Gap characters are now properly detected in the conservation and PID
calculation. They are always counted in the '-' element of the residue count hash.

Fixed so that all alternate residues are used to calculate blosum62
conservation.

Added order-preservation for clustalW alignment. No support for
recovering order yet.

sortByTreeMenu added

use AlignFrame.NEW_WINDOW_WIDTH

getTree method added

if not active tree, colour threshold grey

use NEW_WINDOW_WIDTH

invalidate alignPanel before changing size

new constructor for addtodesktop, sliders set to top layer

draws last residue

repainting issues fixed

treeMenuItem added, conservation sliders, finder top layer

added the alignment quality calculation from the old jalview, and
tried to debug conservation calculation based on existing alscript
code.

Conservation symbols : + = all props are conserved, * residues are
identical.

Fixed the job-failed message.

Now tries to set viewing parameters for distances and bootstraps appropriately.

slight mods again.

try out spinning logo

return from painting if size is 0

Printing wrapped alignment corrected

Display of wrapped search results corrected

endREs -1

conservation changed to quality

clear the last area in fast paint

scale above, left right added

bug adding null sequence to selection fixed

reads fasta files from uniprot web page

scale above, left rigt added

WebStartLocation form.

trival.

Fixed broken jnlp creation.

remember: do not check in quick bug fixes that you didn't test.

recent rebuild of the JPred client from WSDL2Java

Alignment quality with funky coloured histograms.

updated build strategy and checking for portability.

no more group editor

check annotation label widths as well as id widths

calls repaint, not just refreshpanels

for now, draw selection box bottom -1

seals selection box if at bottom of alignment

draws threshold position according to threshold, not mouse x

no longer used

Remove paintFlag ref

GRPAH_HEIGHT variable

checkfor gap characters

paintFlag removed

fastPaint flag added

reomve call to repaint

find top and bottom of group

add note about desktopManager

add fastPaint boolean

remove setdecorated line

amino acid gifs

dont draw first block if colour is null

fill in the gaps

setDesktopManager(new)

paint is now in drawComponent

showAnnotation added

annoation in print version

DONT SHOW ANNOTATIONS IF WRAPPED

next version of Jpred functionality using new client code.

New method for helping to quickly map different aligned versions of a
sequence.

New client code for JPred service includes return of msa and
Jprediction, and better job status information
(vamsas.dataTypes.Result).

mosueOver graph gives int, not float

Fast paint method implemented

Alignment Annotation added

ignore jnetconf

parses jpredfile into new alignment annotation

update conservation and consensus

anti_aliasing on

Uses conservation graph

testing Graphics2D

setMaximizable(false)

Build date determination

doh - stupid jim.

utility classes used in build.xml, and a dodgy perl script for
removing the signatures from jars.

JavaC target set to 1.4 for proper compilation of 1.5 code.

Added a flag to control if the "/<seq_start>-<seq_end>" field of
SequenceI.Name is included in fastA format files. This is used in the
Jemboss client.

added a an axis log4j appender property to the jalview.Cache.

new libraries for soap bits.

fixed the log4j messages.

cleaned up some comments and exception messages.

Updated version of axis to fix the j1.5 webstart problems.

Fixed a sensible default leaf distance (for files where only a few, or no distances are specified).

fix printing error

new seq selection -1

adjustForRemoveLeft / Right added

works even if col is 1 residue

reads MSF files even if PILEUP is missing

drawableSequence removed

no longer used

secondarycolour not used

add .fasta to save dialog

correct wrap alignment scrollbar size

resetSeqLimits altered

override showSaveDialog to prompt user if file exists

put bioinformatics into message

drag and drop files into jalview

add swing runnable to refresh panel on startup