Merge branch 'develop' into improvement/JAL-3394_added_categories_to_unix_shell_installer_desktop_file

Merging on develop

JAL-3528 unit tests added for failed lookup, Javadoc

JAL-3407 3549 in release notes

JAL-3549 JAL-3305 no Sort By Score / Density if no features visible

JAL-3227 slightly adapted download_jres.sh to make it easier to specify GNU tar on macos. 'TAR=gtar'

JAL-3394 Made Categories line configurable/readable in gradle.properties as will be used more generically in future

JAL-3412 update layout whenever desired id width changes

JAL-3394 Added Categories=Science;Biology;Java; to unix shell installer .desktop file

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-3187 unit test for findComplementFeaturesAtResidue

JAL-3394 getdown jar files had not been re-compiled

JAL-3407 added 3468 to release notes

Merge branch 'feature/JAL-3468featureDescriptionEllipsis' into develop

JAL-3468 i18n and additional unit tests

JAL-3407 release note tweaks, added 3533 3538 3534 2764 3541

JAL-3468 small tidy

JAL-3468 improvement to feature description truncation when <a> links in text

JAL-3468 Fixed tests and added test for max-length of feature set tooltip

JAL-3468 Obsessively fixed self-closing <br/> tags

JAL-3468 Adapted methods to report how many features have been dropped from the tooltip, and add final note to tooltip. Backward compatible methods left in.

Merge branch 'groovy/JAL-3547_conservationsequenceexport' into develop

JAL-3547 groovy script to get the conservation sequence and output it as fasta

JAL-3407 redact Java 8 incompatible '<>' with anonymous inner classes

Merge branch 'bug/JAL-3412idWidthDiscrepancy' into develop

JAL-3407 release notes for JAL-3412

JAL-3412 patch for failing test

Merge branch 'bug/JAL-3412idWidthDiscrepancy' into develop

JAL-3407 JAL-3296 release notes

Merge branch 'bug/JAL-3296changeStartInvalidateCursor' into develop

JAL-3477 jalview.jvmmemmax / jvmmemmax maximum value documentation

Merge branch 'bug/JAL-3477_memory_max_allocation' into develop
replaced all libs with libs onbug/JAL-3477_memory_max_allocation, though these will still need to be rebuilt (but how !)

JAL-3407 release notes for  JAL-3449 JAL-3393 JAL-3420 JAL-3477 JAL-3447 JAL-3542

Merge branch 'improvement/JAL-3449_add_install4j_installer_getdown_versions_to_jalview_console.2' into develop

JAL-3541 docs for enabling OpenClover coverage reports and adjustable build parameters for troubleshooting report generation.

JAL-3541 removed clover report generation debug flag (utf-8 encoding enforcement seems to have fixed parsing of jalview.gui.desktop source)

JAL-3541 configurables for clover report generation (JVM heap, JVM args, and -v or -d for debugging)

JAL-3541 track own jalview.gui.Desktop clover source parsing error

JAL-3541 2g heap for clover xml and clover html - remove verbose on xml generation (did't actually need it !)

JAL-3541 add verbose and heap setting for HTML Report Generation

JAL-3541 use javaExec to run clover tasks

Merge branch 'bug/JAL-3536getCrossrefTwice' into develop

JAL-3186 ensure transparency slider position is updated on revert

JAL-3186 avoid repainting twice in splitframe

Merge branch 'features/JAL-3187_uitweaks' into develop

Merge branch 'develop' into features/JAL-3187_uitweaks

JAL-3187 nice to have enabling/disabling of apply/cancel when feature settings have not yet been modified for a view

JAL-3187 i18n

JAL-3187 use the recommended way of catching tab selection change events

JAL-3187 repaint complement after loading on features

JAL-3187 individual feature settings panel has revert/apply when embedded in a tab, and split frame feature settings has an OK and Cancel.

JAL-3187 i18n for titles in windows/tabs

JAL-3535 todo re titles for CDS and Protein views in the feature settings dialog pane

JAL-3187 - tabbed pane is nulled when feature settings is closed but not featureSettingsUI - check both are non-null or reconstruct

Merge branch 'develop' into improvement/JAL-3449_add_install4j_installer_getdown_versions_to_jalview_console.2

JAL-3289 Improved the name of the channel_launch.jvl file to channel_launch-CHANNELNAMEWITHPLANKEY.jvl

JAL-3187 JAL-2764 close feature settings when parent align frame is closed (need to check feature settings is open before closing it :) )

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-3337 Adding .settings/org.eclipse.jdt.core.jalview.prefs file needed for gradle eclipse

Merge branch 'patch/JAL-3538_fontantialiasingbydefault' into develop

JAL-3538 JAL-3407 release notes

JAL-3407 release next week :D

JAL-3538 anti-aliasing enabled by default

JAL-3449 helper task to perform getdown digest on any dir

JAL-3449 ensuring latest getdown jar files after merge

JAL-3449 merge from develop

JAl-3187 JAL-3535 JAL-3534 update open feature settings when a different view is selected or close when none shown

JAL-3536 JAL-3187 don't create duplicate CDS-to-protein mappings

JAL-3341 Increase number of lines looked at by test. Fixes two tests

JAL-3289 Added option and documentation for a TEST-LOCAL channel to test OTA updates using local filesystem

JAL-3289 Updated doc/building.md to explain possible values of the CHANNEL property during building

JAL-3252 download-jres.sh helper script for keeping JREs for all platforms up to date changed to create .zip files for getdown OTA updates

JAL-3536 failing test and test data

JAL-3534 patch for simple case (Protein or Nucleotide, but not linked): transfer feature settings dialog ref to exploded views, and preserve one of the feature settings dialogs refs when views are gathered again


JAL-3252 tgz unpacking no longer needed by getdown. Unfinished code and dependency on apache-commons-compress removed. Documentation mentioning common-compress updated.

JAL-3187 fix for JAL-3533 on CDS/Protein tabbed feature settings

JAL-3187 JAL-3533 JAL-3535 set feature settings dialog title from view, and stash geometry for a feature settings dialog when closed, and re-use any existing geometry when dialog re-opened.

JAL-3187 better semantics for feature settings closed event handler

JAL-3394 A little streamlining and fixing of helper script

JAL-3394 remove no longer used files

JAL-3187 alternative solution - gather feature settings for CDS/Protein as tabs in a window managed by SplitFrame

JAL-1354 JAL-3528 fix bug from b594d516dac69eebcccdc743933880b00fb6d44c only try to look up message via formatMessage once.

JAL-3449 getdown resilience change to launcher classpath, includes the backup getdown-launcher.jar

JAL-3227 helper shell scripts for setting up a build environment

JAL-3449 fix a getdownAppDir error introduced in previous commit 55f545014

JAL-3449 More tidying of build.gradle for CHANNEL selection

JAL-3187 applet alignFrame needs new api method

JAL-3187 first stab at ‘show CDS/Protein Settings’ for convenient switching between complementary feature settings

JAL-3187 view controller UI api method to show feature settings UI


JAL-3187 convenience method on SplitContainerI to retrieve a complement’s alignFrame

JAL-1354 JAL-3528 report missing keys for MessageManager.format calls

JAL-3407 release notes for JAL-3121

JAL-3289 Updated doc/building.md to explain possible values of the CHANNEL property during building

JAL-3523 No longer change CWD of getdown when invoked by install4j launcher

JAL-3407 release notes for JAL-3375

JAL-3376 highlighted in what’s new

JAL-3407 - JAL-3376 JAL-3377 release notes

JAL-3407 start of whats new for 2.11.1.0

JAL-3376 documentation for standard attributes for variants from VCF

JAL-3407 release notes (JAL-3386 signoff, new-knowns JAL-3523 JAL-3525)

JAL-3407 JAL-3508 move to 2.11.1.0 point release versioning and signed off JAL-3510 JAL-3513 JAL-3388 JAL-3389 JAL-3441 JAL-3473 JAL-3406