JAL-3026 fix bug loading Jalview Project (in Java)

Merge branch 'develop' into Jalview-JS/develop

better resource loading/file caching

caching of DnD files dropped

jmol-app updated for SwingJS ZipTools upgrade

localizes Thread colourby so that it does not cause ThreadStateException
in Java

comments only

missing check for JavaScript in client response for String (Java) vs.
Map (JavaScript) -- since JavaScript has already done the conversion to
a Map and needs no further JSON parsing.

unused old SwingJS dependencies

unused old SwingJS dependencies

Adds _j2sclasslist.txt to SwingJS distribution; fixes missing
menuListener

Merge branch 'bug/JAL-3218scalePanelPopups' into develop

JAL-3193 no separatge EnsemblGenomes source in SequenceFetcher

Merge branch 'develop' into Jalview-JS/develop

JAL-3193 rest.ensemblgenomes.org merged to rest.ensembl.org

JAL-3018 REST version updated to 10.0

JAL-3033 and more classes for examples core

JAL-3033 jalview.org/jalview-js/JalviewJS.shtml?open%20http://www.jalview.org/examples/uniref50.fa

JTable improvements

- prevents loss of tool tip when clicking or editing

- corrects offset of center label in variable color option

- speed somewhat improved

better comment regarding setting recognized ajax-enabled sites

Merge branch 'Jalview-JS/develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/develop

code formatting only

JAL-3033 more classes for the kitchen sink

JAL-3033 updated classlist for loading the example file (jim's kitchensink corefile)

File caching activated explicitly in Platform

Fix for #196  EBI does not allow AJAX on Tools/dbfetch  - now they do.

command line fix

Merge branch 'Jalview-JS/develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/develop

fixes for Jalview command-line URI code

JAL-3204 update to uniprot schema

Merge branch 'Jalview-JS/develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/develop

j2sNative cleanup; fix for JTextArea preferred height miscalculation

JAL-3220 j2sIgnore on 3 more main methods

JAL-3220 j2sIgnore on main methods on test / utility classes

JAL-3220 unneeded main methods removed

Merge branch 'develop' into Jalview-JS/develop

replacing @j2sNative with @j2sIgnore where appropriate - requires NEW
TRANSPILER

removing early SplitPane SwingJS hack

JAL-3021 show Sequence Details with cursor at top

j2sNative clean-up. Fixes problem with second try of sequence fetching
not retrieving (cached) data

#210 Fixes Ensembl fetch problem (really)

JAL-3218 allow both Hide and Reveal in scale panel popup menu

Merge branch 'Jalview-JS/develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/develop

note to self: Time to write a good interface and stop doing this secret
calling of swingjs methods.

JAL-3033 generalised publish-core-template ready to enable multiple templates/core-file html endpoints to be generated

JAL-3033 always run the toJs core file build before building core files from classlist/*.txt

JAL-3032 use small example Ensembl gene for JalviewJS

updated _j2sclasslist.txt adds a few more files (see end of file)

embedded core-file demo for faster loading

Ajax enhancements

first demo of embedding components as simple divs with known ids

jsmol2.php?? must have been just for testing

JSON refactoring of a few methods; fixing JavaScript issues

jalview-pca-div added

Merge branch 'Jalview-JS/develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/develop

JAL-3033 build.xml:build-site runs build-site.xml to populate site/ with prebuilt/deps

adds TreePanel name jalview-tree

adds StructureViewer name jalview-structureviewer

adds SplitFrame name jalview-splitframe;

adds RnaStructureViewer name jalview-rnastructureviewer;

adds Desktop name jalview-desktop;

adds AlignFrame name jalview-alignment;

clean up implicit object refs

Cache JS adds search of Info for jalview_xxx properties

#210 Ensembl fix; adds embedding test

was incorrect catch parameter in close() of swingjs/json/JSON.js

Merge branch 'Jalview-JS/develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/develop

Merge branch 'develop' into Jalview-JS/develop

Conflicts:
.classpath

JAL-3140 InstallAnywhere updated to intervalstore-v1.0.jar

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-3140 intervalstore now v1.0 (public release)

JAL-3111 Disable the pubapplet target in build.xml so cruisecontrol build can complete

#211 corrects swingjs.JSUtil.parseJSONRaw$S call

Merge branch 'develop' of source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-3111 biojava dependencies

JAL-3111 fix libquagua dependency paths - needs to be checked on OSX InstallAnywhere

JAL-3111 fix jabaws dependency name in IA config

JAL-3111 intervalstore library on IA classpath

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-3111 typo in IA config

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-1889 patch for failing isControDown test on build server

JAL-3111 update InstallAnywhere dependencies for changed libraries

Merge branch 'develop' into Jalview-JS/develop

Merge branch 'feature/JAL-3181linkOrdering' into develop

Merge branch 'develop' into Jalview-JS/develop

JAL-2620 improved error reporting on failure to load resource files

JAL-3032 small formatting and isJS() tidy

reinstating test data for JalviewJS

comment out of @j2sNative block

allows web-page embedding

consolidation of Platform isJS calls

isJS cleanup

clean-up of isJS business for (temporarily) noneditable JS JComboBox

Platform comment about isPopupTrigger

upgraded Platform.java

Merge branch 'develop' into Jalview-JS/develop

JAL-2717 adjusted code so default correctly returned if i18n fails

JAL-3127 scripts updated for method signature change

Merge branch 'develop' into Jalview-JS/develop

JAL-1889 explicit recalc of geometry for scale left/right/above on/off