JAL-2844 branch colour setter improved

JAL-2866 remove forester's submodule folder

JAL-2866 remove forester from .gitmodules

JAL-2872 added setters for GUI sizes

JAL-2798 added != null check for Aptx trees

Revert "JAL-2890 added CIPRES client .jar"

This reverts commit 17fdf9ce81e035bfe43695f997bb9a83dce52815.

Revert "JAL-2890 proper .jar this time and copied cipres' example class"

This reverts commit b7dca7564f78d231297a4d8be3fbea90cd572a14.

Revert "JAL-2890 added CIPRES' javadoc .jar to Jalview lib"

This reverts commit a4824de7060a7429991c35c56252dab7be7d3cde.

JAL-2805 small redundant method call fix

JAL-2890 added CIPRES' javadoc .jar to Jalview lib

JAL-2890 proper .jar this time and copied cipres' example class

JAL-2890 added CIPRES client .jar

JAL-2805 disabled Nexus file identification(as its parser is unreliable)

JAL-1951 added comment to NexusFile clarifying Forester's broken parser

JAL-2794 tree viewer frame now has its binding object properly set

JAL-2798 now added to active views when associated with Jalview as well

JAL-281 added initialising trees to FileLoader if fileformat is treefile

JAL-281 added isTreeFile() boolean

JAL-2798 rough saving/loading a single Aptx view functionality present

JAL-2798 comments

JAL-2798 tree frame is now added to active views when added to Jalview

JAL-2798 added methods for getting/adding external tree viewer

JAL-2798 added method to tree for writing to jalview project

JAL-2805 check actually works now

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into kjvdh/features/PhylogenyViewer

JAL-2798 Aptx is now saved to the project

JAL-2805 removed unused Aptx instance creation code

JAL-2805 added getter and setter for jalview association to tree frame

JAL-2886 trivial unit test fix

JAL-2754 renamed proguard.jar to include version number

JAL-2754 5.3.3 update of proguard.jar

JAL-2754 update to specify Java 1.8(+)

Merge remote-tracking branch 'origin/task/JAL-2662' into develop

Conflicts:
benchmarking/README

JAL-2662 Updated README

JAL-2884 old Newick trees are now loaded in as Aptx as well

JAL-2795 simplified instance creation from calculation

JAL-2798 alignmentviewport's current external tree is now set when a
viewer instance gets associated

JAL-1953 named various threads

JAL-2795 calculated trees are now passed along as Newick strings

JAL-2795 disabled most tests for now

JAL-2805 file identifying lines are turned to lowercase before matching

JAL-2805 correct nexus parser is now created

JAL-2805 Creating jalview sequence now requires the node itself (for the
name)

JAL-2805 added derive sequence when creating jalview sequence

JAL-2805 getNodeSequences returns a list now instead of array (size
isn't certain beforehand)

JAL-2805 added check for null node sequences during parsing (such as in
internal nodes)

JAL-2805 allow for non-xsd validating phyloxml parsing

JAL-2805 check no longer errors if the sequence is actually null (woops)

JAL-2805 added check for sequences already being present in tree nodes

JAL-2805 put the sequence setting in if statement (not all nodes have
sequences)

JAL-2805 added Aptx factory method reading directly from a File

JAL-2805 added nexus specific parser settings

JAL-2805 broke off the phylogenetic file formats into separate classes

JAL-2805 parser is now File based (instead of FileParse) and source is
now properly set

JAL-2805 Parse returns a TreeI array again

JAL-2805 node sequence is now immediately filled in by the constructor

JAL-2805 added forester --> jalview sequence converter

JAL-2805 added getter in trees for retrieving all node sequences

JAL-1953 moved DataConversions to Forester package

JAL-2844 changed threshold from double to float

JAL-2844 start on moving tree partitioning code into Forester

JAL-2877 added forester as jar once again

JAL-281 first line also checked for PhyloXML identification

JAL-2871 aptx Configuration now created through input stream

JAL-281 ForesterParser now extends from AlignFile

JAL-1953 Moved config to resources folder

JAL-281 ForesterParser factory methods added

JAL-1953 start work on storing nodes in a map per tree object instead of
all together in a static map

JAL-281 added file identify criteria for PhyloXML and Nexus

JAL-2874 made the actionlistener slightly clearer

JAL-2838 JAL-2872 added sorting from the Aptx frame (still misbehaving
with
multiple alignment views)

JAL-281 moved utility methods to .io package

JAL-281 split up TreeParser into separate format parsers

JAL-281 created Nexus and PhyloXML parser classes

JAL-281 cleared out useless tree parser class

JAL-281 added phyloxml and nexus to jalview fileformats

JAL-1953 moved now-generic methods outside of Aptx package

JAL-1953 -External from all interfaces names

JAL-1953 attempt at changing Aptx's font to Jalview's

JAL-2844 cladogram no longer vertically aligned (was rather confusing)

Merge branch 'kjvdh/features/PhylogenyViewer' of
https://source.jalview.org/git/jalview.git into
kjvdh/features/PhylogenyViewer

JAL-2844 made null tree nodes return null wrappers so partitioning works

Merge branch 'kjvdh/features/PhylogenyViewer' into
kjvdh/features/PhylogenyViewerInterfaces

Conflicts:
src/jalview/ext/archaeopteryx/AptxFrame.java
src/jalview/ext/archaeopteryx/AptxInit.java
src/jalview/ext/archaeopteryx/AptxTreePanel.java
src/jalview/ext/archaeopteryx/JalviewBinding.java
src/jalview/ext/archaeopteryx/LoadedTreeSequenceAssociation.java
src/jalview/ext/archaeopteryx/Tree.java
src/jalview/ext/archaeopteryx/TreeNode.java
src/jalview/ext/treeviewer/ExternalTreeParserI.java
src/jalview/ext/treeviewer/ExternalTreeViewerFrameI.java

JAL-1953 redundant tree interface instantiation removed

JAL-2852 EPS saving code ported from TreePanel to Aptx.

JAL-1953 added Y coordinate getter method

JAL-2852 merged the EPS button adding from main branch into interfaces

JAL-1953 node comparing now includes checking node IDs to prevent false
duplicate keys in the node hashmaps

JAL-1953 removed deprecated interfaces

JAL-2852 added EPS export button to File menu

JAL-1953 more progress on interfaces, jalview binding still problematic

JAL-2874 filtering alignment now also works when just zoomed in

JAL-2874 added filtering when a subtree is selected

Merge branch 'kjvdh/features/PhylogenyViewer' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into kjvdh/features/PhylogenyViewer

JAL-2877 disabled Jalview's own viewer for testing

JAL-2872 hide sort button in Aptx unless it's actually possible

JAL-2877 disabled Jalview's default tree viewer when loading files

JAL-1953 fixed interface misnaming

JAL-1953 start on making everything interface based

JAL-1953 renaming of concrete implementation as well