Merge branch 'bug/JAL-3166npeAllRowsHidden' into develop

Merge branch 'feature/JAL-3169cancelOverwrite' into develop

Conflicts:
src/jalview/io/JalviewFileChooser.java

Merge branch 'develop' of source.jalview.org/git/jalview into develop

Merge branch 'feature/JAL-3143ensemblJSON' into merge/JAL-3143

Merge remote-tracking branch 'origin/feature/JAL-3141_backupfiles_for211' into merge/JAL3141

Merge branch 'feature/JAL-3141_backupfiles_for211' into develop

JAL-2527 default Overview 'hide hidden' i.e. WYSIWYG

JAL-3201 group colour schemes distinct instances

JAL-3200 fast lookup of DSSP3 notation

JAL-3198 don't recalculate group conservation for Id Panel selection

JAL-3198 SequenceGroup 'bulk constructor' without duplicates check

JAL-2915 don't recalculate Overview on scroll to position, ever!

JAL-2738 don't set AF as feature score

JAL-3141 improved message for asking whether to delete files (file modification time and size added to info to help user decide

JAL-3141 Sensible refactoring for confirming deleting 'newer' old backup files

JAL-3141 User warning when deleting old backup files that are newer than the previous backup file

JAL-3141 re-order deletion of old files and check lastModified times with their replacements

JAL-3141 Added warning/confirmation when suffixReverse is changed without changing suffixTemplate or suffixDigits (Bad Things might happen to previous backup files)

JAL-3141 Moved 'Previously saved scheme' combo box preference out to 'Cancel changes' button.  Tidied up the Summary box display.

JAL-3143 update unit test for ID -> id change

JAL-3141 Slight efficiency gain in detecting backupfiles in the File Chooser

JAL-3141 Enabled the 'Include backpup files' checkbox for loading alignments from local file

JAL-3141 Found a good fix for updating the FileChooser list of files when 'Include backup files' checkbox is checked/unchecked.

JAL-3141 Found a (not ideal) fix for updating the FileChooser list of files when 'Include backup files' checkbox is checked/unchecked.

JAL-3143 format alleles array for feature description

JAL-3141 improvement on BackupFilenameParts filename matching

JAL-3141 fixed test

JAL-3141. This adds quite a lot of code to allow an 'Include backup files' checkbox in the 'Load Project' JalviewFileChooser. However I cannot for the life of me get the file list in the FileChooser to refresh /reliably/ on a mac at least anyway (it does about 1 time in 9git status).

JAL-3141 Added a '.fa' to filename examples

JAL-3141 Change of label (change of '_' character to ' ')

JAL-3141 Change of label

JAL-3141 Removed border around example filenames in Backups Preferences pane

JAL-3141 New layout and wording of Backups Preferences pane after consultation with SD. Seriously rationalised 'backupfiles...SetEnable' to allow for more complex widget enabling/disabling depending on other widget values. Fixed a buglet or two when there's an unusual selection of options (when suffix has no '%n' or is completely empty).

JAL-3141 Eclipse re-formatting of file

JAL-3018 Ensembl version updated to 9.0

JAL-3141 Reformatted code in eclipse

JAL-3141 Added Presets options in the Backups Preferences pane, with several presets available and sensible 'Default' option chosen first time.

JAL-3063 correct handling of absent choice element in DBRef Mapping

JAL-3141 Fixed what happens when suffix template has no '%n' index

JAL-3141 New message translations

JAL-3141 Rejigged the Preferences tab and changed some text

JAL-3141 Fixed tests for new placement of suffix after extension

JAL-3141 removing diagnostic output

JAL-3141 Fixed example filenames in Preferences pane (no extension in BackupFiles now), and new default template.

JAL-3141 Changed suffix position to after the extension (removed extension detection altogether), and changed initial defaults.

JAL-3141 Re-added some changes in Jalview2XML missed in the merge

Merge branch 'feature/JAL-3063jaxbNoCastor' into feature/JAL-3141_Create_a_backup_when_saving_projects_and_other_files
JAL-3063 switched from castor to JAXB - backupFile bits added to jalview.project.Jalview2XML

Merge branch 'develop' into feature/JAL-3063jaxbNoCastor

JAL-3143 'id' not 'ID' attribute drives generation of variant link

JAL-3116 clear out whitespace when materialising Sequence object from Uniprot XML

JAL-3141 Remove no longer used exampleLabel

Merge branch 'feature/JAL-3063jaxbNoCastor' into develop
JAL-3063 todo: add castor-1.1-cycle.jar back to libraries inorder to ensure VAMSAS functionality remains

Merge branch 'features/pca_jaxb_datasetrefs_JAL-3171_JAL-3063_JAL-1767' into develop

JAL-1767 test that changing view association for PCA panel can be restored

JAL-1767 refactor associated view logic to public method and synchronise PCAPanel.av/ap with RotateableCanvac.ap/av

JAL-1767 patch buggy PCA view association test

JAL-3141 Forgot this file, sorry!

JAL-3141 Added a 'Save Project as...' File menu item, always asks for filename. Altered 'Save Project' File menu item to automatically save if both 1) projectFile is set (e.g. loaded or previously saved), 2) Backups is enabled

JAL-3141 Made more constants

JAL-3186 remove Variable Colour from popup menu

JAL-3186 remove duplicate message keys

JAL-2069 wider dialog so all fields show!

Conflicts:
src/jalview/gui/FeatureTypeSettings.java

JAL-2069 clear any error colour when setting threshold from slider

JAL-3125 tidy up

JAL-3125 avoid slider 'rounding' threshold field value

JAL-3141 removed redundant method to tests

JAL-1767 failing test to check if the PCA view association is correctly saved and restored

Merge branch 'feature/JAL-3063JAXB' into features/pca_jaxb_datasetrefs_JAL-3171_JAL-3063_JAL-1767

Merge branch 'feature/JAL-3063JAXB' into feature/JAL-3063jaxbNoCastor

JAL-3063 remove stale JAXB binding POJO

Merge branch 'feature/JAL-3063JAXB' into features/pca_jaxb_datasetrefs_JAL-3171_JAL-3063_JAL-1767

Merge branch 'feature/JAL-3063JAXB' into feature/JAL-3063jaxbNoCastor

JAL-3063 - ant task for regenerating JAXB schema - could be optimised further

JAL-3141 language word ending corrections

JAL-3141 Added i18n for the example filenames in Preferences

JAL-3141 forgot to add this file after extracting the class!

JAL-3141 Made one more suggested change from code review

JAL-3141 Made some more suggested changes from code review

JAL-3141 Made some suggested changes from code review

JAL-1889 additional test for clover-added fields

JAL-1889 ignore 'synthetic' fields added for jacoco

JAL-1767 minimise local variable scope

JAL-1767 port save/load PCA panel to JAXB - JAL-3063

JAL-3171 JAL-3063 merge updates from JAL-1767

Merge branch 'features/JAL-1767pcaInProject' into bug/JAL-3171_maintain_datasets_across_views

JAL-2791 JAL-2808 correct Javadoc for api method

JAL-3032  ignore /site also on non-JS branches

JAL-2846 ahem - proper release note for this fix from KJVDH !

JAL-3178 known defect in release notes

JAL-3111 JAL-2846 release notes

Merge branch 'bug/JAL-2846' into develop

JAL-3111 tweaked release notes and documented JAL-2864

Merge branch 'bug/JAL-2864nullOverviewCanvas' into develop

JAL-2865 release notes

Merge branch 'bug/JAL-2750' into develop

Merge branch 'task/JAL-3174_fixed_filename_tests' into develop

JAL-3174 backout un-needed stacktrace for exception raised during testing (since we expect it)

JAL-3174 Merging in some test filename-case fixes

Merge branch 'bug/JAL-2541cutRelocateFeatures' into develop

JAL-2541 JAL-2822 release notes