updated documentation table of contents, menus and whats new for 2.7

documentation for news reader (JAL-943)

tweak installer with IA2010 - fixes installerObjects count to ensure new libs included

fix jar dependency in InstallAnywhere

tidying classpath and fixing InstallAnywhere build

tweaked dialog layout. should consider refactoring

add new dependencies for 2.7 release

make news window a modal dialog on the jalview desktop (JAL-943)

avoid deprecation and ensure dialog close event is passed to client

organise imports

more focus fixing (JAL-943)

fix logic to ensure first check for news is correct and records last modified for next check (JAL-943)

try even harder to get focus - for benefit of windows 7 (JAL-943)

ensure blog window gets put to front after dialogs close (JAL-943)

debugged example file again - old version had view update problems

refactor and remove excess imports (JAL-943)

jalview rss reader based on jswingreader (JAL-943)

help documentation for Jalview 2.7

JAL-747 - made warning message friendlier and more informative

fix for JAL-895 - new exampleFile_2_7.jar and logic to upgrade stale default startup entries so the faulty file is never loaded again.

numerically ataxic comments.

JAL-574 added option to enable/disable 'follow selection' function but commenting out for 2.7 release

JAL-940 - removed legacy service options from preferences and noted deprecation in .jalview_properties

JAL-468 typo and label length in dialog

patch for JAL-935 - warning messages raised when alignment and tree leaves are not proper subsets of either.

JAL-468 JAL-936 sort alignment by tree and autosort for new tree

tweak english

documentation for new preferences (JAL-234 and web services from 2.6.x)

documentation for JAL-234

JAL-860 fixed grammar for one structure vs many structures associated with selection

JAL-854 tweaked menu layout so services appear before the fetch DB refs submenu

typo

JAL-234 - default button to reset min/max colours and debugged dialog layout

JAL-934 - refactor to use label font functions
JAL-234 - default button to reset min/max colours and debugged dialog layout

JAL-934 - refactor to use label font functions

JAL-934 - standard label font functions

JAL-931 (related) - utility to split an alignment database in stockholm format into individual alignment files

JAL-931 - groovy test harness code.

test data for JAL-701

patch for NPE (not clear if NPE is evidence of deeper bug in feature renderer state)

JAL-766 JAL-733 - new alignment->jmol associations are automatically used to colour structure

JAL-766 JAL-733 - new alignment->jmol associations are automatically used to colour structure

fix for JAL-930

JAL-766 JAL-733 - new alignment->jmol associations are automatically used to colour structure

JAL-927 ensure api method calls that affect GUI state or spawn javascript callbacks are executed on the AWT worker thread

note about ensuring callers of loadAlignment(..) save the new alignment
windows reference so they can use it in other calls to the API.

patch for JAL-731

patch for JAL-729 - NPE avoided and cut and paste import pane is opened

JAL-915 - ensured that exceptions are not raised in applet or application, and that sequence ID popup menu includes the 'reveal all' item to show all sequences again.

fix for JAL-917 - ensure all sequence strings are made uppercase before alignment

fix for JAL-917 - ensure all sequence strings are made uppercase before alignment

JAL-715 - conditional to hide the RSBS service editing pane until system fully implemented

JAL-715 rsbs service editing

JAL-715 JalviewDialog for RSBS service editing pane

JAL-715 store/reset .jalview_properties setting for RSBS service list

JAL-715 serialise and deserialise multiple rest client strings as a jalview property

JAL-715 - notify user of parsing problems for results from a service's URL

retrieve URL for datasource of packed set

ensure parsing errors and 'lack of data' errors are passed back as exceptions

JAL-715 need to URLencode constant values when serializing them to ensure URL string is valid

JAL-715 - grammar for warning message.

added notes on third party library licencing and updated netbeans builder library deps

JAL-919, JAL-715 - prototype service editing dialog using jalview parameter model to configure service definition and associated bug fixes to jalview.ws.rest package

JAL-633, JAL-591 - refactored ArgumentI.getValue from jabaws .getDefaultValue
Introduced 'compact' parameter display mode and more refactoring

refactored popup dialog boilerplate code to own class

JAL-633 simple concrete parameter and option objects for use within Jalview

JAL-633, JAL-591 - refactored ArgumentI.getValue from jabaws .getDefaultValue

constructor only needs GUI container interface

JAL-591 - refactored web service parameter dialog to allow options and parameters to be used in other dialog boxes

JAL-715 - better validation logic

debug dialog

JAL-715 - prevent empty elements being generated

JAL-715 dialog for interactively editing a new or existing rest service

new Swing and SWT capable form layout manager - miglayout

JAL-715 bugfixes and refactor of parsing code for use in service designer GUI

refactor labelled button creator to JvSwingUtils

JAL-715 - simple tests and functions for IO of service as '|' string

JAL-715 - allow rest service attributes to be exported and imported as a | separated string

JAL-908 JAL-912 JAL-516 documented annotation HTML description line and general tidyup of group associated annotation documentation for 2.7 update.

JAL-908,JAL-701 - patch applet to strip HTML tags from HTML annotation description

JAL-908 JAL-701 refactored HTML escape/unescape code for sequence feature descriptions

testdata for JAL-701 and JAL-908

remove debug message

fix for JAL-701 - ensure '<' appears in tooltip in application and allow html tags (JAL-908)

minor efficiency refactor

JAL-907 testdata for JAL-701

JAL-907 - test data directory readme

JAL-853 use service action attribute to index services in webservices menu and hardwire jaba services to populate Alignment service menu

remove any trailing '/' from the URL before validation and acceptance

avoid NPE race condition when several threads waiting on a sequence fetcher discovery thread

fix for JAL-888

fix for JAL-888

JAL-898 - ensure we only remove a clargs progress bar if we added it

JAL-813 fix - check whether conservation is applied to colourscheme before we set conservation object (and so enable conservation)

JAL-867 - rejigged layout to a single splitpane wide enough for longest combobox (paramset name or option) and removed dead code

JAL-750 automaticScrolling is true by default

JAL-750 - automaticScrolling=true by default. Refactored to use getDefaultParameter for parsing boolean applet parameters

JAL-747 - warning dialog if Jalview can't resolve filename for a structure in a Jmol view.

JAL-904 added scrollToRow and scrollToColumn methods to javascript API and reintroduced getSequenceSetId to retrieve the unique ID for an alignment.

example script that will submit a muscle jabaws job using the currently loaded alignment (JAL-894)