JAL-4312 call AlignFrame.setAnnotationsVisibility on AWT thread from Commands

Merge branch 'develop' into improvement/JAL-4124_dont_duplacate_PAE_data_acrossviews

JAL-4090 release weds 25th Oct 23 - JAL-4308 release notes

Merge branch 'feature/JAL-4307_hetatm_showhide' into develop

Merge branch 'improvement/JAL-4308_smalleridtooltip' into develop

JAL-4090 defensive check for featureSettings redraws when feature filter attrbute is null (noticed whilst testing)

JAL-4308 reduce number of refs to 5, always have canonical reference first.

JAL-4153 avoid use of invokeAndWait, increase wait time and add timeout for the cache update test

JAL-1551 errant tab and import

Merge branch 'patch/JAL-4298_synchronize_consoledoc' into develop

 Conflicts:
src/jalview/gui/Console.java
still needs some tidying up

Merge branch 'improvement/JAL-3783_upgrade_to_groovy-4' into develop

Merge branch 'jims/bug/JAL-4298_java_console_causing_hang_at_startup' into develop

Merge branch 'develop' into improvement/JAL-3783_upgrade_to_groovy-4

Merge branch 'jims/bug/JAL-4298_java_console_causing_hang_at_startup' into develop

JAL-4090 update docs for changed gradle -P options for testng

JAL-1332 JAL-4298 JAL-3772 rejig the quit handler so we have a JVM-exit safe way of closing Jalview and all its merry console threads for test suite and when used as plugin

Merge branch 'patch/JAL-4110_stdout_for_tests' into jims/bug/JAL-4298_java_console_causing_hang_at_startup

JAL-4110 allow configuration of stdout/err test output via -Ptest_output=1 and update building.md

Merge branch 'develop' into patch/JAL-4110_stdout_for_tests

JAL-4298 Update help docs to reflect Groovy changes

Merge branch 'improvement/JAL-3783_upgrade_to_groovy-4' into jims/bug/JAL-4298_java_console_causing_hang_at_startup

JAL-4298 Remove a stray return in the processGroovyScript method. Mildy improve a groovy example. Ensure consistent setting of groovy variables with JalviewObjectI fields. Update the currentAlFrame when run from Calculate menu.

JAL-4298 reuse existing log level preference method

JAL-4307 also report molecule name in tooltip for show/hide HETATM

JAL-4298 another implicated line

Merge branch 'feature/JAL-4307_hetatm_showhide' into develop

Merge branch 'patch/JAL-4298_synchronize_consoledoc' into develop

JAL-4307 some models return null for hetatm list

JAL-4298 try much harder to avoid modifying console gui anywhere outside swing worker threads

Merge branch 'patch/JAL-4298_synchronize_consoledoc' into bug/JAL-4298_java_console_causing_hang_at_startup

JAL-629 Fix --nodebug turning off debug mode from properties

JAL-4298 comment markers

Merge branch 'improvement/JAL-3783_upgrade_to_groovy-4' into bug/JAL-4298_java_console_causing_hang_at_startup

JAL-4298 avoid deadlock waiting to update doc when doc is being used by gui thread waiting for thread to update the doc

JAL-4305 Isolate and unify the Jalview object from all the gubbins in jalview.bin.Jalview or jalview.gui.Desktop with a JalviewObject interface. Adjust/fix some example groovy scripts.

JAL-4307 View->Ligands submenu, implementation for Jmol and documentation

Merge branch 'improvement/JAL-3783_upgrade_to_groovy-4' into bug/JAL-4298_java_console_causing_hang_at_startup

JAL-629 Run non-alignframe linked groovy scripts.  Use multiple specified groovy scripts.  Don't add a warning for image and output if not asked for

JAL-4262 Fix the nonblockingdialog so that Jalview desktop isn't left set to alwaysOnTop

Merge branch 'doc/JAL-4090_Release_2_11_3_0' into develop

JAL-4090 JAL-4303 as known defect

Merge branch 'bug/JAL-4302_treeheightrendererbroke' into develop

Merge branch 'doc/JAL-4090_Release_2_11_3_0' into develop

JAL-4090 JAL-4302 marked as known defect

JAL-4134 TODO printNode update for columnTrees

JAL-4134 JAL-4302 remove unnecessary casts

JAL-4090 JAL-4089 document use of selected columns for superposition, and add links to Pymol for individual viewer capabilities

Merge branch 'bug/JAL-4089_selectedcolshiddenregions' into develop

JAL-4089 selected columns are reported in absolute column numbers, not visible columns

Merge branch 'bug/JAL-4295_hangjmolandmouseovers' into develop

JAL-3783 Updated groovy jars.  Requires javaparser-core library to run too

JAL-4295 concatenate all mouseover highlights into one call to jmolScript - so we don’t need to invoke scriptWait and risk blocking UI

JAL-3783 Updated build process to allow multiple groovy-* jars to work within the shadowJar.  Updated groovy jars to 2.5.23.

JAL-3772 Fix the logic of prompt to save URL loaded alignments preference

JAL-629 null check and neatening code

JAL-629 correct a timeout.  Correct passing html flag.

JAL-629 Add a timeout to modal dialogs for command line warning

JAL-629 Change getdown not to add -open argument

JAL-629 Remove argfiles from the hashset of used argfiles once it has been used.  More like (though not) a stack of argfiles

JAL-3772 Preference to NOT prompt to save remotely loaded alignments

JAL-4298 Added diagnostics and minor dimension changes to Java Console.  Added a --javaconsole Arg.

JAL-4298 Fixed initial log level to see .jalview_properties setting. Moved Java Console startup to before Desktop startup.

Merge branch 'doc/JAL-4090_Release_2_11_3_0' into develop

JAL-4090 JAL-3858 paedocs

JAL-4001 Only use acquireDialogQueue and releaseDialogQueue when SplashScreen is transient. Fixes macOS About dialog

JAL-4217 move CommandsTest to testTask3 involving structure image export and random NPE in commandsOpen test on osx

Merge branch 'patch/JAL-4062_sort_and_merge_contiguousregions' into develop

JAL-4090 fix up release notes and what’s new (inc removing 2.11.2 cruft from template)

Merge branch 'develop' into doc/JAL-4090_Release_2_11_3_0

JAL-4061 JAL-4062 update find box image and docs in help

Merge branch 'develop' into doc/JAL-4090_Release_2_11_3_0

Merge branch 'bug/JAL-244_interactingpngexportnotwysiwig' into develop

JAL-4090 tweak pae doc

JAL-4090 more JAL-3858 docs

Merge branch 'develop' into doc/JAL-4090_Release_2_11_3_0

JAL-4090 JAL-3855 updated figure and doc.. a little

JAL-244 ensure background is completely filled with white

JAL-4090 JAL-4291 disable failing test and note as new knowndefect

JAL-244 attempt to fix broken test - still needs to be fixed!

JAL-244 export image with full width IDs regardless of UI

JAL-244 JAL-4091 allow calculation of label id width off screen including sequence ids for sequence associated annotation

JAL-244 JAL-4091 FIXME for JAL-3362 patch testCalculateIdWidth_withMaxWidth test for new annotation label marks

JAL-4160 update args used in test suite for new CLI framework

Merge branch 'bug/JAL-244_interactingpngexportnotwysiwig' into develop

JAL-629 JAL-4265 JAL-4286 report the filename for the exported structure image like we do for exported alignment images

JAL-4090 JAL-629 FER1+SPIOL -> FER1_SPIOL in command line example

JAL-244 JAL-4090 use current IdWidth when exporting unwrapped alignment image.

JAL-4090 figures in paematrix doc

JAL-4288 fix up gradle generated getdown launch jvl for bamboo channel builds

JAL-4090 fix url to new cli docs

JAL-4153 move JvCacheableInputBoxTest to testTask2

JAL-3858 fix check annotation row and column positioning in case we have been called during an annotation height change operation

JAL-4090 JAL-3855 figure showing PAEs for epas1 homolog structures

JAL-1556 JAL-4090 colour by annotation options on annotation label popup menu

JAL-3858 don’t divide if we only had one value to count

JAL-3858 check annotation row and column positioning in case we have been called during an annotation height change operation

JAL-3858 improved contactInterval computation and added detailed test coverage for ContactGeometry
- contactInterval.cStart/cEnd and pStart/pEnd are now base-0 inclusive ranges, always less than contactHeight and graphHeight
- change in mapFor behaviour so cStart/cEnd and pStart/pEnd are always just one mapped range, not as many as requested to cover mapFor(pFrom,pTo)

JAL-3858 JAL-4090 pae matrix docs. WIP

JAL-3858 JAL-4090 avoid NPE when given out of bound column ranges when requesting ContactList

JAL-3858 JAL-4090 PAE documentation..