JAL-3141 Forgot this file, sorry!

JAL-3141 Added a 'Save Project as...' File menu item, always asks for filename. Altered 'Save Project' File menu item to automatically save if both 1) projectFile is set (e.g. loaded or previously saved), 2) Backups is enabled

JAL-3141 Made more constants

JAL-3141 removed redundant method to tests

JAL-3141 language word ending corrections

JAL-3141 Added i18n for the example filenames in Preferences

JAL-3141 forgot to add this file after extracting the class!

JAL-3141 Made one more suggested change from code review

JAL-3141 Made some more suggested changes from code review

JAL-3141 Made some suggested changes from code review

.gitignore changes

JAL-3141 Slightly improved message and more thorough tests

JAL-3141 couple of minor fixes for example files being displayed in the Preferences tab

JAL-3141 Tests now available and working, bringing to light a problem with the classInit flag (now removed). Added some more dodgy Spanish translations.

JAL-3141 Preferences 'Backups' tab now fits.  Moved initial option setting into Preferences with all the other preference initial setting.

JAL-3141 Preferences 'Backups' tab now working. Doesn't fit in default space though -- needs adjusting

JAL-3141 Ostensibly all backups working for alignment and project saves. Need to add a preferences tab and some tests.

JAL-3141 Code checkout.  Not compiling.

JAL-3141 Code checkout.  Not compiling.

BackupFilter and other unfinished business

JAL-3141 Taken the backing up code out of FileChooser into its own class for more generic usage, and extra data safe-guarding functionality

JAL-3141 Taken the backing up code out of FileChooser into its own class for more generic usage, and extra data safe-guarding functionality

JAL-3141 Tidying

JAL-3141 Backup files being created with default suffix up to 10 backups. Configurable in .jalview_properties but no GUI for this yet.

JAL-2843 tweaks to help text for filters

JAL-2843 help text for colour by attribute, feature filters

Merge branch 'bug/JAL-3120restoreFeatureColour' into develop

JAL-3120 preserve plain colour value when changing to Colour by Label

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

Merge branch 'cherrypick/JAL-2808_notabs' into develop

JAL-2808 JAL-3026 deleted all commented out tab code from the dialog
Omitted dialog refactoring from JAL-3058

JAL-2808 JAL-3032 drop tabbed layout for Colours and Filters

JAL-2865 release notes

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

Merge branch 'merge/JAL-3091_JAL-3111_develop_211' into develop

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-1551 reinstated Save actions

JAL-3112 increased TEST_TIMEOUT to 9000ms - needed after inclusion discovered class path entries

JAL-3112 Use classgraph to reconstruct the classpath for launching Jalview

Merge branch 'merge/JAL-3091_JAL-3111_develop_211' into develop

JAL-3111 drop hts-1.33 as a dependency (in favour of htsjdk-2.12)

Merge branch 'merge/JAL-3091_JAL-3111_develop_211' into develop

Merge branch 'releases/Release_2_11_Branch' into merge/JAL-3091_develop_211

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_Branch
JAL-3091 bring 2.11 onto release 2.10.5 to simplify merge

JAL-3091 changed release date to 10th September - tweaked release notes.

JAL-3106 normalise extension before checking if it is '.jar' when constructing fileformat/extension name index

JAL-3107 update any group associated annotation rows when a new group is created

JAL-2988 JAL-2968 renamed patched VAqua5 to VAqua5-patch.jar and documented patch along with instructions for rebuilding the jar

JAL-2988 if selected file is null (On Java 10/OSX - happens if user has entered text after selecting a file), try and get the filename from the UI. If no file can be gotten, cancel the save operation

JAL-2988 workaround: overload getSelectedFile() because calling setSelectedFile(..) results in getSelectedFile()==null on OSX/Java 10/VAqua4/5.

JAL-3106 use .jvp as default

JAL-3105 fix for focus transfer after window closed on OSX

JAL-3091 code committed in error (failed patch for JAL-2854)

JAL-3091 release notes for JAL-3104

JAL-3105 reallocate quality and consensus annotation rows so old values aren’t rendered when alignments become shorter

JAL-2854 compute visible annotation panel height and provide it directly to via Scrollable interface

JAL-3065 don’t quote class path args for Runtime.exec java launch command (needs to be ported to 2.11)

JAL-3091 update whats new!

JAL-3091 update Java 10 known issues/workarounds in whats new

JAL-3091 known defect in whats new for Java 10 issues: JAL-3103 JAL-3102

JAL-3091 add Ben Soares to authors list and switch ordering of Toch and Kira (since Kira left after Toch).

JAL-3091 release notes for updated memory settings

JAL-3091 release notes

JAL-3101 increase default heap size in IA and JNLP generation, and generate a jalview_256MB.jnlp file for backwards compatibility

Merge branch 'patch/VAqua_saveload_update_JAL-2988' into releases/Release_2_10_5_Branch

JAL-2988 update InstallAnywhere install dependencies for VAqua5

Merge branch 'bug/JAL-3076ensemblGeneId' into develop

JAL-3091 release date set for Thursday 6th September

Merge branch 'bug/JAL-3065_DH_keyPair_Exception_nogroovysettings' into releases/Release_2_10_5_Branch

JAL-3065 - amended commit  4906697ab6e5a79fbce3baae89f7f64178c9a739  to exclude .settings/..groovy
    Added notes to the instructions, also adjusted the jalviewDesktopRunner
    test to lookup OS and use ';' or ':' accordingly.
    All the CommandLineOperations tests failed on my (hastily set up) linux
    box, so I'm committing and will test on MacOS too.

JAL-3091 JAL-2988 release notes re Java 10 and OSX

Merge branch 'patch/VAqua_saveload_update_JAL-2988' into releases/Release_2_10_5_Branch

Merge branch 'releases/Release_2_10_5_Branch' of source.jalview.org/git/jalview into releases/Release_2_10_5_Branch

JAL-3091 -Dnosign to disable jar signing phase of build

JAL-3091 -Dnosign to disable jar signing phase of build

JAL-3091 release notes and whats new !

Merge branch 'trialMerge' into releases/Release_2_10_5_Branch

JAL-3076 fetch Ensembl sequence as JSON instead of Fasta

Conflicts:
src/jalview/ext/ensembl/EnsemblInfo.java
src/jalview/ext/ensembl/EnsemblMap.java
src/jalview/ext/ensembl/EnsemblSeqProxy.java

JAL-3065 release notes

Merge branch 'bug/JAL-3065_DH_keyPair_Exception' into releases/Release_2_10_5_Branch

JAL-3076 clarify javadoc handling single sequence response for Ensembl REST sequence_id endpoint

JAL-3087 release notes

JAL-3095 account for sequence start when highlighting selections in trimmed VARNA model

JAL-3053 JAL-3061 JAL-3095 release notes

Merge branch 'bug/JAL-3061_RNA_secondary_structure_annotation_gap_character' into releases/Release_2_10_5_Branch

Merge branch 'releases/Release_2_10_5_Branch' of source.jalview.org/git/jalview into releases/Release_2_10_5_Branch

JAL-3095 release notes

java doc and fix for JAL-3095 - region of trimmed RNA model to highlight is indexed relative to SeuqenceI.getStart()

JAL-3003 remove redundant call to drawSelectionGroup

JAL-3092 release notes

JAL-3092 make sure base pair counter is always moved in loop that computes the helix count for a strand of RNA secondary structure

JAL-3091 release notes for JAL-3003 JAL-3059

JAL-3003 different coloured borders in demo annotation file

JAL-3059 use correct border colour for groups

JAL-3003 draw selection group outline on main graphics context

JAL-247 release notes

JAL-247 comment to clarify wrapped print algorithm

JAL-247 print/export wrapped uses common code to draw seq ids and
annotation labels

JAL-3087 include full alignment height in repeating wrapped height

JAL-247 draw/print sequence ids now uses common code (unwrapped case)