_aptx_jalview_configuration_file.txt

   1 #  PLEASE DON'T MOVE ME
   2 #  User Interface Look and Feel
   3 #  ----------------------------
   4 #  Possible values for 'native_ui'
   5 #    'yes' to use native (system) "look and feel"
   6 #    'no'  to use Archaeopteryx-style "look and feel", can set GUI colors via this file (see below)
   7 #    '?'   to use native (system) "look and feel" if Mac OS X with Java 1.5 is detected,
   8 #          Archaeopteryx-style "look and feel" otherwise
   9
  10 native_ui: yes
  11
  12
  13
  14 #  Default Values for Options
  15 #  --------------------------
  16 #  Minimal confidence value to be displayed: 'min_confidence_value':
  17 #     Example: 'min_confidence_value: 50.0' (a commonly used
  18 #     value for bootstrap support)
  19 #
  20 #  Font family name: 'font_family':
  21 #     Example: 'font_family: Arial_Unicode_MS,Dialog,SansSerif,Sans,Arial,Helvetica'
  22 #     It is advisable to use more than one value for font_family (in
  23 #     decreasing order of preference). Font family names have to be
  24 #     comma separated (no spaces). Spaces in font names have to be
  25 #     replaced by underscores (e.g. 'Arial_Unicode_MS').
  26 #
  27 #  Font size: 'font_size':
  28 #     Example: 'font_size: 10'
  29 #
  30 #  Screen antialias: 'antialias_screen': values: 'yes'/'no'
  31 #
  32 #  Show Scale: 'show_scale': values: 'yes'/'no'
  33 #
  34 #  Show branch length branch values: 'show_branch_length_values': values: 'yes'/'no'
  35 #
  36 #  Cladogram display type: 'cladogram_type'
  37 #     Example: 'cladogram_type: non_lined_up'
  38 #     The three possible values are: lined_up
  39 #                                    non_lined_up
  40 #
  41 #  Default line width for PDF export: 'pdf_export_line_wdith':
  42 #     Example: 'pdf_export_line_width: 0.5'
  43 #
  44 #  Show overview: 'show_overview': values: 'yes'/'no'
  45 #
  46 #  Phylogeny graphics type: 'phylogeny_graphics_type':
  47 #     Example: 'phylogeny_graphics_type: euro_style'
  48 #     The eight possible values are: rectangular
  49 #                                    euro_style
  50 #                                    rounded
  51 #                                    curved
  52 #                                    triangular
  53 #                                    convex
  54 #                                    unrooted
  55 #                                    circular
  56 #
  57 #  Node label direction for circular and unrooted type: 'node_label_direction':
  58 #     Example: 'node_label_direction: horizontal'
  59 #     The two possible values are: horizontal
  60 #                                  radial
  61 #
  62 #  Show default node shape for internal nodes: 'show_default_node_shapes_internal': values: 'yes'/'no'
  63 #
  64 #  Show default node shape for external nodes: 'show_default_node_shapes_external': values: 'yes'/'no'
  65 #
  66 #  Default node shape size: 'default_node_size'
  67 #     Example: 'default_node_size: 6'
  68 #
  69 #  Default node shape type: 'default_node_shape'
  70 #     Example: 'default_node_shape: '
  71 #     Possible values: circle
  72 #                      rectangle
  73 #
  74 #  Default node shape fill: 'default_node_fill'
  75 #     Example: 'default_node_fill: '
  76 #     Possible values: solid
  77 #                      gradient
  78 #                      none
  79 #
  80 #  To determine what data field to return by clicking on "List Node Data": 'list_node_data_field'
  81 #     Possible values: node_name
  82 #                      sequence_name
  83 #                      gene_name
  84 #                      sequence_acc
  85 #                      sequence_mol_seq_fasta
  86 #                      sequence_symbol
  87 #                      taxonomy_scientific_name
  88 #                      taxonomy_code
  89 #                      domains
  90 #                      domains_collapsed
  91 #                      seq_annotations
  92 #                      go_term_ids
  93 #                      user_selected
  94 #
  95 #  To determine where to return data selected by user clicking on "List Node Data": 'list_node_data_in'
  96 #     Contents of buffer can be obtained with method 'getCurrentExternalNodesDataBuffer()' of
  97 #     classes org.forester.archaeopteryx.MainFrame and org.forester.archaeopteryx.ArchaeopteryxE
  98 #     Possible values: window (for output to window and buffer)
  99 #                      console (for output to console and buffer)
 100 #                      buffer_only (for output to buffer only)
 101 #
 102 #  To override label for menu item to return data of external nodes (default "List Node Data"): 'list_node_data_custom_label'
 103 #     Example: 'list_node_data_custom_label: Get_Node_Data'
 104 #
 105 #  Taxonomy colorization of nodes (shapes) instead of labels: 'taxonomy_colorize_node_shapes': values: 'yes'/'no'
 106 #
 107 #  Do/not color labels same as branch length values: 'color_labels_same_as_branch_length_values': values: 'yes'/'no'
 108 #
 109 #  Do/not show domain labels: 'show_domain_labels': values: 'yes'/'no'
 110 #
 111 #  Do/not show reference sources for sequence annotation: 'show_seq_annotation_ref_sources': values: 'yes'/'no'
 112 #
 113 #  Number of fraction digits for branch length values: 'branch_length_value_digits'
 114 #
 115 #  Number of fraction digits for confidence values: 'confidence_value_digits'
 116 #
 117 #  To turn on/off background color gradient: background_gradient
 118 #     Example: 'background_gradient: yes'
 119 #
 120 #  To allow/not allow editing (cut, copy, and paste): allow_editing
 121 #     Example: 'allow_editing: yes'
 122 #
 123 #  To allow/not allow thicker strokes for very small trees: allow_thick_strokes
 124 #     Example: 'allow_thick_strokes: yes'
 125 #
 126 #  NH/NHX/Nexus file parsing
 127 #  -------------------------
 128 #  To replace underscores with spaces during NH/NHX/Nexus file parsing:
 129 #     'replace_underscores_in_nh_parsing', possible values are 'yes', 'no'
 130 #
 131 #  To extract UniProt taxonomy codes (e.g. CAEEL) or UniProt identifiers (or scientific names)
 132 #  from node names during NH/NHX/Nexus file parsing: 'taxonomy_extraction_in_nh_parsing'
 133 #     possible values are:
 134 #     'no'
 135 #     'pfam_strict'  (for e.g. MOUSE from BCL2_MOUSE/23-453, or [uniprot] 10090 from BCL2_10090/23-453)
 136 #     'pfam_relaxed' (for e.g. MOUSE from bax_MOUSE, or [uniprot] 10090 from bax_10090)
 137 #     'aggressive'   (for e.g. MOUSE from MOUSE, or [uniprot] 10090 from 10090, or Nematostella vectensis from xyz_Nematostella_vectensis)
 138 #
 139 #  Internal node labels are confidence values during NH/NHX/Nexus file parsing:
 140 #     'internal_labels_are_confidence_values', possible values are 'yes', 'no'
 141 #
 142 #  phyloXML parsing
 143 #  ----------------
 144 #  To ensure compatibility with all current and future
 145 #  phyloXML applications and to detect malformatted and
 146 #  possibly erroneous data, it is strongly recommended
 147 #  to enable validation of all phyloXML files
 148 #  against the XSD Schema (see: http://www.phyloxml.org/),
 149 #  with:
 150 #  'validate_against_phyloxml_xsd_schema: true'
 151
 152
 153 min_confidence_value:                      0.0
 154 font_family:                               Arial_Unicode_MS,Dialog,SansSerif,Sans,Arial,Helvetica
 155 font_size:                                 12
 156 font_size_min:                             2
 157 font_size_max:                             20
 158 antialias_screen:                          yes
 159 show_scale:                                yes
 160 cladogram_type:                            lined_up
 161 phylogeny_graphics_type:                   rectangular
 162 node_label_direction:                      horizontal
 163 show_default_node_shapes_internal:         yes
 164 show_default_node_shapes_external:         yes
 165 show_node_shapes_for_nodes_with_vis_data:  yes
 166 default_node_size:                         5
 167 default_node_shape:                        rectangle
 168 default_node_fill:                         solid
 169 pdf_export_line_width:                     0.5
 170 show_overview:                             yes
 171 overview_width:                            120
 172 overview_height:                           120
 173 overview_placement_type:                   upper_right
 174 color_labels_same_as_branch_length_values: no
 175 display_sequence_relations:                no
 176 show_domain_labels:                        yes
 177 line_up_renderable_data:                   yes
 178 right_align_domain_architectures:          no
 179 show_seq_annotation_ref_sources:           yes
 180 branch_length_value_digits:                3
 181 confidence_value_digits:                   2
 182 background_gradient:                       no
 183 allow_editing:                             yes
 184 allow_thick_strokes:                       no
 185 list_node_data_in:                         window
 186 list_node_data_field:                      user_selected
 187 list_node_data_custom_label:
 188 #  NH/NHX/Nexus file parsing:
 189 internal_labels_are_confidence_values:     no
 190 replace_underscores_in_nh_parsing:         no
 191 taxonomy_extraction_in_nh_parsing:         no
 192 #  phyloXML parsing:
 193 validate_against_phyloxml_xsd_schema:      true
 194
 195
 196 #  Checkbox Display Selection
 197 #  --------------------------
 198 #  This is used to select which checkboxes to display
 199 #  and what their initial values should be.
 200 #  Format: 'name: display|nodisplay yes|no'
 201 #  Note: if an option is not displayed, it will not be enabled
 202 #
 203 #  For the following use '?' to let Archaeopteryx decide (depending on tree):
 204 #  - 'phylogram'
 205 #  - 'write_confidence_values'
 206 #  - 'write_events'
 207
 208 phylogram:                      display   ?
 209 rollover:                       display   yes
 210 color_according_to_sequence:    display   no
 211 color_according_to_species:     display   no
 212 color_according_to_annotation:  display   no
 213 show_node_names:                display   yes
 214 show_seq_names:                 display   yes
 215 show_seq_symbols:               display   yes
 216 show_seq_acc:                   display   no
 217 show_gene_names:                display   yes
 218 show_taxonomy_code:             display   yes
 219 show_taxonomy_scientific_names: display   yes
 220 show_taxonomy_rank:             display   no
 221 show_taxonomy_common_names:     display   no
 222 show_taxonomy_images:           display   no
 223 show_annotations:               display   no
 224 write_confidence_values:        display   ?
 225 write_branch_length_values:     display   yes
 226 write_events:                   display   ?
 227 use_visual_styles:              display   no
 228 width_branches:                 display   no
 229 show_domain_architectures:      display   no
 230 show_msa:                       display   no
 231 show_binary_characters:         display   no
 232 show_binary_character_counts:   display   no
 233 display_internal_data:          display   yes
 234 dynamically_hide_data:          display   yes
 235 show_relation_confidence:       display   no
 236 show_properties:                display   no
 237 show_vector_data:               display   no
 238
 239
 240
 241 #  Combo-box Display Selection
 242 #  ---------------------------
 243 #  Format: 'name: display/nodisplay'
 244 click_to: display_node_data        display
 245 click_to: collapse_uncollapse      display
 246 click_to: uncollapse_all           display
 247 click_to: reroot                   display
 248 click_to: subtree                  display
 249 click_to: swap                     display
 250 click_to: order_subtree            display
 251 click_to: sort_descendants         display
 252 click_to: color_subtree            display
 253 click_to: change_node_font         display
 254 click_to: color_node_font          display
 255 click_to: open_seq_web             display
 256 click_to: open_pdb_web             display
 257 click_to: open_tax_web             display
 258 click_to: blast                    display
 259 click_to: cut_subtree              display
 260 click_to: copy_subtree             display
 261 click_to: paste_subtree            display
 262 click_to: delete                   display
 263 click_to: add_new_node             display
 264 click_to: edit_node_data           display
 265 click_to: select_nodes             display
 266 click_to: get_ext_descendents_data display
 267
 268 #   Default click-to option (any of the above if set to "display")
 269 default_click_to: select_nodes
 270
 271
 272
 273 #  Default Tree Display Colors
 274 #  ---------------------------
 275
 276 display_color: background                 0xFFFFFF
 277 display_color: background_gradient_bottom 0xFFFFFF
 278 display_color: sequence                   0x111111
 279 display_color: taxonomy                   0x8D8D8D
 280 display_color: confidence                 0xAEAEAE
 281 display_color: branch_length              0x3A3A3A
 282 display_color: branch                     0x000000
 283 display_color: node_box                   0x000000
 284 display_color: collapsed                  0x000000
 285 display_color: matching_a                 0xCC6600
 286 display_color: matching_b                 0xCC70CC
 287 display_color: matching_a_and_b           0x0000CC
 288 display_color: duplication                0xFF00FF
 289 display_color: speciation                 0xFFFF00
 290 display_color: duplication_or_specation   0xFFAA20
 291 display_color: domain_label               0x939393
 292 display_color: domain_base                0x505050
 293 display_color: binary_domain_combinations 0x4169FF
 294 display_color: annotation                 0xFFCC00
 295 display_color: overview                   0x828282
 296
 297
 298
 299 #  GUI (graphical user interface) Colors
 300 #  -------------------------------------
 301 #
 302 #  These are ignored if native (system) "look and feel"
 303 #  is being used ('native_ui: yes').
 304
 305 gui_background_color:                 0x202020
 306 gui_checkbox_text_color:              0xDCDCDC
 307 gui_checkbox_and_button_active_color: 0xFF0000
 308 gui_button_text_color:                0xFFFFFF
 309 gui_button_background_color:          0x404040
 310 gui_menu_background_color:            0x000000
 311 gui_menu_text_color:                  0xFFFFFF
 312 gui_button_border_color:              0x000000
 313
 314
 315 #  Vector Data Display Colors and Sizes
 316 #  ------------------------------------
 317 vector_data_min_color:                0x0000FF
 318 vector_data_max_color:                0xFFFF00
 319 vector_data_mean_color:               0x000000
 320 vector_data_width:                    120
 321 vector_data_height:                   12
 322
 323
 324 #  Settings Specific for Archaeopteryx Applets (E and A)
 325 #  -----------------------------------------------------
 326 #  To automatically midpoint reroot trees upon loading: 'midpoint_reroot: yes'
 327
 328 midpoint_reroot: yes
 329
 330
 331
 332 #  Settings Specific for ArchaeopteryxE Applets
 333 #  --------------------------------------------
 334 #  To hide controls and menus: 'hide_controls_and_menus: yes'
 335 #  To use tabbed display     : 'use_tabbed_display: yes'
 336
 337 hide_controls_and_menus: no
 338 use_tabbed_display:      yes
 339
 340
 341
 342 #  Settings For Phylogenetic Inference
 343 #  -----------------------------------
 344 #  EXPERIMENTAL: DO NOT USE!!
 345
 346 default_number_of_bootstrap_resamples: 100
 347 mafft_local:                            /bin/mafft
 348 fastme_local:                           /bin/fastme
 349 raxml_local:                            /bin/raxml
 350
 351
 352
 353 #  Sequence colors
 354 #  ---------------
 355 #  Format: species_color: sequencename hexcolor
 356 sequence_color: Tubulin-alpha        0xEE0000
 357 sequence_color: Tubulin-beta         0x00EE00
 358
 359
 360 #  Species colors
 361 #  --------------
 362 #  Format: species_color: speciesname hexcolor
 363 species_color: BRAFL        0x00FFFF
 364 species_color: SPHGR        0x9620F0
 365 species_color: STRPU        0x9620F0
 366 species_color: CIOIN        0xFF1CAE
 367 species_color: CIOSA        0xFF2CAE
 368 species_color: BOVIN        0x5C3317
 369 species_color: CANFA        0x8B2323
 370 species_color: HUMAN        0xFF2400
 371 species_color: PANTR        0xCC2400
 372 species_color: MOUSE        0xFF7F00
 373 species_color: RAT          0xFFEF00
 374 species_color: MONDO        0xEE9A49
 375 species_color: ORNAN        0xCD853F
 376 species_color: XENLA        0x6BAA23
 377 species_color: XENTR        0x6BAA23
 378 species_color: CHICK        0xFFC125
 379 species_color: FUGRU        0x0000FF
 380 species_color: BRARE        0x0000DD
 381 species_color: DANRE        0x0000BB
 382 species_color: TETNG        0x0000AA
 383 species_color: ORYLA        0x000088
 384 species_color: GASAC        0x000066
 385 species_color: CAEEL        0x666699
 386 species_color: CAEBR        0xB0B0B0
 387 species_color: DROME        0x663366
 388 species_color: DROPS        0x996699
 389 species_color: APIME        0x7A7700
 390 species_color: AEDAE        0x8C5900
 391 species_color: TRICA        0x918E00
 392 species_color: NEMVE        0x0066CC
 393 species_color: HYDAT        0x3399FF
 394 species_color: HYDVU        0x3399FF
 395 species_color: LUBBA        0xF7B5CB
 396 species_color: GEOCY        0xF5A0BD
 397 species_color: AMPQE        0x009966
 398 species_color: SUBDO        0xC790B9
 399 species_color: MONBE        0xFC0FC0
 400 species_color: DICPU        0xFFCC33
 401 species_color: DICDI        0xFFCC00
 402 species_color: ENTHI        0x5959AB
 403 species_color: ARATH        0x00FF00
 404 species_color: POPTR        0x006400
 405 species_color: VITVI        0x00CD00
 406 species_color: GLYMA        0x00FF7F
 407 species_color: ORYSA        0x008B00
 408 species_color: ORYSJ        0x008C00
 409 species_color: SORBI        0x00EE76
 410 species_color: SELMO        0x238E23
 411 species_color: PHYPA        0x09F911
 412 species_color: OSTLU        0x7FFF00
 413 species_color: OSTTA        0x7FFF00
 414 species_color: OSTRC        0x7FFF00
 415 species_color: MICPU        0x66CD00
 416 species_color: MIC99        0x66CD00
 417 species_color: CHLRE        0xB3EE3A
 418 species_color: VOLCA        0xC0FF3E
 419 species_color: CHLSP        0x6B8E23
 420 species_color: CYAME        0xD02090
 421 species_color: YEAST        0xAAAAAA
 422 species_color: BACFR        0xFF0000
 423 species_color: BACTN        0xFFFF00
 424 species_color: MYXXD        0x0000FF
 425 species_color: STIAU        0x00FFFF
 426 species_color: BACOV        0x8C5900
 427 species_color: BACUN        0x66CD00
 428 species_color: PORGI        0x918E00
 429 # rank: Class
 430 species_color: Mammalia       0xFF0000
 431 species_color: mammals        0xFF0000
 432 # rank: Phylum
 433 species_color: Chordata       0x8470FF
 434 species_color: Echinodermata  0x6495ED
 435 species_color: Hemichordata   0x7EC0EE
 436 species_color: Arthropoda     0x7AC5CD
 437 species_color: Nematoda       0x7171C6
 438 species_color: Tardigrada     0x388E8E
 439 species_color: Annelida       0xC67171
 440 species_color: Mollusca       0x00F5FF
 441 species_color: Ctenophora     0xBBFFFF
 442 species_color: Cnidaria       0xFF83FA
 443 species_color: Placozoa       0xEED2EE
 444 species_color: Porifera       0xFF3E96
 445 species_color: Microsporidia  0x8B8378
 446 species_color: Ascomycota     0xFF6347
 447 species_color: Basidiomycota  0xFFD700
 448 species_color: Chlorophyta    0x00C78C
 449 species_color: Streptophyta   0x00C957
 450 # rank: Kingdom
 451 species_color: Viridiplantae  0x00FF00
 452 species_color: plants         0x00FF00
 453 species_color: Metazoa        0x0000FF
 454 species_color: animals        0x0000FF
 455 species_color: Fungi          0xFF9912
 456 # rank: Superkingdom
 457 species_color: Viruses        0xFFD700
 458 species_color: Bacteria       0x00FF00
 459 species_color: Archaea        0x0000FF
 460 species_color: Eukaryota      0xFF0000
 461 species_color: eukaryotes     0xFF0000
 462
 463
 464
 465 #  Domain colors
 466 #  -------------
 467 domain_color: Cofilin_ADF     0xFC0FC0
 468 domain_color: TIR             0x900000
 469 domain_color: NACHT           0x202020
 470 domain_color: CARD            0xFF0000
 471 domain_color: Peptidase_C14   0x00FF00
 472 domain_color: Death           0x0000FF
 473 domain_color: DED             0x00FFFF
 474 domain_color: BIR             0xCCFF33
 475 domain_color: PAAD_DAPIN      0x9999CC
 476 domain_color: NB-ARC          0x500050
 477 domain_color: WD40            0x888888
 478 domain_color: RVT_1           0x999900
 479 domain_color: CBM_48          0xFF0000
 480 domain_color: Alpha-amylase   0x0000FF
 481 domain_color: Alpha-amylase_C 0x0080FF
 482 domain_color: CBM_48          0xFF0000
 483 domain_color: Alpha-amylase   0x0000FF
 484 domain_color: Alpha-amylase_C 0x0080FF
 485 domain_color: GDE_N           0x009000
 486 domain_color: GDE_C           0x00FF00
 487 domain_color: hGDE_N          0x990099
 488 domain_color: GDE_N_bis       0x007000
 489 domain_color: hGDE_central    0xFF8000
 490 domain_color: hGDE_amylase    0x0000EE
 491 domain_color: hDGE_amylase    0x0000EE
 492
 493
 494
 495 #  Annotation colors
 496 #  -----------------
 497 annotation_color: dehydrogenase 0x0000FF
 498 annotation_color: kinase        0xFF00FF
 499 annotation_color: protease      0x009900
 500 annotation_color: transcription 0xAAAA00
 501
 502
 503 # END