it, aded '(optional)' to the link name in the DMG. It will need re-signing. Edited VCFReader to allow java 1.8 compiling.

JAL-2738 error logging if no ##reference found

JAL-2738 accept .csi, default to GRCh37:homo_sapiens if no ##reference

JAL-3277 Fixed getdown splashscreen. For unknown reasons getdown thought it had both ui.background_image and ui.rotating_background and so defaulted to using ui.rotating_background even though this was not provided. Changed it to default to ui.background_image.

JAL-1988 Some TEST code accidentally left in now removed -- was affecting some saved alignment files such as stk

JAL-3247 sign the AppleScript uninstaller

JAL-3141 deleted TODO comment in Messages_es

Merge branch 'develop' into task/JAL-3141_JAL-3247_merge

updating merge

JAL-3141 Added HashMap types for Java 1.8 compatibility

Merge branch 'task/JAL-3141_Customise_checkbox' into task/JAL-3141_JAL-3247_merge

JAL-3141 Object array cast missing

Merge branch 'task/JAL-3247_JAL-3246_JAL-3254_JAL-3236_merge' into task/JAL-3141_JAL-3247_merge

merge attempt

Merge branch 'develop' into task/JAL-3247_JAL-3246_JAL-3254_JAL-3236_merge

Merging in develop

JAL-3247 Added AppleScript based App to run old Jalview uninstaller if present

JAL-3141 Generified the JvUtils.buildComboWithTooltips to an Object and adjusted other code in FeatureTypeSettings. Added one more tooltip.

JAL-3141 test file in test folder not examples

JAL-3141 One more error log fix

JAL-3141 Added tooltips on Schemes dropdown and Customise checkbox

JAL-3141 Fixes recommended from gmc's test

JAL-1988 Spanish typo corrección

JAL-3141 Fixed vertical size of the example filenames box\! Yay\!

JAL-3141 Fixed tests

JAL-3141 Reworked a lot of BackupFiles to allow the Customise Checkbox

Merge branch 'bug/JAL-3141_backupfiles_prefs_widget_disable_bug' into merge/develop_backupfilefix/JAL-3141_remove_saveproject_and_fix_buglet

Merging three unmerged commits

JAL-3111  help file spelling correction

JAL-3247 Launcher start improvements. RPM and DEB no longer packaged with getdown (due to difficulties)

JAL-3273 small correction to expected result calculation

Merge branch 'task/JAL-3254_improved_max_memory_stack_setting' into task/JAL-3247_JAL-3246_JAL-3254_JAL-3236_merge

Merging a number of fixes/improvements into one branch and then merge in develop

JAL-3247 Unix shell installer and tar archive corrected -- network and offline versions. RPM and DEB have had JRE dependencies added (not tested yet)

JAL-3254 Improved memory setting (allows mem for OS). Moved OperatingSystemMXBean stuff to separate class.  Class duplicated in getdown for same Memory Per Centage calculation.

Merge branch 'task/JAL-3247_Install4j_improvements' into develop

Merge branch 'task/JAL-3236_install4j_linux_unix_userland_installers' into task/JAL-3247_Install4j_improvements

JAL-3247 nogradle option on this mac build/install helper script

JAL-3247 JAL-3254 JAL-3260 Fixed: JVL file jalview.apparg args. File association problem in Windows NETWORK installer.

Merge branch 'task/JAL-3246_local_getdown_files' into develop

JAL-3246 JAL-3247 Reworked JVL files as getdown.txt config with limitations

Merge branch 'task/JAL-3236_install4j_linux_unix_userland_installers' into develop

JAL-3236 Added unixInstaller to install4jMediaTypes in gradle.properties

Merge branch 'task/JAL-3246_local_getdown_files' into develop

JAL-3247 JAL-3254 Ensure .jvp and .jvl appear first in File Associations list (visible in Windows installer)

JAL-3247 JAL-3254 Fixed file association launch behaviour in getdown in Windows

JAL-3246 add -Pgetdown_local=true to use local files

JAL-3247 JAL-3254 changing default location of jalview/io/FileFormat.java relative to the util/install4j dir

JAL-3247 JAL-3254 Getdown now opening any files thrown at it by a file-association double-click

JAL-3247 JAL-3254 Automatically creating correct file association inserts for Info.plist and install4j installer

JAL-3247 JAL-3254 Automatically creating correct file association inserts for Info.plist and install4j installer

JAL-3247 Script to produce auto file association files for mac and windows installer, and changes in build.gradle to read in the produced, and edited, auto files

JAL-3247 Note in launcher.log when using a JVL file

JAL-3247 Changed JVL file to be a props file, with appbase=... required for the new appbase URL

JAL-3247 Script to automatically install Jalview from the .dmg to /Applications

JAL-3247 Auto generated file associations from jalview/io/FileFormat.java

JAL-3247 Allowing 'file' protocol URL with empty domain in a .jvl file

JAL-3247 Code changes to getdown. Double click open of .jvp files in Windows and macOS, and .jvl new appbase file working in macOS.

JAL-3247 improvements

JAL-3247 Some getdown image file changes/tidying

JAL-3240 known issue for release notes

JAL-3239 release note

JAL-3244 release note

Merge remote-tracking branch 'origin/bug/JAL-3239monospacedEps' into develop

JAL-3244 delete obsolete method

JAL-3247 First attempt at getdown code to add macOS startup filenames to the appargs as -open filename

JAL-3247 Part way towards adding double-click opening in Jalview on .jvp file in macOS

JAL-3247 Improved file associations on macOS and Windows

JAL-3239 draw EPS or SVG one character at a time (even monospaced)

Merge branch 'bug/JAL-3244jmolWindows' into develop

JAL-3244 renamed Platform method for clarity

adding another getdown file (produced during a getdown build) to gitignore

JAL-3247 jvp jvl File associations, JRE variablised, Windows-Userspace path default

Fixed -Djvl=true in install4j JVM invocation

Extra JVL file association in the installer. Shadowed gradle-launcher.jar and classpath adjusted in install4j template. 'jre' folder made a compiler variable in install4j template.

JAL-3244 ignore file path separator when comparing pdb file paths

Merge branch 'task/JAL-3243_PDB_free_text_error' into develop

Merging in JAL-3243 replacement .jar files for jersey and javax.ws.rs.

JAL-3243 Replaced javax.ws jar compatible with jersey-*-1.19.1.jar