Merge branch 'bug/JAL-4020_add_pymolwin_paths' into develop

JAL-4004 add the autogenerated whatsNew.html and releases.html to .gitignore

JAL-4014 release notes for JAL-4026 patches

JAL-4026 increase timeouts for command line ops

JAL-4026 ignore StructureSelectionManager events if no viewer is available to act on them

JAL-4026 always wait 50ms before checking if the calculation worker is still running so it has time to start.

JAL-4026 update the viewport’s wrapped width after calculating it

JAL-4014 release notes for JAL-4023 and JAL-4024

Merge branch 'improvement/JAL-4023_snotation_for_trees' into develop

Merge branch 'patch/JAL-4024_jumpScrollHang' into develop

JAL-4012 what’s new and release notes (in the new styleee!) for JAL-4004, JAL-3989 and JAL-3553

JAL-4004 delete temporary file mistakenly checked in

Merge branch 'issues/JAL-3553+JAL-3978+JAL-3989+JAL-4004_merged_with_develop' into develop

JAL-4024 only render partially when new view overlaps with last rendered annotation panel view

JAL-4020 class formatting

JAL-4020 added the \Scripts\pymol.exe. to the pathList

JAL-4020 Added the +2 arg for PyMOLWin.exe allowing older versions of PyMOL

JAL-4020 updated tests

JAL-4020 class reformatting

JAL-4020 Added path search for global installation path and older version installation paths

JAL-4023 use %g for distances (scientific notation for very small or large values)

JAL-4020 Added search for PyMOLWinWithConsole.bat (and PyMOLWin.exe) in likely places starting with default install dir.  Added a new version (1.3) to ChimeraX

JAL-4023 store distances as doubles

Merge branch 'develop' into issues/JAL-3553+JAL-3978+JAL-3989+JAL-4014_merged_with_develop

Took Issues Resolved (1 issue) from releases.html 2.11.2.3 row and put
in help/markdown/releases/release-2_11_2_3.md
and regenerated releases.html with
gradle releasesTemplates

Merge branch 'patch/JAL-4008_jabaws_2_2_1_patch' into doc/release_2_11_2_3

JAL-4012 JAL-4008 release notes for Jalview 2.11.2.3

JAL-4008 update jabaws client to 2.2.1 - definitely no log4j references !

Merge branch 'releases/Release_2_11_2_Branch'

JAL-4004 cosmetic improvements for Java documentation renderer

JAL-4004 gradle task releasesTemplates now part of main build dependency tree. Improvements to releases.html.

JAL-4004 working templates and generated whatsNew.html and releases.html file for both browser and Doc viewer

JAL-4004 remove stray empty h3 headers

JAL-4004 gradle releasesTemplates builds releases.html

JAL-4004 Temporary mechanism to add JalviewJS link for selected versions to hugo website

JAL-3989 Code tidying, added JVL_HEADER for older versions of Jalview, allow time in release date header

JAL-4004 Now generating hugo files from help/markdown/...

JAL-4004 existing releases-VERSION.md files and releases.html template

JAL-4004 locations for markdown to go into whatsnew.html, releases.html and Version-VERSION/_index.md

JAL-3989 improved parsing and formatting now using flex CSS layout for columns

JAL-1544 minor errors in releases.html and one missing version (2.8.2b1)

JAL-3989 small improvements to output markdown

JAL-3989 add in issue shortcodes to the archive version page changes list

JAL-1544 version number typo, probably copy and paste

JAL-3989 Populate template files for hugo build: archive version files including changes from releases.html, and installers data file

JAL-3989 moved getdown build dirs to build/website/docroot/getdown/CHANNEL, build/website/docroot/old/VERSION and build/getdown/files, and files for hugo into build/website/hugo/...  This is better in multiple ways including collating files needed for the hugo website and website docroot.

JAL-3989 Independent creation of JSON installer sections

JAL-3978 clean up unnecessary local variables for JALVIEW_VERSION_UNDERSCORES

JAL-3989 Changed to using com.google.common.hash for SHA256 sum, for gradle 7 compatibility

Merge branch 'develop' into merge/JAL-3978+JAL-3553+develop+JAL-3989

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_2_Branch

JAL-3992 bump version and report updates in 2.11.2.2 release notes

Merge branch 'bug/JAL-3997_NPE_in_wrapped_mode' into develop

Merge branch 'bug/JAL-3365_extendedDSSP_via_stockholm' into develop

JAL-3997 check for tooltip being null before checking equivalence to last tooltip string

Merge branch 'task/JAL-3992_update_docs' into bug/JAL-3365_extendedDSSP_via_stockholm

JAL-3992 fix path

JAL-3365 expand range of allowed DSSP secondary structure symbols in Stockholm files

JAL-3992 shift+arrow to jump to next gap/residue in cursor/keyboard editing mode

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_2_Branch

JAL-3990 release notes and what’s new

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_2_Branch

JAL-3981 patch tests and remove errant imports

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_2_Branch

JAL-3990 gradle spotlessApply

JAL-3990 release notes for 2.11.2.1 patch release

Merge branch 'bug/JAL-3980_JAL-3981_tooltips_sequence_details' into develop

JAL-3989 slight refactor of build.gradle, add more metadata to JSON file. Added some commented out path changes to gradle.properties for future gathering of built files into more sensible places

JAL-3989 fix a build date once in build.gradle, not each time getDate() is called.

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_2_Branch

JAL-3983 release note for JAL-3985

Merge branch 'bug/JAL-3085_avoid_414_error_for_PDBFTS' into develop

Merge branch 'task/JAL-3553_improved_install4j_output_txt' into merge/JAL-3978+JAL-3553+develop

Merge branch 'develop' into improvement/JAL-3978_add_gradle_task_to_make_getdown_archive_dir

JAL-3085 update tests and mock responses, new P0dtd1 testcase

JAL-3985 formatting

JAL-3985 split PDB id queries into multiple queries so server doesn’t 414

Merge branch 'patch/JAL-3976_3dbeaconsnull' into develop

JAL-3976 fix mock PDBFTS query & responses

JAL-3983 known issue note for JAL-3984

JAL-3983 release notes for JAL-3975 and known issue note for JAL-3984

Merge branch 'bug/JAL-360+JAL-3975_keyboard_input_lost_after_dialog' into develop

JAL-360 JAL-3975 update parent for text colour dialog - doesn't seem to help but we live in hope..

JAL-360 JAL-3975 make AlignFrame the parent of FeatureEditor dialog, and have parent Component request focus after JvOptionPane action.

JAL-3983 update release notes for JAL-3973

JAL-3973 exclude the original RELEASE file so gradle doesn't complain of duplicate entries in the tarball

Merge branch 'bug/JAL-3973_source_tarball_not_building' into develop

JAL-3983 release 2.11.2.1 date and release notes

JAL-3980 JAL-3979 TODOs

JAL-3980 defensive copy - inefficient but fixes bug

JAL-3981 Additional line breaks - sort of helps

JAL-3981 strategic newlines to help speed up Java's html parser

JAL-3976 skip entries with null values when analyzing

JAL-3976 update tests

JAL-3978 Using getdowninstanceappdir and getdowninstanceappbase to avoid conflict with getAppbaseBuildProperties(). Added an if around fetching build_properties to avoid failing to fetch local file appbase.

JAL-3978 Getdown add getdownappbase property to launched Jalview

JAL-3978 New tasks to build archive 'old' dir with appropriate getdown resources, JVL file and digest

JAL-3978 task stub and getdown splash screens

Append git.hash and git.branch to RELEASE file stored in tarball. When compiling, if not in git repo use git.branch and git.hash from RELEASE file.

JAL-3973 This fixes the gradle build when not in a git repo. (Part 1 of the issue)

Merge branch 'master' into releases/Release_2_11_2_Branch