JAL-2937 hmmbuild input data generated via AlignmentView from alignment, not directly...
[jalview.git] / FEATURETODO
1 JAL-958 Normalised logo feature todo
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3 * add gui switches in applet for normalised logo display
4 * add flags for normalised logo display to AnnotationFile and Jalview Project
5 * add preference for application
6 * consider rationalising flag model for N types of consensus/logo calculation methods
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8 JAL-976 JABAWS 2 services todo
9 * document aacons
10 * allow aacons calculation setting to be restored
11 * fix aacon service description bug - each calculation should be an option.
12 * test store/recall of settings for AACons service
13 * decide where AACons job stats should be stored (this is a report for the current view, rather than alignment as a whole)
14 * make disorder calculation more intelligent
15 -* only calculate for sequences where no calculation has already been performed ?
16 -* if parameters are changed, old features should be replaced with new ones
17 ..? calcId for features, too ?