JAL-2381 don’t need to set description, dbrefs etc for subsequence returned by getSubSequence(started)

JAL-2381 copy and paste sequence also copies contact matrix annotation

JAL-4134 map between column and node selections better (but not quite right still.. tests needed!)

JAL-4134 efficiency improvement

JAL-629 javadoc on StructureSelectionManager.computeMapping

JAL-4134 only build tree when showing it in the tree viewer..

JAL-4134 catch NPE - though in principle this should never happen…

Merge branch 'JAL-1551_2_11_3_spotlett' into features/JAL-4134_use_annotation_row_for_colours_and_groups

Merge branch 'spotless_2' into JAL-1551_2_11_3_spotlett

JAL-1551 spotless

JAL-629 Clarify sections of arguments with --help-all (or multiple --help-...)

JAL-4187 JAL-629 JAL-3830 small adjustments after further testing in Windows

JAL-3416 Ensure setFrameIcon(null) is set for remaining JInternalFrames

JAL-3416 Removed another internal Frame icon from title bar

JAL-4187 JAL-629 JAL-3830 adjustments to Cygwin and WSL parts of bash launcher script and usage statement after testing

JAL-4160 JAL-3830 Improve jalview.bin.Launcher for launcher script launch with new ArgParser

JAL-4160 JAL-3830 Improve jalview.bin.Launcher for launcher script launch with new ArgParser

Merge branch 'develop' into features/JAL-4134_use_annotation_row_for_colours_and_groups

 Conflicts:
src/jalview/datamodel/Alignment.java
src/jalview/datamodel/ContactMatrix.java
src/jalview/datamodel/ContactMatrixI.java
src/jalview/datamodel/SeqDistanceContactMatrix.java
src/jalview/datamodel/annotations/AnnotationRowBuilder.java
src/jalview/ext/jmol/JmolParser.java
src/jalview/gui/AnnotationLabels.java
src/jalview/gui/TreeCanvas.java
src/jalview/project/Jalview2XML.java
src/jalview/renderer/ContactMapRenderer.java
src/jalview/ws/datamodel/alphafold/PAEContactMatrix.java
src/jalview/ws/dbsources/EBIAlfaFold.java
src/jalview/xml/binding/jalview/MatrixType.java
test/jalview/analysis/AverageDistanceEngineTest.java
test/jalview/project/Jalview2xmlTests.java

JAL-4187 JAL-629 JAL-3830 Fix ArgParser to check for empty string argument.  Fixed jalview.bin.Jalview to not like one empty argument.  Fixed Powershell to not send a single empty argument

JAL-1551 spotlessApply

JAL-1551 spotlessApply

JAL-629 Fix missing icon for command line launch

JAL-629 Updated debian helpers for new command line

JAL-629 Updated launching scripts to 1) not insert '-open' arg and 2) tell Jalview the CONSOLEWIDTH.  NEEDS TESTING IN Cygwin, WSL, Powershell 5, Powershell 7

JAL-629 Added Arg.Types and additional --help-type args to be --help with a type.  Better formatting for console.

JAL-4134 support recovery of mapped positions for raw matrix column index in MappableContactMatrixI

JAL-4134 colour by annotation needs distinct annotation elements to hold colours

JAL-629 fixes to typed args

JAL-4134 column grouping model and methods moved to their own object held by by ContactMatrixI implementors

JAL-629 Added 'Type' to args and argvalues

JAL-629 fixes to help docs

JAL-4134 formatting

JAL-4134 properly specify BinaryNode as a typed generic container

JAL-629 Tidy up tests and replaced methods before merge to develop

JAL-629 Changed some old -arg to --arg in help docs, and some other mailing list->discussion forum changes

JAL-629 tidying the help docs

JAL-629 delete stray files

Merge branch 'develop' into features/r2_11_2_alphafold/JAL-629

JAL-4184 release notes

Merge branch 'patch/JAL-4184_description_stockholm' into develop

JAL-4184 export description line in stockholm

JAL-4184 failing test for description export and re-import from stockholm

JAL-629 Finished documentation for new command lines.

JAL-629 Ensure precedence of named linked ID values over wildcard linked ID set values.  Tidying up unused methods.

JAL-4089 - if no centerViewOn commands are given, don’t try to execute!

JAL-629 More help text

JAL-4182 patch - map selection group onto sequence positions - fixes failing test..

Revert "JAL-629 Add a --threads argument to allow a limited multiple number of alignframes to be processed at once."

Threaded processing is failing tests.  Have put this on a separate branch features/JAL-629_with_threads_NOT_PASSING_TESTS

This reverts commit c59abae32801dce40b900ad3129567e5ef5fac4f.

JAL-4182 failing test

JAL-629 Add a --threads argument to allow a limited multiple number of alignframes to be processed at once.

JAL-2349 fix up tests for Java 11 compatibility and require sequence associated mappable matrix instance to have a mapping to the sequence it is associated with.

JAL-4134 add tree distance engine test to functional

JAL-2349 store/restore mappable contact matrix in project and fix up interactive fill-like selection of matrices

JAL-629 add an {extension} substitution

JAL-2349 JAL-3855 PAE tests covers ContactListI.getMappedPositons

JAL-2349 JAL-3855 helper method to make it easy to transfer a single ‘reference annotation’ to an alignment sequence

JAL-629 launcher shell script uses jalview.bin.Launcher so --jvmmmempc and --jvmmemmax work for it too.

JAL-629 More docs

JAL-2349 allow PAE or other contact matrices to hold a coordinate mapping allowing them to be transferred from one sequence to another - basic working but region selects are broken

JAL-629 extra test for --output open*.ext when used twice for different --open's

JAL-629 Added --opened arg which is like limiting --all to only the previously --open'ed files. With tests.

JAL-629 Add some shortnames to args. Add Opt.OUTPUT and allow --output=*.ext to be shorthand for --all --output {basename}.ext.

JAL-629 Move clarguments documentation to default.  Completed clarguments summary.  Most of clarguments basic

JAL-629 Fix --tempfac. Hide non-working --notempfac.  Add --scale, --width, --height to PNG output.  Tidy usage.  Add --version.  More quietness for --quiet.  More consistently formatted stdout info,

JAL-629 Added linkedId to ArgValuesMap for reference. Updated Arg descriptions. Made --quiet work better.

JAL-629 Check Arg options for obtaining boolean or negative boolean arg from subvals

JAL-629 Catch a NPE, fix a test

JAL-629 More docs. Usage statement. Adjust some logging output to respect --quiet.

JAL-629 Add --seqid for non-subval use, make arg value naming more consistent in docs

JAL-629 update a subval for structureviewer in the docs

JAL-629 more docs

JAL-629 change --renderer to --textrenderer to be more specific

JAL-629 test fixes

JAL-629 Moved additional CommandLineOperationsNG tests to testTask1

JAL-629 More NG arguments: --features, --annotations, --sortbytree, --tree, --groovy.  More consistent arg naming and processing of test output.  Actual java process tests for ng commandline.  Store BootstrapArgs in ArgParser.

JAL-629 a bit more documentation

JAL-629 added eps and imagemap.  Added --output and --format with test.  Adjusted BackupFiles to cope with filename with no directory path.

JAL-629 Changed --newframe and --allframes to --new and --all. More consistent --new and --open defaultLinkedId behaviour.

JAL-629 Add --renderer arg/subval for vector output and fixed annotation renderer code

JAL-629 fix lang label names after adjusting colour scheme short names

Merge branch 'features/JAL-4134_treeviewerforcolumns' into features/JAL-4134_use_annotation_row_for_colours_and_groups

JAL-4177 disable ‘Cancel’ as well - since we as yet do not support cancelling the structure view…. Inability to cancel reported under JAL-4178

JAL-4177 disable add/new view when an import is started.

JAL-4123 JAL-3914 JAL-3858 tweak wording and layout for structure chooser local pdb file UI

JAL-4134 double click to select column groups

JAL-3858 report errors when trying to parse JSON to extract PAE and raise a warning dialog when user provided PAE file cannot be read via structure chooser

Merge branch 'features/JAL-4134_treeviewerforcolumns' into features/JAL-4134_use_annotation_row_for_colours_and_groups

JAL-629 real life test for --allframes

JAL-629 Change behaviour of --open GLOB to increment defaultLinkedId to allow --allframes --output --image --close to act on each input file

JAL-629 Only log to console FAILED tests

JAL-629 Added --all arg, [*] linkedId and functionality to apply some args to all linkedIds

JAL-629 Fixed the argfile1 after subval separator change

JAL-629 Fixed the argfiletests after subval separator change

JAL-629 Fixed the argfile after subval separator change

JAL-629 Change colour scheme shortnames to something consistent and command-line friendly.  Add more subval options.  Change subval separator to ',' to be more command line friendly.

JAL-4167 Now we don't fail testTasks on No Matching Tests so that all testTasks run with --tests option given

JAL-629 Part-way to honouring --tests argument

JAL-629 start of help text

JAL-629 changed args in tests

JAL-629 Fixed appending URLs