fix for bug #62456

ported logo rendering and label fit to column width - but disabled due to 1.1 incompatibility.

ported basic elements of logo and group annotation display, but disabled due to 1.1 incompatibility.

refresh table method

1.1 compatibility

1.1 compatibility and refresh table method

non-positional feature export in gff and features file: bug #54325

feature settings is updated if new features are added and dialog is refreshed on a reload

doc and todo about setting position of new internal frames

ensure there's always a space between ID and feature/descr/dbref list.

patch for bug #36198 - more to follow on Monday.

graduated feature color editing

export graduated feature colors

todo javadoc

default for colourBylabel is false

nullpointer bugfix (another repaint racecondition)

ID tooltip preference settings and doc

dialog box appears in centre of desktop window

todo and disable selection sharing between views on same alignment

remove debug messages. fix order/reverse order issue for sortByFeature

profile visualizations are now logos

fix order/reverse order issue for sortByFeature

ensure console contains build details in header

regenerated binding for extensions to XML for 2.5

javadoc, and unimplemented warning for group associated annotation (not shared to vamsas session in 2.5)

unnecessary code

javadoc

Extend XML model for graduated feature colours, group associated manual/auto annotation, consensus profile/histograms, annotation label formatting, viewport highlight follow/select message receive settings. Fix group+ucs recovery bug #0061271

extend XML model for graduated feature colours, group associated manual/auto annotation, consensus profile/histograms, annotation label formatting, viewport highlight follow/select message receive settings

document XML extension

javadoc

made threshold type enumaration into set of constants

load and save graduated feature colours in XML

extended Colour element with additional optional attributes for graduated colour

indicate the database id source associated with the sequences being submitted.

cli length limit

urllength limit and more efficient url construction

avoid occasional null exception

better truncation mechanism

prevent duplicate service submission links

reinstate submission of database Ids as well as sequence Id strings.

refactored copy of groupURL mechanism into new Envision service discovery class.

say which url was a problem when exceptions are raised.

new interface

todo

group autoannotation and consensus display, annotation label scale to width, etc.

documenting histogram colour spec

group autoannotation and consensus display settings

bugfix for redraw when AlignPanel partially constructed. group autoannotation and consensus display settings

name update for group autoannotation and consensus display settings

sync for cvs wierdness

sync for cvs wierdness

FeatureColourI removed

gui/debug: integrate graduated feature colour editor into amend feature and feature settings dialog box.

group autocalc annotation update logic (still broken)

console output to stderr and stdout, and console buffer stays constant size (needs optimising)

profiles only shown for consensus row

fix logic for annotation label popup (still outstanding todo)

enable feature display when feature settings is opened.

comments

todo for graduated feature colours

commented out for release

indicate which registry timed out.

more efficient group URL generation.

only do scaletofit for annotation labels

ensure that all bits of annotation panel (slider, annotation labels) get updated

note to callers of adjustPanelHeight

todo and sensible default setting of min/max for histograms and line graphs to include 0

See note in Mantis bug #55537 : inconsistency between loading in exported histogram annotation and annotation row type dependent parsing of the column annotation fields.

disabled simple blast parser for 2.4.1 release

simple query anchored blast report parser (shh!)
main method tester: also tries to output imported alignment as FASTA

simple query anchored blast report parser (shh!)

1.1 compatibility

finer column label format control and new 'scale label to column' format for annotation rows.

documented new ROWPROPERTIES keyword.

warning for unresolvable database source strings (or ones which apparently have no cross references)

feature settings type popup menu

group links menu documentation

finer column label format control and new 'scale label to column' format for annotation rows.

new ROWPROPERTIES statement for setting an individual row's label format

pass any warning messages to StdErr - also todo to allow caller to check for any output warnings.

raise a warning if column annotation gets truncated.

individual label format settings for each annotation row. Removed excess term in conditional.

todos re adding groupUrl menu item code

das feature fetch followed by png output fixed (bug #0059977). Trial of utf8 decoding of command line arguments to fix applet-application parameter transfer problems.

only need to remove progress bar if fetch wasn't cancelled (bug #0059977)

commented out enfin/envision2 sequence submission URL - mechanism is not yet efficient

allow das fetch to be blocking or non-blocking (bug #0059977)

progress bar hashtable entry was not being removed (bug #0059977)

groupURL link prototype

groupURL link preference variables

todo

token replacement engine for generation of urls for a group of sequences

qsort objects on integers

quick fix for very broken checkin - see Mantis bug #55537

todo for bug #0058199

more rigorous annotation row content check to limit fields output in annotation file. Needs testing further. See Mantis bug #55537

initialise current and defaultAlignFrame and debug when applet is reinited after a page refresh with safari (Bug # 57663 in mantis)

make fileparse errors easier to debug by dumping file parameter contents in debug mode.

additional instructions and use of -jar for launching