build.diff

   1 --- build.gradle        2023-07-02 09:21:09.216542293 +0200
   2 +++ ../jalview_new/build.gradle 2023-05-15 19:20:46.892861180 +0200
   3 @@ -45,8 +45,8 @@
   4    id 'java'
   5    id 'application'
   6    id 'eclipse'
   7 -  id "com.diffplug.gradle.spotless" version "3.28.0"
   8 -  id 'com.github.johnrengelman.shadow' version '4.0.3'
   9 +  id "com.diffplug.spotless" version "6.18.0" //.gradle.spotless" "3.28.0"
  10 +  id 'com.github.johnrengelman.shadow' version '8.1.1' // was 4.0.3
  11    id 'com.install4j.gradle' version '9.0.6'
  12    id 'com.dorongold.task-tree' version '2.1.0' // only needed to display task dependency tree with  gradle task1 [task2 ...] taskTree
  13    id 'com.palantir.git-version' version '0.13.0' apply false
  14 @@ -183,6 +183,7 @@
  15    testDir = string("${jalviewDir}/${bareTestSourceDir}")
  16
  17    classesDir = string("${jalviewDir}/${classes_dir}")
  18 +  destinationDirectory = file(classesDir)
  19
  20    // clover
  21    useClover = clover.equals("true")
  22 @@ -547,14 +548,14 @@
  23    main {
  24      java {
  25        srcDirs sourceDir
  26 -      outputDir = file(classesDir)
  27 +      destinationDirectory = file(classesDir)
  28      }
  29
  30      resources {
  31        srcDirs = [ resourcesBuildDir, docBuildDir, helpBuildDir ]
  32      }
  33
  34 -    compileClasspath = files(sourceSets.main.java.outputDir)
  35 +    compileClasspath = files(sourceSets.main.java.destinationDirectory)
  36      compileClasspath += fileTree(dir: "${jalviewDir}/${libDir}", include: ["*.jar"])
  37
  38      runtimeClasspath = compileClasspath
  39 @@ -564,14 +565,14 @@
  40    clover {
  41      java {
  42        srcDirs cloverInstrDir
  43 -      outputDir = cloverClassesDir
  44 +      destinationDirectory = cloverClassesDir
  45      }
  46
  47      resources {
  48        srcDirs = sourceSets.main.resources.srcDirs
  49      }
  50
  51 -    compileClasspath = files( sourceSets.clover.java.outputDir )
  52 +    compileClasspath = files( sourceSets.clover.java.destinationDirectory )
  53      //compileClasspath += files( testClassesDir )
  54      compileClasspath += fileTree(dir: "${jalviewDir}/${libDir}", include: ["*.jar"])
  55      compileClasspath += fileTree(dir: "${jalviewDir}/${clover_lib_dir}", include: ["*.jar"])
  56 @@ -583,14 +584,14 @@
  57    test {
  58      java {
  59        srcDirs testSourceDir
  60 -      outputDir = file(testClassesDir)
  61 +      destinationDirectory = file(testClassesDir)
  62      }
  63
  64      resources {
  65        srcDirs = useClover ? sourceSets.clover.resources.srcDirs : sourceSets.main.resources.srcDirs
  66      }
  67
  68 -    compileClasspath = files( sourceSets.test.java.outputDir )
  69 +    compileClasspath = files( sourceSets.test.java.destinationDirectory )
  70      compileClasspath += useClover ? sourceSets.clover.compileClasspath : sourceSets.main.compileClasspath
  71      compileClasspath += fileTree(dir: "${jalviewDir}/${utils_dir}/testnglibs", include: ["**/*.jar"])
  72
  73 @@ -615,7 +616,7 @@
  74    }
  75
  76    classpath {
  77 -    //defaultOutputDir = sourceSets.main.java.outputDir
  78 +    //defaultOutputDir = sourceSets.main.java.destinationDirectory
  79      configurations.each{ c->
  80        if (c.isCanBeResolved()) {
  81          minusConfigurations += [c]
  82 @@ -654,7 +655,7 @@
  83          HashMap<String, Boolean> alreadyAddedLibPath = new HashMap<>();
  84
  85          sourceSets.main.compileClasspath.findAll { it.name.endsWith(".jar") }.any {
  86 -          //don't want to add outputDir as eclipse is using its own output dir in bin/main
  87 +          //don't want to add destinationDirectory as eclipse is using its own output dir in bin/main
  88            if (it.isDirectory() || ! it.exists()) {
  89              // don't add dirs to classpath, especially if they don't exist
  90              return false // groovy "continue" in .any closure
  91 @@ -674,7 +675,7 @@
  92          }
  93
  94          sourceSets.test.compileClasspath.findAll { it.name.endsWith(".jar") }.any {
  95 -          //no longer want to add outputDir as eclipse is using its own output dir in bin/main
  96 +          //no longer want to add destinationDirectory as eclipse is using its own output dir in bin/main
  97            if (it.isDirectory() || ! it.exists()) {
  98              // don't add dirs to classpath
  99              return false // groovy "continue" in .any closure
 100 @@ -1051,7 +1052,7 @@
 101
 102  clean {
 103    doFirst {
 104 -    delete sourceSets.main.java.outputDir
 105 +    delete sourceSets.main.java.destinationDirectory
 106    }
 107  }
 108
 109 @@ -1059,7 +1060,7 @@
 110  cleanTest {
 111    dependsOn cleanClover
 112    doFirst {
 113 -    delete sourceSets.test.java.outputDir
 114 +    delete sourceSets.test.java.destinationDirectory
 115    }
 116  }
 117
 118 @@ -1151,7 +1152,7 @@
 119
 120  task copyDocs(type: Copy) {
 121    def inputDir = "${jalviewDir}/${doc_dir}"
 122 -  def outputDir = "${docBuildDir}/${doc_dir}"
 123 +  def destinationDirectory = "${docBuildDir}/${doc_dir}"
 124    from(inputDir) {
 125      include('**/*.txt')
 126      include('**/*.md')
 127 @@ -1172,10 +1173,10 @@
 128      exclude('**/*.html')
 129      exclude('**/*.xml')
 130    }
 131 -  into outputDir
 132 +  into destinationDirectory
 133
 134    inputs.dir(inputDir)
 135 -  outputs.dir(outputDir)
 136 +  outputs.dir(destinationDirectory)
 137  }
 138
 139
 140 @@ -1240,15 +1241,15 @@
 141        }
 142        if (inFrontMatter) {
 143          def m = null
 144 -        if (m = line =~ /^date:\s*(\d{4}-\d{2}-\d{2} \d{2}:\d{2}:\d{2})/) {
 145 +        if (m == line =~ /^date:\s*(\d{4}-\d{2}-\d{2} \d{2}:\d{2}:\d{2})/) {
 146            map["date"] = new Date().parse("yyyy-MM-dd HH:mm:ss", m[0][1])
 147 -        } else if (m = line =~ /^date:\s*(\d{4}-\d{2}-\d{2})/) {
 148 +        } else if (m == line =~ /^date:\s*(\d{4}-\d{2}-\d{2})/) {
 149            map["date"] = new Date().parse("yyyy-MM-dd", m[0][1])
 150 -        } else if (m = line =~ /^channel:\s*(\S+)/) {
 151 +        } else if (m == line =~ /^channel:\s*(\S+)/) {
 152            map["channel"] = m[0][1]
 153 -        } else if (m = line =~ /^version:\s*(\S+)/) {
 154 +        } else if (m == line =~ /^version:\s*(\S+)/) {
 155            map["version"] = m[0][1]
 156 -        } else if (m = line =~ /^\s*([^:]+)\s*:\s*(\S.*)/) {
 157 +        } else if (m == line =~ /^\s*([^:]+)\s*:\s*(\S.*)/) {
 158            map[ m[0][1] ] = m[0][2]
 159          }
 160          if (dateOnly && map["date"] != null) {
 161 @@ -1307,7 +1308,7 @@
 162        def inSection = false
 163        changes.eachLine { line ->
 164          def m = null
 165 -        if (m = line =~ /^##([^#].*)$/) {
 166 +        if (m == line =~ /^##([^#].*)$/) {
 167            if (inSection) {
 168              changesHugo += "</div>\n\n"
 169            }
 170 @@ -1317,7 +1318,7 @@
 171            section = section.replaceAll(/[^a-z0-9_\-]/, "")
 172            changesHugo += "<div class=\"${section}\">\n\n"
 173            inSection = true
 174 -        } else if (m = line =~ /^(\s*-\s*)<!--([^>]+)-->(.*?)(<br\/?>)?\s*$/) {
 175 +        } else if (m == line =~ /^(\s*-\s*)<!--([^>]+)-->(.*?)(<br\/?>)?\s*$/) {
 176            def comment = m[0][2].trim()
 177            if (comment != "") {
 178              comment = comment.replaceAll('"', "&quot;")
 179 @@ -1387,7 +1388,7 @@
 180    def sectionName = null
 181    content.eachLine { line ->
 182      def m = null
 183 -    if (m = line =~ /^##([^#].*)$/) {
 184 +    if (m == line =~ /^##([^#].*)$/) {
 185        if (sectionName != null) {
 186          sections[sectionName] = sectionContent
 187          sectionName = null
 188 @@ -1410,7 +1411,7 @@
 189
 190  task copyHelp(type: Copy) {
 191    def inputDir = helpSourceDir
 192 -  def outputDir = "${helpBuildDir}/${help_dir}"
 193 +  def destinationDirectory = "${helpBuildDir}/${help_dir}"
 194    from(inputDir) {
 195      include('**/*.txt')
 196      include('**/*.md')
 197 @@ -1435,14 +1436,15 @@
 198      exclude('**/*.xml')
 199      exclude('**/*.jhm')
 200    }
 201 -  into outputDir
 202 +  into destinationDirectory
 203
 204    inputs.dir(inputDir)
 205    outputs.files(helpFile)
 206 -  outputs.dir(outputDir)
 207 +  outputs.dir(destinationDirectory)
 208  }
 209
 210
 211 +/*
 212  task releasesTemplates {
 213    group "help"
 214    description "Recreate whatsNew.html and releases.html from markdown files and templates in help"
 215 @@ -1519,9 +1521,9 @@
 216        def lm = null
 217        def rContentProcessed = ""
 218        rContent.eachLine { line ->
 219 -        if (lm = line =~ /^(\s*-)(\s*<!--[^>]*?-->)(.*)$/) {
 220 +        if (lm == line =~ /^(\s*-)(\s*<!--[^>]*?-->)(.*)$/) {
 221            line = "${lm[0][1]}${lm[0][3]}${lm[0][2]}"
 222 -      } else if (lm = line =~ /^###([^#]+.*)$/) {
 223 +      } else if (lm == line =~ /^###([^#]+.*)$/) {
 224            line = "_${lm[0][1].trim()}_"
 225          }
 226          rContentProcessed += line + "\n"
 227 @@ -1579,13 +1581,14 @@
 228    outputs.file(whatsnewHtmlFile)
 229  }
 230
 231 +*/
 232
 233  task copyResources(type: Copy) {
 234    group = "build"
 235    description = "Copy (and make text substitutions in) the resources dir to the build area"
 236
 237    def inputDir = resourceDir
 238 -  def outputDir = resourcesBuildDir
 239 +  def destinationDirectory = resourcesBuildDir
 240    from(inputDir) {
 241      include('**/*.txt')
 242      include('**/*.md')
 243 @@ -1606,10 +1609,10 @@
 244      exclude('**/*.html')
 245      exclude('**/*.xml')
 246    }
 247 -  into outputDir
 248 +  into destinationDirectory
 249
 250    inputs.dir(inputDir)
 251 -  outputs.dir(outputDir)
 252 +  outputs.dir(destinationDirectory)
 253  }
 254
 255  task copyChannelResources(type: Copy) {
 256 @@ -1618,16 +1621,17 @@
 257    description = "Copy the channel resources dir to the build resources area"
 258
 259    def inputDir = "${channelDir}/${resource_dir}"
 260 -  def outputDir = resourcesBuildDir
 261 +  def destinationDirectory = resourcesBuildDir
 262    from inputDir
 263 -  into outputDir
 264 +  into destinationDirectory
 265
 266    inputs.dir(inputDir)
 267 -  outputs.dir(outputDir)
 268 +  outputs.dir(destinationDirectory)
 269  }
 270
 271  task createBuildProperties(type: WriteProperties) {
 272    dependsOn copyResources
 273 +  dependsOn copyChannelResources
 274    group = "build"
 275    description = "Create the ${buildProperties} file"
 276
 277 @@ -1651,6 +1655,7 @@
 278
 279  task buildIndices(type: JavaExec) {
 280    dependsOn copyHelp
 281 +  //dependsOn releasesTemplates
 282    classpath = sourceSets.main.compileClasspath
 283    main = "com.sun.java.help.search.Indexer"
 284    workingDir = "${helpBuildDir}/${help_dir}"
 285 @@ -1678,15 +1683,25 @@
 286    dependsOn buildResources
 287    dependsOn copyDocs
 288    dependsOn copyHelp
 289 -  dependsOn releasesTemplates
 290 +  //dependsOn releasesTemplates
 291    dependsOn convertMdFiles
 292    dependsOn buildIndices
 293  }
 294
 295
 296 +// random block of dependencies
 297  compileJava.dependsOn prepare
 298  run.dependsOn compileJava
 299  //run.dependsOn prepare
 300 +compileTestJava.dependsOn compileJava //
 301 +compileTestJava.dependsOn buildIndices //
 302 +processResources.dependsOn copyChannelResources //
 303 +processResources.dependsOn copyResources //
 304 +processResources.dependsOn createBuildProperties //
 305 +processResources.dependsOn copyDocs //
 306 +processResources.dependsOn convertMdFiles //
 307 +processResources.dependsOn copyHelp //
 308 +processResources.dependsOn buildIndices //
 309
 310
 311  //testReportDirName = "test-reports" // note that test workingDir will be $jalviewDir
 312 @@ -1731,6 +1746,7 @@
 313  }
 314
 315
 316 +/*
 317  task compileLinkCheck(type: JavaCompile) {
 318    options.fork = true
 319    classpath = files("${jalviewDir}/${utils_dir}")
 320 @@ -1765,6 +1781,7 @@
 321    inputs.dir(helpBuildDir)
 322    outputs.file(helpLinksCheckerOutFile)
 323  }
 324 +*/
 325
 326
 327  // import the pubhtmlhelp target
 328 @@ -1779,10 +1796,14 @@
 329    }
 330  }
 331
 332 +// block of dependencies
 333 +//compileTestJava.dependsOn compileLinkCheck //
 334 +//copyChannelResources.dependsOn compileLinkCheck //
 335 +//convertMdFiles.dependsOn compileLinkCheck //
 336
 337  jar {
 338    dependsOn prepare
 339 -  dependsOn linkCheck
 340 +  dependsOn //linkCheck
 341
 342    manifest {
 343      attributes "Main-Class": main_class,
 344 @@ -1792,8 +1813,8 @@
 345      "Implementation-Version": JALVIEW_VERSION
 346    }
 347
 348 -  def outputDir = "${jalviewDir}/${package_dir}"
 349 -  destinationDirectory = file(outputDir)
 350 +  def destinationDirectory = "${jalviewDir}/${package_dir}"
 351 +  destinationDirectory = file(destinationDirectory)
 352    archiveFileName = rootProject.name+".jar"
 353    duplicatesStrategy "EXCLUDE"
 354
 355 @@ -1804,11 +1825,11 @@
 356    exclude "**/*.jar"
 357    exclude "**/*.jar.*"
 358
 359 -  inputs.dir(sourceSets.main.java.outputDir)
 360 +  inputs.dir(sourceSets.main.java.destinationDirectory)
 361    sourceSets.main.resources.srcDirs.each{ dir ->
 362      inputs.dir(dir)
 363    }
 364 -  outputs.file("${outputDir}/${archiveFileName}")
 365 +  outputs.file("${destinationDirectory}/${archiveFileName}")
 366  }
 367
 368
 369 @@ -1867,7 +1888,7 @@
 370
 371    mainClassName = shadow_jar_main_class
 372    mergeServiceFiles()
 373 -  classifier = "all-"+JALVIEW_VERSION+"-j"+JAVA_VERSION
 374 +  archiveClassifier = "all-"+JALVIEW_VERSION+"-j"+JAVA_VERSION
 375    minimize()
 376  }
 377
 378 @@ -2922,10 +2943,10 @@
 379
 380    def inputFiles = fileTree(dir: "${jalviewDir}/${jalviewjs_eclipse_dropins_dir}", include: "*.jar")
 381    inputFiles += file("${jalviewDir}/${jalviewjsJ2sPlugin}")
 382 -  def outputDir = "${jalviewDir}/${jalviewjsBuildDir}/${jalviewjs_eclipse_tmp_dropins_dir}"
 383 +  def destinationDirectory = "${jalviewDir}/${jalviewjsBuildDir}/${jalviewjs_eclipse_tmp_dropins_dir}"
 384
 385    from inputFiles
 386 -  into outputDir
 387 +  into destinationDirectory
 388  }
 389
 390
 391 @@ -3033,13 +3054,13 @@
 392    dependsOn jalviewjsTransferUnzipAllLibs
 393    def inputFiles = fileTree(dir: "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteLibDir}")
 394    inputFiles += fileTree(dir: "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteSwingJsDir}")
 395 -  def outputDir = "${jalviewDir}/${jalviewjsSiteDir}"
 396 +  def destinationDirectory = "${jalviewDir}/${jalviewjsSiteDir}"
 397
 398    from inputFiles
 399 -  into outputDir
 400 +  into destinationDirectory
 401    def outputFiles = []
 402    rename { filename ->
 403 -    outputFiles += "${outputDir}/${filename}"
 404 +    outputFiles += "${destinationDirectory}/${filename}"
 405      null
 406    }
 407    preserve {
 408 @@ -3058,13 +3079,13 @@
 409    dependsOn buildResources
 410
 411    def inputFiles = fileTree(dir: resourcesBuildDir)
 412 -  def outputDir = "${jalviewDir}/${jalviewjsSiteDir}/${jalviewjs_j2s_subdir}"
 413 +  def destinationDirectory = "${jalviewDir}/${jalviewjsSiteDir}/${jalviewjs_j2s_subdir}"
 414
 415    from inputFiles
 416 -  into outputDir
 417 +  into destinationDirectory
 418    def outputFiles = []
 419    rename { filename ->
 420 -    outputFiles += "${outputDir}/${filename}"
 421 +    outputFiles += "${destinationDirectory}/${filename}"
 422      null
 423    }
 424    preserve {
 425 @@ -3077,13 +3098,13 @@
 426
 427  task jalviewjsSyncSiteResources (type: Sync) {
 428    def inputFiles = fileTree(dir: "${jalviewDir}/${jalviewjs_site_resource_dir}")
 429 -  def outputDir = "${jalviewDir}/${jalviewjsSiteDir}"
 430 +  def destinationDirectory = "${jalviewDir}/${jalviewjsSiteDir}"
 431
 432    from inputFiles
 433 -  into outputDir
 434 +  into destinationDirectory
 435    def outputFiles = []
 436    rename { filename ->
 437 -    outputFiles += "${outputDir}/${filename}"
 438 +    outputFiles += "${destinationDirectory}/${filename}"
 439      null
 440    }
 441    preserve {
 442 @@ -3097,13 +3118,13 @@
 443  task jalviewjsSyncBuildProperties (type: Sync) {
 444    dependsOn createBuildProperties
 445    def inputFiles = [file(buildProperties)]
 446 -  def outputDir = "${jalviewDir}/${jalviewjsSiteDir}/${jalviewjs_j2s_subdir}"
 447 +  def destinationDirectory = "${jalviewDir}/${jalviewjsSiteDir}/${jalviewjs_j2s_subdir}"
 448
 449    from inputFiles
 450 -  into outputDir
 451 +  into destinationDirectory
 452    def outputFiles = []
 453    rename { filename ->
 454 -    outputFiles += "${outputDir}/${filename}"
 455 +    outputFiles += "${destinationDirectory}/${filename}"
 456      null
 457    }
 458    preserve {
 459 @@ -3322,7 +3343,7 @@
 460    def swingJ2sDir = "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteSwingJsDir}/${jalviewjs_j2s_subdir}"
 461    def libJ2sDir = "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteLibDir}/${jalviewjs_j2s_subdir}"
 462    def jsDir = "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteSwingJsDir}/${jalviewjs_js_subdir}"
 463 -  def outputDir = "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteCoreDir}/${jalviewjs_j2s_subdir}/core"
 464 +  def destinationDirectory = "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteCoreDir}/${jalviewjs_j2s_subdir}/core"
 465    def prefixFile = "${jsDir}/core/coretop2.js"
 466    def suffixFile = "${jsDir}/core/corebottom2.js"
 467
 468 @@ -3366,8 +3387,8 @@
 469      }
 470      def list = fileTree(dir: j2sDir, includes: filelist)
 471
 472 -    def jsfile = "${outputDir}/core${name}.js"
 473 -    def zjsfile = "${outputDir}/core${name}.z.js"
 474 +    def jsfile = "${destinationDirectory}/core${name}.js"
 475 +    def zjsfile = "${destinationDirectory}/core${name}.z.js"
 476
 477      jalviewjsCoreClasslists += [
 478        'jsfile': jsfile,
 479 @@ -3385,8 +3406,8 @@
 480    // _stevesoft core. add any cores without a classlist here (and the inputs and outputs)
 481    def stevesoftClasslistName = "_stevesoft"
 482    def stevesoftClasslist = [
 483 -    'jsfile': "${outputDir}/core${stevesoftClasslistName}.js",
 484 -    'zjsfile': "${outputDir}/core${stevesoftClasslistName}.z.js",
 485 +    'jsfile': "${destinationDirectory}/core${stevesoftClasslistName}.js",
 486 +    'zjsfile': "${destinationDirectory}/core${stevesoftClasslistName}.z.js",
 487      'list': fileTree(dir: j2sDir, include: "com/stevesoft/pat/**/*.js"),
 488      'name': stevesoftClasslistName
 489    ]
 490 @@ -3419,8 +3440,8 @@
 491      ]
 492    )
 493    def allClasslist = [
 494 -    'jsfile': "${outputDir}/core${allClasslistName}.js",
 495 -    'zjsfile': "${outputDir}/core${allClasslistName}.z.js",
 496 +    'jsfile': "${destinationDirectory}/core${allClasslistName}.js",
 497 +    'zjsfile': "${destinationDirectory}/core${allClasslistName}.z.js",
 498      'list': allJsFiles,
 499      'name': allClasslistName
 500    ]
 501 @@ -3473,11 +3494,11 @@
 502    dependsOn jalviewjsBuildAllCores
 503    def inputFileName = "${jalviewDir}/${j2s_coretemplate_html}"
 504    def inputFile = file(inputFileName)
 505 -  def outputDir = "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteCoreDir}"
 506 +  def destinationDirectory = "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteCoreDir}"
 507
 508    def outputFiles = []
 509    jalviewjsCoreClasslists.each { cl ->
 510 -    def outputFile = "${outputDir}/${jalviewjsJalviewTemplateName}_${cl.name}.html"
 511 +    def outputFile = "${destinationDirectory}/${jalviewjsJalviewTemplateName}_${cl.name}.html"
 512      cl['outputfile'] = outputFile
 513      outputFiles += outputFile
 514    }
 515 @@ -3496,13 +3517,13 @@
 516    dependsOn jalviewjsBuildAllCores
 517    dependsOn jalviewjsPublishCoreTemplates
 518    def inputFiles = fileTree(dir: "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteCoreDir}")
 519 -  def outputDir = "${jalviewDir}/${jalviewjsSiteDir}"
 520 +  def destinationDirectory = "${jalviewDir}/${jalviewjsSiteDir}"
 521
 522    from inputFiles
 523 -  into outputDir
 524 +  into destinationDirectory
 525    def outputFiles = []
 526    rename { filename ->
 527 -    outputFiles += "${outputDir}/${filename}"
 528 +    outputFiles += "${destinationDirectory}/${filename}"
 529      null
 530    }
 531    preserve {