build.gradle

   1 import org.apache.tools.ant.filters.ReplaceTokens
   2 import org.gradle.internal.os.OperatingSystem
   3 import org.gradle.plugins.ide.eclipse.model.Output
   4 import org.gradle.plugins.ide.eclipse.model.Library
   5 import java.security.MessageDigest
   6 import groovy.transform.ExternalizeMethods
   7 import groovy.util.XmlParser
   8 import groovy.xml.XmlUtil
   9
  10 buildscript {
  11   dependencies {
  12     classpath 'org.openclover:clover:4.4.1'
  13   }
  14 }
  15
  16 plugins {
  17   id 'java'
  18   id 'application'
  19   id 'eclipse'
  20   id 'com.github.johnrengelman.shadow' version '4.0.3'
  21   id 'com.install4j.gradle' version '8.0.2'
  22   id 'com.dorongold.task-tree' version '1.5' // only needed to display task dependency tree with  gradle task1 [task2 ...] taskTree
  23 }
  24
  25 repositories {
  26   jcenter()
  27   mavenCentral()
  28   mavenLocal()
  29   flatDir {
  30     dirs gradlePluginsDir
  31   }
  32 }
  33
  34 dependencies {
  35 }
  36
  37
  38 // in ext the values are cast to Object. Ensure string values are cast as String (and not GStringImpl) for later use
  39 def string(Object o) {
  40   return o == null ? "" : o.toString()
  41 }
  42
  43
  44 ext {
  45   jalviewDirAbsolutePath = file(jalviewDir).getAbsolutePath()
  46   jalviewDirRelativePath = jalviewDir
  47
  48   // local build environment properties
  49   def localProps = "${jalviewDirAbsolutePath}/local.properties"
  50   if (file(localProps).exists()) {
  51     try {
  52       def p = new Properties()
  53       def localPropsFIS = new FileInputStream(localProps)
  54       p.load(localPropsFIS)
  55       localPropsFIS.close()
  56       p.each {
  57         key, val ->
  58           def oldval = findProperty(key)
  59           setProperty(key, val)
  60           if (oldval != null) {
  61             println("Overriding property '${key}' ('${oldval}') with local.properties value '${val}'")
  62           } else {
  63             println("Setting unknown property '${key}' with local.properties value '${val}'")
  64           }
  65       }
  66     } catch (Exception e) {
  67       System.out.println("Exception reading local.properties")
  68     }
  69   }
  70
  71   // this property set when running Eclipse headlessly
  72   j2sHeadlessBuildProperty = string("net.sf.j2s.core.headlessbuild")
  73   // this property set by Eclipse
  74   eclipseApplicationProperty = string("eclipse.application")
  75   // CHECK IF RUNNING FROM WITHIN ECLIPSE
  76   def eclipseApplicationPropertyVal = System.properties[eclipseApplicationProperty]
  77   IN_ECLIPSE = eclipseApplicationPropertyVal != null && eclipseApplicationPropertyVal.startsWith("org.eclipse.ui.")
  78   // BUT WITHOUT THE HEADLESS BUILD PROPERTY SET
  79   if (System.properties[j2sHeadlessBuildProperty].equals("true")) {
  80     println("Setting IN_ECLIPSE to ${IN_ECLIPSE} as System.properties['${j2sHeadlessBuildProperty}'] == '${System.properties[j2sHeadlessBuildProperty]}'")
  81     IN_ECLIPSE = false
  82   }
  83   if (IN_ECLIPSE) {
  84     println("WITHIN ECLIPSE IDE")
  85   } else {
  86     println("HEADLESS BUILD")
  87   }
  88   /* *-/
  89   System.properties.sort { it.key }.each {
  90     key, val -> println("SYSTEM PROPERTY ${key}='${val}'")
  91   }
  92   /-* *-/
  93   if (false && IN_ECLIPSE) {
  94     jalviewDir = jalviewDirAbsolutePath
  95   }
  96   */
  97
  98   // essentials
  99   bareSourceDir = string(source_dir)
 100   sourceDir = string("${jalviewDir}/${bareSourceDir}")
 101   resourceDir = string("${jalviewDir}/${resource_dir}")
 102   bareTestSourceDir = string(test_source_dir)
 103   testSourceDir = string("${jalviewDir}/${bareTestSourceDir}")
 104
 105   // clover
 106   cloverInstrDir = file("${buildDir}/${cloverSourcesInstrDir}")
 107   classesDir = string("${jalviewDir}/${classes_dir}")
 108   if (clover.equals("true")) {
 109     use_clover = true
 110     classesDir = string("${buildDir}/${cloverClassesDir}")
 111   } else {
 112     use_clover = false
 113     classesDir = string("${jalviewDir}/${classes_dir}")
 114   }
 115
 116   classes = classesDir
 117
 118   getdownWebsiteDir = string("${jalviewDir}/${getdown_website_dir}/${JAVA_VERSION}")
 119   buildDist = true
 120
 121   // the following values might be overridden by the CHANNEL switch
 122   getdownChannelName = CHANNEL.toLowerCase()
 123   getdownDir = string("${getdownChannelName}/${JAVA_VERSION}")
 124   getdownAppBase = string("${getdown_channel_base}/${getdownDir}")
 125   getdownLauncher = string("${jalviewDir}/${getdown_lib_dir}/${getdown_launcher}")
 126   getdownAppDistDir = getdown_app_dir_alt
 127   buildProperties = string("${classesDir}/${build_properties_file}")
 128   reportRsyncCmd = false
 129   jvlChannelName = CHANNEL.toLowerCase()
 130   switch (CHANNEL) {
 131
 132     case "BUILD":
 133     // TODO: get bamboo build artifact URL for getdown artifacts
 134     getdown_channel_base = bamboo_channelbase
 135     getdownChannelName = string("${bamboo_planKey}/${JAVA_VERSION}")
 136     getdownAppBase = string("${bamboo_channelbase}/${bamboo_planKey}${bamboo_getdown_channel_suffix}/${JAVA_VERSION}")
 137     jvlChannelName += "_${getdownChannelName}"
 138     break
 139
 140     case "RELEASE":
 141     getdownAppDistDir = getdown_app_dir_release
 142     reportRsyncCommand = true
 143     break
 144
 145     case "ARCHIVE":
 146     getdownChannelName = CHANNEL.toLowerCase()+"/${JALVIEW_VERSION}"
 147     getdownDir = string("${getdownChannelName}/${JAVA_VERSION}")
 148     getdownAppBase = string("${getdown_channel_base}/${getdownDir}")
 149     if (!file("${ARCHIVEDIR}/${packageDir}").exists()) {
 150       throw new GradleException("Must provide an ARCHIVEDIR value to produce an archive distribution")
 151     } else {
 152       packageDir = string("${ARCHIVEDIR}/${packageDir}")
 153       buildProperties = string("${ARCHIVEDIR}/${classes_dir}/${build_properties_file}")
 154       buildDist = false
 155     }
 156     reportRsyncCommand = true
 157     break
 158
 159     case "ARCHIVELOCAL":
 160     getdownChannelName = string("archive/${JALVIEW_VERSION}")
 161     getdownDir = string("${getdownChannelName}/${JAVA_VERSION}")
 162     getdownAppBase = file(getdownWebsiteDir).toURI().toString()
 163     if (!file("${ARCHIVEDIR}/${packageDir}").exists()) {
 164       throw new GradleException("Must provide an ARCHIVEDIR value to produce an archive distribution")
 165     } else {
 166       packageDir = string("${ARCHIVEDIR}/${packageDir}")
 167       buildProperties = string("${ARCHIVEDIR}/${classes_dir}/${build_properties_file}")
 168       buildDist = false
 169     }
 170     reportRsyncCommand = true
 171     getdownLauncher = string("${jalviewDir}/${getdown_lib_dir}/${getdown_launcher_local}")
 172     break
 173
 174     case "DEVELOP":
 175     reportRsyncCommand = true
 176     break
 177
 178     case "TEST-RELEASE":
 179     reportRsyncCommand = true
 180     break
 181
 182     case ~/^SCRATCH(|-[-\w]*)$/:
 183     getdownChannelName = CHANNEL
 184     getdownDir = string("${getdownChannelName}/${JAVA_VERSION}")
 185     getdownAppBase = string("${getdown_channel_base}/${getdownDir}")
 186     reportRsyncCommand = true
 187     break
 188
 189     case "TEST-LOCAL":
 190     if (!file("${LOCALDIR}").exists()) {
 191       throw new GradleException("Must provide a LOCALDIR value to produce a local distribution")
 192     } else {
 193       getdownAppBase = file(file("${LOCALDIR}").getAbsolutePath()).toURI().toString()
 194       getdownLauncher = string("${jalviewDir}/${getdown_lib_dir}/${getdown_launcher_local}")
 195     }
 196     break
 197
 198     case "LOCAL":
 199     getdownAppBase = file(getdownWebsiteDir).toURI().toString()
 200     getdownLauncher = string("${jalviewDir}/${getdown_lib_dir}/${getdown_launcher_local}")
 201     break
 202
 203     default: // something wrong specified
 204     throw new GradleException("CHANNEL must be one of BUILD, RELEASE, ARCHIVE, DEVELOP, TEST-RELEASE, SCRATCH-..., LOCAL [default]")
 205     break
 206
 207   }
 208   // override getdownAppBase if requested
 209   if (findProperty("getdown_appbase_override") != null) {
 210     getdownAppBase = string(getProperty("getdown_appbase_override"))
 211     println("Overriding getdown appbase with '${getdownAppBase}'")
 212   }
 213   // sanitise file name for jalview launcher file for this channel
 214   jvlChannelName = jvlChannelName.replaceAll(/[^\w\-]/,"_")
 215
 216   getdownAppDir = string("${getdownWebsiteDir}/${getdownAppDistDir}")
 217   //getdownJ11libDir = "${getdownWebsiteDir}/${getdown_j11lib_dir}"
 218   getdownResourceDir = string("${getdownWebsiteDir}/${getdown_resource_dir}")
 219   getdownInstallDir = string("${getdownWebsiteDir}/${getdown_install_dir}")
 220   getdownFilesDir = string("${jalviewDir}/${getdown_files_dir}/${JAVA_VERSION}/")
 221   getdownFilesInstallDir = string("${getdownFilesDir}/${getdown_install_dir}")
 222   /* compile without modules -- using classpath libraries
 223   modules_compileClasspath = fileTree(dir: "${jalviewDir}/${j11modDir}", include: ["*.jar"])
 224   modules_runtimeClasspath = modules_compileClasspath
 225   */
 226   gitHash = string("")
 227   gitBranch = string("")
 228
 229   println("Using a ${CHANNEL} profile.")
 230
 231   additional_compiler_args = []
 232   // configure classpath/args for j8/j11 compilation
 233   if (JAVA_VERSION.equals("1.8")) {
 234     JAVA_INTEGER_VERSION = string("8")
 235     //libDir = j8libDir
 236     libDir = j11libDir
 237     libDistDir = j8libDir
 238     compile_source_compatibility = 1.8
 239     compile_target_compatibility = 1.8
 240     // these are getdown.txt properties defined dependent on the JAVA_VERSION
 241     getdownAltJavaMinVersion = string(findProperty("getdown_alt_java8_min_version"))
 242     getdownAltJavaMaxVersion = string(findProperty("getdown_alt_java8_max_version"))
 243     // this property is assigned below and expanded to multiple lines in the getdown task
 244     getdownAltMultiJavaLocation = string(findProperty("getdown_alt_java8_txt_multi_java_location"))
 245     // this property is for the Java library used in eclipse
 246     eclipseJavaRuntimeName = string("JavaSE-1.8")
 247   } else if (JAVA_VERSION.equals("11")) {
 248     JAVA_INTEGER_VERSION = string("11")
 249     libDir = j11libDir
 250     libDistDir = j11libDir
 251     compile_source_compatibility = 11
 252     compile_target_compatibility = 11
 253     getdownAltJavaMinVersion = string(findProperty("getdown_alt_java11_min_version"))
 254     getdownAltJavaMaxVersion = string(findProperty("getdown_alt_java11_max_version"))
 255     getdownAltMultiJavaLocation = string(findProperty("getdown_alt_java11_txt_multi_java_location"))
 256     eclipseJavaRuntimeName = string("JavaSE-11")
 257     /* compile without modules -- using classpath libraries
 258     additional_compiler_args += [
 259     '--module-path', modules_compileClasspath.asPath,
 260     '--add-modules', j11modules
 261     ]
 262      */
 263   } else if (JAVA_VERSION.equals("12") || JAVA_VERSION.equals("13")) {
 264     JAVA_INTEGER_VERSION = JAVA_VERSION
 265     libDir = j11libDir
 266     libDistDir = j11libDir
 267     compile_source_compatibility = JAVA_VERSION
 268     compile_target_compatibility = JAVA_VERSION
 269     getdownAltJavaMinVersion = string(findProperty("getdown_alt_java11_min_version"))
 270     getdownAltJavaMaxVersion = string(findProperty("getdown_alt_java11_max_version"))
 271     getdownAltMultiJavaLocation = string(findProperty("getdown_alt_java11_txt_multi_java_location"))
 272     eclipseJavaRuntimeName = string("JavaSE-11")
 273     /* compile without modules -- using classpath libraries
 274     additional_compiler_args += [
 275     '--module-path', modules_compileClasspath.asPath,
 276     '--add-modules', j11modules
 277     ]
 278      */
 279   } else {
 280     throw new GradleException("JAVA_VERSION=${JAVA_VERSION} not currently supported by Jalview")
 281   }
 282
 283
 284   // for install4j
 285   JAVA_MIN_VERSION = JAVA_VERSION
 286   JAVA_MAX_VERSION = JAVA_VERSION
 287   def jreInstallsDir = string(jre_installs_dir)
 288   if (jreInstallsDir.startsWith("~/")) {
 289     jreInstallsDir = System.getProperty("user.home") + jreInstallsDir.substring(1)
 290   }
 291   macosJavaVMDir = string("${jreInstallsDir}/jre-${JAVA_INTEGER_VERSION}-mac-x64/jre")
 292   macosJavaVMTgz = string("${jreInstallsDir}/tgz/jre-${JAVA_INTEGER_VERSION}-mac-x64.tar.gz")
 293   windowsJavaVMDir = string("${jreInstallsDir}/jre-${JAVA_INTEGER_VERSION}-windows-x64/jre")
 294   windowsJavaVMTgz = string("${jreInstallsDir}/tgz/jre-${JAVA_INTEGER_VERSION}-windows-x64.tar.gz")
 295   linuxJavaVMDir = string("${jreInstallsDir}/jre-${JAVA_INTEGER_VERSION}-linux-x64/jre")
 296   linuxJavaVMTgz = string("${jreInstallsDir}/tgz/jre-${JAVA_INTEGER_VERSION}-linux-x64.tar.gz")
 297   install4jDir = string("${jalviewDir}/${install4j_utils_dir}")
 298   install4jConfFileName = string("jalview-install4j-conf.install4j")
 299   install4jConfFile = file("${install4jDir}/${install4jConfFileName}")
 300   install4jHomeDir = install4j_home_dir
 301   if (install4jHomeDir.startsWith("~/")) {
 302     install4jHomeDir = System.getProperty("user.home") + install4jHomeDir.substring(1)
 303   }
 304
 305
 306
 307   buildingHTML = string("${jalviewDir}/${docDir}/building.html")
 308   helpFile = string("${classesDir}/${help_dir}/help.jhm")
 309   helpParentDir = string("${jalviewDir}/${help_parent_dir}")
 310   helpSourceDir = string("${helpParentDir}/${help_dir}")
 311
 312
 313   relativeBuildDir = file(jalviewDirAbsolutePath).toPath().relativize(buildDir.toPath())
 314   jalviewjsBuildDir = string("${relativeBuildDir}/jalviewjs")
 315   jalviewjsSiteDir = string("${jalviewjsBuildDir}/${jalviewjs_site_dir}")
 316   if (IN_ECLIPSE) {
 317     jalviewjsTransferSiteJsDir = string(jalviewjsSiteDir)
 318   } else {
 319     jalviewjsTransferSiteJsDir = string("${jalviewjsBuildDir}/tmp/${jalviewjs_site_dir}_js")
 320   }
 321   jalviewjsTransferSiteLibDir = string("${jalviewjsBuildDir}/tmp/${jalviewjs_site_dir}_lib")
 322   jalviewjsTransferSiteSwingJsDir = string("${jalviewjsBuildDir}/tmp/${jalviewjs_site_dir}_swingjs")
 323   jalviewjsTransferSiteCoreDir = string("${jalviewjsBuildDir}/tmp/${jalviewjs_site_dir}_core")
 324   jalviewjsJalviewCoreHtmlFile = string("")
 325   jalviewjsJalviewCoreName = string(jalviewjs_core_name)
 326   jalviewjsCoreClasslists = []
 327   jalviewjsJalviewTemplateName = string(jalviewjs_name)
 328   jalviewjsJ2sSettingsFileName = string("${jalviewDir}/${jalviewjs_j2s_settings}")
 329   jalviewjsJ2sProps = null
 330
 331   eclipseWorkspace = null
 332   eclipseBinary = string("")
 333   eclipseVersion = string("")
 334   eclipseDebug = false
 335   // ENDEXT
 336 }
 337
 338
 339 sourceSets {
 340   main {
 341     java {
 342       srcDirs sourceDir
 343       outputDir = file(classesDir)
 344     }
 345
 346     resources {
 347       srcDirs resourceDir
 348       srcDirs += helpParentDir
 349     }
 350
 351     jar.destinationDir = file("${jalviewDir}/${packageDir}")
 352
 353     compileClasspath = files(sourceSets.main.java.outputDir)
 354     //compileClasspath += files(sourceSets.main.resources.srcDirs)
 355     compileClasspath += fileTree(dir: "${jalviewDir}/${libDir}", include: ["*.jar"])
 356
 357     runtimeClasspath = compileClasspath
 358   }
 359
 360   clover {
 361     java {
 362       srcDirs = [ cloverInstrDir ]
 363       outputDir = file("${buildDir}/${cloverClassesDir}")
 364     }
 365
 366     resources {
 367       srcDirs = sourceSets.main.resources.srcDirs
 368     }
 369     compileClasspath = configurations.cloverRuntime + files( sourceSets.clover.java.outputDir )
 370     compileClasspath += files(sourceSets.main.java.outputDir)
 371     compileClasspath += sourceSets.main.compileClasspath
 372     compileClasspath += fileTree(dir: "${jalviewDir}/${utilsDir}", include: ["**/*.jar"])
 373     compileClasspath += fileTree(dir: "${jalviewDir}/${libDir}", include: ["*.jar"])
 374
 375     runtimeClasspath = compileClasspath
 376   }
 377
 378   test {
 379     java {
 380       srcDirs testSourceDir
 381       outputDir = file("${jalviewDir}/${testOutputDir}")
 382     }
 383
 384     resources {
 385       srcDirs = sourceSets.main.resources.srcDirs
 386     }
 387
 388     compileClasspath = files( sourceSets.test.java.outputDir )
 389
 390     if (use_clover) {
 391       compileClasspath = sourceSets.clover.compileClasspath
 392     } else {
 393       compileClasspath += files(sourceSets.main.java.outputDir)
 394     }
 395
 396     compileClasspath += fileTree(dir: "${jalviewDir}/${libDir}", include: ["*.jar"])
 397     compileClasspath += fileTree(dir: "${jalviewDir}/${utilsDir}/testnglibs", include: ["**/*.jar"])
 398     compileClasspath += fileTree(dir: "${jalviewDir}/${utilsDir}/testlibs", include: ["**/*.jar"])
 399
 400     runtimeClasspath = compileClasspath
 401   }
 402 }
 403
 404
 405 // clover bits
 406 dependencies {
 407   if (use_clover) {
 408     cloverCompile 'org.openclover:clover:4.4.1'
 409     testCompile 'org.openclover:clover:4.4.1'
 410   }
 411 }
 412
 413
 414 configurations {
 415   cloverRuntime
 416   cloverRuntime.extendsFrom cloverCompile
 417 }
 418
 419 eclipse {
 420   project {
 421     name = eclipse_project_name
 422
 423     natures 'org.eclipse.jdt.core.javanature',
 424     'org.eclipse.jdt.groovy.core.groovyNature',
 425     'org.eclipse.buildship.core.gradleprojectnature'
 426
 427     buildCommand 'org.eclipse.jdt.core.javabuilder'
 428     buildCommand 'org.eclipse.buildship.core.gradleprojectbuilder'
 429   }
 430
 431   classpath {
 432     //defaultOutputDir = sourceSets.main.java.outputDir
 433     def removeThese = []
 434     configurations.each{
 435       if (it.isCanBeResolved()) {
 436         removeThese += it
 437       }
 438     }
 439
 440     minusConfigurations += removeThese
 441     plusConfigurations = [ ]
 442     file {
 443
 444       whenMerged { cp ->
 445         def removeTheseToo = []
 446         HashMap<String, Boolean> alreadyAddedSrcPath = new HashMap<>();
 447         cp.entries.each { entry ->
 448           // This conditional removes all src classpathentries that a) have already been added or b) aren't "src" or "test".
 449           // e.g. this removes the resources dir being copied into bin/main, bin/test AND bin/clover
 450           // we add the resources and help/help dirs in as libs afterwards (see below)
 451           if (entry.kind == 'src') {
 452             if (alreadyAddedSrcPath.getAt(entry.path) || !(entry.path == bareSourceDir || entry.path == bareTestSourceDir)) {
 453               removeTheseToo += entry
 454             } else {
 455               alreadyAddedSrcPath.putAt(entry.path, true)
 456             }
 457           }
 458
 459         }
 460         cp.entries.removeAll(removeTheseToo)
 461
 462         //cp.entries += new Output("${eclipse_bin_dir}/main")
 463         if (file(helpParentDir).isDirectory()) {
 464           cp.entries += new Library(fileReference(helpParentDir))
 465         }
 466         if (file(resourceDir).isDirectory()) {
 467           cp.entries += new Library(fileReference(resourceDir))
 468         }
 469
 470         HashMap<String, Boolean> alreadyAddedLibPath = new HashMap<>();
 471
 472         sourceSets.main.compileClasspath.findAll { it.name.endsWith(".jar") }.any {
 473           //don't want to add outputDir as eclipse is using its own output dir in bin/main
 474           if (it.isDirectory() || ! it.exists()) {
 475             // don't add dirs to classpath, especially if they don't exist
 476             return false // groovy "continue" in .any closure
 477           }
 478           def itPath = it.toString()
 479           if (itPath.startsWith("${jalviewDirAbsolutePath}/")) {
 480             // make relative path
 481             itPath = itPath.substring(jalviewDirAbsolutePath.length()+1)
 482           }
 483           if (alreadyAddedLibPath.get(itPath)) {
 484             //println("Not adding duplicate entry "+itPath)
 485           } else {
 486             //println("Adding entry "+itPath)
 487             cp.entries += new Library(fileReference(itPath))
 488             alreadyAddedLibPath.put(itPath, true)
 489           }
 490         }
 491
 492         sourceSets.test.compileClasspath.findAll { it.name.endsWith(".jar") }.any {
 493           //no longer want to add outputDir as eclipse is using its own output dir in bin/main
 494           if (it.isDirectory() || ! it.exists()) {
 495             // don't add dirs to classpath
 496             return false // groovy "continue" in .any closure
 497           }
 498
 499           def itPath = it.toString()
 500           if (itPath.startsWith("${jalviewDirAbsolutePath}/")) {
 501             itPath = itPath.substring(jalviewDirAbsolutePath.length()+1)
 502           }
 503           if (alreadyAddedLibPath.get(itPath)) {
 504             // don't duplicate
 505           } else {
 506             def lib = new Library(fileReference(itPath))
 507             lib.entryAttributes["test"] = "true"
 508             cp.entries += lib
 509             alreadyAddedLibPath.put(itPath, true)
 510           }
 511         }
 512
 513       } // whenMerged
 514
 515     } // file
 516
 517     containers 'org.eclipse.buildship.core.gradleclasspathcontainer'
 518
 519   } // classpath
 520
 521   jdt {
 522     // for the IDE, use java 11 compatibility
 523     sourceCompatibility = compile_source_compatibility
 524     targetCompatibility = compile_target_compatibility
 525     javaRuntimeName = eclipseJavaRuntimeName
 526
 527     // add in jalview project specific properties/preferences into eclipse core preferences
 528     file {
 529       withProperties { props ->
 530         def jalview_prefs = new Properties()
 531         def ins = new FileInputStream("${jalviewDirAbsolutePath}/${eclipse_extra_jdt_prefs_file}")
 532         jalview_prefs.load(ins)
 533         ins.close()
 534         jalview_prefs.forEach { t, v ->
 535           if (props.getAt(t) == null) {
 536             props.putAt(t, v)
 537           }
 538         }
 539       }
 540     }
 541
 542   } // jdt
 543
 544   if (IN_ECLIPSE) {
 545     // Don't want these to be activated if in headless build
 546     synchronizationTasks "eclipseSynchronizationTask"
 547     autoBuildTasks "eclipseAutoBuildTask"
 548
 549   }
 550 }
 551
 552
 553 task cloverInstr() {
 554   // only instrument source, we build test classes as normal
 555   inputs.files files (sourceSets.main.allJava,sourceSets.test.allJava) // , fileTree(dir:"$jalviewDir/$testSourceDir", include: ["**/*.java"]))
 556   outputs.dir cloverInstrDir
 557
 558   doFirst {
 559     delete cloverInstrDir
 560     def argsList = ["--initstring", "${buildDir}/clover/clover.db",
 561     "-d", "${buildDir}/${cloverSourcesInstrDir}"]
 562     argsList.addAll(inputs.files.files.collect({ file ->
 563       file.absolutePath
 564     }))
 565     String[] args = argsList.toArray()
 566     println("About to instrument "+args.length +" files")
 567     com.atlassian.clover.CloverInstr.mainImpl(args)
 568   }
 569 }
 570
 571
 572 task cloverReport {
 573   group = "Verification"
 574     description = "Createst the Clover report"
 575     inputs.dir "${buildDir}/clover"
 576     outputs.dir "${reportsDir}/clover"
 577     onlyIf {
 578       file("${buildDir}/clover/clover.db").exists()
 579     }
 580   doFirst {
 581     def argsList = ["--initstring", "${buildDir}/clover/clover.db",
 582     "-o", "${reportsDir}/clover"]
 583     String[] args = argsList.toArray()
 584     com.atlassian.clover.reporters.html.HtmlReporter.runReport(args)
 585
 586     // and generate ${reportsDir}/clover/clover.xml
 587     args = ["--initstring", "${buildDir}/clover/clover.db",
 588     "-o", "${reportsDir}/clover/clover.xml"].toArray()
 589     com.atlassian.clover.reporters.xml.XMLReporter.runReport(args)
 590   }
 591 }
 592 // end clover bits
 593
 594
 595 compileJava {
 596
 597   doFirst {
 598     sourceCompatibility = compile_source_compatibility
 599     targetCompatibility = compile_target_compatibility
 600     options.compilerArgs = additional_compiler_args
 601     print ("Setting target compatibility to "+targetCompatibility+"\n")
 602   }
 603
 604 }
 605
 606
 607 compileTestJava {
 608   if (use_clover) {
 609     dependsOn compileCloverJava
 610     classpath += configurations.cloverRuntime
 611   } else {
 612     classpath += sourceSets.main.runtimeClasspath
 613   }
 614   doFirst {
 615     sourceCompatibility = compile_source_compatibility
 616     targetCompatibility = compile_target_compatibility
 617     options.compilerArgs = additional_compiler_args
 618     print ("Setting target compatibility to "+targetCompatibility+"\n")
 619   }
 620 }
 621
 622
 623 compileCloverJava {
 624
 625   doFirst {
 626     sourceCompatibility = compile_source_compatibility
 627     targetCompatibility = compile_target_compatibility
 628     options.compilerArgs += additional_compiler_args
 629     print ("Setting target compatibility to "+targetCompatibility+"\n")
 630   }
 631   classpath += configurations.cloverRuntime
 632 }
 633
 634
 635 clean {
 636   doFirst {
 637     delete sourceSets.main.java.outputDir
 638   }
 639 }
 640
 641
 642 cleanTest {
 643   doFirst {
 644     delete sourceSets.test.java.outputDir
 645     delete cloverInstrDir
 646   }
 647 }
 648
 649
 650 // format is a string like date.format("dd MMMM yyyy")
 651 def getDate(format) {
 652   def date = new Date()
 653   return date.format(format)
 654 }
 655
 656
 657 task setGitVals {
 658   def hashStdOut = new ByteArrayOutputStream()
 659   exec {
 660     commandLine "git", "rev-parse", "--short", "HEAD"
 661     standardOutput = hashStdOut
 662     ignoreExitValue true
 663   }
 664
 665   def branchStdOut = new ByteArrayOutputStream()
 666   exec {
 667     commandLine "git", "rev-parse", "--abbrev-ref", "HEAD"
 668     standardOutput = branchStdOut
 669     ignoreExitValue true
 670   }
 671
 672   gitHash = hashStdOut.toString().trim()
 673   gitBranch = branchStdOut.toString().trim()
 674
 675   outputs.upToDateWhen { false }
 676 }
 677
 678
 679 task createBuildProperties(type: WriteProperties) {
 680   dependsOn setGitVals
 681   inputs.dir(sourceDir)
 682   inputs.dir(resourceDir)
 683   file(buildProperties).getParentFile().mkdirs()
 684   outputFile (buildProperties)
 685   // taking time specific comment out to allow better incremental builds
 686   comment "--Jalview Build Details--\n"+getDate("yyyy-MM-dd HH:mm:ss")
 687   //comment "--Jalview Build Details--\n"+getDate("yyyy-MM-dd")
 688   property "BUILD_DATE", getDate("HH:mm:ss dd MMMM yyyy")
 689   property "VERSION", JALVIEW_VERSION
 690   property "INSTALLATION", INSTALLATION+" git-commit:"+gitHash+" ["+gitBranch+"]"
 691   outputs.file(outputFile)
 692 }
 693
 694
 695 task cleanBuildingHTML(type: Delete) {
 696   doFirst {
 697     delete buildingHTML
 698   }
 699 }
 700
 701
 702 task convertBuildingMD(type: Exec) {
 703   dependsOn cleanBuildingHTML
 704   def buildingMD = "${jalviewDir}/${docDir}/building.md"
 705   def css = "${jalviewDir}/${docDir}/github.css"
 706
 707   def pandoc = null
 708   pandoc_exec.split(",").each {
 709     if (file(it.trim()).exists()) {
 710       pandoc = it.trim()
 711       return true
 712     }
 713   }
 714
 715   def hostname = "hostname".execute().text.trim()
 716   def buildtoolsPandoc = System.getProperty("user.home")+"/buildtools/pandoc/bin/pandoc"
 717   if ((pandoc == null || ! file(pandoc).exists()) && file(buildtoolsPandoc).exists()) {
 718     pandoc = System.getProperty("user.home")+"/buildtools/pandoc/bin/pandoc"
 719   }
 720
 721   doFirst {
 722     if (pandoc != null && file(pandoc).exists()) {
 723         commandLine pandoc, '-s', '-o', buildingHTML, '--metadata', 'pagetitle="Building Jalview from Source"', '--toc', '-H', css, buildingMD
 724     } else {
 725         println("Cannot find pandoc. Skipping convert building.md to HTML")
 726         throw new StopExecutionException("Cannot find pandoc. Skipping convert building.md to HTML")
 727     }
 728   }
 729
 730   ignoreExitValue true
 731
 732   inputs.file(buildingMD)
 733   inputs.file(css)
 734   outputs.file(buildingHTML)
 735 }
 736
 737
 738 clean {
 739   doFirst {
 740     delete buildingHTML
 741   }
 742 }
 743
 744
 745 task syncDocs(type: Sync) {
 746   dependsOn convertBuildingMD
 747   def syncDir = "${classesDir}/${docDir}"
 748   from fileTree("${jalviewDir}/${docDir}")
 749   into syncDir
 750
 751 }
 752
 753
 754 task copyHelp(type: Copy) {
 755   def inputDir = helpSourceDir
 756   def outputDir = "${classesDir}/${help_dir}"
 757   from(inputDir) {
 758     exclude '**/*.gif'
 759     exclude '**/*.jpg'
 760     exclude '**/*.png'
 761     filter(ReplaceTokens,
 762       beginToken: '$$',
 763       endToken: '$$',
 764       tokens: [
 765         'Version-Rel': JALVIEW_VERSION,
 766         'Year-Rel': getDate("yyyy")
 767       ]
 768     )
 769   }
 770   from(inputDir) {
 771     include '**/*.gif'
 772     include '**/*.jpg'
 773     include '**/*.png'
 774   }
 775   into outputDir
 776
 777   inputs.dir(inputDir)
 778   outputs.files(helpFile)
 779   outputs.dir(outputDir)
 780 }
 781
 782
 783 task syncLib(type: Sync) {
 784   def syncDir = "${classesDir}/${libDistDir}"
 785   from fileTree("${jalviewDir}/${libDistDir}")
 786   into syncDir
 787 }
 788
 789
 790 task syncResources(type: Sync) {
 791   from resourceDir
 792   include "**/*.*"
 793   into "${classesDir}"
 794   preserve {
 795     include "**"
 796   }
 797 }
 798
 799
 800 task prepare {
 801   dependsOn syncResources
 802   dependsOn syncDocs
 803   dependsOn copyHelp
 804 }
 805
 806
 807 //testReportDirName = "test-reports" // note that test workingDir will be $jalviewDir
 808 test {
 809   dependsOn prepare
 810   dependsOn compileJava
 811   if (use_clover) {
 812     dependsOn cloverInstr
 813   }
 814
 815   if (use_clover) {
 816     print("Running tests " + (use_clover?"WITH":"WITHOUT") + " clover [clover="+use_clover+"]\n")
 817   }
 818
 819   useTestNG() {
 820     includeGroups testngGroups
 821     preserveOrder true
 822     useDefaultListeners=true
 823   }
 824
 825   workingDir = jalviewDir
 826   //systemProperties 'clover.jar' System.properties.clover.jar
 827   sourceCompatibility = compile_source_compatibility
 828   targetCompatibility = compile_target_compatibility
 829   jvmArgs += additional_compiler_args
 830
 831 }
 832
 833
 834 task buildIndices(type: JavaExec) {
 835   dependsOn copyHelp
 836   classpath = sourceSets.main.compileClasspath
 837   main = "com.sun.java.help.search.Indexer"
 838   workingDir = "${classesDir}/${help_dir}"
 839   def argDir = "html"
 840   args = [ argDir ]
 841   inputs.dir("${workingDir}/${argDir}")
 842
 843   outputs.dir("${classesDir}/doc")
 844   outputs.dir("${classesDir}/help")
 845   outputs.file("${workingDir}/JavaHelpSearch/DOCS")
 846   outputs.file("${workingDir}/JavaHelpSearch/DOCS.TAB")
 847   outputs.file("${workingDir}/JavaHelpSearch/OFFSETS")
 848   outputs.file("${workingDir}/JavaHelpSearch/POSITIONS")
 849   outputs.file("${workingDir}/JavaHelpSearch/SCHEMA")
 850   outputs.file("${workingDir}/JavaHelpSearch/TMAP")
 851 }
 852
 853
 854 task compileLinkCheck(type: JavaCompile) {
 855   options.fork = true
 856   classpath = files("${jalviewDir}/${utilsDir}")
 857   destinationDir = file("${jalviewDir}/${utilsDir}")
 858   source = fileTree(dir: "${jalviewDir}/${utilsDir}", include: ["HelpLinksChecker.java", "BufferedLineReader.java"])
 859
 860   inputs.file("${jalviewDir}/${utilsDir}/HelpLinksChecker.java")
 861   inputs.file("${jalviewDir}/${utilsDir}/HelpLinksChecker.java")
 862   outputs.file("${jalviewDir}/${utilsDir}/HelpLinksChecker.class")
 863   outputs.file("${jalviewDir}/${utilsDir}/BufferedLineReader.class")
 864 }
 865
 866
 867 task linkCheck(type: JavaExec) {
 868   dependsOn prepare, compileLinkCheck
 869
 870   def helpLinksCheckerOutFile = file("${jalviewDir}/${utilsDir}/HelpLinksChecker.out")
 871   classpath = files("${jalviewDir}/${utilsDir}")
 872   main = "HelpLinksChecker"
 873   workingDir = jalviewDir
 874   args = [ "${classesDir}/${help_dir}", "-nointernet" ]
 875
 876   def outFOS = new FileOutputStream(helpLinksCheckerOutFile, false) // false == don't append
 877   def errFOS = outFOS
 878   standardOutput = new org.apache.tools.ant.util.TeeOutputStream(
 879     outFOS,
 880     standardOutput)
 881   errorOutput = new org.apache.tools.ant.util.TeeOutputStream(
 882     outFOS,
 883     errorOutput)
 884
 885   inputs.dir("${classesDir}/${help_dir}")
 886   outputs.file(helpLinksCheckerOutFile)
 887 }
 888
 889 // import the pubhtmlhelp target
 890 ant.properties.basedir = "${jalviewDir}"
 891 ant.properties.helpBuildDir = "${jalviewDirAbsolutePath}/${classes_dir}/${help_dir}"
 892 ant.importBuild "${utilsDir}/publishHelp.xml"
 893
 894
 895 task cleanPackageDir(type: Delete) {
 896   doFirst {
 897     delete fileTree(dir: "${jalviewDir}/${packageDir}", include: "*.jar")
 898   }
 899 }
 900
 901 jar {
 902   dependsOn linkCheck
 903   dependsOn buildIndices
 904   dependsOn createBuildProperties
 905
 906   manifest {
 907     attributes "Main-Class": mainClass,
 908     "Permissions": "all-permissions",
 909     "Application-Name": "Jalview Desktop",
 910     "Codebase": application_codebase
 911   }
 912
 913   destinationDir = file("${jalviewDir}/${packageDir}")
 914   archiveName = rootProject.name+".jar"
 915
 916   exclude "cache*/**"
 917   exclude "*.jar"
 918   exclude "*.jar.*"
 919   exclude "**/*.jar"
 920   exclude "**/*.jar.*"
 921
 922   inputs.dir(classesDir)
 923   outputs.file("${jalviewDir}/${packageDir}/${archiveName}")
 924 }
 925
 926
 927 task copyJars(type: Copy) {
 928   from fileTree(dir: classesDir, include: "**/*.jar").files
 929   into "${jalviewDir}/${packageDir}"
 930 }
 931
 932
 933 // doing a Sync instead of Copy as Copy doesn't deal with "outputs" very well
 934 task syncJars(type: Sync) {
 935   from fileTree(dir: "${jalviewDir}/${libDistDir}", include: "**/*.jar").files
 936   into "${jalviewDir}/${packageDir}"
 937   preserve {
 938     include jar.archiveName
 939   }
 940 }
 941
 942
 943 task makeDist {
 944   group = "build"
 945   description = "Put all required libraries in dist"
 946   // order of "cleanPackageDir", "copyJars", "jar" important!
 947   jar.mustRunAfter cleanPackageDir
 948   syncJars.mustRunAfter cleanPackageDir
 949   dependsOn cleanPackageDir
 950   dependsOn syncJars
 951   dependsOn jar
 952   outputs.dir("${jalviewDir}/${packageDir}")
 953 }
 954
 955
 956 task cleanDist {
 957   dependsOn cleanPackageDir
 958   dependsOn cleanTest
 959   dependsOn clean
 960 }
 961
 962 shadowJar {
 963   group = "distribution"
 964   if (buildDist) {
 965     dependsOn makeDist
 966   }
 967   from ("${jalviewDir}/${libDistDir}") {
 968     include("*.jar")
 969   }
 970   manifest {
 971     attributes 'Implementation-Version': JALVIEW_VERSION
 972   }
 973   mainClassName = shadowJarMainClass
 974   mergeServiceFiles()
 975   classifier = "all-"+JALVIEW_VERSION+"-j"+JAVA_VERSION
 976   minimize()
 977 }
 978
 979
 980 task getdownWebsite() {
 981   group = "distribution"
 982   description = "Create the getdown minimal app folder, and website folder for this version of jalview. Website folder also used for offline app installer"
 983   if (buildDist) {
 984     dependsOn makeDist
 985   }
 986
 987   def getdownWebsiteResourceFilenames = []
 988   def getdownTextString = ""
 989   def getdownResourceDir = getdownResourceDir
 990   def getdownResourceFilenames = []
 991
 992   doFirst {
 993     // clean the getdown website and files dir before creating getdown folders
 994     delete getdownWebsiteDir
 995     delete getdownFilesDir
 996
 997     copy {
 998       from buildProperties
 999       rename(build_properties_file, getdown_build_properties)
1000       into getdownAppDir
1001     }
1002     getdownWebsiteResourceFilenames += "${getdownAppDistDir}/${getdown_build_properties}"
1003
1004     // go through properties looking for getdown_txt_...
1005     def props = project.properties.sort { it.key }
1006     if (getdownAltJavaMinVersion != null && getdownAltJavaMinVersion.length() > 0) {
1007       props.put("getdown_txt_java_min_version", getdownAltJavaMinVersion)
1008     }
1009     if (getdownAltJavaMaxVersion != null && getdownAltJavaMaxVersion.length() > 0) {
1010       props.put("getdown_txt_java_max_version", getdownAltJavaMaxVersion)
1011     }
1012     if (getdownAltMultiJavaLocation != null && getdownAltMultiJavaLocation.length() > 0) {
1013       props.put("getdown_txt_multi_java_location", getdownAltMultiJavaLocation)
1014     }
1015
1016     props.put("getdown_txt_appbase", getdownAppBase)
1017     props.each{ prop, val ->
1018       if (prop.startsWith("getdown_txt_") && val != null) {
1019         if (prop.startsWith("getdown_txt_multi_")) {
1020           def key = prop.substring(18)
1021           val.split(",").each{ v ->
1022             def line = "${key} = ${v}\n"
1023             getdownTextString += line
1024           }
1025         } else {
1026           // file values rationalised
1027           if (val.indexOf('/') > -1 || prop.startsWith("getdown_txt_resource")) {
1028             def r = null
1029             if (val.indexOf('/') == 0) {
1030               // absolute path
1031               r = file(val)
1032             } else if (val.indexOf('/') > 0) {
1033               // relative path (relative to jalviewDir)
1034               r = file( "${jalviewDir}/${val}" )
1035             }
1036             if (r.exists()) {
1037               val = "${getdown_resource_dir}/" + r.getName()
1038               getdownWebsiteResourceFilenames += val
1039               getdownResourceFilenames += r.getPath()
1040             }
1041           }
1042           if (! prop.startsWith("getdown_txt_resource")) {
1043             def line = prop.substring(12) + " = ${val}\n"
1044             getdownTextString += line
1045           }
1046         }
1047       }
1048     }
1049
1050     getdownWebsiteResourceFilenames.each{ filename ->
1051       getdownTextString += "resource = ${filename}\n"
1052     }
1053     getdownResourceFilenames.each{ filename ->
1054       copy {
1055         from filename
1056         into getdownResourceDir
1057       }
1058     }
1059
1060     def codeFiles = []
1061     fileTree(file(packageDir)).each{ f ->
1062       if (f.isDirectory()) {
1063         def files = fileTree(dir: f, include: ["*"]).getFiles()
1064         codeFiles += files
1065       } else if (f.exists()) {
1066         codeFiles += f
1067       }
1068     }
1069     codeFiles.sort().each{f ->
1070       def name = f.getName()
1071       def line = "code = ${getdownAppDistDir}/${name}\n"
1072       getdownTextString += line
1073       copy {
1074         from f.getPath()
1075         into getdownAppDir
1076       }
1077     }
1078
1079     // NOT USING MODULES YET, EVERYTHING SHOULD BE IN dist
1080     /*
1081     if (JAVA_VERSION.equals("11")) {
1082     def j11libFiles = fileTree(dir: "${jalviewDir}/${j11libDir}", include: ["*.jar"]).getFiles()
1083     j11libFiles.sort().each{f ->
1084     def name = f.getName()
1085     def line = "code = ${getdown_j11lib_dir}/${name}\n"
1086     getdownTextString += line
1087     copy {
1088     from f.getPath()
1089     into getdownJ11libDir
1090     }
1091     }
1092     }
1093      */
1094
1095     // getdown-launcher.jar should not be in main application class path so the main application can move it when updated.  Listed as a resource so it gets updated.
1096     //getdownTextString += "class = " + file(getdownLauncher).getName() + "\n"
1097     getdownTextString += "resource = ${getdown_launcher_new}\n"
1098     getdownTextString += "class = ${mainClass}\n"
1099
1100     def getdown_txt = file("${getdownWebsiteDir}/getdown.txt")
1101     getdown_txt.write(getdownTextString)
1102
1103     def getdownLaunchJvl = getdown_launch_jvl_name + ( (jvlChannelName != null && jvlChannelName.length() > 0)?"-${jvlChannelName}":"" ) + ".jvl"
1104     def launchJvl = file("${getdownWebsiteDir}/${getdownLaunchJvl}")
1105     launchJvl.write("appbase="+props.get("getdown_txt_appbase"))
1106
1107     copy {
1108       from getdownLauncher
1109       rename(file(getdownLauncher).getName(), getdown_launcher_new)
1110       into getdownWebsiteDir
1111     }
1112
1113     copy {
1114       from getdownLauncher
1115       if (file(getdownLauncher).getName() != getdown_launcher) {
1116         rename(file(getdownLauncher).getName(), getdown_launcher)
1117       }
1118       into getdownWebsiteDir
1119     }
1120
1121     if (! (CHANNEL.startsWith("ARCHIVE") || CHANNEL.startsWith("DEVELOP"))) {
1122       copy {
1123         from getdown_txt
1124         from getdownLauncher
1125         from "${getdownWebsiteDir}/${getdown_build_properties}"
1126         if (file(getdownLauncher).getName() != getdown_launcher) {
1127           rename(file(getdownLauncher).getName(), getdown_launcher)
1128         }
1129         into getdownInstallDir
1130       }
1131
1132       copy {
1133         from getdownInstallDir
1134         into getdownFilesInstallDir
1135       }
1136     }
1137
1138     copy {
1139       from getdown_txt
1140       from launchJvl
1141       from getdownLauncher
1142       from "${getdownWebsiteDir}/${getdown_build_properties}"
1143       if (file(getdownLauncher).getName() != getdown_launcher) {
1144         rename(file(getdownLauncher).getName(), getdown_launcher)
1145       }
1146       into getdownFilesDir
1147     }
1148
1149     copy {
1150       from getdownResourceDir
1151       into "${getdownFilesDir}/${getdown_resource_dir}"
1152     }
1153   }
1154
1155   if (buildDist) {
1156     inputs.dir("${jalviewDir}/${packageDir}")
1157   }
1158   outputs.dir(getdownWebsiteDir)
1159   outputs.dir(getdownFilesDir)
1160 }
1161
1162
1163 // a helper task to allow getdown digest of any dir: `gradle getdownDigestDir -PDIGESTDIR=/path/to/my/random/getdown/dir
1164 task getdownDigestDir(type: JavaExec) {
1165   def digestDirPropertyName = "DIGESTDIR"
1166   description = "Digest a local dir (-P${digestDirPropertyName}=...) for getdown"
1167   doFirst {
1168     classpath = files(getdownLauncher)
1169     def digestDir = findProperty(digestDirPropertyName)
1170     if (digestDir == null) {
1171       throw new GradleException("Must provide a DIGESTDIR value to produce an alternative getdown digest")
1172     }
1173     args digestDir
1174   }
1175   main = "com.threerings.getdown.tools.Digester"
1176 }
1177
1178
1179 task getdownDigest(type: JavaExec) {
1180   group = "distribution"
1181   description = "Digest the getdown website folder"
1182   dependsOn getdownWebsite
1183   doFirst {
1184     classpath = files(getdownLauncher)
1185   }
1186   main = "com.threerings.getdown.tools.Digester"
1187   args getdownWebsiteDir
1188   inputs.dir(getdownWebsiteDir)
1189   outputs.file("${getdownWebsiteDir}/digest2.txt")
1190 }
1191
1192
1193 task getdown() {
1194   group = "distribution"
1195   description = "Create the minimal and full getdown app folder for installers and website and create digest file"
1196   dependsOn getdownDigest
1197   doLast {
1198     if (reportRsyncCommand) {
1199       def fromDir = getdownWebsiteDir + (getdownWebsiteDir.endsWith('/')?'':'/')
1200       def toDir = "${getdown_rsync_dest}/${getdownDir}" + (getdownDir.endsWith('/')?'':'/')
1201       println "LIKELY RSYNC COMMAND:"
1202       println "mkdir -p '$toDir'\nrsync -avh --delete '$fromDir' '$toDir'"
1203       if (RUNRSYNC == "true") {
1204         exec {
1205           commandLine "mkdir", "-p", toDir
1206         }
1207         exec {
1208           commandLine "rsync", "-avh", "--delete", fromDir, toDir
1209         }
1210       }
1211     }
1212   }
1213 }
1214
1215
1216 clean {
1217   doFirst {
1218     delete getdownWebsiteDir
1219     delete getdownFilesDir
1220   }
1221 }
1222
1223
1224 install4j {
1225   if (file(install4jHomeDir).exists()) {
1226     // good to go!
1227   } else if (file(System.getProperty("user.home")+"/buildtools/install4j").exists()) {
1228     install4jHomeDir = System.getProperty("user.home")+"/buildtools/install4j"
1229   } else if (file("/Applications/install4j.app/Contents/Resources/app").exists()) {
1230     install4jHomeDir = "/Applications/install4j.app/Contents/Resources/app"
1231   }
1232   installDir(file(install4jHomeDir))
1233
1234   mediaTypes = Arrays.asList(install4j_media_types.split(","))
1235 }
1236
1237
1238 task copyInstall4jTemplate {
1239   def install4jTemplateFile = file("${install4jDir}/${install4j_template}")
1240   def install4jFileAssociationsFile = file("${install4jDir}/${install4j_installer_file_associations}")
1241   inputs.file(install4jTemplateFile)
1242   inputs.file(install4jFileAssociationsFile)
1243   outputs.file(install4jConfFile)
1244
1245   doLast {
1246     def install4jConfigXml = new XmlParser().parse(install4jTemplateFile)
1247
1248     // turn off code signing if no OSX_KEYPASS
1249     if (OSX_KEYPASS == "") {
1250       install4jConfigXml.'**'.codeSigning.each { codeSigning ->
1251         codeSigning.'@macEnabled' = "false"
1252       }
1253       install4jConfigXml.'**'.windows.each { windows ->
1254         windows.'@runPostProcessor' = "false"
1255       }
1256     }
1257
1258     // turn off checksum creation for LOCAL channel
1259     def e = install4jConfigXml.application[0]
1260     if (CHANNEL == "LOCAL") {
1261       e.'@createChecksums' = "false"
1262     } else {
1263       e.'@createChecksums' = "true"
1264     }
1265
1266     // put file association actions where placeholder action is
1267     def install4jFileAssociationsText = install4jFileAssociationsFile.text
1268     def fileAssociationActions = new XmlParser().parseText("<actions>${install4jFileAssociationsText}</actions>")
1269     install4jConfigXml.'**'.action.any { a ->
1270       if (a.'@name' == 'EXTENSIONS_REPLACED_BY_GRADLE') {
1271         def parent = a.parent()
1272         parent.remove(a)
1273         fileAssociationActions.each { faa ->
1274             parent.append(faa)
1275         }
1276         // don't need to continue in .any loop once replacements have been made
1277         return true
1278       }
1279     }
1280
1281     // write install4j file
1282     install4jConfFile.text = XmlUtil.serialize(install4jConfigXml)
1283   }
1284 }
1285
1286
1287 clean {
1288   doFirst {
1289     delete install4jConfFile
1290   }
1291 }
1292
1293
1294 task installers(type: com.install4j.gradle.Install4jTask) {
1295   group = "distribution"
1296   description = "Create the install4j installers"
1297   dependsOn setGitVals
1298   dependsOn getdown
1299   dependsOn copyInstall4jTemplate
1300
1301   projectFile = install4jConfFile
1302
1303   // create an md5 for the input files to use as version for install4j conf file
1304   def digest = MessageDigest.getInstance("MD5")
1305   digest.update(
1306     (file("${install4jDir}/${install4j_template}").text +
1307     file("${install4jDir}/${install4j_info_plist_file_associations}").text +
1308     file("${install4jDir}/${install4j_installer_file_associations}").text).bytes)
1309   def filesMd5 = new BigInteger(1, digest.digest()).toString(16)
1310   if (filesMd5.length() >= 8) {
1311     filesMd5 = filesMd5.substring(0,8)
1312   }
1313   def install4jTemplateVersion = "${JALVIEW_VERSION}_F${filesMd5}_C${gitHash}"
1314   // make install4jBuildDir relative to jalviewDir
1315   def install4jBuildDir = "${install4j_build_dir}/${JAVA_VERSION}"
1316
1317   variables = [
1318     'JALVIEW_NAME': getdown_txt_title,
1319     'JALVIEW_DIR': "../..",
1320     'OSX_KEYSTORE': OSX_KEYSTORE,
1321     'JSIGN_SH': JSIGN_SH,
1322     'JRE_DIR': getdown_app_dir_java,
1323     'INSTALLER_TEMPLATE_VERSION': install4jTemplateVersion,
1324     'JALVIEW_VERSION': JALVIEW_VERSION,
1325     'JAVA_MIN_VERSION': JAVA_MIN_VERSION,
1326     'JAVA_MAX_VERSION': JAVA_MAX_VERSION,
1327     'JAVA_VERSION': JAVA_VERSION,
1328     'JAVA_INTEGER_VERSION': JAVA_INTEGER_VERSION,
1329     'VERSION': JALVIEW_VERSION,
1330     'MACOS_JAVA_VM_DIR': macosJavaVMDir,
1331     'WINDOWS_JAVA_VM_DIR': windowsJavaVMDir,
1332     'LINUX_JAVA_VM_DIR': linuxJavaVMDir,
1333     'MACOS_JAVA_VM_TGZ': macosJavaVMTgz,
1334     'WINDOWS_JAVA_VM_TGZ': windowsJavaVMTgz,
1335     'LINUX_JAVA_VM_TGZ': linuxJavaVMTgz,
1336     'COPYRIGHT_MESSAGE': install4j_copyright_message,
1337     'MACOS_BUNDLE_ID': install4j_macOS_bundle_id,
1338     'INSTALLER_NAME': install4j_installer_name,
1339     'INSTALL4J_UTILS_DIR': install4j_utils_dir,
1340     'GETDOWN_WEBSITE_DIR': getdown_website_dir,
1341     'GETDOWN_FILES_DIR': getdown_files_dir,
1342     'GETDOWN_RESOURCE_DIR': getdown_resource_dir,
1343     'GETDOWN_DIST_DIR': getdownAppDistDir,
1344     'GETDOWN_ALT_DIR': getdown_app_dir_alt,
1345     'GETDOWN_INSTALL_DIR': getdown_install_dir,
1346     'INFO_PLIST_FILE_ASSOCIATIONS_FILE': install4j_info_plist_file_associations,
1347     'BUILD_DIR': install4jBuildDir,
1348   ]
1349
1350   destination = "${jalviewDir}/${install4jBuildDir}"
1351   buildSelected = true
1352
1353   if (install4j_faster.equals("true") || CHANNEL.startsWith("LOCAL")) {
1354     faster = true
1355     disableSigning = true
1356   }
1357
1358   if (OSX_KEYPASS) {
1359     macKeystorePassword = OSX_KEYPASS
1360   }
1361
1362   doFirst {
1363     println("Using projectFile "+projectFile)
1364   }
1365
1366   inputs.dir(getdownWebsiteDir)
1367   inputs.file(install4jConfFile)
1368   inputs.file("${install4jDir}/${install4j_info_plist_file_associations}")
1369   inputs.dir(macosJavaVMDir)
1370   inputs.dir(windowsJavaVMDir)
1371   outputs.dir("${jalviewDir}/${install4j_build_dir}/${JAVA_VERSION}")
1372 }
1373
1374
1375 task sourceDist(type: Tar) {
1376
1377   def VERSION_UNDERSCORES = JALVIEW_VERSION.replaceAll("\\.", "_")
1378   def outputFileName = "${project.name}_${VERSION_UNDERSCORES}.tar.gz"
1379   // cater for buildship < 3.1 [3.0.1 is max version in eclipse 2018-09]
1380   try {
1381     archiveFileName = outputFileName
1382   } catch (Exception e) {
1383     archiveName = outputFileName
1384   }
1385
1386   compression Compression.GZIP
1387
1388   into project.name
1389
1390   def EXCLUDE_FILES=[
1391     "build/*",
1392     "bin/*",
1393     "test-output/",
1394     "test-reports",
1395     "tests",
1396     "clover*/*",
1397     ".*",
1398     "benchmarking/*",
1399     "**/.*",
1400     "*.class",
1401     "**/*.class","$j11modDir/**/*.jar","appletlib","**/*locales",
1402     "*locales/**",
1403     "utils/InstallAnywhere",
1404     "**/*.log",
1405   ]
1406   def PROCESS_FILES=[
1407     "AUTHORS",
1408     "CITATION",
1409     "FEATURETODO",
1410     "JAVA-11-README",
1411     "FEATURETODO",
1412     "LICENSE",
1413     "**/README",
1414     "RELEASE",
1415     "THIRDPARTYLIBS",
1416     "TESTNG",
1417     "build.gradle",
1418     "gradle.properties",
1419     "**/*.java",
1420     "**/*.html",
1421     "**/*.xml",
1422     "**/*.gradle",
1423     "**/*.groovy",
1424     "**/*.properties",
1425     "**/*.perl",
1426     "**/*.sh",
1427   ]
1428   def INCLUDE_FILES=[
1429     ".settings/org.eclipse.jdt.core.jalview.prefs",
1430   ]
1431
1432   from(jalviewDir) {
1433     exclude (EXCLUDE_FILES)
1434     include (PROCESS_FILES)
1435     filter(ReplaceTokens,
1436       beginToken: '$$',
1437       endToken: '$$',
1438       tokens: [
1439         'Version-Rel': JALVIEW_VERSION,
1440         'Year-Rel': getDate("yyyy")
1441       ]
1442     )
1443   }
1444   from(jalviewDir) {
1445     exclude (EXCLUDE_FILES)
1446     exclude (PROCESS_FILES)
1447     exclude ("appletlib")
1448     exclude ("**/*locales")
1449     exclude ("*locales/**")
1450     exclude ("utils/InstallAnywhere")
1451
1452     exclude (getdown_files_dir)
1453     exclude (getdown_website_dir)
1454
1455     // exluding these as not using jars as modules yet
1456     exclude ("$j11modDir/**/*.jar")
1457   }
1458   from(jalviewDir) {
1459     include(INCLUDE_FILES)
1460   }
1461 //  from (jalviewDir) {
1462 //    // explicit includes for stuff that seemed to not get included
1463 //    include(fileTree("test/**/*."))
1464 //    exclude(EXCLUDE_FILES)
1465 //    exclude(PROCESS_FILES)
1466 //  }
1467 }
1468
1469
1470 task helppages {
1471   dependsOn copyHelp
1472   dependsOn pubhtmlhelp
1473
1474   inputs.dir("${classesDir}/${help_dir}")
1475   outputs.dir("${buildDir}/distributions/${help_dir}")
1476 }
1477
1478 // LARGE AMOUNT OF JALVIEWJS STUFF DELETED HERE
1479 task eclipseAutoBuildTask {}
1480 task eclipseSynchronizationTask {}