JAL-4421 Allow JSON config file to be options (no icon positioning for default or develop-SUFFIX). Allow .VolumeIcons.icns to be optional -- must remove <file> node from install4j template

JAL-4421 Put correct VolumeIcon.icns file onto DMG volume as /.VolumeIcon.icns

JAL-4421 Icns to use as .VolumeIcon.icns in DMG volumes.  See comment with SetFile

JAL-4421 Also add DMG filename to python script. Necessitates DS_Store for x64 and aarch64 versions, with changes in build.gradle and install4j10_template.install4j. Ensure all x64 references are x64 and not the (more correct) x86 -- java uses x64.

JAL-4421 Add DS_Store customisation to gradle. Add backgroundImage alias dump to --dump

JAL-4421 Python script for customising DS_Store.  Separate out more names for DMG volumes in install4j and gradle.  Channel specific icon positioning for channel specific DMG background images.

JAL-4409 Allow more URI schemes (e.g. file) to be opened in Jalview

JAL-4409 Allow more URI schemes (e.g. file) to filter through to Jalview

JAL-4414 Add SocketTimeoutException to exceptions that trigger File Not Found rather than Format Not Recognised

JAL-3196 Need more memory for the install4j process run by gradle

JAL-4409 JAL-4160 Don't let getdown turn jalviewX:// URIs into absolute local file paths. Allow getdown CLI memory setting with double-dash --jvmmemX

JAL-4417 Use a specified props file for consistent output

JAL-4409 TEMPORARY don't clean up image files from jalview.bin.CommandsTest.headlessOrGuiImageOutputTest failing on build server

JAL-4409 Ensure the specific scheme jalviewx is only for the release version

JAL-4409 Don't insist on HttpURLConnection, allows for file:/ protocol connection

Merge branch 'develop' into improvement/JAL-4409_implement_extra_schemes_in_getdown

JAL-1054 Change one more (unused) url.openStream to use the HttpUtils wrapper for completeness

JAL-1054 Change the rest of the url.openConnection() calls to use the HttpUtils.openConnection(url) wrapper

JAL-4409 Adjust usage of HttpUtils.equivalentJalviewURLString() and pass jalviewX:// URL files to Jalview without changing them as Jalview now deals with them

JAL-4409 Make HttpUtils.equivalentJalviewUrlString 'non-destructive'

JAL-4356 release date for 2.11.3.3 is 22nd May 2025

JAL-4409 Also interpret jalviewX:// URIs in Jalview itself (for executable jar or command line start)

JAL-4397 Another fix on linux

JAL-4420 Add some debugging statements

JAL-4420 Tests for new FileUtils methods

JAL-4420 Allow preprocessing of arguments if they are all simply filenames (or URLs).  Preprocessing involves adding --open arguments, and spotting and regrouping associated files such as annotations, features and tree files.  These get --annotations argument etc.  Add FileUtils tools to get basepath and extension of filename or URL whilst only in String form.

JAL-4409 Checking getdown jars up to date

JAL-3409 Add newline back into Buffered Reader in getdown launcher.log

JAL-4409 corrected the umount of dmg to hdiutil detach to allow subsequent opening with other improvements

JAL-4409 Added remote JVL files for Linux/Windows

JAL-4409 Added multiple file open to getdown. Added URL source of JVL file ability to getdown. Convert jalviewX:// type schemed URIs consistently.

JAL-4356 release notes for JAL-3978 patch

Merge branch 'bug/JAL-3978_copy_bin_dir_to_getdownArchiveBuild_task' into develop

JAL-3978 Add the bin dir to be copied from website appdir to archive appdir

JAL-4409 Easier full install from source for macOS

JAL-4409 more places to check for jalviewd://

JAL-4418 bump release to 2.11.4.0

Merge branch 'feature/JAL-4386_calculate_tree_using_secondary_structure_annotation' into develop

Merge branch 'develop' into feature/JAL-4386_calculate_tree_using_secondary_structure_annotation

JAL-4356 bump release date to today, release notes for patching JAL-4407 and known issue report for JAL-3124 and JAL-4415

JAL-4397 IdWidth tests slightly less restrictive for platform/scaling variations

JAL-4409 extra schemes now opening correctly in macos

JAL-4386 Fixed failed test case

Merge branch 'bug/JAL-4416_sview_not_shown_for_local_strucfile' into develop

JAL-4386 Fixed failed test cases

JAL-4416 TODO for fixing JAL-4415 JAL-3124 - need a test for this

JAL-4416 ensure the structure view is shown and any added annotation is displayed

JAL-4416 make sure the structure viewer is actually opened when handling local file view

JAL-4386 Added preferences for secondary structure consensus and it is
set as false by default to skip failed test cases.

JAL-4409 minor change for mac testing

JAL-4409 Updated getdown classes

JAL-4409 Refactoring to allow easier reuse of classes with getdown

Merge branch 'bug/JAL-4407_no_sec_str_from_draganddrop_to_msa' into develop

JAL-4386 - Implementation of retrieving secondary structure
source/provider from matching the annotation description and PDB entry.
Implementation of Show secondary structure menu option. Updated
calculation of secondary structure consensus.

JAL-1054 JAL-4414 Tests for the HttpUtils redirect wrapper methods.  Tests for the different exceptions from IdentityFile.identify().

JAL-1054 Also recognise UnknownHostException as a file not found at URL

Merge branch 'develop' into improvement/JAL-4409_implement_extra_schemes_in_getdown

JAL-4217 Upped the main testTask0 timeout to 15 minutes for build server's benefit

JAL-1054 Tests for the HttpUtils redirection wrappers

Merge branch 'bug/JAL-4397_failing_idWidth_tests' into improvement/JAL-4409_implement_extra_schemes_in_getdown

Merge branch 'develop' into bug/JAL-4397_failing_idWidth_tests

JAL-4414 Add a FileNotFoundException when identifying URL file formats and catch to change error message appropriately

JAL-4356 fix release note

JAL-4356 set release date to Weds 15th May and update release notes

JAL-4356 JAL-518 JAL-4413 release notes

Merge branch 'features/JAL-518_justify_seqs_in_region' into develop

JAL-1054 Fix wrappers for following http->https redirects

JAL-518 better test coverage and support for case preservation

JAL-518 failing test for case preservation on justify

Merge branch 'develop' into improvement/JAL-4409_implement_extra_schemes_in_getdown

Merge remote-tracking branch 'origin/develop' into feature/JAL-4386_calculate_tree_using_secondary_structure_annotation

Merge branch 'develop' into features/JAL-518_justify_seqs_in_region

JAL-4413 timeouts Merge branch 'improvement/JAL-4217_added_a_timeout_to_tests' into develop

JAL-4409 Fix some file extensions (including remove .txt)

JAL-1054 Add wrappers for URL.openConnection(), URL.openStream() to allow following redirect from http to https

Merge branch 'develop' into features/JAL-518_justify_seqs_in_region

 Conflicts:
src/jalview/api/AlignViewControllerI.java
src/jalview/api/AlignViewportI.java
src/jalview/controller/AlignViewController.java

Merge branch 'feature/JAL-4386_calculate_tree_using_secondary_structure_annotation' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into feature/JAL-4386_calculate_tree_using_secondary_structure_annotation

JAL-4386 - Implementation of substitution matrix and test cases.

JAL-4411 fix typo :(

JAL-4411 store class of provider in PDBEntry

JAL-4409 Add jalviewhttp and jalviewhttps schemes to register in install4j.  Recognise all extra schemes in getdown.

JAL-4217 Sensible timeout for testTask0

JAL-4217 Added a timeout for testTasks. If timeout is exceeded then test execution should be interrupted.

Merge remote-tracking branch 'origin/bug/JAL-4407_no_sec_str_from_draganddrop_to_msa' into feature/JAL-4386_calculate_tree_using_secondary_structure_annotation

JAL-4407 don't transfer 'local' settings - leave as default 3d-structure annotation processing

JAL-4407 failing test checking for secondary structure is added when calling the associate pdb file routine

JAL-4392 Merging consensus secondary structure

JAL-4386 Comparing secondary structure similarity directly with a basic
substitution matrix. Some code refactoring.

JAL-4397 Removed debugging statement

JAL-4397 Adjustments for macOS HiDPI

JAL-4397 Test all fixed on linux.  Given leeway to some tests, platform dependent expected values on some tests, HiDPI dependent expected values on some tests.  Still to test on macOS.

JAL-4386 Drop down for secondary structure sources in calculate window

JAL-4386 PCA/Tree Calculation for Secondary Structures: Changes related to dropdown in Calculate window.

JAL-4397 Allow some leeway in automatically calculated id width tests

JAL-4397 fixed testresetIdWidth() test on macos

JAL-4386 Calculate tree using secondary structure annotation - Documentation, Changes to include Secondary structure from JPred.

JAL-4386_Added changes in similarity score calculation for different cases of sequences with undefined secondary structure

JAL-4386 Corrected failed test case.

JAL-4386 Added further checks for sequences that have no secondary structure.

JAL-4386 Calculate tree using secondary structure annotation