JAL-1066 JAL-968 common interface for objects that can be associated with alignment annotation

Merge branch 'Tcoffee_JAL-1065' of https://source.jalview.org/git/jalview into test_paolo_JAL-1065

JAL-1065 - Visualize T-Coffee quality scores for an alignment

JAL-1066 - T-Coffee color scheme + signature change on findColour method

JAL-1067 - T-Coffee score file reader

JAL-1067 - T-Coffee score file parser

(JAL-1016) noted position where race condition occurs

(JAL-1022) ensure all Jmol model filenames are normalised with File().getAbsolutePath() before binding to associated sequences in the structure manager.

(JAL-1022) reverted to original strategy of escaping filenames in Jmol scripts because File.toURI().getPath().substring(1) stripped the leading '/' in OSX/Unixen.

(JAL-1050) ensure all filenames passed in to the load command are updated and their pdb associations added to the Jmol view.

(JAL-1025 JAL-1022) File based equivalence used to match Jmol and jalview paths. Use Jmol style '/' paths for local PDB file strings

(JAL-1049) only store state reference for sequence we are creating PDBentry for

JAL-1025 JAL-1022 use File based equivalence to map between jalview
string pdb handles and Jmol filenames

JAL-715 - remove platform dependent includes

Merge branch 'JAL-1023_viewall2structsw7' into Release_2_7_Branch

removed empty lines and fields in manifest like:
Name: org/castor/xml

which don't play well with Java 1.6.0_29 javaws when caching is turned off.

(JAL-1023) ensure filename is properly escaped before embedding it in script

remove commented lines

simple escape utility class for JAL-1023 patch

Merge branch 'JAL-368_dragabovedesktop' into Release_2_7_Branch

(JAL-368) ensure window never gets a negative Y coordinate when dragged or resised.

Merge branch 'patch_JAL-1004' into Release_2_7_Branch

(JAL-1004) add mouse listener to internal panel

Merge branch 'JAL-986_idwidthprefs' into Release_2_7_Branch

(JAL-986) rendering to imageMap counts as rendering offscreen

Merge branch 'JAL-986_idwidthprefs' into Release_2_7_Branch

(JAL-985,JAL-986) documentation and tooltips

(JAL-985,JAL-986) allow different ID margin calculation for on and off screen rendering

(JAL-985,JAL-986) preference widgets for settings

(JAL-985,JAL-986) preferences documentation

(JAL-986) getter for integer user preference properties

(JAL-980) jmol classpath patch

Merge branch 'Release_2_7_branch'

Merge branch 'JAL-980_jmol_patch' into Release_2_7_Branch

(JAL-980) patch netbeans and installAnywhere builds

Merge branch 'JAL-980_jmol_patch' into Release_2_7_Branch

(JAL-980) use proper release number for Jmol libs (ahem)

(JAL-980,JAL-982) - applet console only allows console to be popped up in own window

(JAL-980) update binding for refactored Jmol constants and new interface methods

(JAL-980) update Jmol library to 12.2.16452 (built from SVN)

Merge branch 'Release_2_7_Branch_hotfix_JAL-962' into Release_2_7_Branch

(JAL-965) new api methods to allow features to be loaded without automatically enabling feature display.

(JAL-962) rejig parameter processing order so groups are hidden/shown before features are loaded on to alignment.

(JAL-962) allow group visibility to be specified before features in those groups are loaded on to the alignment. TODO re JAL-964

Merge branch 'Release_2_7_Branch'

redact previous commit - fileassociation tag not allowed in jnlp file. Will add an xslt task later on to add in fileassocs

removed unnecessary parameters and changed alignment upload to use file upload parameter (JAL-949)

compile swingreader component for java 1.5 (JAL-948)

Merge branch 'Release_2_7_Branch'

jnlps with and without file associations for default,1G and 2G memory.

broken link. rearranged opening pg

typo

switch to git release building

patch name, reference and URL for Multi-Harmony : JAL-724

ensure server errors return a URL and response document (JAL-715,JAL-724)

use jalview properties preference to enable RSBS editor JAL-715

same overzeaolous logic (JAL-915)

start of Release 2.7

JAL-944 - replaced stale PFAM links for 2.7 release. others will require more work

backout overzealous logic disabling feature links in original JAL-915 patch

NPE fix

apply version 2.7 copyright

exclude build artefacts from repository

updated documentation table of contents, menus and whats new for 2.7

documentation for news reader (JAL-943)

tweak installer with IA2010 - fixes installerObjects count to ensure new libs included

fix jar dependency in InstallAnywhere

tidying classpath and fixing InstallAnywhere build

tweaked dialog layout. should consider refactoring

add new dependencies for 2.7 release

make news window a modal dialog on the jalview desktop (JAL-943)

avoid deprecation and ensure dialog close event is passed to client

organise imports

more focus fixing (JAL-943)

fix logic to ensure first check for news is correct and records last modified for next check (JAL-943)

try even harder to get focus - for benefit of windows 7 (JAL-943)

ensure blog window gets put to front after dialogs close (JAL-943)

debugged example file again - old version had view update problems

refactor and remove excess imports (JAL-943)

jalview rss reader based on jswingreader (JAL-943)

help documentation for Jalview 2.7

JAL-747 - made warning message friendlier and more informative

fix for JAL-895 - new exampleFile_2_7.jar and logic to upgrade stale default startup entries so the faulty file is never loaded again.

numerically ataxic comments.

JAL-574 added option to enable/disable 'follow selection' function but commenting out for 2.7 release

JAL-940 - removed legacy service options from preferences and noted deprecation in .jalview_properties

JAL-468 typo and label length in dialog

patch for JAL-935 - warning messages raised when alignment and tree leaves are not proper subsets of either.

JAL-468 JAL-936 sort alignment by tree and autosort for new tree

tweak english

documentation for new preferences (JAL-234 and web services from 2.6.x)

documentation for JAL-234

JAL-860 fixed grammar for one structure vs many structures associated with selection

JAL-854 tweaked menu layout so services appear before the fetch DB refs submenu

typo

JAL-234 - default button to reset min/max colours and debugged dialog layout

JAL-934 - refactor to use label font functions
JAL-234 - default button to reset min/max colours and debugged dialog layout

JAL-934 - refactor to use label font functions

JAL-934 - standard label font functions

JAL-931 (related) - utility to split an alignment database in stockholm format into individual alignment files