JAL-970 document interactive RNA secondary structure editing

JAL-1173 - trap redraw buffer OOM errors. needs a test case - since the dialog doesn't get raised reliably.

JAL-1173 try to catch OOMs when loading annotation onto alignment (need JAL-1176) to recover from these problems

JAL-1076 add note in documentation about Alt rather than Control enabling group editing in applet

JAL-1130 transparent big version for JNLP and file icon

JAL-958 revised applet parameter documentation to standardise on long form 'normaliseSequenceLogo', but still allow short form for legacy test pages.

formatting

JAL-958 normalise logo menu options in applet

JAL-958 enable logo display when normalise option selected

JAL-516 JAL-759 JAL-1066 group & group colourscheme always gets notified when group membership changes

only recalc group conservation after last sequence operated on in a bulk add/remove operation

JAL-516 JAL-759 JAL-1066 group & group colourscheme always gets notified when group membership changes

JAL-958 JAL-966 refactor group/alignment associated conservation, consensus and logo logic to core model

JAL-1130 remove lossy logo versions

Merge branch 'JAL-1130' into develop

JAL-849 try harder and wait for longer for JABAWS to send back job output.

JAL-1171 refactor code to allow gui update for global status before and after results are parsed

JAL-1165 visual delay whilst results are processed.

JAL-1165 allow progress indicators on the web service window

JAL-1130 jalview spinning icon for web service dialog

JAL-1130 splashscreen logo

JAL-1130 new logo in help, splash screen and web services spinner

JAL-1130 new logo spinner in webservices status window

JAL-1130 large logo

JAL-1130 small rotating logo

JAL-1130 made SplashScreen able to be a dialog that supports opening of hyperlinks embedded in text

JAL-1130 refactored standard hyperlink handler code to desktop

JAL-1130 trial view of new logo on splashscreen.

JAL-1170 column and row positions confused in implementation of scrollTo API methods

todos

JAL-1065 documentation and image

JAL-958

JAL-842 documentation

2.7.1 squashed

typo

JAL-1065 whats new entry for tcoffee scores

fix image link

JAL-958 documented logo menu items

merge new 2.7.1 and 2.8 features into one

typo

JAL-958 flag indicating if visualization settings for new group annotation should be overwritten or preserverd

JAL-958 store/recover normalised flag

JAL-958 store normalised flag in jalview project

PCA what's new and score matrix documentation page

JAL-1013 JAL-1167 JAL-1121 JAL-1125

JAL-1027 JAL-1167 documentation and patched DNA/RNA matrix

JAL-1013 - employ index parameter rather than hardcode number for gaps in DNA or Protein encoding

JAL-1167 method and simple tests for printing score matrices as tab or
html formatted tables

JAL-979 tidy up shmmr hardcoded WS definition

JAL-1136 give pre-existing custom settings a special name when job parameter settings opened

formatting

patch for NPE when no services are available to resolve against

JAL-975 null any existing preset if user has supplied custom args

JAL-1162 catch security exception and just use bare modelFileName string for applet

JAL-994 fix when sequence is too short and no jobs run

JAL-1111 allow news reader window to be moved even when modal dialogs are shown

JAL-976 fix AACon name typo in source and GUI

typo

JAL-976 documentation for disorder, AACon, ClustalO services

JAL-975 note about black colouring bug

JAL-1066 documentation for per-sequence annotation colouring

JAL-1060 new dialog box image

JAL-1060 documentation for new layout

off by one for sequence associated annotation

unused variable

JAL-974 JRonn thresholds

JAL-591 adapt option layout to width of dialog box

JAL-975 JAL-974 JAL-976 always adjust height after new annotation added

JAL-974 show thresholds for disorder predictor annotation rows

JAL-1153 ensure _linecolour is copied in copy constructor

JAL-1111 news reader shouldn't be modal.

JAL-1111 doh - helps if you pass modality flag onto constructor

JAL-812 only trigger alignment redraw and calculation update after all sequences are deleted

JAL-1007 refactored code and patched calculation bug

JAL-1015 documentation for basic HTML sequence annotation report.

JAL-1075 JAL-1062 documentation and new figure for db selection dialog

JAL-1158 - request focus after opening window.

JAL-659 cope with case insensitive accessions by forcing to uppercase

JAL-1062 JAL-659 correct start position for retrieved sequence

JAL-1062 use matching region or first section of sequence source regex to select accession ID from query that includes range specification

JAL-1075 sort nodes alphabetically

JAL-1160 support horizontal mouse wheel scrolling events

JAL-1161 JAL-1160 implement custom mousewheel listener and increased scroll increment for annotation panel

javadoc

JAL-1015 equivalent menu items for applet - not visible at moment (need solution to JAL-1158 for exporting html from JalviewLite)

JAL-1015 new menu items in desktop popup menu for creating annotation report for sequence and sequence selection.

JAL-1015 resolve dataset sequence before searching for annotation

JAL-1157 new window for displaying HTML formatted text with menus for saving to a file, and toggling source/html format display for easy copy/pasting of information.

JAL-1015 refactor tooltip html generation code to jalview.io.SequenceAnnotationReport

JAL-974 - ensure annotation created in local sequence frame, not external accession reference frame

JAL-1064 patch for NPE when registerd database names do not resolve to one or more proxies

JAL-1155 fix panel length calculation for grouped graphs and refactor to alignment view model

JAL-1066 limit available rows to per-sequence when selected and disable if no sequence associated annotation

JAL-974 skip empty rows

JAL-974 set GlobPlot raw/smooth score annotation rows to be hidden by default

formatting

JAL-1153 JAL-1155 improved layout and allowed labels to rescale for grouped linegraphs

JAL-1153 new runtime property set to first non-null annotation element colour

JAL-48 patch NPE when encountering an alignment window on desktop which has not been saved

remove contaminant imports