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summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | patch | inline | side by side (parent: 0e66347)
documentation for new preferences (JAL-234 and web services from 2.6.x)
authorjprocter <jprocter@compbio.dundee.ac.uk>
Thu, 15 Sep 2011 13:19:06 +0000 (14:19 +0100)
committerjprocter <jprocter@compbio.dundee.ac.uk>
Thu, 15 Sep 2011 13:19:06 +0000 (14:19 +0100)
help/html/features/preferences.html patch | blob | history

diff --git a/help/html/features/preferences.html b/help/html/features/preferences.html
index 03b4993..014de2e 100755 (executable)
--- a/help/html/features/preferences.html
+++ b/help/html/features/preferences.html
@@ -22,11 +22,14 @@
 
 <body>
 <p><strong>Preferences</strong></p>
-<p>There are four tabs in the Preferences dialog box:
+<p>There are six tabs in the Preferences dialog box:
 <ul>
        <li>The <a href="#visual"><strong>&quot;Visual&quot;</strong>
        Preferences</a> tab allows you to configure the default display for a new
        alignment window.</li>
+       <li>The <a href="#colours"><strong>&quot;Colours&quot;</strong>
+       Preferences</a> tab allows you to configure default colourschemes for a new
+       alignment window.</li>
        <li>The <a href="#connections"><strong>&quot;Connections&quot;</strong>
        Preferences</a> tab allows you to change the links made from Jalview to
        your default web browser.</li>
@@ -39,6 +42,7 @@
        <li>The <a href="dassettings.html"><strong>&quot;DAS
        Settings&quot;</strong> Preferences</a> tab allows you to select which DAS sources
        to use when fetching DAS Features.</li>
+       <li>The <a href="../webServices/webServicesPrefs.html"><strong>&quot;Web Service&quot;</strong> Preferences</a> tab allows you to configure the <a href="http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws">JABAWS</a> servers that Jalview uses, and change the layout of the alignment's Web Services menu.</li>
 </ul>
 </p>
 <p><strong><a name="visual">Visual</a> Preferences tab</strong></p>
@@ -78,16 +82,25 @@ rendering of the alignment.</p>
 windows in wrapped mode or not.</p>
 <p><em>Gap Symbol</em> - The default gap symbol may be set to either
 &quot;-&quot; or &quot;.&quot;</p>
-<p><em>Colour</em> - The default colour scheme for a new alignment
-window. If the chosen option is &quot;User Defined&quot; then the last
-User Defined Colour loaded or saved via the User Defined Colours panel
-will be loaded.</p>
 <p><em>Sort by</em> - When the alignment is loaded in, it will can
 be sorted by Id or pairwise identity.</p>
 <p><em>Open file</em> - If this is selected then the default
 alignment file will be opened when Jalview is started. You can change
 the default file by clicking on file name and either typing in the file
 path or selecting it from the file chooser window.</p>
+<p><a name="colours"><strong>&quot;Colours&quot; Preferences tab</strong></p>
+<p><em>Alignment Colour</em> - The default colour scheme for a new alignment
+window. If the chosen option is &quot;User Defined&quot; then the last
+User Defined Colour loaded or saved via the User Defined Colours panel
+will be loaded.</p>
+       <p>
+               <em>Annotation Shading Default</em> - set the default minimum
+               and maximum colours used when <a
+                       href="../colourSchemes/annotationColouring.html">Colour by
+                       Annotation ..</a> is selected from the alignment window's colours menu.
+       </p>
+       <br>
+       </p>
 <p><a name="connections"><strong>&quot;Connections&quot;
 Preferences tab</strong></a></p>
 <p><em>URL Link From Sequence ID</em><br>