Merge branch 'jims_annotate3d_update' into menard_finalsep2012

JAL-1269 is fixed by this merge
Conflicts:
.classpath
src/jalview/appletgui/AlignFrame.java
src/jalview/io/RnamlFile.java
src/jalview/io/StockholmFile.java
src/jalview/io/TCoffeeScoreFile.java
src/jalview/renderer/AnnotationRenderer.java
test/jalview/io/TCoffeeScoreFileTest.java

fix merge conflicts for finess on JAL-1140 (introduced by 1a8f953dd71a9e319e910261927f269d69b4692c)

JAL-1216 switch to official release of VARNA 3.9

JAL-1213 JAL-674 robust test with an existing structure in the examples directory

JAL-1214 todo

JAL-1213 JAL-674 - import a PDB file using Jmol data api and decorate any peptide sequences with secondary structure annotation

JAL-674 commented out annotate3d calling code for Jmol external processing routine

JAL-1028 JAL-674 hooks to call external processing for peptide and nucleic acid sequences and map secondary structure annotation onto sequence imported into Jalview

patch for 'This parser does not support specification "null" version "null"' error

json simple library

upgrade to latest paradise services model using JSon response.

Merge branch 'Dbfetch_hotfix-JAL-1238' into develop

JAL-1238 test to see if the primary Uniprot source is placed first in list of Uniprot sources

JAL-1238 order to place primary sources before lower tier sources

JAL-1238 method to test if DAS source is a primary reference source

JAL-1238 tier index indicating distance of a source from the primary source for that database - level 0 sources are the only ones that should be used to validate sequences.

Merge branch 'JAL-1254-hotfix' into develop

Merge branch 'JAL-1254-hotfix' into Release_2_8_Branch

JAL-1255 don't show 'Right click to add annotations' message in wrapped mode

JAL-1254 patch for NPE in annotation renderer when no annotations shown in alignment.

JAL-1217 check and avoid NPE if no datastore object instantiated

JAL-1217 report exception for service when no datastore can be created

revised renderer and annotation model to support different pair-patterns - needs merging and debugging

convenience function to get the RNA model for an annotation row (probably unused - need to check)

use new secstructure process algorithm

Anne's refined RNAML parser. Seems to have some bugs still (merge with jprocter's bugfixed parser)

Anne reinstated general stockholm parser code but extended to support pseudoknot annotation lines. This will need merging with Natasha's upgraded io.StockholmFile class

typing

consensus secondary structure algorithm (possibly came from VARNA)

revised RNA stem/loop processing code that copes with pseudoknots

update authors for RNA processing routines

menu for choosing between 'protein' and 'RNA' mode (unlikely to be merged into main branch)

formatting and error report cleanup

gui hooks for contrafold and RNAfold services. commented because they should be added via the web service menu framework rather than explicitly hardcoded in the popup menu

Exception signature change (will be overwritten by commit 2a7ae5)

formatting

tidy import

remove mentions of non-functional RNAInteraction colourscheme

tidy debug messages

proxy commit for Anne Menard <menard.annec@gmail.com> throw generic exceptions (just for record - finessed by 2a7ae58b8b7d619b73e8a25654fa3a12414cfd9a JAL-1140)

bogus source dir for jmol (only for jim - fix for yourself!)

JAL-1140 - handled VARNA specific RNA exceptions within the IO class - which should only raise IOExceptions
JAL-1199 JAL-1207 - THIS COMMIT IS A REGRESSION! Overwrites existing stockholm parsing code in favour of VARNA code which supports reliable pseudoknot parsing (JAL-1081)

JAL-1140 - handle VARNA specific RNA exceptions within the IO class and generate appropriate error messages

JAL-1140 - IO classes should only raise generic IOExceptions

JAL-1216 switch to official release of VARNA 3.9

JAL-1213 JAL-674 robust test with an existing structure in the examples directory

JAL-1214 todo

JAL-1213 JAL-674 - import a PDB file using Jmol data api and decorate any peptide sequences with secondary structure annotation

JAL-674 commented out annotate3d calling code for Jmol external processing routine

JAL-1028 JAL-674 hooks to call external processing for peptide and nucleic acid sequences and map secondary structure annotation onto sequence imported into Jalview

Merge branch 'menard' into develop

JAL-1028 tidy and refactor external processing and mapping to separate functions

valid URLs in website menu frame and fixed GA code

bugfix

JAL-1205 JAL-1140 generalised exception for Anne's refactored IO

Merge branch 'develop' into menard

Merge branch 'Release_2_8_Branch' into develop

Merge branch 'master' into Release_2_8_Branch

FileParse adapter for reading directly from inputstreams

return alignmentI created from pdbfile class directly to preserve all annotation

return annotated rna sequences from rnaml returned from annotate3d

store chainid on pdbentry

format adapter should return AlignmentI

formatting

call annotate3d service and parse rnaml to alignment

formatting

sequence numbering from 1

formatting

store chaincode on pdbentry

formatting

simple HTTP multipart entity poster - may not be useful

tests for jalview.analysis.AlignSeq

openjdk7 returns null for default value selected format if it hasn't been touched

method to construct sequence mapping for matching positions in aligned sequences

convenience method for performing pairwise alignment

formatting and javadoc

Fixed T-Coffee file scores parser to support extended format including residue numbers

remove java7 plugin dependency

don't set background colour for menu bar

allow .rnaml as a filename extension

comment on jalview.io.AlignFile architecture

source formatting

Merge branch 'develop' into menard

Conflicts:
src/MCview/PDBfile.java
src/jalview/analysis/Rna.java
src/jalview/analysis/StructureFrequency.java
src/jalview/appletgui/AlignFrame.java
src/jalview/datamodel/Sequence.java
src/jalview/ext/varna/VarnaCommands.java
src/jalview/gui/AppVarna.java
src/jalview/gui/AssociatePdbFileWithSeq.java
src/jalview/gui/PopupMenu.java
src/jalview/io/FeaturesFile.java
src/jalview/io/StockholmFile.java
src/jalview/io/TCoffeeScoreFile.java
src/jalview/renderer/AnnotationRenderer.java
src/jalview/schemes/ColourSchemeProperty.java
src/jalview/schemes/ResidueColourScheme.java
src/jalview/workers/StrucConsensusThread.java

Merge branch 'master' into develop

Merge branch 'Release_2_8_Branch'

final tweaks to help landing page

Merge branch 'Release_2_8_Branch'

update footer for static page

Merge branch 'Release_2_8_Branch'

tidy help

property to configure webstart image

tweak file association comment and make sure webstart image is published

push jalview v2.8 release date to monday 12th November

ga tracking, footers and footer link styles

more tweaking of static pages and rejigging applet parameter documentation for accessibility

tweak whats new again

tweaking welcome message and what's new

constructor takes settings from any existing feature renderer on alignment panel

JAL-1193 ensure the 'loadedComplete' method gets called for all views
after the views have been opened by using the Swing stack as a queue

update installAnywhere classpath and libs for jalview 2.8