moved dataset sequence creation onto sequence method

create dataset sequence method

removed autogenerated todo

updated source generation for castor-1.1-cycle patched

added aligned codon frames, and dataset reference ids for sequenceSet and sequences to project xml

applet and application menu entry differences and consensus only differences

dataset alignments have a reference count which must be zero before they are finalized.

remove null pointer exception when embl file is not retrieved and comment about selecting for peptide or na sequences

todo comments

proper vamsas style binding of alignment sequence objects to newick node labels. modified binding of vamsas alignment to the SequenceSet id from the alignment viewport.

slightly faster validation patch (logging message concatenation and IdentityHashset patch to 1.1-cycle source)

bugfixed and removed some inefficiencies in marshalling

popup for non-fatal tree parsing error

quick fix for exceptions due to invalid embl refs

fix serious repetitive exceptions if user closes colour dialog box without selecting colour

catch occasional -ve imgWidth exception

added failsafe fix for cases where null sequence names are passed to constructor

introduce beginning of bug fix for parsing atv style newick tree files where the NHX comment appears between the node info (label bootstrap:distance[nhx&...]). Comments now raise a non-fatal warning message about incorrect tree parsing.

added facility for sending non-fatal warnings back to caller.

fixed typo in new 2_3 startup file default value

give treeviewer description its own contents entry and link it in better.

generalise name of prediction method

ensure default source dist is relative to basedir of build

allow source dist archive to be an absolute filename

added source-dist task

histidine should be midblue (noticed by Peter Knight via jalview-help)

comment concerning null exceptions generated when annotations read from a file are rendered in the applet

null pointer exception blocked redraw of annotation added to alignment via applet's annotations parameter

javadoc and bugfix for 'save' when jalview is default format

updated vamsas library (version for iscb demo)

ignore contents of this directory

added the '-tree' parameter to open a tree from the command line

javadoc

ensure current dataset reference is passed to the crossReference search method

added tree as an applet to application servlet parameter

null pointer exception bug fix

debugging cross references and duplicate sequence db refs

test cc change revoked.

test cc

javadoc

property for including debug info in classes

todo comment

fix crossRef retrieval so either protein OR nucleotide

uniprot synonym

better vamsas tree io (for when there are no nodemappings)

bugfix for vamsas demo

IO rearrangement for AMSAFile output

bugfix for vamsas demo and IO rearrangement for AMSAFile output

ignore random stuff to do with eclipse

preliminary IO classes - read javadoc for purpose

pickmanager on sequence and alignment position, vamsas pick broadcast and refactor for new DBRef management and generalised source and entry retrieval mechanism for references and cross references

refactor

new DBRef management and generalised source and entry retrieval mechanism for references and cross references

more semantic groupings of dbs

debugged mappings and translated sequence recovery

preliminary states for pca distribution io

preliminary methods for detecting internal sequence nodes

bugfix

mapping bug fixes

basic idea for recognising that a feature is a coding region.

bugfixes, partially working code for translation using existing translation associated with aligned sequences

comments for future viz/detection of internal sequence nodes.

updated to iscb demo vamsas-client version

refactored form of vamsas document interaction code

methods for traversing database reference space

new search method for finding references like other references.

bugfix and comments

moved to castor-1.1-cycle - a specially patched version of castor relating to jira bugs : jira.codehaus.org/browse/CASTOR-2027 http://jira.codehaus.org/browse/CASTOR-2012 http://jira.codehaus.org/browse/CASTOR-2011

ensure lines are drawn from first alignment column.

1.1 methods

vamsas-client-1.2 schema (mappings and Treenodes) and begun refactoring object binding code

vamsas mouseOvers

enable mouseover between DNA coding regions and translated peptide location

enable mouseover between DNA coding regions and translated peptide location and broadcast to vamsas session.

fix aligned DNA codon translation bug(s) and generate AlignedCodonFrame mappings for each translated sequence

recovery of identical dataset sequence object on undo (rather than creation of a new ds sequence with re-inserted residues)

AlignedCodonFrame holds mapping information between individual cDNA regions on dna and translated peptide sequences

fix modeller generated PDB file reading bug (missing HEADER line with PDB code)

JnetFIle is a readable format

score only annotation IO

mouseOver highlighting and broadcasting efficiency

thread safety during repaint

null pointer exception fix

searchresult highlighting on common dataset or specific sequenceI residue range

correct construction of new dataset sequence when residues are deleted

javadoc

fix for 'RF' annotation tags and ensured parser is robust to new/unknown two letter annotation tag codes.

prototype DBRef and Feature Type semantics (for annotating coding regions and distinguishing between DNA and peptide sequence databases)

moved castor-mapping.xsd to schemas

jalview source development documentation

fix compact annotation array routine

castor mapping file schema (for mappings in resources dir) - this is put in for development documentation purposes.

mapping file change for castor-1.1 upgrade

castor mapping unmarshalling logging

loglevel property constants and castor validation logger config

castor-1.1 classes (descriptors moved to subpackage)

castor-1.1 compatible classes from ant task

jalview 2.0 XML schema versions for backwards compatibility in future castor upgrades

New file for /homes/www-jalview

fixed jalview 2.3 bug where gapped aligned codons were always translated as inserted residues rather than aligned with eachother