Merge branch 'develop' into features/r2_11_2_alphafold/JAL-629

JAL-629 deleted test output file from repo

JAL-629 mild improvement to test

JAL-629 Fixed ~ based test for build server

JAL-629 Add substituteHomeDir to getDirname().  Tighten dirname tests

JAL-629 Put old -props back as will now use old parser

JAL-629 Fix non-multi string bootstrap arg bug.

JAL-629 setprop test disabled as feature is disabled

JAL-629 parse SubVals once with ArgValue. Ensure SubVals exists. Change to setprops in Jalview.java comment

JAL-629 allow argfiles in argfiles, but avoid looping argfiles

JAL-629 allow comments in argfiles '#'

JAL-629 DON'T use quotation marks in argfiles as they are not interpreted (or needed)

JAL-629 Tests for FileUtils. Tidying counter substitutions. Fixing PAE opening.

JAL-629 more info in usage statement

JAL-629 Start of Usage statement

JAL-629 More consistent printing of --arguments. Example nf-core argfile

JAL-629 Remove debugging comment

JAL-629 --initsubstitutions as a bootstrap arg, new tests

JAL-629 sort files from java glob for predictability. reduce maxdepth of walkfiletree

JAL-629 Removed --headless to fix CommandsTest

JAL-629 added setprop. More filename based substitutions enabled.  Test for these.

Merge branch 'features/JAL-4134_treeviewerforcolumns' into develop

JAL-629 More extensive tests with real files being opened

JAL-629 fix bug for opening single named file with no args

JAL-629 Don't use new ArgParser if there are no --args and some -args

JAL-629 fix SubVals npe

JAL-629 extensive tests for ArgParser features

JAL-629 Added --opennew --nonews --nosplash. Added java globbing for = e.g. --open=**/*.fa. General debugging of argparser features for tests

JAL-629 Opening files in new windows. not working yet

JAL-629 open initial non-Arg arguments as files in separate alignment frames

JAL-629 improvements to argparser toString. Improvements to cli paeFile structure selection. Allow label subval for paefile

Merge branch 'develop' into features/JAL-4134_treeviewerforcolumns

JAL-4158 first attempt at stashing colours for contact matrix groups and allowing them to be overlayed on the contact matrix visual. NEEDS TESTS!

Merge branch 'develop' into features/r2_11_2_alphafold/JAL-629

JAL-629 Test tidyup

Merge branch 'patch/JAL-4153_flakyJvCacheableInputBoxTest' into develop

JAL-629 don't clear appProps in tests

JAL-629 refactor ArgParser and helper classes all to jalview.bin.argparser to remove static classes.  Clear properties after tests.

JAL-629 null checks for Desktop.instance.closeAll(). Props re-loaded after CommandsTest.

JAL-4134 override default hasTree so PAE tree is saved!

JAL-4153 longer Thread.sleep() calls in the hope that the test might pass on Bamboo

JAL-4134 - missing Jalview project JAXB class - st. patricks day commit curse

Merge branch 'develop' into features/JAL-4134_treeviewerforcolumns

JAL-4150 test and quick patch copying code from AlignFrame.paste() to Desktop.paste() so internal paste works from popup menu

JAL-2349 JAL-4134 Console log messages for contact matrix selection

JAL-4134 propagate column selection changes in tree and alignment views

JAL-4134 fix off-by-one in selection

JAL-4134 fix NPEs when matrix not resolved or alignment view is closed

JAL-4134 better popup menu name ‘Tree for Contact Matrix’

JAL-2349 test TODOs

JAL-2349 fix off by one when resolving columns for sequence associated contact matrix

JAL-629 restore original tests memory settings

JAL-629 restore original tests memory settings

JAL-629 Check for new commandsSuccess before quit

JAL-629 move getdown update to earlier stage

JAL-629 Back to forking tests

JAL-629 All applications System.exits going through Jalview.exit

JAL-629 whittling down options for successful tests

JAL-629 whittling down options for successful tests

JAL-4134 fix up column selection when hidden regions are present. Needs tests!

JAL-4134 store/restore Newick tree for PAE annotation row

JAL-629 whittling down options for successful tests

JAL-629 whittling down options for successful tests

JAL-629 more memory to tests task

JAL-629 add in jvmArgs for memory for tests and keep increased clover memory

JAL-629 remove jvmArgs for memory for tests. Increase clover memory

JAL-629 Add in jvmArgs for memory for tests

JAL-629 closer to normal gradle settings with just increased test memory

JAL-629 increase test JVM size

JAL-629 failFast and new threads for each test

JAL-629 increased memory for clover

Merge branch 'features/r2_11_2_alphafold/JAL-629' into features/r2_11_2_alphafold/JAL-629-new_temp_test_branch

JAL-629 revert metal laf

JAL-629 Set Metal as default LAF for build server tests

JAL-629 fixed a test failing when run without a Jalview.main() having been started in another task

JAL-4091 JAL-4147 - revised annotation label display so consecutive runs of rows with the same label have their description shown instead of the bare label

JAL-4091 JAL-629 ‘Add Reference Annotations’ takes description into account when looking for potential addees - reverts change in 8fce85002e6f6a5957dc95662c6a3d80fcce8e82 so PAEContactMatrix annotation labels are consistent.

JAL-2349  don’t clobber existing label/description for an annotation when associating it with a contact matrix

JAL-4134 JAL-3855 store/restore groups, tree and threshold used to cluster a PAE matrix

JAL-3833 fixed HiDPI test for macOS

JAL-629 Commands more objecty, less classy. FileLoader with sync option (or rather default async flag).  Tests adjusted.

JAL-629 teardown in CommandsTest

JAL-629 Allow substitutions of {} = defaultCounter, {n} = autoCounter, {++n} = incremented autoCounter on args involving an output filename.

JAL-629 --substitutions --nosubstitutions flags, --nil[{++n}] just in case needed

JAL-629 Auto and Default count incrementer args. Flags for output filename replacements.

JAL-629 start of CommandsTest. More ArgParserTests.

JAL-629 start of tests and more examples

JAL-629 start of tests

JAL-629 --argfile=glob implemented. Remove reference seq from pAE Matrix annotation label

JAL-629 --close individually for each AlignFrame opened now allows batch processing of jobs in one jalview instance

JAL-629 improved comment and return speed of StringUtils.replaceLast()

JAL-2349 handle matrix_clicked on mouse_release rather than mouse_pressed so click-drag to resize the annotation row doesn’t trigger a selection event as well.

JAL-629 --quiet [no stdout], --quiet --quiet [no stderr]. Tidied up BootstrapArgs. Multiple --argfile=... can be used.

Merge branch 'features/r2_11_2_alphafold/JAL-629' into features/JAL-4134_treeviewerforcolumns

JAL-629 Fix --headless for new args. Fix progressbar for non-headless commands. Add an --argfile=... feature

JAL-629 stash some TFType and PAEFile info into a PDBEntry

JAL-629 Fix null AlignPanel. More descriptive label of pAE Matrix allows 'Add reference annotation' to be enabled for subsequent PDB+PAE files.

JAL-629 Improved consistency of ArgParser classes (use of ArgValuesMap). Added setting, checking and fetching ID value for ArgValues to allow easier linking of arguments.  Added argIndex for boolean Args.  Made noDuplicates (no duplicate values) an Arg Option.

JAL-629 slight tidy up

JAL-629 Removal of unnecessary methods. Set pLTTD tempfac for EBIAlfafold. Simplify adding cmannot.