build.gradle

   1 import org.gradle.internal.os.OperatingSystem
   2 import org.gradle.plugins.ide.eclipse.model.Output
   3 import org.gradle.plugins.ide.eclipse.model.Library
   4
   5 import com.diffplug.gradle.GoomphCacheLocations
   6
   7 buildscript {
   8 }
   9
  10 plugins {
  11   id 'java'
  12   id 'application'
  13   id 'eclipse'
  14
  15   id 'com.diffplug.gradle.oomph.ide' version '3.18.1'
  16   id 'com.diffplug.gradle.equinoxlaunch' version '3.18.1'
  17   id 'com.diffplug.gradle.eclipse.mavencentral' version '3.18.1'
  18   id 'com.diffplug.gradle.p2.asmaven' version '3.18.1'
  19 }
  20
  21 def jalviewDirAbsolutePath = file(jalviewDir).getAbsolutePath()
  22 def useIde = useGoomph.equals("true")
  23
  24 repositories {
  25   jcenter()
  26   mavenCentral()
  27   flatDir {
  28     dirs gradlePluginsDir
  29   }
  30   if (true || useIde) {
  31     flatDir {
  32       dirs jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_eclipse_dropins_dir
  33     }
  34   }
  35 }
  36
  37 configurations {
  38   jalviewjsIde
  39 }
  40
  41
  42 if (useIde) {
  43
  44   p2AsMaven {
  45     group 'eclipseDeps', {
  46       repoEclipse goomph_eclipse_repo_version
  47       //slicingOption 'latestVersionOnly', 'true'
  48       iu 'org.eclipse.update.configurator'
  49
  50
  51       iu 'org.eclipse.jdt.apt.core'
  52       iu 'org.eclipse.jdt.core'
  53       iu 'org.eclipse.jdt.annotation'
  54
  55     }
  56     group 'ecjDeps', {
  57       repo 'https://download.eclipse.org/eclipse/updates/4.13/R-4.13-201909161045/'
  58       iu 'org.eclipse.debug.core'
  59       iu 'org.eclipse.jdt.apt.pluggable.core'
  60       iu 'org.eclipse.jdt.apt.ui'
  61       iu 'org.eclipse.jdt.compiler.apt'
  62       iu 'org.eclipse.jdt.compiler.tool'
  63       iu 'org.eclipse.jdt.core.manipulation'
  64       iu 'org.eclipse.jdt.debug'
  65       iu 'org.eclipse.jdt.debug.ui'
  66       iu 'org.eclipse.jdt.doc.user'
  67       iu 'org.eclipse.jdt.junit'
  68       iu 'org.eclipse.jdt.junit.core'
  69       iu 'org.eclipse.jdt.junit4.runtime'
  70       iu 'org.eclipse.jdt.junit4.runtime'
  71       iu 'org.eclipse.jdt.junit5.runtime'
  72       iu 'org.eclipse.jdt.launching'
  73       iu 'org.eclipse.jdt.ui'
  74
  75       iu 'org.eclipse.jdt.launching.macosx'
  76       iu 'org.eclipse.jdt.launching.ui.macosx'
  77     }
  78     group 'eclipseOrbit', {
  79       repo goomph_orbit_repo
  80       slicingOption 'latestVersionOnly', 'true'
  81       iu 'javax.el'
  82       iu 'javax.servlet'
  83       iu 'javax.servlet.jsp'
  84       iu 'org.apache.ant'
  85       iu 'org.apache.batik.constants'
  86       iu 'org.apache.batik.css'
  87       iu 'org.apache.batik.i18n'
  88       iu 'org.apache.batik.util'
  89       iu 'org.apache.commons.beanutils'
  90       iu 'org.apache.commons.collections'
  91       iu 'org.apache.commons.jxpath'
  92       iu 'org.apache.commons.io'
  93       iu 'org.apache.commons.logging'
  94       iu 'org.apache.xmlgraphics'
  95       iu 'org.jdom'
  96       iu 'org.w3c.dom.events'
  97       iu 'org.w3c.dom.smil'
  98       iu 'org.w3c.dom.svg'
  99     }
 100   }
 101
 102 } // if (useIde) {}
 103
 104 dependencies {
 105 /*
 106     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.osgi:3.14.0')
 107     // ...
 108     compile 'eclipseOrbit:org.apache.ant:1.10.5.v20190526-1402'
 109     // ...
 110     compile 'org.osgi:org.osgi.service.component:1.4.0'
 111     // ...
 112 */
 113
 114   jalviewjsIde name: 'net.sf.j2s.core-3.2.4'
 115   jalviewjsIde name: 'com.seeq.eclipse.importprojects-1.4.0'
 116
 117 }
 118
 119
 120
 121
 122
 123
 124 if (useIde) {
 125
 126   eclipseMavenCentral {
 127     // TODO: How do I add these to the jalviewjsIde configuration and not the compile configuration?
 128     release goomph_eclipse_repo_version, {
 129
 130       //def platformCode="cocoa.macosx.x86_64"
 131       //compile 'org.eclipse.swt.'+platformCode
 132       useNativesForRunningPlatform()
 133       compile 'org.eclipse.swt'
 134
 135       compile 'org.eclipse.ant.core'
 136       compile 'org.eclipse.compare.core'
 137       compile 'org.eclipse.core.commands'
 138       compile 'org.eclipse.core.contenttype'
 139       compile 'org.eclipse.core.jobs'
 140       compile 'org.eclipse.core.expressions'
 141       compile 'org.eclipse.core.filesystem'
 142       compile 'org.eclipse.core.resources'
 143       compile 'org.eclipse.core.runtime'
 144       compile 'org.eclipse.core.variables'
 145       compile 'org.eclipse.equinox.common'
 146       compile 'org.eclipse.equinox.ds'
 147       compile 'org.eclipse.equinox.app'
 148       compile 'org.eclipse.equinox.registry'
 149       compile 'org.eclipse.equinox.preferences'
 150       compile 'org.eclipse.jface'
 151       compile 'org.eclipse.osgi'
 152       compile 'org.eclipse.osgi.services'
 153       compile 'org.eclipse.ui'
 154       compile 'org.eclipse.ui.workbench'
 155       compile 'org.eclipse.team.core'
 156       compile 'org.eclipse.text'
 157
 158       compile 'org.eclipse.e4.core.commands'
 159       compile 'org.eclipse.e4.core.contexts'
 160       compile 'org.eclipse.e4.core.di'
 161       compile 'org.eclipse.e4.core.di.annotations'
 162       compile 'org.eclipse.e4.core.di.extensions.supplier'
 163       compile 'org.eclipse.e4.core.services'
 164       compile 'org.eclipse.e4.ui.bindings'
 165       compile 'org.eclipse.e4.ui.model.workbench'
 166       compile 'org.eclipse.e4.ui.workbench'
 167       compile 'org.eclipse.e4.ui.workbench.swt'
 168       compile 'org.eclipse.e4.ui.css.core'
 169       compile 'org.eclipse.e4.ui.css.swt'
 170       compile 'org.eclipse.e4.ui.css.swt.theme'
 171       compile 'org.eclipse.e4.ui.services'
 172       compile 'org.eclipse.e4.ui.di'
 173
 174       //compile 'org.eclipse.e4.core.di.internal.extensions'
 175
 176       // org.eclipse.update.configurator deliberately kept at 3.3.400 see https://github.com/diffplug/goomph/issues/69
 177       // this module downloaded in equinoxLaunch configuration (to specify version)
 178       //compile 'org.eclipse.update.configurator'
 179
 180
 181     }
 182   }
 183
 184 } // if (useIde) {}
 185
 186
 187
 188
 189
 190
 191
 192
 193
 194
 195
 196 mainClassName = launcherClass
 197 def classes = "$jalviewDir/$classesDir"
 198
 199 // configure classpath/args for j8/j11 compilation
 200
 201 def libDir
 202 def libDistDir
 203 def compile_source_compatibility
 204 def compile_target_compatibility
 205
 206 ext {
 207   buildProperties = jalviewDir + "/" + classesDir +"/" + buildPropertiesFile
 208
 209   gitHash = ""
 210   gitBranch = ""
 211
 212   jalviewjsServer = ""
 213 }
 214
 215 def JAVA_INTEGER_VERSION
 216 //def additional_compiler_args = []
 217 // this property is for the Java library used in eclipse
 218 def eclipse_java_runtime_name
 219 if (JAVA_VERSION.equals("1.8")) {
 220   JAVA_INTEGER_VERSION = "8"
 221   //libDir = j8libDir
 222   libDir = j11libDir
 223   libDistDir = j8libDir
 224   compile_source_compatibility = 1.8
 225   compile_target_compatibility = 1.8
 226   eclipse_java_runtime_name = "JavaSE-1.8"
 227 } else if (JAVA_VERSION.equals("11")) {
 228   JAVA_INTEGER_VERSION = "11"
 229   libDir = j11libDir
 230   libDistDir = j11libDir
 231   compile_source_compatibility = 11
 232   compile_target_compatibility = 11
 233   eclipse_java_runtime_name = "JavaSE-11"
 234   /* compile without modules -- using classpath libraries
 235   additional_compiler_args += [
 236   '--module-path', ext.modules_compileClasspath.asPath,
 237   '--add-modules', j11modules
 238   ]
 239   */
 240 } else if (JAVA_VERSION.equals("12") || JAVA_VERSION.equals("13")) {
 241   JAVA_INTEGER_VERSION = JAVA_VERSION
 242   libDir = j11libDir
 243   libDistDir = j11libDir
 244   compile_source_compatibility = JAVA_VERSION
 245   compile_target_compatibility = JAVA_VERSION
 246   eclipse_java_runtime_name = "JavaSE-11"
 247   /* compile without modules -- using classpath libraries
 248   additional_compiler_args += [
 249   '--module-path', ext.modules_compileClasspath.asPath,
 250   '--add-modules', j11modules
 251   ]
 252   */
 253 } else {
 254   throw new GradleException("JAVA_VERSION=$JAVA_VERSION not currently supported by Jalview")
 255 }
 256
 257
 258 sourceSets {
 259
 260   main {
 261     java {
 262       srcDirs "$jalviewDir/$sourceDir"
 263       outputDir = file("$classes")
 264     }
 265
 266     resources {
 267       srcDirs "$jalviewDir/$resourceDir"
 268     }
 269
 270     compileClasspath = files(sourceSets.main.java.outputDir)
 271     compileClasspath += fileTree(dir: "$jalviewDir/$libDir", include: ["*.jar"])
 272
 273     runtimeClasspath = compileClasspath
 274   }
 275
 276 }
 277
 278 eclipse {
 279   project {
 280     name = eclipse_project_name
 281
 282     natures 'org.eclipse.jdt.core.javanature',
 283     'org.eclipse.buildship.core.gradleprojectnature'
 284
 285     buildCommand 'org.eclipse.jdt.core.javabuilder'
 286     buildCommand 'org.eclipse.buildship.core.gradleprojectbuilder'
 287   }
 288
 289   classpath {
 290     //defaultOutputDir = sourceSets.main.java.outputDir
 291     def removeThese = []
 292     configurations.each{ if (it.isCanBeResolved()) {
 293         removeThese += it
 294       }
 295     }
 296
 297     minusConfigurations += removeThese
 298     plusConfigurations = [ ]
 299     file {
 300
 301       whenMerged { cp ->
 302         def removeTheseToo = []
 303         HashMap<String, Boolean> addedSrcPath = new HashMap<>();
 304         cp.entries.each { entry ->
 305           if (entry.kind == 'src') {
 306             if (addedSrcPath.getAt(entry.path) || !(entry.path == sourceDir || entry.path == "test")) {
 307               removeTheseToo += entry
 308             } else {
 309               addedSrcPath.putAt(entry.path, true)
 310             }
 311           }
 312         }
 313         cp.entries.removeAll(removeTheseToo)
 314
 315         if (file(eclipse_bin_dir+"/main").isDirectory()) {
 316                 cp.entries += new Output(eclipse_bin_dir+"/main")
 317         }
 318         if (file(helpParentDir).isDirectory()) {
 319                 cp.entries += new Library(fileReference(helpParentDir))
 320         }
 321         if (file(resourceDir).isDirectory()) {
 322                 cp.entries += new Library(fileReference(resourceDir))
 323         }
 324
 325         HashMap<String, Boolean> addedLibPath = new HashMap<>();
 326
 327         // changing from sourcesets.main.classpath to specific Java version lib
 328         //sourceSets.main.compileClasspath.each{
 329         fileTree("$jalviewDir/$libDistDir").include("**/*.jar").include("*.jar").each {
 330           //don't want to add outputDir as eclipse is using its own output dir in bin/main
 331           if (it.isDirectory() || ! it.exists()) {
 332             // don't add dirs to classpath
 333             return
 334           }
 335           def itPath = it.toString()
 336           if (itPath.startsWith(jalviewDirAbsolutePath+"/")) {
 337             itPath = itPath.substring(jalviewDirAbsolutePath.length()+1)
 338           }
 339           if (addedLibPath.get(itPath)) {
 340             //println("Not adding duplicate entry "+itPath)
 341           } else {
 342             //println("Adding entry "+itPath)
 343             cp.entries += new Library(fileReference(itPath))
 344             addedLibPath.put(itPath, true)
 345           }
 346         }
 347       } // whenMerged
 348
 349     } // file
 350
 351     containers 'org.eclipse.buildship.core.gradleclasspathcontainer'
 352   } // classpath
 353
 354   jdt {
 355     // for the IDE, use java 11 compatibility
 356     sourceCompatibility = compile_source_compatibility
 357     targetCompatibility = compile_target_compatibility
 358     javaRuntimeName = eclipse_java_runtime_name
 359
 360     /*
 361     file {
 362     withProperties { props ->
 363     def jalview_prefs = new Properties()
 364     def ins = new FileInputStream(jalviewDirAbsolutePath+"/"+eclipse_extra_jdt_prefs_file)
 365     jalview_prefs.load(ins)
 366     ins.close()
 367     jalview_prefs.forEach { t, v ->
 368     if (props.getAt(t) == null) {
 369     props.putAt(t, v)
 370     }
 371     }
 372     }
 373     }
 374      */
 375   } // jdt
 376
 377   //synchronizationTasks eclipseClasspath
 378   //autoBuildTasks eclipseClasspath
 379 } // eclipse
 380
 381 /*
 382 compileJava {
 383
 384   doFirst {
 385     sourceCompatibility = compile_source_compatibility
 386     targetCompatibility = compile_target_compatibility
 387     //options.compilerArgs = additional_compiler_args
 388     print ("Setting target compatibility to "+targetCompatibility+"\n")
 389   }
 390
 391 }
 392
 393 clean {
 394   delete sourceSets.main.java.outputDir
 395 }
 396 */
 397
 398
 399
 400
 401
 402
 403
 404
 405
 406
 407
 408
 409
 410
 411
 412
 413
 414
 415
 416
 417
 418 def eclipseWorkspace
 419 task jalviewjsSetEclipseWorkspace {
 420   def eclipseWsDir = useIde?goomph_workspace:jalviewjs_eclipse_workspace
 421   eclipseWorkspace = file(eclipseWsDir)
 422   if (!eclipseWorkspace.exists()) {
 423     eclipseWorkspace = file("${buildDir}/tmp/eclipse-workspace")
 424     //eclipseWorkspace.deleteOnExit()
 425   } else if (useIde) {
 426     com.diffplug.gradle.GoomphCacheLocations.override_workspaces = file(eclipseWorkspace.getAbsolutePath())
 427     eclipseWorkspace = oomphIde.workspaceRegistry.workspaceDir(project, file(oomphIde.ideDir))
 428   }
 429   println("ECLIPSE WORKSPACE: "+eclipseWorkspace.getPath())
 430 }
 431
 432
 433 if (useIde) {
 434
 435   oomphIde {
 436     repoEclipse goomph_eclipse_version
 437     jdt {
 438       /*
 439       installedJre {
 440       //markDefault = true
 441       //executionEnvironments = [ eclipse.jdt.javaRuntimeName ]
 442       }
 443        */
 444       //compilerComplianceLevel( JAVA_INTEGER_VERSION )
 445     }
 446
 447     repo "https://download.eclipse.org/releases/${goomph_eclipse_version_name}/"
 448     feature goomph_eclipse_jee_feature, goomph_eclipse_jee_version
 449
 450     thirdParty {
 451       buildship {
 452         repo goomph_repo_buildship
 453         feature goomph_feature_buildship
 454       }
 455
 456     }
 457
 458     workspaceProp '.metadata/.plugins/org.eclipse.core.runtime/.settings/org.eclipse.jdt.launching.prefs', {
 459       it.put('org.eclipse.jdt.launching.PREF_VM_XML', goomph_PREF_VM_XML)
 460     }
 461
 462
 463     // CLI ARGS HERE!
 464   }
 465
 466   equinoxLaunch {
 467     ideJalviewjsBuildSetup {
 468
 469       source.addConfiguration(configurations.compile)
 470       source.addConfiguration(configurations.jalviewjsIde)
 471
 472       source.addMaven('eclipseOrbit:org.apache.ant:1.10.5.v20190526-1402')
 473       source.addMaven('eclipseOrbit:javax.servlet:3.1.0.v201410161800')
 474       source.addMaven('eclipseOrbit:javax.servlet.jsp:2.2.0.v201112011158')
 475       source.addMaven('eclipseOrbit:javax.el:2.2.0.v201303151357')
 476       source.addMaven('eclipseOrbit:org.apache.batik.constants:1.11.0.v20190515-0436')
 477       source.addMaven('eclipseOrbit:org.apache.batik.css:1.11.0.v20190515-0436')
 478       source.addMaven('eclipseOrbit:org.apache.batik.i18n:1.11.0.v20190515-0436')
 479       source.addMaven('eclipseOrbit:org.apache.batik.util:1.11.0.v20190515-0436')
 480       source.addMaven('eclipseOrbit:org.apache.commons.beanutils:1.8.0.v201205091237')
 481       source.addMaven('eclipseOrbit:org.apache.commons.collections:3.2.2.v201511171945')
 482       source.addMaven('eclipseOrbit:org.apache.xmlgraphics:2.3.0.v20190515-0436')
 483       source.addMaven('eclipseOrbit:org.apache.commons.jxpath:1.3.0.v200911051830')
 484       source.addMaven('eclipseOrbit:org.apache.commons.io:2.6.0.v20190123-2029')
 485       source.addMaven('eclipseOrbit:org.apache.commons.logging:1.2.0.v20180409-1502')
 486       source.addMaven('eclipseOrbit:org.jdom:1.1.1.v201101151400')
 487       source.addMaven('eclipseOrbit:org.w3c.dom.svg:1.1.0.v201011041433')
 488       source.addMaven('eclipseOrbit:org.w3c.dom.smil:1.0.1.v200903091627')
 489       source.addMaven('eclipseOrbit:org.w3c.dom.events:3.0.0.draft20060413_v201105210656')
 490
 491       source.addMaven('org.eclipse.birt.runtime:com.ibm.icu:56.1.0.v201601250100')
 492       source.addMaven('javax.inject:com.springsource.javax.inject:1.0.0')
 493       source.addMaven('org.apache.felix:org.apache.felix.scr:2.1.16')
 494       source.addMaven('org.osgi:org.osgi.framework:1.9.0')
 495       source.addMaven('org.osgi:org.osgi.service.component:1.4.0')
 496       source.addMaven('org.osgi:org.osgi.service.event:1.4.0')
 497       source.addMaven('org.osgi:org.osgi.util.promise:1.1.1')
 498       source.addMaven('org.osgi:org.osgi.util.function:1.1.0')
 499
 500       source.addMaven('ecjDeps:org.eclipse.debug.core:3.14.0.v20190812-1404')
 501       source.addMaven('ecjDeps:org.eclipse.jdt.annotation:2.2.300.v20190328-1431')
 502       source.addMaven('ecjDeps:org.eclipse.jdt.apt.core:3.6.500.v20190703-0914')
 503       source.addMaven('ecjDeps:org.eclipse.jdt.core:3.19.0.v20190903-0936')
 504       source.addMaven('ecjDeps:org.eclipse.jdt.apt.pluggable.core:1.2.400.v20190626-1334')
 505       //source.addMaven('ecjDeps:org.eclipse.jdt.apt.ui:3.6.300.v20190727-1243')
 506       source.addMaven('ecjDeps:org.eclipse.jdt.compiler.apt:1.3.700.v20190704-1731')
 507       source.addMaven('ecjDeps:org.eclipse.jdt.compiler.tool:1.2.600.v20190322-0450')
 508       //source.addMaven('ecjDeps:org.eclipse.jdt.core.manipulation:1.12.100.v20190904-0645')
 509       source.addMaven('ecjDeps:org.eclipse.jdt.debug:3.13.100.v20190902-1050')
 510       //source.addMaven('ecjDeps:org.eclipse.jdt.debug.ui:3.10.400.v20190815-2202')
 511       source.addMaven('ecjDeps:org.eclipse.jdt.doc.user:3.15.400.v20190904-0724')
 512       //source.addMaven('ecjDeps:org.eclipse.jdt.junit:3.11.500.v20190809-1613')
 513       //source.addMaven('ecjDeps:org.eclipse.jdt.junit.core:3.10.400.v20190625-1910')
 514       //source.addMaven('ecjDeps:org.eclipse.jdt.junit4.runtime:1.1.1000.v20190510-0840')
 515       //source.addMaven('ecjDeps:org.eclipse.jdt.junit4.runtime:1.1.1000.v20190510-0840')
 516       //source.addMaven('ecjDeps:org.eclipse.jdt.junit5.runtime:1.0.600.v20190610-0439')
 517       source.addMaven('ecjDeps:org.eclipse.jdt.launching:3.15.0.v20190826-1639')
 518       //source.addMaven('ecjDeps:org.eclipse.jdt.ui:3.19.0.v20190827-1733')
 519
 520       //source.addMaven('ecjDeps:org.eclipse.jdt.launching.macosx:3.4.300.v20190510-0639')
 521       //source.addMaven('ecjDeps:org.eclipse.jdt.launching.ui.macosx:1.2.300.v20190510-0639')
 522
 523       // org.eclipse.update.configurator deliberately kept at 3.3.400 see https://github.com/diffplug/goomph/issues/69
 524       source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.update.configurator:3.3.400')
 525
 526
 527       launchTask 'ideJalviewjsImport', {
 528         it.args = ["-consoleLog", "-nosplash", "--launcher.suppressErrors", "-application", "com.seeq.eclipse.importprojects.headlessimport", "-data", eclipseWorkspace.getPath(), "-import", jalviewDirAbsolutePath ]
 529       }
 530
 531       launchTask 'ideJalviewjsBuild', {
 532
 533         oomphIde.workspaceProp '.metadata/.plugins/org.eclipse.core.runtime/.settings/org.eclipse.jdt.launching.prefs', {
 534           it.put('org.eclipse.jdt.launching.PREF_VM_XML', goomph_PREF_VM_XML)
 535         }
 536
 537         def args = ["-consoleLog", "-nosplash", "--launcher.suppressErrors", "-application", "org.eclipse.jdt.apt.core.aptBuild", "-data", eclipseWorkspace.getPath(), "-"+jalviewjs_eclipseBuildArg, eclipse_project_name ]
 538         println("ARGS="+args)
 539
 540         it.args = args
 541
 542       }
 543     }
 544   }
 545
 546   ideSetupWorkspace.dependsOn jalviewjsSetEclipseWorkspace
 547   ideSetupWorkspace.outputs.upToDateWhen {file(eclipseWorkspace).exists()}
 548
 549   task ideSetup {
 550     dependsOn ideSetupP2
 551     dependsOn ideSetupWorkspace
 552   }
 553
 554 } // if (useIde) {}
 555
 556
 557
 558
 559
 560
 561
 562
 563
 564
 565
 566
 567
 568 def jalviewjsBuildDir
 569 def jalviewjsSiteDir
 570 task jalviewjsSitePath {
 571   if (jalviewjs_site_dir.startsWith("/")) {
 572     jalviewjsSiteDir = jalviewjs_site_dir
 573   } else {
 574     def relativeBuildDir = file(jalviewDirAbsolutePath).toPath().relativize(buildDir.toPath())
 575     jalviewjsBuildDir = "${relativeBuildDir}/jalviewjs"
 576     jalviewjsSiteDir = jalviewjsBuildDir + "/" + jalviewjs_site_dir
 577   }
 578 }
 579
 580
 581 task jalviewjsUnzipFiles {
 582   dependsOn jalviewjsSitePath
 583
 584   def zipFiles = fileTree(dir: jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_libjs_dir).include("*.zip")
 585   zipFiles += jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_swingjs_zip
 586
 587   doLast {
 588     zipFiles.each { file_zip ->
 589       copy {
 590         from zipTree(file_zip)
 591         into jalviewjsSiteDir
 592       }
 593     }
 594   }
 595
 596   inputs.files zipFiles
 597   outputs.dir jalviewjsSiteDir
 598 }
 599
 600 def eclipseDropinsDir
 601 def eclipseBinary
 602 task jalviewjsEclipsePaths {
 603   def eclipseRoot
 604   if (useIde) {
 605     eclipseRoot = oomphIde.ideDir
 606     eclipseDropinsDir = eclipseRoot+"/"+com.diffplug.gradle.FileMisc.macContentsEclipse()+"/dropins"
 607     eclipseBinary = eclipseRoot+"/"+com.diffplug.common.swt.os.OS.getNative().winMacLinux("", "Contents/MacOS", "")+"/eclipse"
 608   } else {
 609     eclipseRoot = jalviewjs_eclipse_root
 610     if (eclipseRoot.startsWith("~")) {
 611       eclipseRoot = System.getProperty("user.home") + eclipseRoot.substring(1)
 612     }
 613     if (OperatingSystem.current().isMacOsX()) {
 614       eclipseRoot += "/Eclipse.app"
 615       eclipseDropinsDir = eclipseRoot+"/Contents/Eclipse/dropins"
 616       eclipseBinary = eclipseRoot+"/Contents/MacOS/eclipse"
 617     } else if (OperatingSystem.current().isWindows()) { // check these paths!!
 618       eclipseDropinsDir = eclipseRoot+"/dropins"
 619       eclipseBinary = eclipseRoot+"/eclipse"
 620     } else { // linux or unix
 621       eclipseDropinsDir = eclipseRoot+"/dropins"
 622       eclipseBinary = eclipseRoot+"/eclipse"
 623     }
 624   }
 625 }
 626
 627 task jalviewjsEclipseCopyDropins {
 628   dependsOn jalviewjsEclipsePaths
 629   def inputFiles = fileTree(dir: jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_eclipse_dropins_dir, include: "*.jar")
 630   def outputDir = eclipseDropinsDir
 631
 632   inputs.files inputFiles
 633   inputFiles.each { file ->
 634     outputs.file(outputDir+"/"+file.name)
 635   }
 636
 637   doLast {
 638     def outputFiles = []
 639     inputFiles.each { file ->
 640       copy {
 641         from file
 642         into outputDir
 643       }
 644     }
 645   }
 646 }
 647
 648 task jalviewjsEclipseSetup {
 649   dependsOn jalviewjsEclipseCopyDropins
 650   dependsOn jalviewjsSetEclipseWorkspace
 651 }
 652
 653
 654 task jalviewjsCreateJ2sSettings(type: WriteProperties) {
 655   dependsOn jalviewjsSitePath
 656   outputFile (jalviewDir+"/"+jalviewjs_j2s_settings)
 657   def props = project.properties.sort { it.key }
 658   def siteDirProperty = "j2s.site.directory"
 659   def setSiteDir = false
 660   props.each { prop, val ->
 661     if (prop.startsWith("j2s.") && val != null) {
 662       if (prop == siteDirProperty) {
 663         if (!(val.startsWith("/") || val.startsWith("file://") )) {
 664           val = jalviewjsSiteDir+"/"+val
 665         }
 666         setSiteDir = true
 667       }
 668       property(prop,val)
 669     }
 670     if (!setSiteDir) {
 671       property(siteDirProperty,"${jalviewjsSiteDir}")
 672     }
 673   }
 674   outputs.file(outputFile)
 675 }
 676
 677 task jalviewjsCopyResources (type: Copy) {
 678   dependsOn jalviewjsSitePath
 679   def inputFiles = fileTree(dir: jalviewjs_resource_dir)
 680   def outputDir = jalviewjsSiteDir+"/"+jalviewjs_j2s_subdir
 681
 682   from inputFiles
 683   into outputDir
 684   def outputFiles = []
 685   rename { filename ->
 686     outputFiles += outputDir+"/"+filename
 687     null
 688   }
 689   outputs.files outputFiles
 690   inputs.files inputFiles
 691 }
 692
 693 task jalviewjsCopySiteResources (type: Copy) {
 694   dependsOn jalviewjsSitePath
 695   def inputFiles = fileTree(dir: jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_site_resource_dir)
 696   def outputDir = jalviewjsSiteDir
 697
 698   from inputFiles
 699   into outputDir
 700   def outputFiles = []
 701   rename { filename ->
 702     outputFiles += outputDir+"/"+filename
 703     null
 704   }
 705   outputs.files outputFiles
 706   inputs.files inputFiles
 707 }
 708
 709 task cleanJalviewjs {
 710   dependsOn jalviewjsSitePath
 711   delete jalviewDir+"/"+jalviewjsSiteDir
 712   //delete jalviewDir+"/"+eclipse_bin_dir
 713   //delete file(eclipseWorkspace.getAbsolutePath()+"/.metadata")
 714   //delete jalviewDir+"/"+jalviewjs_j2s_settings
 715 }
 716
 717 task jalviewjsProjectImport(type: Exec) {
 718   // work out how to do this!
 719   dependsOn eclipseProject
 720   dependsOn eclipseClasspath
 721   dependsOn eclipseJdt
 722   dependsOn jalviewjsEclipsePaths
 723   dependsOn jalviewjsEclipseSetup
 724   executable(eclipseBinary)
 725   args(["-nosplash", "--launcher.suppressErrors", "-application", "com.seeq.eclipse.importprojects.headlessimport", "-data", eclipseWorkspace.getPath(), "-import", jalviewDirAbsolutePath])
 726
 727   def projdir = eclipseWorkspace.getPath()+"/.metadata/.plugins/org.eclipse.core.resources/.projects/jalview/org.eclipse.jdt.core"
 728   inputs.file(jalviewDir+"/.project")
 729   outputs.dir(projdir)
 730   outputs.upToDateWhen { file(projdir).exists() }
 731 }
 732
 733
 734
 735
 736
 737
 738
 739
 740 task jalviewjsTranspile(type: Exec) {
 741   dependsOn jalviewjsCreateJ2sSettings
 742   dependsOn jalviewjsProjectImport
 743   dependsOn jalviewjsEclipsePaths
 744   executable(eclipseBinary)
 745   args(["-nosplash", "--launcher.suppressErrors", "-application", "org.eclipse.jdt.apt.core.aptBuild", "-data", eclipseWorkspace, "-"+jalviewjs_eclipseBuildArg, eclipse_project_name ])
 746
 747   def stdout
 748   def stderr
 749   doFirst {
 750     stdout = new ByteArrayOutputStream()
 751     stderr = new ByteArrayOutputStream()
 752     standardOutput = new org.apache.tools.ant.util.TeeOutputStream(new FileOutputStream("${jalviewjsBuildDir}/${jalviewjs_j2s_stdout}"), stdout);
 753     errorOutput = new org.apache.tools.ant.util.TeeOutputStream(new FileOutputStream("${jalviewjsBuildDir}/${jalviewjs_j2s_stderr}"), stderr);
 754   }
 755   doLast {
 756     if (stdout.toString().contains("Error processing ")) {
 757       // j2s did not complete transpile
 758       throw new GradleException("Error during transpilation:\n${stderr}\nSee eclipse transpile log files '${jalviewjsBuildDir}/${jalviewjs_j2s_stdout}' and '${jalviewjsBuildDir}/${jalviewjs_j2s_stderr}'\n")
 759     }
 760   }
 761
 762   inputs.dir(sourceDir)
 763   outputs.dir(eclipse_bin_dir+"/main")
 764   outputs.files(
 765     fileTree(
 766       dir: jalviewjsSiteDir+"/"+jalviewjs_j2s_subdir,
 767       includes: [ "**/*.js" ],
 768       excludes: [
 769         //jalviewjsSiteDir+"/"+jalviewjs_j2s_subdir+"/intervalstore/**",
 770         //jalviewjsSiteDir+"/"+jalviewjs_j2s_subdir+"/org/json/**",
 771         "intervalstore/**",
 772         "org/json/**",
 773       ]
 774     ).files
 775   )
 776   outputs.file(jalviewjsSiteDir+jalviewjs_server_resource)
 777
 778 }
 779
 780
 781
 782
 783
 784
 785 jalviewjsUnzipFiles.mustRunAfter jalviewjsTranspile
 786 jalviewjsTranspile.mustRunAfter jalviewjsCopyResources
 787 jalviewjsTranspile.mustRunAfter jalviewjsCopySiteResources
 788
 789 task jalviewjsPrepareSite {
 790   group "JalviewJS"
 791   description "Prepares the website folder including unzipping files and copying resources"
 792   dependsOn jalviewjsSitePath
 793   dependsOn jalviewjsUnzipFiles
 794   dependsOn jalviewjsCopyResources
 795   dependsOn jalviewjsCopySiteResources
 796 }
 797
 798 task jalviewjsBuildSite {
 799   group "JalviewJS"
 800   description "Builds the whole website including transpiled code"
 801   dependsOn jalviewjsPrepareSite
 802   dependsOn jalviewjsTranspile
 803 }
 804
 805 task jalviewjsSiteTar(type: Tar) {
 806   group "JalviewJS"
 807   description "Creates a tar.gz file for the website"
 808   dependsOn jalviewjsBuildSite
 809   def outputFilename = "jalviewjs-site-${JALVIEW_VERSION}.tar.gz"
 810   try {
 811     archiveFileName = outputFilename
 812   } catch (Exception e) {
 813     archiveName = outputFilename
 814   }
 815
 816   compression Compression.GZIP
 817
 818   from jalviewjsSiteDir
 819   into jalviewjs_site_dir // this is inside the tar file
 820
 821   inputs.dir(jalviewjsSiteDir)
 822 }
 823
 824 def jalviewjsServer = null
 825 task jalviewjsServerStart {
 826   group "JalviewJS"
 827   description "Starts a webserver on localhost to test the website"
 828   dependsOn jalviewjsSitePath
 829   doLast {
 830
 831     if (jalviewjsServer != null) {
 832       println("SERVER ALREADY RUNNING. Go to "+jalviewjsServer.getResourceUrl(jalviewjs_server_resource)+" . Run  gradle jalviewjsServerStop  to stop.")
 833     } else {
 834
 835       SimpleHttpFileServerFactory factory = new SimpleHttpFileServerFactory()
 836       def port = Integer.valueOf(jalviewjs_server_port)
 837       def start = port
 838       def running = false
 839       while(port < start+1000 && !running) {
 840         try {
 841           def doc_root = new File(jalviewDirAbsolutePath +"/"+ jalviewjsSiteDir)
 842           jalviewjsServer = factory.start(doc_root, port)
 843           running = true
 844           println("SERVER STARTED with document root ${doc_root}.\nGo to "+jalviewjsServer.getResourceUrl(jalviewjs_server_resource)+" . Run  gradle --stop  to stop (kills all gradle daemons).")
 845           //println("Ctrl-c to stop.");java.lang.Thread.sleep(Integer.valueOf(jalviewjs_server_wait)*1000);
 846         } catch (Exception e) {
 847           port++;
 848         }
 849       }
 850
 851     }
 852
 853   }
 854
 855 }
 856
 857 /* server persists in gradle daemon but reference is not accessible across builds
 858 task jalviewjsServerStop {
 859   doLast {
 860
 861     if (jalviewjsServer != null) {
 862
 863       println("SERVER ON PORT "+jalviewjsServer.getPort()+" STOPPING. Run  gradle jalviewjsServerStart  to start again.")
 864       jalviewjsServer.stop()
 865
 866     } else {
 867       println("SERVER NOT RUNNING. Run  gradle jalviewjsServerStart  to start.")
 868     }
 869
 870   }
 871 }
 872 */
 873
 874 task ideBuildSite {
 875   dependsOn jalviewjsSitePath
 876   dependsOn jalviewjsUnzipFiles
 877   dependsOn jalviewjsCopyResources
 878   dependsOn jalviewjsCopySiteResources
 879   /* see project.afterEvaluate
 880   dependsOn ideJalviewjsBuild
 881   */
 882 }
 883
 884
 885
 886
 887 task jalviewjs {
 888   if (useIde) {
 889     dependsOn ideBuildSite
 890   } else {
 891     dependsOn jalviewjsBuildSite
 892   }
 893 }
 894
 895
 896 project.afterEvaluate {
 897
 898   tasks.findByName('eclipse').dependsOn tasks.findByName('jalviewjsCreateJ2sSettings')
 899
 900   if (useIde) {
 901     tasks.findByName('ideJalviewjsImport').dependsOn eclipseProject
 902     tasks.findByName('ideJalviewjsImport').dependsOn eclipseClasspath
 903     tasks.findByName('ideJalviewjsImport').dependsOn eclipseJdt
 904     tasks.findByName('ideJalviewjsImport').dependsOn jalviewjsSetEclipseWorkspace
 905
 906     tasks.findByName('ideJalviewjsBuild').dependsOn tasks.findByName('ideJalviewjsImport')
 907     tasks.findByName('ideJalviewjsBuild').dependsOn tasks.findByName('jalviewjsCreateJ2sSettings')
 908
 909     tasks.findByName('ide').dependsOn eclipseProject
 910     tasks.findByName('ide').dependsOn eclipseClasspath
 911     tasks.findByName('ide').dependsOn eclipseJdt
 912
 913     ideBuildSite.dependsOn tasks.findByName('ideJalviewjsBuild')
 914   }
 915
 916 }
 917