JAL-2844 entirely X coord based partitioning

JAL-2844 somewhat better repainting

JAL-2844 temporary kludge to draw a line

JAL-2844 added grouping to alignment panel based on partition

JAL-2844 start on colouring back onto the alignment

JAL-2844 added colouring to partition selection

JAL-2844 added offset to x coord to make it equal 0 at the root node

Merge remote-tracking branch 'origin/develop' into kjvdh/features/PhylogenyViewer

JAL-2844 first go at partitioning, based on actual tree width

JAL-2740 release notes

Merge branch 'bug/JAL-2740' into develop

JAL-2827 release notes

Merge branch 'bug/JAL-2827' into develop

JAL-2842 release notes

Merge branch 'bug/JAL-2842' into develop

JAL-2851 JAL-2858 release notes for 2.10.3b1

Merge branch 'bug/JAL-2851' into develop

JAL-2852 JAL-2853 forester update

JAL-2844 added selection threshold (non-adjusted calculation for now)

JAL-2799 re-enabled change listener for Aptx's tabs (for future work)

JAL-2844 line drawing at mouse click added on top of Aptx

JAL-2853 colours now enabled by default in Aptx

JAL-2847 first rough attempt at loading in via database ID

JAL-2799 rearranged AptxInit code

JAL-2799 ALL trees are now loaded in as separate Aptx instances

JAL-2794 binding now exclusively supports single tab Aptx views

Merge branch 'kjvdh/features/PhylogenyViewer' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into kjvdh/features/PhylogenyViewer

JAL-2838 start on sorting

JAL-2838 made getAssociatedPanels public

Merge branch 'develop' into bug/JAL-2851

JAL-2851 Fix merge error breaking vertical scrolling

JAL-2794 reworked, everything routes via avport.sendselection now

JAL-2794 removed several redundancies in the binding code

JAL-281 fixed misplaced quote in example text

JAL-2844 mouse press code rearranged to prepare for tree partitioning

JAL-2847 small things, filled in actionperformeds

JAL-2799 fixed selections not carrying over to tabs with invokeLater

JAL-2847 added database menu items and listeners

Merge remote-tracking branch 'origin/releases/Release_2_10_3_Branch' into kjvdh/features/PhylogenyViewer

JAL-281 added string label for loading from database

JAL-2698 only allow InstallAnywhere launches with version 1.8.* of java - java 9 JVM args not yet working for 2.10.3

Merge remote-tracking branch 'origin/releases/Release_2_10_3_Branch'
into kjvdh/features/PhylogenyViewer

Conflicts:
.classpath

JAL-2698 patch path for InstallAnywhere build. Webstart and source builds unchanged

JAL-2799 JAL-2805 JAL-281 multiple trees can now be loaded in

JAL-281 added history box to tree url input window

JAL-281 option pane with error handling for selecting an URL

JAL-2698 tidy release notes and whats new

JAL-2805 code refactor (actionPerformed cleaned up) & moved tree loading

JAL-2698 source code licencing

JAL-2698 tidy up release notes

JAL-2805 reorganized code, tree building goes through AptxInit for now

JAL-2795 removed unneeded distancematrix length/width check

JAL-2844 changed Aptx config to make all cladogram branches aligned

JAL-2698 Cached PDB Entries -> Cached Structures in UI and help doc

JAL-2466 revised help text for sort by PID

JAL-2698 what’s new and release notes

Merge branch 'kjvdh/features/PhylogenyViewer' of
https://source.jalview.org/git/jalview.git into
kjvdh/features/PhylogenyViewer

Conflicts:
src/jalview/ext/archaeopteryx/AptxBinding.java
src/jalview/ext/forester/io/ExternalTreeParserI.java
src/jalview/ext/forester/io/ForesterTreeParser.java

JAL-2822 known defect for 2.10.3

Merge branch 'bug/JAL-2784' into develop

JAL-2841 JAL-2791 new known defect



JAL-2541 known defect

JAL-2805 couple of method name changes

JAL-2684 clarify release notes

Merge branch 'bug/JAL-2821' into develop

JAL-2840 release notes

Merge branch 'bug/JAL-2837' into develop

Merge branch 'develop' into bug/JAL-2837

Conflicts:
src/jalview/gui/SeqPanel.java

Merge branch 'doc/JAL-2494_JAL-2828_mergefindAnnotation' into develop

Merge branch 'develop' into bug/JAL-2837

JAL-2811 release note

JAL-2541 not in 2.10.3, JAL-2831 signed off.

JAL-2698 11th hour release today

Merge branch 'bug/JAL-2831' into develop

JAL-281 added menu items and listeners to load from URL/Db

JAL-281 changed load associated tree GUI item to menu selection

JAL-2541 JAL-2829 JAL-2830 JAL-2822 catch all release note entry for sequence feature relocation

Merge branch 'bug/JAL-2829deleteCharsWithGaps' into develop

JAL-2831 Removed unwanted hidden sequences checks

JAL-2805 expanded tree and treenode interfaces

JAL-2805 loads of file reorganizing, interfaces expanded

JAL-2842 remove infinite loop in cursor move

JAL-2831 Don't show cursor if position in hidden region

Merge branch 'bug/JAL-2811' into bug/JAL-2831

JAL-2811 Updated following review

JAL-2840 fix wrapped scrolling when using cursor at a hidden region

JAL-2834 JAL-2836 temporarily disabled wrapped mode fastpaint

JAL-2805 functional binding on loading associated trees

JAL-2831 ported to applet

JAL-2831 tidies and tests

JAL-2805 viewport is passed along to the tree parser

JAL-2795 added duplication check when calculated nodes are bound to seqs

JAL-2805 added getters for hashmaps filled with associated seqs/nodes

JAL-2805 added static method for logging duplications when using map.put

JAL-2805 more sensible interface method params

JAL-2831 tidy

JAL-2805 finished up interface comments

JAL-2805 re-enabled one2many checks

JAL-2805 interface comments, progress on associating leaves

Merge branch 'bug/JAL-2811' into bug/JAL-2831

JAL-2811 Changed to overlay on via graphics context, not separate image