JAL-2154 testNG like assertAlignmentDatasetRefs static wrappers and allow a message to be passed to prefix any assert failed messages

JAL-2154 reorder the dataset sequences according to the dataset XML doc (which, perversely, is read after all views)

JAL-2154 belt-and-braces patch:
* when dataset XML doc is read in, all vamsasSet sequences should be processed in sync with the ‘view’ JSeq entries containing start/end metadata
* features, dbrefs and pdbentrys are now added direct to dataset sequences, but old behaviour should be preserved for reading alignment views containing dbrefs that get propagated to dataset.

JAL-2154 verify mapping’s sequenceI ref has been resolved for AlignedCodonFrame forward refs

JAL-2154 use right reference string for recovering saved project

JAL-2154 refactor setSequenceAt to replaceSequenceAt, fixed implementation and docs

Merge branch 'develop' into bug/JAL-1841rnaSecStr

JAL-2077 using Platform method to check for Ctrl-down

JAL-1445 status message '...not containing...' for inverted selection

JAL-1693 show warning dialog if unable to make CDS for split frame

JAL-1855 fail gracefully if XML has no <sequence> element

JAL-2077 handling Cmd-click in scale panel for Mac / Windows

JAL-2001 return copy of selection in getSelected()

JAL-2146 status message now with formatted residue name / code

JAL-2173 don't remove annotation from hidden columns

JAL-2172 reverted to not sorting column selection

JAL-2105 rest versions updated to 4.6, change log link added

JAL-2172 handle case where column selection is not ordered

JAL-2154 verify sequenceI/dataset refs for codonmappings

JAL-2154 make sure any new sequences via DBRefEntry->Mapping->To are added to dataset as cross-refs are resolved.

JAL-2154 check alignment isn’t null before validating

JAL-2154 always resolve dataset sequences when creating a mapping for a DBRefEntry

JAL-2154 [test] verify reference integrity for alignment/dataset after each retrieval/crossref view

Merge branch 'develop' into bug/JAL-1841rnaSecStr

JAL-2172 unit test added

JAL-2171 matching bracket default character for rna SS entry

JAL-2154 formatting

JAL-2154 new assert to check reference integrity for an alignment, and a dataset, and associated DBRefEntry mappings to other sequences

JAL-2154 xref test harness - test fails if there are differences between dataset/alignment/codonframes for views created from a sequence of cross-ref actions, and the same views after restoring from a jalview project.

Currently fails !

Merge branch 'develop' into bug/JAL-1841rnaSecStr

JAL-1841 better i18n text

JAL-1128 fix for truncated bottom boarder pixels in figures generated from wrapped alignment

JAL-1128 fix for truncated bottom boarder pixels in figures generated from wrapped alignment

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-1919 Added improvement to ensure consistence of annotations parsed via JmolParser vs PDBfile parser and fixed unit tests accordingly

JAL-2154 refactor CrossRef UI code to its own class
JAL-2154 first pass of cross-ref + project save/restore test

JAL-2154 check if the desktop is constructed before trying to clear it !

JAL-2154 ignore all but the primary source resolved during programmatic invocation

JAL-2154 make sure we wait for constructor thread to finish

JAL-1841 count (logo height) is valid pairs only; detect base-gap pair

JAL-1841 bug fixes / code tidy for rna SS rendering / parsing

JAL-1841, bug fix in rna SS consensus, additions to Rna[Test]

JAL-2171 default SS symbol to existing (if present)

JAL-2154 clear the desktop before every 2xml test

JAL-2154 jalview.gui.SequenceFetcher.fetchAndShow(db,query) entry point for programmatically triggering a sequence fetch

JAL-2154 JAL-1993 relocate show dbchooser action out of jbInit

JAL-2154 refactor setup/teardown from Jalview2xml for other 2xml related tests

JAL-2124 i18n of 'All' menu item

JAL-2124 i18n of "All" menu item

JAL-2146 small optimisation (avoid String creation)

JAL-2146 show Column no [Sequence no [Residue / pos]] on mouseover

JAL-2154 test for CDS->protein map

JAL-1577 rebuild menus when secondary structure manually updated

replaced broken biojsmsa home link in jalveiw help

JAL-2119 replaced link with a non-404 alternative

JAL-2168 -nonews option also mentioned here

JAL-2119 updates to invalid / obsolete help links

JAL-2168 document '-nonews' parameter

JAL-2068 add the worker to the currently displayed alignment panel and viewport

JAL-2154 add in missing class for createDatasetAlignment(), and add support for recovering position for an object in the set.

JAL-2168 skip news feed if parameter "-nonews" is supplied

JAL-1448 always use UK locale for formatted date properties

JAL-2164 add transferred annotation to sequence

JAL-2154 make sure codon mappings between sequences discovered via database cross-reference matching are added to the codonframe.

JAL-2154 todo

JAL-2154 use convenience method

JAL-2154 make sure all sequences referenced via DBRefEntry->getMap()->getTo() are added to dataset when it is created

JAL-2110 comment on failing test (consider skipping for release ?)

JAL-2154 test for CDS->protein map

JAL-2046 stack trace for implementation warning

JAL-2164 changed to be Java 1.7 compliant

JAL-2008 handle fast mouse drag of feature ordering correctly

JAL-2015 convert Color from colour picker to FeatureColour

JAL-2046 additional logic to suppress spurious implementation-error warnings

Merge branch 'efficiency/JAL-2034_JAL-1421' into develop

JAL-2034 show greyed out image during overview update

Merge branch 'develop' into efficiency/JAL-2034_JAL-1421

JAL-2068 reinstated false return value for notifyWorking
  (prevents multiple worker threads starting when new view created)
 * documentation for AlignCalcManagerI

Merge branch 'develop' into efficiency/JAL-2034_JAL-1421

JAL-2164 TODO: make test pass for JMOL_PARSER

JAL-2164 JAL-1919 JAL-1270 use structure import settings to properly configure for test

Merge branch 'develop' of source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-2164 bugfix to convert insCodes of '\000' to ' ' in JmolParser, this fixes the xml marshalling bug

Merge branch 'bug/JAL-2154projectMappings' into develop

Merge branch 'task/JAL-2164_mcviewforoldjalviewprojects' into develop

JAL-2164 prevent jalview news from opening

JAL-2164 clear the desktop before testStoreAndRecoverExpandedViews

Merge branch 'task/JAL-2164_mcviewforoldjalviewprojects' into develop

JAL-1772 make sure we actually return reference to AlignFrame that is visible after views are gathered

JAL-1772 JAL-2164 make expanded view save/restore test pass when run in isolation (problem may be that load returns an alignFrame that isn’t actually the one shown in the desktop…)

JAL-2164 JAL-1772 explodeViews can be static, so make it so

JAL-1957 JAL-1479 updated SIFTS user docs

JAL-2164 revert tests depending on import of legacy jalview projects

JAL-2154 disable visual delay only after completed import

JAL-2154 register any new dataset codon frames only when all data imported

JAL-2154 only include mappings in dbref/alcodon in dataset XML

JAL-2157 fixed Jalview2xmlTest

JAL-2154 toString for forward references

Merge branch 'patch/JAL-2156_JAL-2163_saveSplitFrameFromSaveAs_restoreTitles' into bug/JAL-2154projectMappings

JAL-2163 set title for the alignframe from restored view state