JAL-3253 AlignmentPanel opaque white may provide white earlier?

JAL-3253 simpler coding using MouseAdapter. Using JLabel.setOpaque(true)
to minimize unnecessary layout of status label.

JAL-3253  Jalview2XML minor recoding; suggesting InvokeLater rather than
InvokeAndWait to allow some asynchronous updating

new _j2sclasslist.txt for tab-focus

Merge branch 'Jalview-JS/JAL-3253-applet' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/JAL-3253-applet

Jalview-JS/JAL-3253-applet  newick Regex coding error fix JAL-3271

Merge branch 'Jalview-JS/JAL-3253-applet' of
https://source.jalview.org/git/jalview.git into
Jalview-JS/JAL-3253-applet

Conflicts:
src/jalview/project/Jalview2XML.java

Jalview-JS/JAL-3253-applet also comments relating to JAL-3268

Jalview-JS/JAL-3253-applet fix for original desktop, centralizing regex
and loadStaticResource

Merge branch 'Jalview-JS/JAL-3253-applet' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/JAL-3253-applet

JAL-3253-applet disabling button size setting by applet param. Whatever
this should do in Java, it doesn't seem to do, and it looks better in
JavaScript just to let the button set its own size.

JAL-3253 code tidies and tweaks to Desktop

JAL-2176 unused MenuChooser removed

Jalview-JS/JAL-3253-applet JAL-3192 secondary core files

buildcore now creates core_stevesoft (350K uncompressed) and core_jvjmol
(2.9M uncompressed)

Still needs some tweaking, but the process is relatively
straightforward:

1) To know what files to include, make sure you are using the core
version of the html file, and, after exercizing the program, issue:

J2S._saveFile('_j2sclasslist.txt',
Clazz.ClassFilesLoaded.sort().join('\n'))

(Sorry, I could make that simpler, I know.)

2) add a section in buildcore.xml that concatenates the desired file set
and turns that into a core file.

3) in the FIRST class loaded for this option, add something like this
static block:
  static
  {
    /**
     * This is the entry class. Load the core file directly, if it
exists. See
     * buildcore.xml.
     *
     *
     * @j2sNative
     *
     *            swingjs.JSUtil.loadStaticResource$S("core/core_stevesoft.z.js");
     */
  }

3) run buildcore.xml

2)

Jalview-JS/JAL-3253-applet core file comment -- Regex() call

Jalview-JS/JAL-3253-applet Creating
site/swingjs/j2s/com/stevesoft/core.js

Applying a simple trick to use a custom core file.

1) In buildcore.xml:

   <!-- concatentate the stevesoft files -->
    <concat destfile="${site.path}/j2s/com/stevesoft/core.js">
        <fileset dir="${site.path}/j2s/com/stevesoft">
          <include name="**/*.js" />
         <exclude name="core.js" />
         <exclude name="Regex.js" />
        </fileset>
    </concat>
    <antcall target="call-core">
      <param name="call-core.name" value="_stevesoft" />
      <param name="call-core.list" value="com/stevesoft/core.js" />
    </antcall>

2) In com/stevesoft, add a line that loads j2s/core/core_stevesoft.z.js

      static
  {
    /**
     * @j2sNative
     *
     *            swingjs.JSUtil.loadStaticResource$S("core/core_stevesoft.z.js");
     */
  }

Jalview-JS/JAL-3253-applet SwingJS-site.zip update

Jalview-JS/JAL-3253-applet update for core_jalview

Jalview-JS/JAL-3253-applet adds AlignFrameI empty interface to allow
JalviewLiteJSApi to serve with jalview.gui.AppletFrame as well as
jalview.appletgui.AppletFrame.

Jalview-JS/JAL-3253-applet fixes SwingJS-zip.js issue with frames
disappearing

In swingjs/plaf/JSFrameUI, "Desktop" should be "DesktopPane"

Jalview-JS/JAL-3253-applet adds shell JalviewJSApi methods to Jalview

A starting point for introducing a JavaScript API for Jalview.

JalviewApplet.js now automatically creates a "LiveConnect-like" set
 of unqualified methods when the main class has a getInstance()
 method, using reflection to get that instance's method list and
 then using that list to create an interface that allows
 overloading of methods (as long as they have a different arity.

 So, for example, if Jalview is started as the "jalview1" applet
  (using the <applet> or <jvapplet> tag), then we have:

 Jalview1.setSelectionListener(alignFrame, listener)
 Jalview1.setSelectionListener(listener)

 and about 50 other methods.

 To keep this simple, all methods that are not private, not
 static, and that do not start with $ are included in the interface.

Jalview-JS/JAL-3253-applet more argument parsing

trying to simplify the sourcing of parametric data:

applet origin: <applet><param>
application origin: Info.args
preference file origin: Info.XXXX_YYYY

Close to full implementation of all three.

Next: Moving Jalview API to a jointly accessible class for Jalview(JS) and JalviewLite (deprecated, but still there).

Jalview-JS/JAL-3253-applet more argument parsing

allows for web component <jvapplet> as well as deprecated <applet>

adds applets-nocore.html for testing;
sets applets.html to be with core loading, for demo.

Jalview-JS/JAL-3253-applet additional static final preferences

Jalview-JS/JAL-3253-applet additional static final preferences

Consolidates UserDefinedColours.USER_DEFINED_COLOURS and
Preferences.USER_DEFINED_COLOURS

Jalview-JS/JAL-3253-applet adding more applet parameters and setting
more static final constants

Three types of parameters are being read:

1. Property file values, from Info.Jalview_XXX_XXXX:

  Info.Jalview_ENABLE_SPLIT_FRAME = true;

2. Applet parameters:

<applet><param name="enableSplitPane" value="true">...</applet>

3. Jalview Command-line parameters:

  Info.args='open "xxxxx.fa" ....'

Merge branch 'Jalview-JS/JAL-3253-applet' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/JAL-3253-applet

Jalview-JS/JAL-3253-applet JAL-3266 Varna fix.

For some reason, the JPopupMenu was being added to the JPanel with
Component.add(), and then removed with Component.removeAll()
-- during the painting process. This caused it to appear on the
window as its unstyled <ul><li>... list.

Also, during painting, Component.setBackground() was being set.
This is very nonstandard and cannot be recommended.
I am surprised it works in Java.

Working now in JavaScript. Export to SVG and PNG are very nice!

Jalview-JS/JAL-3253-applet JAL-3267 URLConnection POST option broken in
SwingJS

Jalview-JS/JAL-3253-applet SwingJS upgrade for case-insensitive Applet
parameters

Jalview-JS/JAL-3253 applet param PDBFILE

Jalview-JS/JAL-3253 allow for dialog-free StructureViewer launch

Jalview-JS/JAL-3253 honor Applet param case insensitive

Jalview-JS/JAL-3253 applet param GROUPS

Jalview-JS/JAL-3253 applet params jpredfile, jnetfile

debug comments out, fixes for missing annotation file post-load tasks

Merge branch 'Jalview-JS/JAL-3253-applet' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/JAL-3253-applet

Jalview-JS/JAL-3253 debug comments out

Jalview-JS/JAL-3253 AppletParams color params

"defaultcolour" -> "DEFAULT_COLOUR"
"defaultcolournuc" -> "DEFAULT_COLOUR_NUC"
"defaultcolourprot" -> "DEFAULT_COLOUR_PROT"

Jalview-JS/JAL-3253, JAL-3266 Varna preliminary upgrade

Merge branch 'Jalview-JS/JAL-3253-applet' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/JAL-3253-applet

JAL-3253-applet,JAL-3263 SwingJS-site.zip clean build for 秘foo

Merge branch 'Jalview-JS/JAL-3253-applet' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/JAL-3253-applet

JAL-3253-applet Platform getDocumentBase() and getCodeBase() as if
applet fixed

uses g.秘html5Applet instead of J2S.thisApplet

JAL-3253-applet feature parameter processing fixed

JAL-3253 ApplicationSingletonProvider replaces Instance

Merge branch 'Jalview-JS/JAL-3253-applet' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/JAL-3253-applet

JAL-3253-applet, reading applet tag parameters needed toLowerCase()

JAL-3253-applet, JAL-3263 new SwingJS-site.zip for "_"

JAL-3263 variable name now 秘html5Applet

Fix to not create lasting static instance in JavaScript; trims up code

removes temporary debugging line

JAL-3263, JAL 3264 New Transpiler fixes FunctionalInterface issues,
_xxxx issues,

privatizes SwingJS-private fields with Mandarin first "secret" character
\u79D8  (only affects File._byte; left here in both forms _byte and
秘byte

SwingJS bug in transpiler caused java.util.stream.MatchOps to fail. Adds
back in the IntervalStore classes into srcjar, which use Java8
FunctionalInterfaces.

Site resources for running pages with swingjs/JalviewJS.js

JalviewJS.js just a very thin implementation, enough to show a "Start
Jalview" button, read the <applet> tag for parameters, and to start the
applet when that button is pressed.

Using the applet tags allows support for both Java and JavaScript for
pages that have Jalview <applet> tags. (Java right now requires
?_USE=JAVA)

Info.resourcePath is used by jalview.bin.AppletParams to ensure that the
directory with the resources is found.

applets.html is functioning in a preliminary demo mode

 - <applet> tag read successfully
 - Info.resourcePath read successfully
 - Info and applet parameters transferred successfully
 - .fa and features files read successfully
 - embedding and floating frames supported
 - initial "Start Jalview" buttons working
 - when VARNA 2D or other window is displays, others hide.
     (probably because Desktop is in the DOM but hidden).

JalviewAppLoader for moving code from JalviewLite relating to applet
parameters

better preferences/properties

jalview.bin.AppletParams

new SwingJS-site.zip

VARNA fix for use of _border used by JSComponent (how to avoid this?)

trying to force a build at builds.jalview.org

minor edits

JAL-3253 FileFormats static removal

JAL-3253 jalview.bin.Instance for AppCache and FeatureAttribute

JAL-3253 jalview.bin.Instance streamlining

JAL-3253 jalview.bin.Instance handles all singleton instances -
preliminary

insignificant test file changes

Jalview-JS/JAL-3253-applet Desktop fix for null desktopPane in testing

Jalview-JS/JAL-3253-applet does not recognize \r\n as OK

Merge branch 'Jalview-JS/JAL-3253-applet' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/JAL-3253-applet

Jalview-JS/JAL-3253-applet

Merge branch 'Jalview-JS/JAL-3253-applet' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/JAL-3253-applet

JAL-3253/JAL-3258  FileLoader fix for use of file.separator

JAL-3253/JAL-3257
working on getting TestNG working with singletons

check for null property file in Cache.setProperty to avoid error message
in testng; fixes problems with FeatureFileTest and FeatureFile with
mixed or unconsidered line endings

JAL-3253 preliminary static fixes for JavaScript part 4 of 3

working on getting TestNG working with singletons

JAL-3253 preliminary static fixes for JavaScript part 3 of 3

More succinct singleton class instances stored in jalview.bin.Jalview.

All 2200 instances of "static" checked.

JAL-3253 preliminary static fixes for JavaScript part 2

Includes lazy dynamic loading of SequenceFetcher database options.

Note that if WebServices menu is enabled (Java, not JavaScript), then
all web-based database proxies are instantiated anyway.

JAL-3253 preliminary static fixes for JavaScript

Desktop.instance and Desktop.getInstance()
Jalview.instance and Jalview.getInstance()
AlignmentSorter.instance and AlignmentSorter.getInstance()

ArgsParser static final options

*SoapBindingStub static final _operations

Clean up of headless business
Clean up of ArgsParser options

JAL-3253 AppletParams class for processing applet-specific params

JAL-3226 removal of superseded changes

JAL-3010 borderless 'x' for "delete this filter condition"

[JAL-3226] problem that JavaScript (or Java) may consolidate multiple
repaint() requests in unpredictable ways. In this case, the issue was
that in response to a CTRL-C/CTRL-V paste request, in Java a fast
repaint request preceded two full requests, thus resulting
in a full request for paint. In constrast, in JavaScript, the three
requests were bundled together into one, so the fastPaint flag was
still present for the second and third request.

This resulted in incomplete painting.

The solution was to set seqCanvas.fastPaint and idCanvas.fastPaint false
in PaintRefresher when the target to be painted is one of those two
components.

BH 2019.04.22

update of SwingJS -- no changes known.

minor code clean up

minor code clean up

// BH 2018.04.18 comment: addNotify() is not appropriate here. We
    // are not changing ancestors, and keyboard action listeners do
    // not need to be reset. addNotify() is a very expensive operation,
    // requiring a full re-layout of all parents and children.
    // Note in JComponent:
    // This method is called by the toolkit internally and should
    // not be called directly by programs.
    // I note that addNotify() is called in several areas of Jalview.

Adds check for gap padding to disallow fast paint upon pasting if
alignment has been modified.

removes unnecessary clearFastPaint

Corrects incorrect calls to ViewportRanges.setEndSeq()

This function has the limit of height - 1, not height. Also adds safety
for start < 0 in ViewportRanges.setEndSeq();

pushing again, just comments

hack for fastpaint Java bug upshifting one line after a sequence
selection paste. Covered in Java by a full paint by ConsensusThread.

reverting     seqPanel.seqCanvas.clearFastPaint();

Merge branch 'develop' into Jalview-JS/develop

JAL-3193 dbSource always "ENSEMBL"

Merge branch 'develop' into Jalview-JS/develop

explicit Hashtable objects

adds an explicit clearing of the SeqCanvas fastPaint flag upon viewport
adjustment

JAL-3026 fix bug loading Jalview Project (in Java)

JAL-3111 fix 2.11 html anchor in docs

Merge branch 'documentation/JAL-3111_release_211' into develop

JAL-3111 Jalview 2.11 what’s New and estimated release date

JAL-3111 tweak PCA documentation