JAL-958

JAL-842 documentation

2.7.1 squashed

typo

JAL-1065 whats new entry for tcoffee scores

fix image link

JAL-958 documented logo menu items

merge new 2.7.1 and 2.8 features into one

typo

JAL-958 flag indicating if visualization settings for new group annotation should be overwritten or preserverd

JAL-958 store/recover normalised flag

JAL-958 store normalised flag in jalview project

PCA what's new and score matrix documentation page

JAL-1013 JAL-1167 JAL-1121 JAL-1125

JAL-1027 JAL-1167 documentation and patched DNA/RNA matrix

JAL-1013 - employ index parameter rather than hardcode number for gaps in DNA or Protein encoding

JAL-1167 method and simple tests for printing score matrices as tab or
html formatted tables

JAL-979 tidy up shmmr hardcoded WS definition

JAL-1136 give pre-existing custom settings a special name when job parameter settings opened

formatting

patch for NPE when no services are available to resolve against

JAL-975 null any existing preset if user has supplied custom args

JAL-1162 catch security exception and just use bare modelFileName string for applet

JAL-994 fix when sequence is too short and no jobs run

JAL-1111 allow news reader window to be moved even when modal dialogs are shown

JAL-976 fix AACon name typo in source and GUI

typo

JAL-976 documentation for disorder, AACon, ClustalO services

JAL-975 note about black colouring bug

JAL-1066 documentation for per-sequence annotation colouring

JAL-1060 new dialog box image

JAL-1060 documentation for new layout

off by one for sequence associated annotation

unused variable

JAL-974 JRonn thresholds

JAL-591 adapt option layout to width of dialog box

JAL-975 JAL-974 JAL-976 always adjust height after new annotation added

JAL-974 show thresholds for disorder predictor annotation rows

JAL-1153 ensure _linecolour is copied in copy constructor

JAL-1111 news reader shouldn't be modal.

JAL-1111 doh - helps if you pass modality flag onto constructor

JAL-812 only trigger alignment redraw and calculation update after all sequences are deleted

JAL-1007 refactored code and patched calculation bug

JAL-1015 documentation for basic HTML sequence annotation report.

JAL-1075 JAL-1062 documentation and new figure for db selection dialog

JAL-1158 - request focus after opening window.

JAL-659 cope with case insensitive accessions by forcing to uppercase

JAL-1062 JAL-659 correct start position for retrieved sequence

JAL-1062 use matching region or first section of sequence source regex to select accession ID from query that includes range specification

JAL-1075 sort nodes alphabetically

JAL-1160 support horizontal mouse wheel scrolling events

JAL-1161 JAL-1160 implement custom mousewheel listener and increased scroll increment for annotation panel

javadoc

JAL-1015 equivalent menu items for applet - not visible at moment (need solution to JAL-1158 for exporting html from JalviewLite)

JAL-1015 new menu items in desktop popup menu for creating annotation report for sequence and sequence selection.

JAL-1015 resolve dataset sequence before searching for annotation

JAL-1157 new window for displaying HTML formatted text with menus for saving to a file, and toggling source/html format display for easy copy/pasting of information.

JAL-1015 refactor tooltip html generation code to jalview.io.SequenceAnnotationReport

JAL-974 - ensure annotation created in local sequence frame, not external accession reference frame

JAL-1064 patch for NPE when registerd database names do not resolve to one or more proxies

JAL-1155 fix panel length calculation for grouped graphs and refactor to alignment view model

JAL-1066 limit available rows to per-sequence when selected and disable if no sequence associated annotation

JAL-974 skip empty rows

JAL-974 set GlobPlot raw/smooth score annotation rows to be hidden by default

formatting

JAL-1153 JAL-1155 improved layout and allowed labels to rescale for grouped linegraphs

JAL-1153 new runtime property set to first non-null annotation element colour

JAL-48 patch NPE when encountering an alignment window on desktop which has not been saved

remove contaminant imports

remove contaminant imports

JAL-676 JAL-1001 - simple menu item to access documentation for services without parameters

formatting

JAL-1066 basic gui and functionality for per-sequence colour by annotation

JAL-1066 - per-sequence colouring with sequence associated alignment annotation

formatting

JAL-1145 patch: sequence associated annotation with graphGroups>-1 have relocated groups in destination alignment

JAL-974 create mixture of sequence features marking disordered regions and sequence associated annotation rows for positional disorder scores

JAL-974 refactored creation of Annotation rows from JABAWS2 services for use by disorder client

JAL-974 JAL-975 try to cope with temporary server errors and timeouts

JAL-1136 sometimes there are no parameters associated with a CalcId key

JAL-1001 - hack to extract the global URL for a service from the 'MORE INFORMATION' url.

javadoc and note about broken semantics for findIndex

JAL-1149 patch

JAL-1148 reinstate sequence references for annotation regardless of whether they are autocalculated or not (patch not checked for regressions!)

JAL-1087 skip processing any of the other command line arguments if no alignment window created
from -open parameter

JAL-1143 - ensure we revalidate annotation panel height in all views after pasting any annotation rows

JAL-975 JAL-951 test class for viewing layout for JABAWS services

JAL-1137 clean up old-style menu code and look

JAL-1137 JAL-975 simpler menu for the AACon service - allows user to switch calculation to different servers for an alignment view.

Debug message associated with TODO for JAL-1136 - re-enable dynamic recalculation when a project with AACon annotation is imported.

JAL-975 JAL-1137 debug messages for web service client and discovery code

JAL-1131 - todos for later versions

JAL-1131 ensure new dataset sequence is created if seuqence replacement results in different non-gap characters

JAL-1136 Ensure asynchronously calculated autoannotation is also added to the alignment in the correct order

JAL-1136 JAL-811 JAL-812 store/recover autocalc alignment annotation based on calcId if present

JAL-1136 fix logic for recovering AACons params

JAL-1136 store ws-parameter list as XML element content after first escaping newlines. TODO: consider revising

JAL-1136 allow parameter sets to be transferred across different JABAWS servers using server-independent JABA service identifier

JAL-1136 less code-dependent formula for creating server-independent JABA service identifier

JAL-1136 - fix abstraction for parameter container class