THIRDPARTYLIBS

   1 The Jalview Desktop relies on a number of third-party libraries.
   2 These can be found in the lib directory, with additional compile
   3 time dependencies in the utils directory.
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   5 A number of sources have also been adapted for incorporation into Jalview's source tree
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   7 ext.edu.ucsf.rbvi.strucviz2 includes sources originally developed by Scooter Morris and Nadezhda Doncheva for the Cytoscape StructureViz2 plugin. It is released under the Berkley license and we hereby acknowledge its original copyright is held by the UCSF Computer Graphics Laboratory
   8  and the software was developed with support by the NIH National Center for Research Resources, grant P41-RR01081.
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  10  jalview.ext.android includes code taken from the Android Open Source Project (https://android.googlesource.com/platform/frameworks/base/+/master/core/java/android/util).
  11  The Apache 2.0 Licence (http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0) is acknowledged in the source code.
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  13 Licensing information for each library is given below:
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  15 JGoogleAnalytics_0.3.jar        APL 2.0 License - http://code.google.com/p/jgoogleanalytics/
  16 Jmol-14.6.4_2016.10.26.jar      GPL/LGPLv2 http://sourceforge.net/projects/jmol/files/
  17 VARNAv3-93.jar GPL licenced software by K�vin Darty, Alain Denise and Yann Ponty. http://varna.lri.fr
  18 activation.jar
  19 apache-mime4j-0.6.jar
  20 axis.jar
  21 castor-1.1-cycle-xml.jar
  22 commons-codec-1.3.jar
  23 commons-discovery.jar
  24 commons-logging-1.1.1.jar
  25 commons-logging.jar
  26 commons-net-3.3.jar
  27 groovy-all-2.4.6-indy.jar       APL 2.0 License - downloaded and extracted from https://dl.bintray.com/groovy/maven/apache-groovy-binary-2.4.6.zip
  28 httpclient-4.0.3.jar
  29 httpcore-4.0.1.jar
  30 httpmime-4.0.3.jar
  31 jaxrpc.jar
  32 jdas-1.0.4.jar : Apache License - built from http://code.google.com/p/jdas/ (29th Feb 2012)
  33 jhall.jar
  34 jswingreader-0.3.jar : Apache license - built from http://jswingreader.sourceforge.net/ svn/trunk v12
  35 log4j-1.2.8.jar
  36 mail.jar
  37 miglayout-4.0-swing.jar BSD http://www.migcalendar.com/miglayout/versions/4.0/license.txt
  38 min-jaba-client.jar
  39 regex.jar
  40 saaj.jar
  41 spring-core-3.0.5.RELEASE.jar : Apache License: jdas runtime dependencies retrieved via maven
  42 spring-web-3.0.5.RELEASE.jar : Apache License: jdas runtime dependencies retrieved via maven
  43 vamsas-client.jar
  44 wsdl4j.jar
  45 xercesImpl.jar
  46 xml-apis.jar
  47 json_simple-1.1.jar : Apache 2.0 license : downloaded from https://code.google.com/p/json-simple/downloads/list (will move to 1.1.1 version when jalview is mavenised and osgi-ised)
  48 jfreesvg-2.1.jar : GPL v3 licensed library from the JFree suite: http://www.jfree.org/jfreesvg/
  49 VAqua4.jar : Violetlib's Aqua OSX look and feel v4. GPLv3 license: http://violetlib.org/vaqua/release4Notes.html
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  51 lib/htsjdk-1.120-SNAPSHOT.jar: (currently not required for 2.10) built from maven master at https://github.com/samtools/htsjdk MIT License to Broad Institute
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  53 lib/biojava-core-4.1.0.jar LGPLv2.1 - latest license at https://github.com/biojava/biojava/blob/master/LICENSE
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  55 lib/biojava-ontology-4.1.0.jar LGPLv2.1 - latest license at https://github.com/biojava/biojava/blob/master/LICENSE
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  58 Additional dependencies
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  60 examples/javascript/deployJava.js : http://java.com/js/deployJava.js
  61 examples/javascript/jquery*.js : BSD license
  62 examples/javascript/jshashtable-2.1.js : Apache License
  63 examples/javascript/facebox-1.3.js : MTI License - http://www.opensource.org/licenses/mit-license.php
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