Merge branch 'develop' into features/JAL-1956_featureStyles

Conflicts:
src/jalview/appletgui/FeatureRenderer.java
src/jalview/appletgui/FeatureSettings.java
src/jalview/gui/AnnotationExporter.java
src/jalview/gui/FeatureSettings.java
src/jalview/gui/Jalview2XML.java
src/jalview/io/FeaturesFile.java
src/jalview/io/SequenceAnnotationReport.java
src/jalview/schemes/FeatureColourScheme.java
src/jalview/viewmodel/seqfeatures/FeatureRendererModel.java
src/jalview/ws/jws2/AADisorderClient.java
test/jalview/io/FeaturesFileTest.java

JAL-2098 identify feature file with "<" in feature type name

JAL-2018 export graduated feature colours correctly

Merge branch 'features/JAL-192_scalerelativetoseq' into develop

JAL-192 fix javadoc

JAL-192 JAL-2099 unused variables

JAL-1551 formatting

JAL-192 JAL-2099 reuse refactored scale code for wrapped view

JAL-192 JAL-2099 factored out calculation from rendering code #3

JAL-192 JAL-2099 factored out calculation from rendering code #2

JAL-192 JAL-2099 factored out calculation from rendering code #1

JAL-2100 centre triangles on hidden column vertical mark and place them below numbers on ruler

JAL-2100 optimisation

JAL-2100 triangles shown below in jvdesktop unwrapped ruler

JAL-192 patch off-by-one for pathological gap case
JAL-2099 fix incorrect numbering with hidden-columns

JAL-2068 better documentation in example script

JAL-192 patch for off-by one and pathological case (hide inserted regions + set reference sequence -> column positions numbered with seq-number+’-‘ ! )

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git
into develop

Conflicts:
lib/xercesImpl.jar

JAL-2074 reinstated xerces-impl.jar

Revert "JAL-2074 removed xerces to explore wierdness"

This reverts commit e9ed820777700129be68c32f9fb80a84acd381b9.

JAL-2092 hide columns with/without feature

JAL-2074 corrected classpathentry for Groovy 2.4.6

Merge branch 'groovy/JAL-2074_upgradeto2.4.4' into develop

merge

JAL-1563 JAL-2091 Added total result count to Uniprot pagination, implemented caching of selections for FTS services pagination, and added horizontal scrollbar to structure chooser summary table

JAL-2090 removed test for Java > 1.1 to enable transparency

JAL-2050 hide introns also when fetching Ensembl xrefs for Uniprot

Merge branch 'r291_docs' into develop

JAL-2091 disable pagination buttons during initialisation

JAL-1563 JAL-2091 Added generic pagination for FTS Service, pagination for PDB FTS, error handling for Uniprot FTS rest client and minor refactoring/housekeeping

JAL-1563 Fixed Uniprot FTS result-set count error, added blank image placeholder to prevent UI from jittering during a search operation, reverted timer for search textfield back to 1.5ses

JAL-1270 move some Network tests to External (require third-party services)

JAL-1270 capitalise test groups

JAL-2089 JAL-1551 formatting

JAL-2089 release 2.9.1 entry in release notes

merge

JAL-1563 house keeping/updated API doc for new method added for FTS pagination

JAL-1563 Further increased swing timer for search textfield to 2500ms, removed 1200ms delay which was initially added to enable the search summary table initialise without interference, and implemented pagination for Uniprot FTS

JAL-2051 better checking of retrieved / duplicated accession ids

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

Merge branch 'features/JAL-192_scalerelativetoseq' into develop

JAL-192 need visible and actual sequence limits for scale

JAL-192 fix bounds when no hidden regions, and when sequence contained in hidden region

JAL-192 scale origin relative to start of reference sequence, & deal gracefully with reference sequence being completely hidden

JAL-966 JAL-1553
 todo: remove UI components from Column Selection code

JAL-1551 formatting


JAL-192 ‘efficiently’ locate visible bounds for a sequence (needs scalability testing)

JAL-1551 formatting

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-1563 increased swing timer for search action from 500ms to 1500ms

JAL-2083 removed use of reflection for Groovy

JAL-1563 fixed failing tests for FTS Rest Client core

JAL-1563 Increased default response size to 500, and tweaked 'Organism' and 'Gene Names' column width parameters

JAL-1563 Implemented hack to make table both scrollable and resizable and made Uniprot responses to be sorted by score

JAL-1563 Added Id (Uniprot Id) to the dynamic column config file and changed primary key from 'entry name' to 'Id'. Also fixed generic batch retrieval mode when the search target is set to the primary key column

Merge branch 'features/JAL-192_scalerelativetoseq' into develop

JAL-192 fix off-by-one for alignment ruler with no reference

Merge branch 'features/JAL-192_scalerelativetoseq' into develop

JAL-192 show reference sequence position and residue in ruler

JAL-1563 Added fix to prevent swing timer from reinitiating search action when jalview gains focus on the FTS interface

JAL-1366 JAL-2086 reinstate bolding of reference sequence

JAL-2085 JAL-2086 fix hiddenRepSequence and new referenceSeq getter

JAL-1563 further modificaiton of the uniprot data column configuration file

JAL-1563 Modified Uniprot data column configurations and improved implementation to cope with when there are discrepancies between search code and column code

re-enabled new uniprot sequence fetcher on spike branch

JAL-2079 fix broken cherry-pick conflict merge

Merge branch 'develop' of source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-2079 update GPL header for new Xfam tests

JAL-2079 use new service to retrieve Rfam Seed alignment

JAL-2084 JAL-2079 removed RFAM(Full) from Xfam Network tests

JAL-2079 disable RFAM(Full) source until we can retrieve data

JAL-2079 update URL for RFAM and PFAM sources

merge

JAL-2079 allow prefix+<XFAMID>+suffix type URL signature

JAL-1563 reverted to old uniprot fetcher to enable Geoff's presentation tomorrow

JAL-2077 reinstate JAL-1554 fix for left-then-right click workaround to prevent ID links opening

JAL-2077 reinstate annotation label popup by handling at MousePressed rather than MouseClicked

JAL-1981 catch any exception when setting QuaQua look and feel

Merge branch 'develop' into groovy/JAL-2074_upgradeto2.4.4

Merge branch 'bug/JAL-2080_javaws_slow_291' into develop

JAL-2080 removed all 'Class-Path' references in libs

JAL-2080 removed classpath references to Xerces and commons-logging in jar manifest

JAL-2080 mark jalview.jar as main jar resource

merge

JAL-2071 improvement to get column data files as InputStream

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-2071 changed extension for data column config files

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-2071 resolved fts data column config file path for PDB and UniProt

JAL-2071 House keeping

JAL-2074 removed hard-coded groovy lib path in classpath

JAL-2071 improvement to reduce webservice requests to Free Text Search (FTS) services by using swing timer to deffer textfield actions until user stops typing for a certain amount of time

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-2074 disable security manager at start up re: lopica.sourceforge.net/faq.html#nosandbox

JAL-2074 removed xerces to explore wierdness

JAL-2074 reinstate upgrade to groovy 2.8.4-indy

JAL-2074 reinstate upgrade to groovy 2.8.4-indy

JAL-2074 add the groovy 1.8.2 library back to classpath

develop merge

JAL-2074 backed out groovy upgrade - back to 1.8.2