THIRDPARTYLIBS

   1 The Jalview Desktop relies on a number of third-party libraries.
   2 These can be found in the lib directory, with additional compile
   3 time dependencies in the utils directory.
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   5 A number of sources have also been adapted for incorporation into Jalview's source tree
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   7 ext.edu.ucsf.rbvi.strucviz2 includes sources originally developed by Scooter Morris and Nadezhda Doncheva for the Cytoscape StructureViz2 plugin. It is released under the Berkley license and we hereby acknowledge its original copyright is held by the UCSF Computer Graphics Laboratory
   8  and the software was developed with support by the NIH National Center for Research Resources, grant P41-RR01081.
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  10  jalview.ext.android includes code taken from the Android Open Source Project (https://android.googlesource.com/platform/frameworks/base/+/master/core/java/android/util).
  11  The Apache 2.0 Licence (http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0) is acknowledged in the source code.
  12  org.stackoverflowusers.file.WindowsShortcuts was downloaded from http://github.com/codebling/WindowsShortcuts via https://stackoverflow.com/questions/309495/windows-shortcut-lnk-parser-in-java
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  14 Licensing information for each library is given below:
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  16 JGoogleAnalytics_0.3.jar        APL 2.0 License - http://code.google.com/p/jgoogleanalytics/
  17 Jmol-14.6.4_2016.10.26.jar      GPL/LGPLv2 http://sourceforge.net/projects/jmol/files/
  18 VARNAv3-93.jar GPL licenced software by K�vin Darty, Alain Denise and Yann Ponty. http://varna.lri.fr
  19 activation.jar
  20 apache-mime4j-0.6.jar
  21 axis.jar
  22 castor-1.1-cycle-xml.jar
  23 commons-codec-1.3.jar
  24 commons-discovery.jar
  25 commons-logging-1.1.1.jar
  26 commons-logging.jar
  27 commons-net-3.3.jar
  28 groovy-all-2.4.6-indy.jar       APL 2.0 License - downloaded and extracted from https://dl.bintray.com/groovy/maven/apache-groovy-binary-2.4.6.zip
  29 httpclient-4.0.3.jar
  30 httpcore-4.0.1.jar
  31 httpmime-4.0.3.jar
  32 jaxrpc.jar
  33 jhall.jar
  34 jswingreader-0.3.jar : Apache license - built from http://jswingreader.sourceforge.net/ svn/trunk v12
  35 log4j-1.2.8.jar
  36 mail.jar
  37 miglayout-4.0-swing.jar BSD http://www.migcalendar.com/miglayout/versions/4.0/license.txt
  38 min-jaba-client.jar
  39 regex.jar
  40 saaj.jar
  41 spring-core-3.0.5.RELEASE.jar : Apache License: jdas runtime dependencies retrieved via maven - TODO: JAL-3035 remove if no longer needed ?
  42 spring-web-3.0.5.RELEASE.jar : Apache License: jdas runtime dependencies retrieved via maven - TODO: JAL-3035 remove if no longer needed ?
  43 vamsas-client.jar
  44 wsdl4j.jar
  45 xercesImpl.jar
  46 xml-apis.jar
  47 json_simple-1.1.jar : Apache 2.0 license : downloaded from https://code.google.com/p/json-simple/downloads/list (will move to 1.1.1 version when jalview is mavenised and osgi-ised)
  48 jfreesvg-2.1.jar : GPL v3 licensed library from the JFree suite: http://www.jfree.org/jfreesvg/
  49
  50 quaqua: v.8.0 (latest stable) by Randel S Hofer. LGPL and BSD Modified license: downloaded from http://www.randelshofer.ch/quaqua/
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  52 vaqua5-patch: This is a patched version of VAqua v5 (latest stable) by Alan Snyder et al. GPLv3 with Classpath exception, also includes contributions from Quaqua: http://violetlib.org/vaqua/overview.html - see doc/patching-vaqua.txt for patch details, and http://issues.jalview.org/browse/JAL-2988 for details of the bug that the patch addresses.
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  54 lib/htsjdk-2.12.jar: built from maven master at https://github.com/samtools/htsjdk MIT License to Broad Institute
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  56 lib/biojava-core-4.1.0.jar LGPLv2.1 - latest license at https://github.com/biojava/biojava/blob/master/LICENSE
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  58 lib/biojava-ontology-4.1.0.jar LGPLv2.1 - latest license at https://github.com/biojava/biojava/blob/master/LICENSE
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  61 Libraries for Test Suite
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  63 utils/classgraph-4.1.6.jar: BSD License - allows recovery of classpath for programmatic construction of a Java command line to launch Jalview
  64                       version 4.1.6 downloaded from https://mvnrepository.com/artifact/io.github.classgraph/classgraph/4.1.6
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  67 Additional dependencies
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  69 examples/javascript/deployJava.js : http://java.com/js/deployJava.js
  70 examples/javascript/jquery*.js : BSD license
  71 examples/javascript/jshashtable-2.1.js : Apache License
  72 examples/javascript/facebox-1.3.js : MTI License - http://www.opensource.org/licenses/mit-license.php
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