JAL-2773 add new flag to paintAlignment(updateOverview,updateStructures) and first pass at limiting updates of structure to just those that are necessary.

JAL-2609 tests updated for revised label width

JAL-2772 check array bounds for sequence access

JAL-2225 updates for review comments, Checkstyle

JAL-2609 tidy label width code, some checkstyle warnings

Merge branch 'bug/JAL-2742' into develop

JAL-2742 set HiddenColumns null for no hidden coluns test to match
Jalview usage

JAL-2757 release notes

Merge branch 'bug/JAL-2757_uniprotftsbadquery' into develop

JAL-2757 fix PDB also; suppress stack trace and compiler warnings

JAL-2742 test updates following review

JAL-2742 minor test updates following review

JAL-2738 javadoc correction

JAL-2742 removed unused getViewAsCigars

JAL-2609attemptedmerge tidy

Merge remote-tracking branch 'origin/features/JAL-2609fastPaintWrapped'
into bug/JAL-2690attemptedmerge

Conflicts:
src/jalview/gui/SeqCanvas.java

JAL-2690attemptedmerge seems to work

JAL-2392 wrap public progress bar methods as InvokeLater events. Guess we need to do some thorough testing here !

JAL-2392 formatting

Merge branch 'codereviews/JAL-1990_IProgressIndicator_jalview.structure' into patch/JAL-1990_JAL-2392_deadlockssm
updated for 2.10.3. Still need to remove jalview.gui.IProgressBar imports from non-swing packages (appletgui, structures, etc)

JAL-2523 release notes

Merge branch 'features/JAL-2523httpRetries' into develop

JAL-2690attemptedmerge partial merge

Merge branch 'develop' into features/JAL-1793VCF

JAL-2480 use interface type for sequenceFeatureStore

JAL-2523 basic sleep and retry (3 times) on 429 response code with
Retry-After

JAL-2523 convenience method to get model organisms

Merge branch 'patch/JAL-2446_mergeconflictmissed' into develop

JAL-2446 remove duplicate code from pulled up method.

JAL-2738 ensure variant feature is in forward sense

JAL-2738 assertion for derived protein variant added

JAL-2738 remove commented code, unit test coverage

Merge branch 'patch/JAL-2116_java9_antjnlpfix' into develop

JAL-2116 fix jnlp file post-processing so java 9 module path and java version added correctly

JAL-2753 add new jar to lib folder!

JAL-2753 update to htsjdk 2.12.0 (requires Java 8)

JAL-2754 update to Java 1.8

JAL-2738 unit test for mapping failure case

JAL-2757 reset textbox after a non HTTP 200 response

JAL-2738 warn (in console) when non chromosomal coordinates on sequence

JAL-2738 helper method for convolving mappings

JAL-2755 transfer chromosomal reference from transcript to CDS

JAL-2738 method to compound / traverse / convolve two mappings

JAL-2744 add score to feature details report, description to menu item

JAL-2738 fix bug of premature exit from adding attributes

JAL-2523 start of refactoring...

JAL-2738 match consequence "Allele" to VCF allele; add non-SNP variants
on nucleotide

JAL-2744 handle null features list

Merge branch 'releases/Release_2_10_2b1_Branch' into develop

 Conflicts:
help/html/releases.html
help/html/whatsNew.html
src/jalview/ws/dbsources/Uniprot.java

JAL-2738 update test for threaded VCFLoader

JAL-2738 code formatting

JAL-2738 code tidy up, null checks &c

Merge branch 'develop' into features/JAL-1793VCF

JAL-2525 lookup transcript features by Ontology

JAL-2738 filter VEP consequence data to that for current transcript

Merge branch 'documentation/JAL-2751patch2102b2' into releases/Release_2_10_2b1_Branch

JAL-2751 what's new for 2.10.2b2 patch

JAL-2751 patch release notes

JAL-2751 bump version and new releases entry

Merge branch 'feature/JAL-2745ebiHttps' into develop

JAL-2748 JAL-2745 remove uniprot from EBI fetch client test - no longer used in Uniprot fetcher

JAL-2745 patch tests for https

JAL-2748 formatting

JAL-2745 JAL-2748 direct download of XML from uniprot.org
patch for 2.10.2b1 branch

JAL-2748 JAL-2745 remove uniprot from EBI fetch client test - no longer used in Uniprot fetcher

JAL-2745 patch tests for https

JAL-2748 formatting

JAL-2745 JAL-2748 direct download of XML from uniprot.org

JAL-2738 one sequence feature per (SNP) VCF allele

JAL-2744 indent CSQ lines to catch the eye

Merge branch 'feature/JAL-2745ebiHttps' into develop

Revert "JAL-2745 update SIFTS FTP URL to HTTPS"
EBI ftp confirmed to remain accesible via HTTP
This reverts commit c7f663521cb82b94d832015010fa488d3dc7ff58.

Revert "JAL-2745 update SIFTS FTP URL to HTTPS"
EBI ftp confirmed to remain accesible via HTTP
This reverts commit c7f663521cb82b94d832015010fa488d3dc7ff58.

Merge branch 'feature/JAL-2745ebiHttps' into develop

JAL-2745 update default EBI-eye search URL to HTTPS

JAL-2745 update SIFTS FTP URL to HTTPS

JAL-2745 update default EBI-eye search URL to HTTPS

JAL-2745 update SIFTS FTP URL to HTTPS

Merge branch 'feature/JAL-2745ebiHttps' into develop

JAL-2745 stderr rather than stdout for unexpected HTTP response

JAL-2745 stderr rather than stdout for unexpected HTTP response

JAL-2745 update www.ebi.ac.uk to https

JAL-2745 update www.ebi.ac.uk to https

JAL-2738 separate thread to load VCF; update FeatureSettings when done

Merge branch 'develop' into features/JAL-1793VCF

JAL-2036 set menus after fully loading AlignFrame

JAL-1796 GeneLociI as distinguished DBRefEntry

JAL-2744 simple Feature Details report from Popup menu

JAL-2744 refactor PopupMenu constructor to enable adding feature details

JAL-2742 uncomment test

JAL-2742 fixed

JAL-2742 CigarArray constructor unit test

JAL-2738 transfer VCF variant features to CDS sequences

JAL-2738 JAL-2154 add DBRef from transcript to synthesized CDS and vice
versa

JAL-2738 unit test for reverse strand gene

JAL-2738 promote setGeneLoci to SequenceI!

JAL-2738 use complement base for a VCF variant on reverse strand gene

JAL-2738 getGeneLoci promoted to SequenceI

Merge branch 'develop' into features/JAL-1793VCF

JAL-2525 return no features if none matches ontology term!