build.gradle

   1 import org.apache.tools.ant.filters.ReplaceTokens
   2 import org.gradle.internal.os.OperatingSystem
   3 import org.gradle.plugins.ide.eclipse.model.*
   4 import groovy.transform.ExternalizeMethods
   5
   6 plugins {
   7   id 'java'
   8   id 'application'
   9   id 'eclipse'
  10 }
  11
  12 repositories {
  13   jcenter()
  14   mavenCentral()
  15   mavenLocal()
  16   flatDir {
  17     dirs gradlePluginsDir
  18   }
  19 }
  20
  21 mainClassName = launcherClass
  22 def classes = "$jalviewDir/$classesDir"
  23
  24 // configure classpath/args for j8/j11 compilation
  25
  26 def jalviewDirAbsolutePath = file(jalviewDir).getAbsolutePath()
  27 def libDir
  28 def libDistDir
  29 def compile_source_compatibility
  30 def compile_target_compatibility
  31
  32 ext {
  33   buildProperties = jalviewDir + "/" + classesDir +"/" + buildPropertiesFile
  34
  35   gitHash = ""
  36   gitBranch = ""
  37 }
  38
  39 def JAVA_INTEGER_VERSION
  40 //def additional_compiler_args = []
  41 // this property is for the Java library used in eclipse
  42 def eclipse_java_runtime_name
  43 if (JAVA_VERSION.equals("1.8")) {
  44   JAVA_INTEGER_VERSION = "8"
  45   //libDir = j8libDir
  46   libDir = j11libDir
  47   libDistDir = j8libDir
  48   compile_source_compatibility = 1.8
  49   compile_target_compatibility = 1.8
  50   eclipse_java_runtime_name = "JavaSE-1.8"
  51 } else if (JAVA_VERSION.equals("11")) {
  52   JAVA_INTEGER_VERSION = "11"
  53   libDir = j11libDir
  54   libDistDir = j11libDir
  55   compile_source_compatibility = 11
  56   compile_target_compatibility = 11
  57   eclipse_java_runtime_name = "JavaSE-11"
  58   /* compile without modules -- using classpath libraries
  59   additional_compiler_args += [
  60   '--module-path', ext.modules_compileClasspath.asPath,
  61   '--add-modules', j11modules
  62   ]
  63   */
  64 } else if (JAVA_VERSION.equals("12") || JAVA_VERSION.equals("13")) {
  65   JAVA_INTEGER_VERSION = JAVA_VERSION
  66   libDir = j11libDir
  67   libDistDir = j11libDir
  68   compile_source_compatibility = JAVA_VERSION
  69   compile_target_compatibility = JAVA_VERSION
  70   eclipse_java_runtime_name = "JavaSE-11"
  71   /* compile without modules -- using classpath libraries
  72   additional_compiler_args += [
  73   '--module-path', ext.modules_compileClasspath.asPath,
  74   '--add-modules', j11modules
  75   ]
  76   */
  77 } else {
  78   throw new GradleException("JAVA_VERSION=$JAVA_VERSION not currently supported by Jalview")
  79 }
  80
  81 sourceSets {
  82
  83   main {
  84     java {
  85       srcDirs "$jalviewDir/$sourceDir"
  86       outputDir = file("$classes")
  87     }
  88
  89     resources {
  90       srcDirs "$jalviewDir/$resourceDir"
  91     }
  92
  93     compileClasspath = files(sourceSets.main.java.outputDir)
  94     compileClasspath += fileTree(dir: "$jalviewDir/$libDir", include: ["*.jar"])
  95
  96     runtimeClasspath = compileClasspath
  97   }
  98
  99 }
 100
 101 eclipse {
 102   project {
 103     name = eclipse_project_name
 104
 105     natures 'org.eclipse.jdt.core.javanature',
 106     'org.eclipse.buildship.core.gradleprojectnature'
 107
 108     buildCommand 'org.eclipse.jdt.core.javabuilder'
 109     buildCommand 'org.eclipse.buildship.core.gradleprojectbuilder'
 110   }
 111
 112   classpath {
 113     //defaultOutputDir = sourceSets.main.java.outputDir
 114     def removeThese = []
 115     configurations.each{ if (it.isCanBeResolved()) {
 116         removeThese += it
 117       }
 118     }
 119
 120     minusConfigurations += removeThese
 121     plusConfigurations = [ ]
 122     file {
 123
 124       whenMerged { cp ->
 125         def removeTheseToo = []
 126         HashMap<String, Boolean> addedSrcPath = new HashMap<>();
 127         cp.entries.each { entry ->
 128           if (entry.kind == 'src') {
 129             if (addedSrcPath.getAt(entry.path) || !(entry.path == "src" || entry.path == "test")) {
 130               removeTheseToo += entry
 131             } else {
 132               addedSrcPath.putAt(entry.path, true)
 133             }
 134           }
 135         }
 136         cp.entries.removeAll(removeTheseToo)
 137
 138         cp.entries += new Output("bin/main")
 139         cp.entries += new Library(fileReference(helpParentDir))
 140         cp.entries += new Library(fileReference(resourceDir))
 141
 142         HashMap<String, Boolean> addedLibPath = new HashMap<>();
 143
 144         // changing from sourcesets.main.classpath to specific Java version lib
 145         //sourceSets.main.compileClasspath.each{
 146         fileTree("$jalviewDir/$libDistDir").include("**/*.jar").include("*.jar").each {
 147           //don't want to add outputDir as eclipse is using its own output dir in bin/main
 148           if (it.isDirectory() || ! it.exists()) {
 149             // don't add dirs to classpath
 150             return
 151           }
 152           def itPath = it.toString()
 153           if (itPath.startsWith(jalviewDirAbsolutePath+"/")) {
 154             itPath = itPath.substring(jalviewDirAbsolutePath.length()+1)
 155           }
 156           if (addedLibPath.get(itPath)) {
 157             //println("Not adding duplicate entry "+itPath)
 158           } else {
 159             //println("Adding entry "+itPath)
 160             cp.entries += new Library(fileReference(itPath))
 161             addedLibPath.put(itPath, true)
 162           }
 163         }
 164       } // whenMerged
 165
 166     } // file
 167
 168     containers 'org.eclipse.buildship.core.gradleclasspathcontainer'
 169   } // classpath
 170
 171   jdt {
 172     // for the IDE, use java 11 compatibility
 173     sourceCompatibility = compile_source_compatibility
 174     targetCompatibility = compile_target_compatibility
 175     javaRuntimeName = eclipse_java_runtime_name
 176
 177     /*
 178     file {
 179     withProperties { props ->
 180     def jalview_prefs = new Properties()
 181     def ins = new FileInputStream(jalviewDirAbsolutePath+"/"+eclipse_extra_jdt_prefs_file)
 182     jalview_prefs.load(ins)
 183     ins.close()
 184     jalview_prefs.forEach { t, v ->
 185     if (props.getAt(t) == null) {
 186     props.putAt(t, v)
 187     }
 188     }
 189     }
 190     }
 191      */
 192   } // jdt
 193
 194   //synchronizationTasks eclipseClasspath
 195   //autoBuildTasks eclipseClasspath
 196 } // eclipse
 197
 198 /*
 199 compileJava {
 200
 201   doFirst {
 202     sourceCompatibility = compile_source_compatibility
 203     targetCompatibility = compile_target_compatibility
 204     //options.compilerArgs = additional_compiler_args
 205     print ("Setting target compatibility to "+targetCompatibility+"\n")
 206   }
 207
 208 }
 209
 210 clean {
 211   delete sourceSets.main.java.outputDir
 212 }
 213 */
 214
 215 task jalviewjsUnzipFiles {
 216   def zipFiles = fileTree(dir: jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_libjs_dir).include("*.zip")
 217   zipFiles += jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_swingjs_zip
 218
 219   doLast {
 220     zipFiles.each { file_zip ->
 221       copy {
 222         from zipTree(file_zip)
 223         into jalviewjs_site_dir
 224       }
 225     }
 226   }
 227
 228   inputs.files zipFiles
 229   outputs.dir jalviewjs_site_dir
 230 }
 231
 232 def eclipseBinary
 233 def eclipseDropinsDir
 234 def eclipsePluginsDir
 235 task jalviewjsEclipsePaths {
 236         if (OperatingSystem.current().isMacOsX()) {
 237                 eclipseDropinsDir = jalviewjs_eclipse_root+"/Contents/Eclipse/dropins"
 238                 eclipsePluginsDir = jalviewjs_eclipse_root+"/Contents/Eclipse/plugins"
 239                 eclipseBinary = jalviewjs_eclipse_root+"/Contents/MacOS/eclipse"
 240         } else if (OperatingSystem.current().isWindows()) { // check this!
 241                 eclipseDropinsDir = jalviewjs_eclipse_root+"/dropins"
 242                 eclipsePluginsDir = jalviewjs_eclipse_root+"/plugins"
 243                 eclipseBinary = jalviewjs_eclipse_root+"/eclipse"
 244         } else { // linux or unix
 245                 eclipseDropinsDir = jalviewjs_eclipse_root+"/dropins"
 246                 eclipsePluginsDir = jalviewjs_eclipse_root+"/plugins"
 247                 eclipseBinary = jalviewjs_eclipse_root+"/eclipse"
 248         }
 249 }
 250
 251 task jalviewjsEclipseCopyDropins (type: Copy) {
 252   dependsOn jalviewjsEclipsePaths
 253   def inputFiles = fileTree(jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_eclipse_dropins_dir)
 254   def outputDir = eclipseDropinsDir
 255
 256   from inputFiles
 257   into outputDir
 258   def outputFiles = []
 259   rename { filename ->
 260     outputFiles += outputDir+"/"+filename
 261     null
 262   }
 263   outputs.files outputFiles
 264   inputs.files inputFiles
 265 }
 266
 267 task jalviewjsEclipseCopyPlugins (type: Copy) {
 268   dependsOn jalviewjsEclipsePaths
 269   def inputFiles = fileTree(jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_eclipse_plugins_dir)
 270   def outputDir = eclipsePluginsDir
 271
 272   from inputFiles
 273   into outputDir
 274   def outputFiles = []
 275   rename { filename ->
 276     outputFiles += outputDir+"/"+filename
 277     null
 278   }
 279   outputs.files outputFiles
 280   inputs.files inputFiles
 281 }
 282
 283 def tempEclipseWorkspace = ""
 284
 285 task jalviewjsSetTempEclipseWorkspace {
 286   tempEclipseWorkspace = file(jalviewjs_eclipse_workspace)
 287   if (!tempEclipseWorkspace.exists() && jalviewjs_eclipse_workspace.startsWith(File.separator)) {
 288     tempEclipseWorkspace = File.createTempDir()
 289     print("ECLIPSE WORKSPACE: "+tempEclipseWorkspace.getPath())
 290     tempEclipseWorkspace.deleteOnExit()
 291   }
 292 }
 293
 294 task jalviewjsEclipseSetup {
 295   dependsOn jalviewjsEclipseCopyDropins
 296   dependsOn jalviewjsEclipseCopyPlugins
 297   dependsOn jalviewjsSetTempEclipseWorkspace
 298 }
 299
 300
 301 task jalviewjsCreateJ2sSettings(type: WriteProperties) {
 302   outputFile (jalviewDir+"/"+jalviewjs_j2s_settings)
 303   def props = project.properties.sort { it.key }
 304   props.each { prop, val ->
 305     if (prop.startsWith("j2s.") && val != null) {
 306       property(prop,val)
 307     }
 308   }
 309   outputs.file(outputFile)
 310 }
 311
 312 task jalviewjsCopyResources (type: Copy) {
 313   def inputFiles = fileTree(dir: jalviewjs_resource_dir)
 314   def outputDir = jalviewjs_site_dir+"/"+jalviewjs_j2s_subdir
 315
 316   from inputFiles
 317   into outputDir
 318   def outputFiles = []
 319   rename { filename ->
 320     outputFiles += outputDir+"/"+filename
 321     null
 322   }
 323   outputs.files outputFiles
 324   inputs.files inputFiles
 325 }
 326
 327 task jalviewjsCopySiteResources (type: Copy) {
 328   def inputFiles = fileTree(dir: jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_site_resource_dir)
 329   def outputDir = jalviewjs_site_dir
 330
 331   from inputFiles
 332   into outputDir
 333   def outputFiles = []
 334   rename { filename ->
 335     outputFiles += outputDir+"/"+filename
 336     null
 337   }
 338   outputs.files outputFiles
 339   inputs.files inputFiles
 340 }
 341
 342 task cleanJalviewjsSite {
 343   delete jalviewjs_site_dir
 344 }
 345
 346 task jalviewjsProjectImport(type: Exec) {
 347   // work out how to do this!
 348   dependsOn eclipseProject
 349   dependsOn eclipseClasspath
 350   dependsOn eclipseJdt
 351   dependsOn jalviewjsEclipsePaths
 352   dependsOn jalviewjsEclipseSetup
 353   executable(eclipseBinary)
 354   args(["-nosplash", "--launcher.suppressErrors", "-application", "com.seeq.eclipse.importprojects.headlessimport", "-data", tempEclipseWorkspace.getPath(), "-import", jalviewDirAbsolutePath])
 355
 356   def tempdir = tempEclipseWorkspace.getPath()+"/.metadata/.plugins/org.eclipse.core.resources/.projects/jalview"
 357   outputs.dir(tempdir)
 358 }
 359
 360 task jalviewjsTranspile(type: Exec) {
 361   dependsOn jalviewjsProjectImport
 362   dependsOn jalviewjsEclipsePaths
 363   executable(eclipseBinary)
 364   args(["-nosplash", "--launcher.suppressErrors", "-application", "org.eclipse.jdt.apt.core.aptBuild", "-data", tempEclipseWorkspace, "-"+jalviewjs_eclipseBuildArg, eclipse_project_name ])
 365 }
 366
 367 task jalviewjsBuildSite {
 368   dependsOn jalviewjsUnzipFiles
 369   dependsOn jalviewjsCopyResources
 370   dependsOn jalviewjsCopySiteResources
 371   dependsOn jalviewjsTranspile
 372 }
 373
 374 task jalviewjsSiteTar(type: Tar) {
 375   dependsOn jalviewjsBuildSite
 376   def outputFilename = "site.tar.gz"
 377   try {
 378     archiveFileName = outputFilename
 379   } catch (Exception e) {
 380     archiveName = outputFilename
 381   }
 382
 383   compression Compression.GZIP
 384
 385   from jalviewjs_site_dir
 386   into jalviewjs_site_dir
 387
 388   inputs.dir(jalviewjs_site_dir)
 389 }
 390
 391 task jalviewjs {
 392   dependsOn jalviewjsCreateJ2sSettings
 393   dependsOn jalviewjsBuildSite
 394 }
 395