JAL-3141 Changed suffix position to after the extension (removed extension detection altogether), and changed initial defaults.

JAL-3141 Re-added some changes in Jalview2XML missed in the merge

Merge branch 'feature/JAL-3063jaxbNoCastor' into feature/JAL-3141_Create_a_backup_when_saving_projects_and_other_files
JAL-3063 switched from castor to JAXB - backupFile bits added to jalview.project.Jalview2XML

Merge branch 'develop' into feature/JAL-3063jaxbNoCastor

JAL-3116 clear out whitespace when materialising Sequence object from Uniprot XML

JAL-3141 Remove no longer used exampleLabel

Merge branch 'feature/JAL-3063jaxbNoCastor' into develop
JAL-3063 todo: add castor-1.1-cycle.jar back to libraries inorder to ensure VAMSAS functionality remains

Merge branch 'features/pca_jaxb_datasetrefs_JAL-3171_JAL-3063_JAL-1767' into develop

JAL-1767 test that changing view association for PCA panel can be restored

JAL-1767 refactor associated view logic to public method and synchronise PCAPanel.av/ap with RotateableCanvac.ap/av

JAL-1767 patch buggy PCA view association test

JAL-3141 Forgot this file, sorry!

JAL-3141 Added a 'Save Project as...' File menu item, always asks for filename. Altered 'Save Project' File menu item to automatically save if both 1) projectFile is set (e.g. loaded or previously saved), 2) Backups is enabled

JAL-3141 Made more constants

JAL-3186 remove Variable Colour from popup menu

JAL-3186 remove duplicate message keys

JAL-2069 wider dialog so all fields show!

Conflicts:
src/jalview/gui/FeatureTypeSettings.java

JAL-2069 clear any error colour when setting threshold from slider

JAL-3125 tidy up

JAL-3125 avoid slider 'rounding' threshold field value

JAL-3141 removed redundant method to tests

JAL-1767 failing test to check if the PCA view association is correctly saved and restored

Merge branch 'feature/JAL-3063JAXB' into features/pca_jaxb_datasetrefs_JAL-3171_JAL-3063_JAL-1767

Merge branch 'feature/JAL-3063JAXB' into feature/JAL-3063jaxbNoCastor

JAL-3063 remove stale JAXB binding POJO

Merge branch 'feature/JAL-3063JAXB' into features/pca_jaxb_datasetrefs_JAL-3171_JAL-3063_JAL-1767

Merge branch 'feature/JAL-3063JAXB' into feature/JAL-3063jaxbNoCastor

JAL-3063 - ant task for regenerating JAXB schema - could be optimised further

JAL-3141 language word ending corrections

JAL-3141 Added i18n for the example filenames in Preferences

JAL-3141 forgot to add this file after extracting the class!

JAL-3141 Made one more suggested change from code review

JAL-3141 Made some more suggested changes from code review

JAL-3141 Made some suggested changes from code review

JAL-1889 additional test for clover-added fields

JAL-1889 ignore 'synthetic' fields added for jacoco

JAL-1767 minimise local variable scope

JAL-1767 port save/load PCA panel to JAXB - JAL-3063

JAL-3171 JAL-3063 merge updates from JAL-1767

Merge branch 'features/JAL-1767pcaInProject' into bug/JAL-3171_maintain_datasets_across_views

JAL-2791 JAL-2808 correct Javadoc for api method

JAL-3032  ignore /site also on non-JS branches

JAL-2846 ahem - proper release note for this fix from KJVDH !

JAL-3178 known defect in release notes

JAL-3111 JAL-2846 release notes

Merge branch 'bug/JAL-2846' into develop

JAL-3111 tweaked release notes and documented JAL-2864

Merge branch 'bug/JAL-2864nullOverviewCanvas' into develop

JAL-2865 release notes

Merge branch 'bug/JAL-2750' into develop

Merge branch 'task/JAL-3174_fixed_filename_tests' into develop

JAL-3174 backout un-needed stacktrace for exception raised during testing (since we expect it)

JAL-3174 Merging in some test filename-case fixes

Merge branch 'bug/JAL-2541cutRelocateFeatures' into develop

JAL-2541 JAL-2822 release notes

JAL-3111 bump release 2.11 release to January 2019

Merge branch 'develop' into bug/JAL-2541cutRelocateFeatures

JAL-3171 dataset reference tests now in Functional group

JAL-3171 record mapping between unmarshalled sequence’s dataset sequence ID and materialised dataset to allow belt-and-braces discovery of existing dataset - test now passes

JAL-3171 raise warning when a dataset reference exists *and* a different dataset exists for the sequenceSetID

JAL-3171 more complex project test - where sequences were copied from one alignment view into a new alignment and more views created.

JAL-3171 resolve dataset for imported projects via the alignment’s SequenceSetId

JAL-3171 failing test for legacy projects and fixing multiple dataset references

JAL-3171 register existing dataset for new view

JAL-3171 failing test checking preservation of dataset

JAL-1854 fix Checkstyle import violations

JAL-1854 Checkstyle updated to 8.12

JAL-3063 Castor removed from codebase

Merge branch 'feature/JAL-3063JAXB' into feature/JAL-3063jaxbNoCastor

.gitignore changes

JAL-1889 ignore Clover instrumentation in test (second attempt)

JAL-1889 unit test tweaks for running on server

JAL-3141 Slightly improved message and more thorough tests

JAL-3141 couple of minor fixes for example files being displayed in the Preferences tab

JAL-3141 Tests now available and working, bringing to light a problem with the classInit flag (now removed). Added some more dodgy Spanish translations.

JAL-3141 Preferences 'Backups' tab now fits.  Moved initial option setting into Preferences with all the other preference initial setting.

JAL-3141 Preferences 'Backups' tab now working. Doesn't fit in default space though -- needs adjusting

JAL-3141 Ostensibly all backups working for alignment and project saves. Need to add a preferences tab and some tests.

JAL-3141 Code checkout.  Not compiling.

JAL-3141 Code checkout.  Not compiling.

BackupFilter and other unfinished business

JAL-3141 Taken the backing up code out of FileChooser into its own class for more generic usage, and extra data safe-guarding functionality

JAL-3141 Taken the backing up code out of FileChooser into its own class for more generic usage, and extra data safe-guarding functionality

JAL-3141 Tidying

JAL-3141 Backup files being created with default suffix up to 10 backups. Configurable in .jalview_properties but no GUI for this yet.

JAL-3063 service param files read/saved using JAXB not Castor binding

JAL-3063 top level element added to JalviewWsParamSet.xsd

JAL-3063 comments re use of xjc to generate Java binding classes

JAL-3063 tidy commented out code

JAL-3063 wrappers with check for null getting optional Integer, Float,
Boolean XML attributes

JAL-2843 tweaks to help text for filters

JAL-2843 help text for colour by attribute, feature filters

Merge branch 'bug/JAL-3120restoreFeatureColour' into develop

JAL-3120 preserve plain colour value when changing to Colour by Label

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

Merge branch 'cherrypick/JAL-2808_notabs' into develop

JAL-2808 JAL-3026 deleted all commented out tab code from the dialog
Omitted dialog refactoring from JAL-3058

JAL-2808 JAL-3032 drop tabbed layout for Colours and Filters

JAL-3063 use JAXB for 'Save as Project' and load project from parameter

JAL-3063 unit test for save/load project switched to JAXB