benchmarking/src/main/java/org/jalview/SeqWidthBenchmark.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21
  22 package org.jalview;
  23
  24 import org.jalview.HiddenColumnsBenchmark.HiddenColsAndStartState;
  25 import org.openjdk.jmh.annotations.Benchmark;
  26 import org.openjdk.jmh.annotations.BenchmarkMode;
  27 import org.openjdk.jmh.annotations.Fork;
  28 import org.openjdk.jmh.annotations.Measurement;
  29 import org.openjdk.jmh.annotations.Mode;
  30 import org.openjdk.jmh.annotations.Setup;
  31 import org.openjdk.jmh.annotations.State;
  32 import org.openjdk.jmh.annotations.Warmup;
  33 import org.openjdk.jmh.annotations.Scope;
  34 import org.openjdk.jmh.annotations.Param;
  35
  36 import java.util.ArrayList;
  37 import java.util.List;
  38 import java.util.Random;
  39 import java.util.concurrent.TimeUnit;
  40
  41 import jalview.datamodel.Alignment;
  42 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  43 import jalview.datamodel.Sequence;
  44 import jalview.datamodel.SequenceI;
  45
  46 /*
  47  * A class to benchmark hidden columns performance
  48  */
  49 @Warmup(iterations = 10, time = 500, timeUnit = TimeUnit.MILLISECONDS)
  50 @Measurement(iterations = 10, time = 500, timeUnit = TimeUnit.MILLISECONDS)
  51 @Fork(1)
  52 public class SeqWidthBenchmark {
  53
  54         /*
  55          * State with multiple hidden columns and a start position set
  56          */
  57         @State(Scope.Thread)
  58         public static class AlignmentState
  59         {
  60                 @Param({"100", "1000", "10000", "100000"})
  61                 public int numSeqs;
  62
  63                 Random rand = new Random();
  64
  65                 AlignmentI al;
  66
  67                 @Setup
  68                 public void setup()
  69                 {
  70                         rand.setSeed(1234);
  71
  72                         SequenceI[] seqs = new Sequence[numSeqs];
  73                     for (int i = 0; i < numSeqs; i++)
  74                     {
  75                       int count = rand.nextInt(10000);
  76                       StringBuilder aas = new StringBuilder();
  77                       for (int j=0; j<count; j++)
  78                       {
  79                          aas.append("a");
  80                       }
  81
  82                       seqs[i] = new Sequence("Sequence" + i, aas.toString());
  83                     }
  84                         al = new Alignment(seqs);
  85                 }
  86         }
  87
  88
  89         @Benchmark
  90         @BenchmarkMode({Mode.Throughput})
  91         public int benchSeqGetWidth(AlignmentState tstate)
  92         {
  93                 return tstate.al.getWidth();
  94         }
  95
  96 }