JAL-3477 jalview.jvmmemmax / jvmmemmax maximum value documentation
authorJim Procter <jprocter@issues.jalview.org>
Wed, 26 Feb 2020 16:58:58 +0000 (16:58 +0000)
committerJim Procter <jprocter@issues.jalview.org>
Wed, 26 Feb 2020 16:58:58 +0000 (16:58 +0000)
help/help/html/memory.html

index 4baebf2..81190a9 100755 (executable)
@@ -61,8 +61,7 @@
     necessary to adjust them if you are working with particularly large
     datasets, or need to make room for other processes on the machine.<br />
     <br />Jalview 2.11 includes a launcher that automatically
-    configures the proportion of memory allocated to Jalview's JVM, and
-    its behaviour can be altered in a number of different ways:
+    configures the proportion of memory allocated to Jalview's JVM. By default it requests up to 90% of available memory whilst ensuring that at least 0.5G is available to the operating system and at least 0.5G is available to the Java runtime platform, or a specified 'maximum memory limit' - which ever is smaller. The amount of memory requested can be altered in a number of different ways:
   </p>
 
   <ul>
       open /Applications/Jalview.app --args ~/mymemorysetting.jvl -open ~/myalignment.fa</pre><em>(put all the Jalview arguments <em>after</em> the --args
         parameter)
     </em><br/><br/></li>
+    <li><em><font size="3">Maximum memory limit</em><br/>
+      Since 2.11.1.0, Jalview's configuration includes a 'maximum memory limit':
+      <pre>jalview.jvmmemmax = 32G</pre>
+      Adjusting this default (via a JVL file, above) will allow larger amounts of memory to be allocated to Jalview in connjunction with the jalview.jvmmempc setting. 
+    </li>
     <li><em><font size="3"><a name="jvm"/>Directly opening Jalview
           with a JVM</font></em> <br /> Launching Jalview directly with a JVM is
       entirely possible, but is not recommended for regular interactive